清朝太医院，御医的医事活动，无论在宫中，或在宫外，凡是经过他们诊治的人，都有专门的档案纪录诊治情况，如《脉案》、《病源》、《用药底簿》等等。这些档案类似今天的病历。中国第一历史档案馆现存的清代宫廷医案，总数约有四万件。但是这些病案一直被深藏宫中，究竟皇帝、皇后及其妃嫔等怎样看病，御医又如何为他们施药护理，等等，一向是神秘莫测的。
这些档案的内容包括皇帝、皇后、妃嫔、皇子、公主、太监、宫女以及部分王公大臣的原始诊病记录、配方密本、御药房的各项记录，皇帝有关医案的朱批，等等。皇帝或皇后起居注及历朝实录、内务府抄件、历朝名臣文集笔记，也大量记载着皇帝及宫中重要人物的治病过程。同治皇帝患天花，从发病到病死，二十六天记录成册，无任何遗漏。如同治十三年（１８７４）十一月二十七日的医案中详细记录了御医李德立等共同会诊“外用熨洗”法为同治皇帝进行治疗。所开出的药方是：“木香一两，当归一两，肉桂五钱，生附子五钱，川贝五钱，草乌五钱，苍术五钱，断龙骨五钱，白芷一两，山甲五钱灸，乳香一两，透骨草一两。”效果如何，我们姑且不去管它。
按清宫的规定，给皇帝看病的御医都由御药房太监带领，先给皇帝问过圣安，然后才能把脉、问病、开方，开好的药方，要与太监一同去御药房取药，药方的内容和御医、太监的姓名，都要记录在案，并抄写所开药方的药性、治疗方法，并署上御医、太监的名字，进呈皇帝御览。然后登记入册，并由专人保管，作为凭证，以备查考。溥仪在《我的前半生》中说：“按照常例，皇帝得病，每天太医开的药方都要分抄给内务府大臣们每人一份，如果是重病，还要抄给军机大臣一份。”这些药方大多都保存在中国第一历史档案馆内务府、军机处等档案全宗中。
不仅如此，如果皇帝患病，医治无效，以致死亡，就是所谓“龙驭上宾”，御医及其相关人员就要受到处分。如同治皇帝死后，奉慈安、慈禧皇太后懿旨：“上月大行皇帝天花，李德立等未能力图保护，厥咎甚重。太医院左院判李德立、右院判庄守和，均着即行革职，带罪当差。钦此。”后来光绪帝死后，太医院院使张仲元、御医全顺、忠勋等，也受到同样的处分。这使御医和相关人员一直在谨小慎微、担心害怕的心态中工作。不过，处分毕竟是例行公事，没过多久，受过处分的御医又照样行医了。
说起皇帝吃药，那可不是一件简单的事情，首先煎调御药，必须由太医院御医与太监在御药房一同相互监督。两服药和为一服，因为药煎好以后，要分为两杯，一杯由主治御医先尝，后院判、内监也得分别尝试，确认没有问题，另一杯才能进奉皇帝服用。如果配制药品不依照原方，及未开明药名品味分量或虽开而遗漏舛错的都将以“大不敬”论罪。乾隆五年（１７４０）以后，为了方便起见，各宫都设有药房改由内臣负责煎药，就连皇帝也不在御药房煎药。末代皇帝溥仪在《我的前半生》中是这样描述的：
我每次生病，都由永和宫的药房煎药。永和宫是端康太妃（瑾妃）住的地方，她的药房比其他太妃宫里的药房设备都好，是继承了隆裕太后的。
御医为皇帝看病的处方用药、御医姓名，都要一一登记入册，建立专门的《万岁爷用药底簿》以备查考。皇太后、太妃、皇后、妃嫔，就连宫中太监、宫女等，有病诊治，也是如此，只不过一般不立个人专册，而是以某宫若干人共为一册。如光绪八年（１８８２）二月十七日“长春宫总管、首领、太监等用药底簿”。但也有例外，慈禧太后宠信太监李连英就建有个人专册。