光绪二十四年（１８９８），戊戌变法失败后，光绪皇帝及珍妃分别被幽禁，他们身边的太监也都因为这场政治斗争受到株连，据清宫档案载，光绪二十四年八月十九日敬事房就奉到慈禧太后的懿旨：
内殿太监杨瑞珍、杨昌恩，内殿司房太监张得明及珍妃下太监戴恩如，此四名干预国政，搅乱大内，往来串通是非，情节较重，实属胆大妄为，著交内务府大臣即日板责处死。
这就是奴才的命运，在复杂激烈、你死我活的政治斗争中，做主子的失败了，那么做奴才的当然不能幸免，而且许多时候是首当其冲的给主子当替死鬼。
当然，因干预朝政而遭到惩罚的毕竟是少数，太监们一般都深知这里的厉害，不会轻易地去触犯这一条。对于大多数太监来说，防不胜防的是宫内多如牛毛的清规戒律，稍不留神，就有危险。
乾隆皇帝弘历，曾是历史上有远见、有作为的封建君主，同时也是一个对太监“立法峻厉”的典范。乾隆十六年（１７５１）夏季，弘历在换穿夏衣时，由于太监未曾认真检查，被藏在袖口处的一根缝衣针划伤了手臂，于是龙颜大怒，立将太监张玉、蔡勋枷号一个月、鞭一百，刑满之后罚做苦役。乾隆四十三年（１７７８）的一个夜晚，弘历在睡梦中醒来询问时刻，发现在寝宫内值夜坐更的小太监常宁、霍集撒徕由于困倦正在打瞌睡，立即下令将他们拖出去重责四十板。类似的事例是不胜枚举的。到了晚清时期，慈禧太后垂帘听政，俨然是一个喜怒无常的女君主。高兴的时候，可以赏给太监成百上千两的银子，但是心烦的时候，太监们就成了她出气的对象。据太监们回忆，慈禧太后是一个心毒手辣的人。她责打太监几乎是家常便饭，有时一天内被她责罚的太监不下百人，而且一个太监犯错，全宫的太监都要连坐。光绪十二年（１８８６），江宁织造（内务府派驻南京负责为皇宫织办绸缎的机构）派驻北京的办事人员密报本主说：
“近闻皇太后驻跸南海，……闻节前忽奉懿旨将首领赵老爷、王掌案等五人全行摘去顶戴，带罪当差，并罚钱粮数目。且以刘总管等当差滑懒革去总管名目。昨日又将新派之海内总管高老爷连捷革去总管，送交慎刑司审讯，并因此事召见总管内务府大臣。传闻系细事致招佛爷生气，是以如此震怒。刻下海内外太监俱怀畏惧，逃走甚多，实为近来未有之事。”
清朝初期，宫廷典制并不完备，许多事情是按世代沿袭下来的祖宗家法和惯例办理的。直到乾隆时期，政局稳定，经济持续发展，宫廷内也已经积累了近百年的管理经验，在这个前提下，乾隆皇帝下令编纂了“宫廷法典”——《钦定宫中现行则例》和《国朝宫史》。在《则例》和《宫史》中，除了详细规定了太监的等级、职掌和待遇外，还对太监的管理及处分做了详细而严格的规定。
这个太监管理和处罚条例首先就明确了管理权限，其中凡太监在宫外犯法的，应由司法机关依国家法律审理治罪；凡太监在宫内犯法违纪、情节较重的交由总管内务府审理治罪，情节较轻的由敬事房自行审理处分。再者，属内务府管理权限下共规定了二十六条太监的行为规范，经过历朝增补最后达到了五十多条，太监但有违犯上述规定者，要分别受到“刑”与“罚”的处分。总管、首领等管理人员要被罚三个月到一年的月薪的处分，严重者还要受到革职降级的处分；一般的普通太监，违犯上述规定者，则要被重责二十到六十大板，重者还要受到枷号、罚做苦役、流放以至处以死刑的处分。
根据这个条例规定：太监口角斗殴、酗酒闹事、聚众赌博要被重责六十板；太监不慎火烛、大声喧哗、贪睡误班、失误损物则要被重责四十板；请假逾期、当班迟到则要被重责二十板。打板子，或者叫“杖责”，是清宫中对普通太监最常用的刑法。责打太监的刑杖、刑板，都是用竹子做的，其中刑杖是长五尺、圆五分的实心青竹，刑板是长五尺、宽五分的青毛竹板。行刑的规矩是：先将受刑太监按伏在地，臀部突起，然后一人按头，二人按手，二人按腿，一人行刑，一人报数，行刑的同时要报出数字来，受刑的太监，还要一面挨打一面求饶，否则还得加倍重打，刑毕，还要由刑监二人架起被打得血肉模糊的太监到主子那里去叩头谢恩，行刑才算完结。
罚做苦役，也是刑的一种补充。如果太监犯罪或过失较重，还要被罚做苦役，主要是发配到瓮山的马棚去铡草。瓮山也就是今天的颐和园万寿山，过去曾经是关押宫中太监的一个重要场所，从康熙三十年（１６９１）开始，犯罪太监多被发往这里铡草，期限少则一年，多则五年，甚至更长。由于这里的生活条件及待遇与皇宫内有天壤之别，对太监来说又是一种难以忍受的苦刑。从乾隆十二年（１７４７）总管内务府的一份报告中可以看到：当时瓮山关押着十四名罚做铡草苦役的太监，其中带有锁链刑具的太监就有七人之多。到了清朝中后期，更多的太监是关在景山或南苑的吴甸做铡草苦役。