陈独秀离开后，1923年1月4日，俄共（布）中央政治局布哈林、加里宁、加米涅夫、李可夫、斯大林、托洛茨基、托姆斯基等出席会议，决定“采纳外交人民委员部关于赞同越飞同志的政策的建议，该政策旨在全力支持国民党”。
越飞两年未能取得与中国建立正式外交关系，没有解决蒙古地位问题、俄国在蒙古的撤军以及中东路等问题，促使共产国际做出上述决议。眼下，孙中山已占领福建，正向广州挺进，整个南方指日可待。由于张作霖和孙中山联手，这样，孙中山就已经掌握了除河南（吴佩孚）和北京地区（曹锟）之外的全部中国了。此外，孙中山正在改变国民党本质，成为群众性的政党，孙本人也在改变自己过去单纯的军事观点和做法。于是，越飞提出“承认孙逸仙的革命政府是中国合法的政府，并只同他打交道”的政策。
隔日，在共产国际执委会上，马林说：“有必要继续实行以往的策略。可以谈革命的机会主义……我们应当在一定的程度上把革命民族主义作为原则，并承认它。我们没有别的出路。”考虑到维经斯基和陈独秀的意见，马林说：“我们应该提出自己的口号，表明自己的政治性质，这样在中国阶级分化的危险时刻，我们有可能在国民党大会上表明自己的观点，并在将来建立具有共产主义内容的真正的工人政党。”他认为中国目前还没有条件成立“具有共产主义内容的真正的工人政党”，他不否定这是“革命的机会主义”。
在马林发言后，维经斯基发言反驳了他。许勒尔主张采纳维经斯基修改意见的草案，说：“共产党不仅应该有自己的组织，而且她也应该是真正中央的和共产主义的组织，在听到关于我们党的中国史宣传鼓动方式后，我觉得这个意见不是多余的。应该消除这种误解，即认为党应该只是国民党组织的一个支部，应该明确，她实质上应该成为中央的组织。”
许勒尔说：“工会运动对于中国的工人运动是具有特别重要意义的。那里我们已经有50万工会会员。”马林说：“不切实际的数字！”维经斯基说：“25万。”
许勒尔说：“是啊，毕竟有25万，这也是一个可观的数字……留在那里，这在原则上也是正确的，但与此同时，应该经常注意到自己原有的共产党，因此应该善于利用各种资产阶级团体之间的矛盾。”
主持会议的布哈林说：“主要的问题是，我们是否留在国民党内；在我看来，这是一个基本的组织问题。我赞成留下……至于说到一些争论的问题，在我看来，维经斯基的意见总的说来是可以接受的。至于我们的任务，我只想对维经斯基同志的修改意见作点补充，对于我们党来说，具有特殊意义的任务（要知道最重要的任务是中国的民族革命）成立工人政党。”
马林对布哈林说：“我可以提个问题吗？您在这里说：‘因此，在目前条件下，共产党员留在国民党组织内是适宜的。’我要说，‘他们应该’，要知道，同中国同志说话应该用明确的语言。”马林在西湖会议上和陈独秀等人争论，有切身体会。布哈林说：“这样的问题要由任命的两人委员会来解决。”这样，1923年1月12日，共产国际执委会通过了《关于中国共产党与国民党的关系问题的决议》，指示中国共产党人“留在国民党内”，并避免同中国的国民革命运动发生冲突。
越飞1月下旬和孙中山见面后，写信提出莫斯科向孙逸仙立即提供200万金卢布的贷款，在一两年内给孙逸仙的10万军队供应武器和一定数量的军官等建议。对于越飞的建议，托洛茨基2月6日给加米涅夫写信，请他“考虑一下我们能向孙逸仙提供什么样的帮助”。
1月13日，陈独秀和瞿秋白抵达北京。这时，中央局已迁到北京。陈独秀向李大钊等人传达了国际会议的情况及《关于国共合作的决议》。
回北京第十天，陈独秀写了《评蔡校长宣言》。陈独秀到莫斯科期间，发生了罗文干案。去年11月18日，“好人政府”王宠惠内阁财政总长罗文干，因倾向吴佩孚受到曹锟派打击，诬其受贿而下狱，无罪释放后，教育总长彭允彝又献计复议，使罗再次入狱。今年1月18日，蔡元培发表《不合作宣言》，次日，在报上发表启示，宣布“自本日起，不再到校办事”。胡适在《努力》周报上说，蔡元培“这一次的抗议，确然可以促进全国国民的反省，确然可以电化我们久已麻木不仁的感觉力”。罗案一个月后，胡适以生病为由向学校请长假一年，他的教务长由顾孟余接替。几天后，他以查糖尿病为由，住进了协和医院。
陈独秀认为，罗文干案正说明“好人政府”破产了。他批评蔡元培消极的辞职方法说：“正告蔡校长及一般国民：革命的事业必须建设在广大民众积极运动的力量上面，依赖少数人消极的拆台政策来打倒恶习浊政治，未免太滑稽了，太幼稚了，而且太空想了。”
陈独秀的《评蔡校长宣言》在24日的《向导》周报上刊登后，《晨报》发表社论说，“劳动阶级的罢工，也是一种‘不合作主义’的表现”，难道我们“连罢工也不赞成吗？”1月28日，胡适写文章说，国家太混浊黑暗，民族太怯懦无耻不爱自由，所以不保不有蔡先生这种正义呼声使我们不好过、难为情。隔日，陈独秀又发表文章说，不合作主义“引导民众集中到消极的和平退让的路上去”。2月4日，胡适在《努力》上发表《蔡元培是消极吗？》，反驳陈独秀说：“蔡先生的抗议在积极方面能使一个病废的胡适出来努力，而在消极方面决不会使一个奋斗的陈独秀退向怯懦的路上去。”2月7日，陈独秀在《向导》上发表答《晨报》记者文章，坚持认为要在思想界做防御鼠疫霍乱的工作。
2月1日，张国焘以中央代表身份，赶到郑州参加京汉铁路总工会成立大会。几天前，吴佩孚突然下令禁止开会，京汉铁路是吴佩孚军队给养的生命线。头天夜里，京汉铁路总工会中共党团召开紧急会议，决定这一天按原计划开工会成立大会。北京的劳动组合书记部的负责人罗章龙、史文彬、吴雨铭、陈潭秋、项英、林育南、李震瀛等到郑州出席了会议。
郑州警察局黄殿宸得到消息后，率领警察包围普乐园大会会场，宣布严禁开会。
张国焘提出“为避免流血起见，总工会的成立仪式和全体大会可以改时改地举行，现在不必坚持”。但此建议未被通过。在“劳动阶级胜利万岁”的口号声中 ，京汉铁路总工会宣告成立。当天下午，军警捣毁工会驻地，占领工会会址，夺走了“京汉铁路总工会”的牌子。2月4日，京汉铁路实行全线总罢工。罢工指挥机关由郑州移到江岸。
2月7日早上，吴佩孚军队袭击了长辛店工会，枪杀工人50多人，300多人受伤。同一天，吴佩孚军队包围武汉江岸分会驻地，血腥屠杀工人。林祥谦、施洋等工会领袖牺牲。在施洋被捕前一小时，国民党总务部副部长林伯渠还在施洋寓所。
当晚，张国焘、项英和其他工会负责人躲进大智门熊秉坤家临时开会。经过激烈争论，为避免更大牺牲，决定复工。在武汉各大学作讲演的李大钊对李汉俊、朱务善说：“我们早就认定了吴佩孚和中国其他军阀一样，我们从前接受了白坚武的意见，派我们的同志到各铁路上参加工作，并不相信吴佩孚的什么保护劳工政策。”吴佩孚顾问白坚武是李的同学。
惨案次日，陈独秀写下《为自由而战》一文。中共中央开紧急会议，发出《为吴佩孚惨杀京汉铁路工人告工人阶级与国民》宣言。此后，愤怒的北京学生走上街头游行示威，抗议吴佩孚镇压京汉铁路工人。海参崴工会委员会拨款300金卢布给死难者家属。2月22日，维经斯基给共产国际书记处写报告，指出国民党和孙中山“至今尚未对枪杀工人一事表示任何态度”。上月，维经斯基给拉狄克和布哈林写信，还提出支持吴佩孚、反对张作霖的策略。
“二七”惨案后，吴佩孚通缉陈独秀、马林等人，中央机关决定转移到上海。离京前，陈独秀将瞿秋白一部书稿交胡适，请他帮助出版。
1923年2月21日，孙中山抵达广州，就任大元帅。广州成为南方革命大本营后，在上海的陈独秀等人根据马林的主张，决定把中央机关迁到广州。
维经斯基不赞成将中央局迁广州，主张迁往香港、上海和北京。他认为广州与上海、汉口、北京没有铁路交通，从海上到上海需要5天，通信不便，从上海打电报到海参崴，每字要55分。在汉口、上海、北京这些罢工运动主要城市，必须有最大数量的中央委员，防止共产党领导机关脱离工人运动，而且，太靠近国民党中央，会造成共产党对国民党的依赖性。3月8日，维经斯基在海参崴给共产国际执委会东方部主任萨法罗夫写信，仍对共产党加入国民党有看法。他说：“看来，国民党首领们继续把希望主要寄托在同著名的军阀结盟并借助同样著名的军国主义国家的帮助来取得军事上的成功。我们党能否无条件地支持孙逸仙的联盟呢？
我断言，不能。”次日，维经斯基给斯内夫利特（马林）写信，问“为什么国民党对罢工被镇压和工人学生惨遭迫害没有提出正式抗议”？
对张国焘被派到莫斯科去汇报罢工情况，维经斯基也表示不理解。汇报可以用书面形式，就是打电报也要省不少钱。此外，他也不赞成中共“三大”在广州开，而应该在北方开。3月24日，维经斯基再次给萨法罗夫写信，谈了上述看法。
3月26日，陈独秀和中央机关到广州。次日，维经斯基给萨法罗夫拍电报，提出支持国民党的几个条件：孙中山不把重要精力放在督军的联盟上、支持工人和学生运动、断绝与张作霖和段祺瑞的联系。维经斯基的观点得到萨法罗夫的支持。他于4月4日在莫斯科给共产国际执委会主席团写报告，强调铁路罢工表明，共产党在不远的将来人数和威望将迅速提高。因此，把共产党限制在国民党内是不适宜的，须采取由共产党领导的独立自主的工人运动的方针。同时，他建议采取组织措施，撤销对马林的委任。
打败陈炯明后，孙中山决定和平统一中国。他的这一思想，得到了张作霖奉系及段祺瑞皖系军阀的赞同。对于孙中山与段、张搞三角联盟，陈独秀和维经斯基一样，持怀疑态度。他赞成孙中山“先裁兵，后统一”，但他怀疑吴佩孚及黎元洪不会接受。在给胡适的信中，陈独秀说：“孙公政策以锐意裁兵为天下倡，一时决无向外发展计划，鄙亦以此计良佳，殊不知北方能否容其实行此计耳。”胡适最近写文章，还提到陈独秀在上海被逮捕的事：“《新青年》不被禁于北京，不被禁于广州，而两次被禁于上海法捕房！陈独秀在北京虽曾被捕，然北京军警拘捕独秀于亲见他布散传单之时，而后来安然出狱，不曾受半文之罚金。而陈独秀在法界两次被拘，罚金与讼费使他破产还不够。这种比较不够使我们反省吗？”
孙中山倡导孙、张、段、吴四派势力合一，很快功亏一篑。4月11日，孙传芳抵福州任福建督理；4月16日，沈鸿英在北京通电就任广东军督理，宣言驱逐孙中山，起兵进攻广州。形势变化后，陈独秀热情洋溢地写下了《资产阶级革命与革命的资产阶级》等数篇文章。在《资产阶级革命与革命的资产阶级》一文里，陈独秀提出：“中国国民党目前的使命及进行的正轨是，统率革命的资产阶级，联合革命的无产阶级，实行资产阶级的民主革命。”陈独秀的观点，是根据马林的报告和共产国际的文件得出来的。这篇文章刊登在22期《向导》上。
5月23日，在莫斯科的维经斯基以共产国际东方部主任拉狄克和自己的名义（副主任）起草给出席中共“三大”代表的指示草案，提出中国共产党的基本任务是“积聚力量，组织和教育工人群众，建立和恢复工会并把他们集中起来，以便扩大革命运动的基地和建立群众性的共产党”，要求国民党“无条件地支持中国北方和南方的工人运动”。
次日，布哈林对维经斯基起草的文件作了修改，并请季诺维也夫过目。布哈林怕维经斯基不按自己的修改意见，在给维经斯基便函的末尾写道：“别搞鬼，当心！”布哈林强调“必须同时进行反对封建主义残余的农民土地革命”，“全部政策的中心问题乃是农民问题……只有在这个基础上才能进行反对外国帝国主义和彻底消灭中国封建制度的斗争。”关于中国革命的领导权，布哈林写道：“毫无疑问，领导权应该归于工人阶级的政党。最近的工人运动事件（大规模罢工）清楚地表明了中国工人阶级的极大意义。巩固共产党，使其成为群众性的无产阶级政党，在工会中聚集工人阶级的力量，这就是共产党人的首要任务。”
对于越飞和马林所热衷的与国民党的合作，布哈林强调“共产党必须不断地推动国民党支持土地革命。在孙逸仙军队的占领地区，必须实行有利于贫苦农民的没收土地政策，并采取一系列其他革命措施”。这样，布哈林既没有完全否定越飞等与国民党合作的政策，同时强调土地革命，牢牢的把握领导权。但布哈林的意见传到中国时，中共“三大”已经开过了。
5月，陈独秀化名“钟英”给北方区委写信，通知推荐出席“三大”的代表。共产国际为这次大会拨了1000美元。钱是5月下旬维尔德在上海收到的，共3500美元，其中1000美元给“二七”罢工遭难的铁路工人家属；还有按4~6月给中国共产党的预算。陈独秀在马林面前抱怨：“1000金卢布不够敷大会之用。”马林问，需要多少？陈独秀说：“召开400名代表参加的大会，需要15000墨西哥元。”陈独秀给维尔德写信说：“现在极需7、8、9三个月的预算经费。”后来，陈独秀接受了张作霖对罢工家属的10000元援助，尽管张作霖是军阀。
1923年6月初，出席广州“三大”的全国代表已陆续到齐。北方区委代表中，李大钊、罗章龙是“钟英”（陈独秀）点名要求出席的。第一次预备会是在太平沙看云楼召开，第二次是在马林寓所春园召开。6月12日，正式会议在东山恤孤院后街一幢两层灰白色砖瓦房举行。
会前，马林问瞿秋白：“我应该怎样阐述共产国际提纲中的观点和我在会上对提纲的解释？我是否需要对中国形势做一番分析……”瞿秋白：“不用这个办法。
必须很具体。一些同志倾向于尽可能疏远国民党，必须看到支配他们思想的细微论据。”
陈独秀穿了一件白色无领褂子，情绪饱满，作工作报告说：“……上海的同志为党做的工作太少了，北京同志由于不了解党组织，造成了很多困难，湖北的同志没有及时防止冲突，因而工人的力量未能增加。只有湖南的同志，可以说工作得很好。”毛泽东和马林先期到粤。
陈独秀说：“我们忽略了教育党员的工作……我们党内存在严重的个人主义倾向。党员往往不完全信赖党。即使有些地方不对，也不应当退党。”这是讲李汉俊、李达。李汉俊不同意党的策略自愿退党。他认为中国不可能发生工人革命，主张做知识分子的工作。退党后他在武昌师范学院教书。李达反对党内合作的政策，陈独秀摔了茶杯，李达骂陈“草寇英雄”。
马林在大会前给共产国际、东方部写工作报告，说：“李汉俊是最有理论修养的同志，曾在湖北工作，反对集中制，认为想靠少数人争取大多数群众是策略上的错误。主张在知识分子中进行宣传，主要是理论宣传。罢工之后，这种思想更突出。中央委员会的人事冲突，导致了他退党……在杭州也有一个党员退党，他与李汉俊过从甚密，他指责中央委员会只局限于在工人中进行宣传，而忽视了农民……我在中国还没有听到其他同志原则上反对联合国民党，惟独张国焘有梦想建立一个群众性的共产党倾向。”
马林对张国焘有意见，是因为他在党内组织小团体，把党员分好坏两种。“二七”罢工失败后，马林和张国焘之间发生了一场争论。起因是马林拿出国际“训令”给张国焘看，要求中国共产党无一例外地加入国民党。张国焘反驳他：“都加入国民党，还要共产党干什么?”马林讽刺说：“你的职工运动现在在哪里?吴佩孚已经把你的职工运动打垮了。”这次争论，促使张国焘和蔡和森、刘仁静一起到莫斯科汇报情况。前天，张国焘从莫斯科经上海到广州，就对马林说，在中国的工作问题上，拉狄克、萨法罗夫属于左派，布哈林属于中派，越飞和马林属于右派。并说马林错了。头一天，马林给拉狄克、萨法罗夫写信说：“我并不像你们认为的那样热恋于国民党。”他准备“三大”一结束，就回莫斯科申述自己不同意上述划分的理由。
陈独秀说：“张国焘同志，无疑地是忠于党的，但是思想非常狭隘，所以犯了很多的错误，他在党内组织小集团，是一个大错误。”“二大”后，张国焘在小组会上讨论反对共产党加入国民党事，陈独秀很生气，以致去年8月写信给马林表示“不想再担任中央委员会的职务”，说张国焘是建立另一个中心。事后，马林劝张国焘改变反对陈独秀的倾向。
陈独秀发言后，大会进入讨论议程。瞿秋白发言支持陈独秀提纲说：“国民党的发展，并不意味着牺牲共产党，相反，共产党也得到了自身发展的机会……要么我们不许工人参加国民党，让国民党得到资产阶级、军阀给予的帮助从而日趋反动，要么我们领导无产阶级加入国民党，使后者具有革命性，哪种办法更好？”
瞿秋白起草了“三大”党纲草案，陈独秀作了一些修改。马林很满意年轻的瞿秋白的发言，认为他是惟一真正懂得马克思主义理论的人。
邓中夏说：“国民党改组形势日趋好转，孙中山意识到自己的错误，愿意改革。
批评国民党热衷于搞军事行动是不公正的，我们不能不加防卫让沈鸿英得逞。”
毛泽东说：“在中国，资产阶级革命行不通。希望在中国实现国际合作，出现一个和平时期，那时资本主义发展将非常迅速，中国无产阶级人数也会大量增加。
小资产阶级控制了国民党。我相信目前小资产阶级能够领导。这就是我们加入国民党的原因。”
唐山的邓培也发言同意陈独秀的观点。
李大钊说：“过去和将来国民运动的领导因素都是无产阶级。我们不要害怕参加国民运动，应该站在运动的前列。我们已经加入国民党，但还没有工作。没有迹象表明我们没有希望。”
林育南说：“我们不能牺牲自己的利益站在他们一边，不能对他们的改组抱有希望。他们不会听我们的意见。不加入国民党我们也能帮助做国民运动。我们应该揭露国民党的改良主义倾向，有必要成立一个工农党，因为不能用我们共产党人的名义。反对替国民党介绍党员，我们应该为我们党保存力量。同意加入国民党，在南方加入国民党可使得我们得以开展工作。”
广东支部代表提出：“在全国范围内发展国民党。”长辛店代表发言反对：“我们不能帮助他们。不能扩大他们的影响。”北京代表：“在北方我们有机会发展我们自己的组织。”
蔡和森说：“与国民党联合，组成统一战线，必须保持我们的独立性。陈独秀把工人置于国民党的旗帜下，这是违反上述决定的。在统一战线中，无产阶级如果不能掌握全部领导权，至少应拥有部分领导权。如果目前中国的国民运动非常高涨，那么工人就不需要独立的政党。”陈独秀回答：“我们应在国民党内工作，因为国民党软弱涣散，而不是如蔡所说等国民党情况好转时，我们再加入。”马林认为，蔡和森在回避共产国际提纲，想建立独立的工人党，只看到昨天，甚至只看到今天，但看不到明天，他的思维方法是静止的而不是能动的。
张国焘说：“我们至少在北方打出共产主义或劳动组合书记部的旗帜去独立的开展工会的工作……也许我们是错误的，但我们宁可保持左，左的错误比右的错误容易改正。”马林发言：“建议张国焘执行共产国际指示。去年8月，共产国际命令共产党员加入国民党，今年1月指示留在国民党内是适宜的，共产国际执委会提纲第二条说，中国的中心任务是国民革命……张国焘对共产国际关于共产党人留在国民党内的解释错了。”他认为，蔡和森和张国焘两人把我党的策略建立在梦幻的基础上。
经过争论，陈独秀、马林的观点占了上风。马林的目标是“必须使陈独秀的提纲获得多数，与共产国际执委会提纲是绝对一致的”，现在，他的目标实现了。为了陈独秀的提纲获得通过，马林事前曾和毛泽东、王荷波、邓培、王用章等交谈。但陈独秀、马林“一切工作归国民党”等偏激观点被否决了。
选举新一届中央执行委员会，唱票的结果是：陈独秀40（满票），蔡和森37，李大钊37，王荷波34，毛泽东34，朱少连32，谭平山30，项德龙（工人）27，罗章龙25票。候补中央委员：邓培、张连光、徐海坤、李汉俊、邓中夏。马林认为，毛、王是优秀的工作者。
新的中央局的成员是陈独秀、毛泽东、罗章龙、蔡和森、谭平山5人。陈独秀为中央执行委员会委员长，毛泽东为秘书，罗章龙为会计，蔡和森管宣传兼《向导》主编。尽管谭平山在陈炯明问题上犯了错误，陈独秀在报告中肯定他正在改正错误，所以他被选上。
大会闭幕时，马林说，希望我们这些对大会结果表示不满的同志不要“不合作”，不要搞“破坏”。张国焘听了很别扭，他只获得6票，感到“栽了个大筋斗”。
维经斯基起草、布哈林修改的国际《对中国共产党第三次代表大会的指示》信1923年6月18日寄出，维尔德7月18日才收到。他不清楚，什么地方耽误了这封重要的信件。这封指示信强调“全部政策的中心问题乃是农民问题”，“在中国进行民族革命和建立反帝战线之际，必须同时进行反对封建主义残余的农民土地革命。”
在“三大”上，陈独秀及大多数中国共产党领导人把农民问题忽略了。7月1日陈独秀在中央机关刊物《前锋》月刊创刊号上发表《中国农民问题》，提出：“在经济落后的殖民地半殖民地，不但农民占全人口之大半数，其国民经济之真正基础，还是农业。”但他认为，中国农民“不容易发生社会革命的运动”。同一天，陈独秀给萨法罗夫写信，汇报“三大”情况，说：“把农民吸引到国民革命运动中来不是轻而易举的事。”对于资产阶级，陈独秀评价较高。陈独秀结尾时客气地说：“由于我党还年轻，我们希望经常得到您的来信。”但他不知道，东方部主任已经换拉狄克了。
维尔德收到共产国际指示信这天，孙中山用英语对马林说：“像陈独秀那样在他的周报上批评国民党的事再也不许发生。如果他的批评里有支持一个比国民党更好的第三个党的语气，我一定开除他。如果我能自由地把共产党人开除出国民党，我就可以不接受财政援助。”孙中山生气是因为中共中央“第二次对时局的主张”引起香港报纸的批评，马林说：“有几篇批评国民党消极被动的文章出自我的手笔……援助问题与共产党人能否留在国民党内毫无关系。”
事后，马林向越飞和达夫谦建议，不要将200万塞进南方将领的腰包以支持孙中山，而最好用21000元支持为数不多的共产党人的从事国民党的宣传。既然不给共产党资助，何必安排自己在这里工作呢？5月1日苏联政府致孙中山电：“我们准备向您的组织提供达200万金卢布……使用一年。”在北京的斯列帕克写信给维经斯基也说：“事情已经到了这种地步，孙逸仙想把陈开除出党，原因是后者在《向导》上批评了国民党的行为。”
次日晚，中央机关在迁往上海前在广州举行最后一次会议，孙中山要“开除”陈独秀，证明中央局离开广州是对的。马林也认为，留在广州继续争取孙中山支持政治宣传是白费力气。此外，陈炯明企图进攻广州，湘战又起，中央机关在广州已不安全，这也是离开的借口。
马林觉得陈独秀只想利用国民党。他的宣传工作只考虑共产党的组织，干的是与国民党决裂的事。最近，陈独秀和马林、蔡和森、毛泽东都有顶撞。一天开会，陈独秀和马林发生了争论，会议不得不中断，片刻后，马林问罗章龙：“‘火山’是否熄了？”罗章龙：“熄了！”马林说：“革命党的头脑应该冷静。”毛泽东在会议结束后提议：“以后开会，大家不能发脾气。”
陈独秀脾气不好，根子是不满孙中山醉心于军事活动。“三大”后不久，孙中山对陈独秀说：“国民党必须建立自己的革命力量。”陈独秀问：“如何建立？”
孙中山：“现在我们必须发展我们的军事力量，在南方广东可以建立根据地，然后我们必须设法在东北或西北得到一支军事力量……”这使陈独秀意识到，不能期望孙很快把国民党变成一个现代的政党。
8月5日，毛泽东出席了中共上海地方兼区执行委员会第六次会议，他说：“对邵力子、沈玄庐、陈望道的态度应缓和，劝他们取消退党的意思。”会后，沈雁冰找他们谈话，结果邵力子同意不退党，但陈望道说：“你和我多年交情，你知道我的为人。我既反对陈独秀的家长作风而要退党，现在陈独秀的家长作风依然故我，我如何又取消退党呢？我信仰共产主义终身不变，愿为共产主义事业贡献我的力量，我在党外为党效劳，也许比党内更方便。”陈独秀不愿意和陈望道搞僵，给他写了一个条子，纸很小，署名“知名”：“上大请你组织，你要什么同志请开出来，请你负责。”陈望道接受了陈独秀委派，到上海大学兼中文系主任。
中央局机关迁回上海后，办公地点设在闸北象山路公兴路口的三曾里3号，由王荷波出面租下，在中兴路和香山路交叉的小里弄。周围是手工业工厂，杂居，便于隐蔽。因为这里只有三个门牌，所以叫“三曾里”。两楼两底共有八九间房子。
年龄大一点的向警予作户主，对外称一家人。毛泽东和杨开慧住在前厢房，蔡和森和向警予住在毛泽东隔壁。9月上旬，毛泽东回湖南后，罗章龙代替他做秘书工作。三曾里作为中央机关，对外是“报关行”，请了共青团员王熙春管事物，请了一位30来岁的丝绸女工魏贞秀做娘姨。
陈独秀家离这里有一二里路，在三曾里楼上有床铺，遇到开会晚了或者有事，就不回去住。平常不容许其他人来。一次，高君曼来找陈独秀，王熙春不认识她，拦着不让她上楼。回到上海，陈独秀和高君曼的话也越来越少了。无聊时，他常逛到五马路棋盘街西首亚东图书馆坐坐。这时胡适、安徽的江彤候也在上海，几个安徽老乡常以亚东图书馆为会谈场所，海阔天空扯谈一通，然后各自回家。胡适是10月初由烟霞洞到上海，住在沧州饭店。
10月15日晚，胡适、徐志摩宴请郭沫若、田汉夫妇。散席后，胡适和徐志摩去亚东书局。正在喝茶，听到一个人急匆匆上楼。来人身穿蜡黄西服，条子绒线背心，戴着一个帽檐下卷的帽子，像一个捕房的三等侦探。胡适站起来向徐志摩说：“志摩，我给你介绍一下，这是仲甫，《新青年》主编陈独秀。”徐志摩的头发在昏黄的灯下更显得零乱，脸色稍白。看着面前这位二十五、六岁的年青人，陈独秀笑着点点头，既然是胡适朋友，大概有些来历。
听说是徐志摩，陈独秀连忙伸手说：“哦，知道，知道。”陈独秀拿下帽子，露出长长的头发。陈独秀头发稀少，几乎集中到了顶部，向中央靠拢，前额像一个斜坡，鼻梁挺直，眉毛间隔很宽，线条分明，很像近代表现派非洲艺术大师雕的铜像！徐志摩大惊异：陈独秀，异相也！
11月上旬一天，陈独秀到瞿秋白家中坐。瞿秋白在东南大学参加团“二大”后，到上海任上海大学学务长，住在离闸北青岛路师寿坊上海大学不远的地方，因此陈独秀常来走动。
瞿宅是比较西式的楼房。陈独秀随瞿秋白上楼进入他的布置精巧的书房兼卧室。
瞿秋白请陈独秀坐在大写字桌前的木椅上，自己坐在宽大的弹簧床上。陈独秀边点烟边说，“房间布置得像闺绣，就是这儿像书生，”陈独秀用夹烟的手指了指三架摆满外文书籍的书橱。“马上要开三届一中全会了。三大决议案引起不少同志疑虑，影响了各支部的成立。近期怕没有时间作长文章了。”提到不少同志疑虑，使瞿秋白想到杨明斋。不久前，杨明斋因不赞成“三大”加入国民党的做法，和陈独秀争吵了一顿。瞿秋白也和杨明斋谈过，劝他打消去甘肃的念头，但劝不住。
这期间，汪孟邹邀请陈独秀和胡适为亚东出版的《科学与人生观》文集各写一序。
科学与人生观论战是《努力》周报发起的。北大教授张君劢宣传玄学，丁文江发表《玄学与科学》批评张君劢，引起了“科学与人生观”的公开争论。5月，胡适写《孙行者与张君劢》支持丁文江。结果，梁启超、吴稚晖、张东荪、林宰平、任叔永、朱经农、王星拱、唐钺、孙伏园、陆志伟、范寿康等人都参加了进来。
陈独秀对张君劢玄学派和丁文江科学派都不赞成，因此对支持丁文江的胡适的实验主义也是批评态度。胡适认为，陈独秀信奉的唯物史观至多只能解释大部分问题。于是，两人借写序，再起战火。陈独秀写道：“我们现在要请问丁在君先生和胡适之先生:相信‘唯物的历史观’为完全真理呢，还是相信唯物以外像张君等类人所主张的唯心观也能够超科学而存在?”写完这篇文章，陈独秀突然感到一阵头晕，当天就病倒了。一检查，是慢性脑炎。
1923年11月24日上午至次日下午，陈独秀病情好转后，主持了中共中央三届一中全会。上月下旬，李大钊请了两个星期假来上海参加会议，当时有课在身，只好说所授的课回来补。到上海后，不料会议与劳动大会时间冲突，只好延长20天，后来等谭平山，又延迟了10天，谭平山没有等到，毛泽东也没有等到。时间已经等掉了。
会上，陈独秀感到党内同志对社会各阶级的地位和作用看法不统一，而且，不少同志对他的观点持怀疑态度。在北京的斯列帕克也认为，中共“三大”使同志们的思想发生了很大的混乱。他反对工人运动兴起后，还无缘无故地披上国民党的外衣。
散会后，陈独秀写了《中国国民革命与社会各阶级》一文。他分析，工人阶级是国民革命中的重要分子，也是最勇敢的先锋队，但工人阶级在数量上、质量上都很幼稚，因此，不能成为一个独立的革命势力。农民是国民革命之伟大势力，但农民居处散漫，势力不易集中，文化低，生活欲望简单，易于倾向保守，易于迁徙苟安，难以加入革命。资产阶级的力量究竟比农民集中，比工人雄厚，因此，国民运动若轻视了资产阶级，是一个很大的错误观念。陈独秀希望用这篇文章统一党内思想。后来，邓中夏在《中国青年》上发表《论工人运动》，瞿秋白在《新青年》季刊第二期发表《自民治主义到社会主义》，提出了不同的意见。
近一时期，陈独秀遇到了各种困难，身体不好、经费短缺和各种攻击。10月、11月、12月，共产国际没有给钱，整整6个月红色工会国际也没有给钱。以前，工会成立时，多少还按时收取一些工会会费。京汉铁路罢工以后，差不多所有工会都被摧毁。
12月9日，陈独秀来到亚东，写答胡适的文章。陈独秀回答了胡适两个问题后，说：“像这样明白主张心物二元论，张君必然大摇大摆的来向适之拱手道谢!!!”上月末，胡适回北京前，在上海沧州饭店写了《科学人生观》文集序，并写了《答陈独秀先生》。
隔日，汪孟邹给在北京的胡适回信说：“仲甫做了一篇答适之文，约3000字，即附你答独秀文之后，明日可以排好即行打样，与你的序清样一并邮呈。”亚东出版《科学与人生观》1000册，清样已排出，本月面市。收到汪孟邹寄来的陈独秀答书，胡适看了很不满意，强辞夺理不说，末段简直是侮辱人。
12月26日，从南方到上海的鲍罗廷和瞿秋白谈话。今年8月2日，俄共（布）中央政治局开会通过斯大林的建议，任命鲍罗廷任孙逸仙的政治顾问，并责成鲍罗廷“不要迷恋在中国培植共产主义的目的”。10月8日，孙中山委任鲍罗廷为国民党组织教练员。
鲍罗廷个子不高，上唇留有和斯大林一样的浓髭。他问：“你们得到了国民党的宣言、纲领和章程吗？”瞿秋白说：“是的。”“在委员会里把这些文件搞清楚了？”“没有。”“在地区组织中呢？”“也没有。”“也就是说，那儿没有讨论，为什么？”瞿秋白说：“因为我们只有一份。打算明天或后天召开我们党的地方会议来讨论章程、纲领等等。”
鲍罗廷换了一个问题：“我不在时出版了党的什么期刊了吗？”“昨天出版了48期周报（《向导》）。那里既有国民党的纲领，又有国民党的宣言，还有社论，只是我还没有看。”瞿秋白说。“不管怎么说，有关于改组的社论吗？”鲍罗廷问。“我只看了标题。”瞿秋白答。“您不知道社论的内容吗？”鲍罗廷继续问。“不知道，不过现在可以去买一张报纸。”瞿秋白说。鲍罗廷惊讶地问：“你们的报纸在这里公开出售吗？”“是的，半公开。”
鲍罗廷说：“关于国民党改组的事，中央向上海以外各党组织发出了什么指示，或什么通知、通告没有？在北京，什么也没有收到，甚至连宣言和纲领他们都没有。应该提出这个问题。”昨天，陈独秀签署了中共中央13号通告，要求各地推荐参加国民党全国代表大会代表。
谈到访问苏联的蒋介石，鲍罗廷问：“蒋介石什么时候回来的？”瞿秋白：“昨天早晨。但我未见到他，陈独秀也未见到他。我只见到了沈玄庐，他是共产党员，是我们的组织者。”鲍罗廷问：“沈是正面人物吗？”“是的。我昨天第一次见到他。他对苏联很满意，他第一次去那里……沈说，虽然蒋还不很满意，但他对苏联似乎没有不好的看法。”
鲍罗廷说：“现在有必要让沈和张太雷给孙写个报告。如果沈能正确说明王和蒋介石将军一派的性质，那就不能只让他们向孙报告赴苏的使命，一定要有第二个报告。”瞿秋白说：“我将向陈独秀同志说这件事。”
1924年元旦，陈独秀出席了上海的党团联席会，讨论共产党参加国民党“一大”。鲍罗廷说：“上海的中国共产党和国民党缺乏密切的联系，这当然是不应该的。”鲍罗廷喜欢独断行事，他给维经斯基写信说：“我本人现在什么也没有做，事先未同党中央商量……理论让位于实际工作。希望是有的。”
陈独秀说，中共“三大”谈到帮助国民党的发展，几个月来党在这方面无所作为，是因为党内有分歧，国民党本身没有前进的动力。陈独秀提到，中央曾发给地方呼吁书，呼吁同老的国民党党员（官僚）作坚决的斗争。11月底，国民党元老邓泽如、林直勉等11人写了一封“请愿书”，批评孙中山联俄、联共、扶助工农政策，说：“陈独秀本为陈炯明特别赏识之人，曾自言‘宁死不加入国民党’……今竟率其党徒，群然来归，识者早识其别有怀抱，党员决疑者久矣……陈独秀此次加入吾党，乃有系统的有组织的加入……其大前提，则是借国民党之躯壳，注入共产党之灵魂。”孙中山反驳了邓泽如等人，说：“你们愿意跟着我革命的就来，不愿意革命的就走。”
国民党“一大”会议结束前作“在各省必须选举左派作为出席代表大会的代表”等4项决议。陈独秀是孙中山指定的共产党人代表，他以“我实际上无法在负责上海工作的同时再参加国民党在广州会议的工作”为由，没有出席会议。共产党参加国民党“一大”的23位代表毛泽东、李大钊、林伯渠、张国焘、谭平山、瞿秋白等云集广州后，鲍罗廷召集代表们开会，统一代表思想。根据陈独秀提议，李大钊、瞿秋白、谭平山、张国焘等人组织一个指导小组，指导出席国民党大会的中共党员。
大会期间，列宁逝世。广州的市政府大楼、轮船、孙中山的大本营、河边都降了半旗。只有外国的沙面租界没有下半旗。
大会分3派，左右派人数差不多，各三、四十人。右派是南方的商人，给孙中山以财政支持，是孙中山的朋友。中间派的80~100人（共160名代表）。孙中山本人开始是中派，后来逐渐的左倾。会议代表形形色色，有的希望搞清国内局势，更好的工作；有的则是想攫取党内肥缺。根据1924年元旦会议精神，共产党员在国民党内选举时，只选举孙逸仙，而不选举其他人，不给国民党右派口实。结果，李大钊、毛泽东、谭平山、于树德等10名共产党员成为国民党中央执行委员会委员，占三分之一。林伯渠被选为国民党中央执行委员会候补委员，不久被孙中山指定为第一任国民党中央农民部部长。
孙中山很满意这次大会，认为是历史性的事件。
1924年正月里，陈独秀到亚东坐，汪孟邹拿出适之的信说，“适之来信了。”1月中旬，汪孟邹给胡适写信说：“仲甫常与我谈，云有数讯寄兄均未得复，望吾兄即复他一讯如何。”原来，胡适去年夏天在西湖和曹声同居后，这时正和江冬秀闹离婚，所以无心他事。见胡适正陷入烦恼之中，陈独秀说：“差不多了，差不多了。”回到家中，陈独秀写信劝胡适不要烦恼，他用“顽钝不理”4个字送给胡适。临了，陈独秀又提到帮蔡和森到商务催稿事。
国民党“一大”结束后，国共合作面临着左派和右派的冲突。鲍罗廷在关于国民党大会的札记和报告中写道：“这些左派不能长期与右派共事，分裂是必然的和不可避免的。”
为了统一全党思想，2月下旬，陈独秀在上海闸北香山路三曾里主持召开了三届二次中央执委会会议。毛泽东现在是国民党上海执行部文书科主任，和胡汉民、叶楚怆、汪精卫共事。根据陈独秀的报告，大会做《同志们在国民党工作及态度决议案》，提出，“对他们中间极腐败分子，亦宜取敬而远之的态度，须尽力避免不必要的冲突”，“我们切不可把那样的分子，欲认为他们是所谓的‘右派’”。本月16日，4位老国民党员邓泽如、冯自由、刘成禺、蔡元培被送交国民党中央委员会裁决。他们被控在党内组织小集团。这4个人不敢公开承认反对孙中山的新政策，所以矢口否认。由于孙中山和中央委员会庇护了左派，这次右派进攻被粉碎了。但大会以外，右派打算成立新的国民党。
国共合作后，孙中山、陈独秀等声望大增。3月4日，北京大学25年纪念日进行民意测验，国内大人物依次是孙中山（473票）、陈独秀（173票）、蔡元培（153票）、段祺瑞（45票）、胡适（45票）、梁启超（29票）、吴佩孚（27票）、李大钊（25票）、章太炎（10票）。
5月上旬，陈独秀和张国焘去看望刚从苏联回到上海的维经斯基。维经斯基带来了共产国际的意见，说：“中共中央的工作方针重点应放在本身组织的发展和领导工人运动上。对于国共合作，共产党员要积极支持左派，反对右派。”
维经斯基来后，中共中央执委会举行扩大会议。25位同志出席了会议，其中50%是工人。关于国民党内工作的问题引起了激烈的争论，许多工人对共产党实际上被溶化在国民党中表示反对，甚至有人主张与国民党决裂。会议通过了《关于共产党在国民党内工作问题的决议》，提出我们在国民党内的方针：“巩固国民党左翼和减杀右翼势力。”会议强调了职工运动，提出“党的最重要的职任，便是继续不断在产业的工人里有规划地创设工会的组织”。
5月21日，京师警察厅在腊库胡同16号杏坛学社内逮捕了张国焘和他的新婚妻子杨子烈。上海《申报》5月28日刊出张国焘在被捕后，每日拷打三四次之多的消息。
陈独秀和中共中央开展了抗议运动，在《向导》周报发表抗议文章，并策动众议员李国珍等19人致函内务部总长，要求开释张国焘。陈独秀本人也多次化名“实庵”给张国焘去信。
在狱中，杨子烈向敌人讨饶说：“我的丈夫张国焘因受人之愚迷而研究这种邪学说，而得像现在这种结果，我既是他的妻子是脱不了干系的。”张国焘经不住拷打，叛变后交出北京共产党负责人和骨干名单：李大钊、张昆弟、黄日葵、李骏、范体仁、高君宇、刘仁静、范鸿颉、朱务善、陈佩兰、缪伯英等。同时交出全国铁路党员领导、工人项德隆、李震瀛等71人名单。张国焘叛变后，北京风云突变。李大钊被迫避往昌黎五峰山，孙云鹏、范体仁等40多人被捕、通缉、开除。
不久，北洋军阀下海捕文书，被通缉的人中有陈独秀、李大钊、谭平山，密令各省长、都统、镇守使、护军使严速查拿，务缉归案。陈独秀不知道张国焘已叛变并出卖了同志。
第三国际执委会3月30日决定，中国共产党派4人出席共产国际“五大”（6月17日—7月8日），确定中国共产党代表是陈独秀、罗文虎（罗章龙）、琴华（李大钊）、刘齐佳（女）和彭述之。考虑李大钊安全，陈独秀决定请李大钊作中共首席代表，率代表团去苏联出席会议，另外3名代表是彭泽湘、卜士奇和刘清扬（女）。
6月14日，党、团中央共同发出通告，规定超龄团员，在3个月内加入中国共产党。4天后，张继、谢持、邹鲁、邓泽如等人向国民党中央提出反对共产党所谓“弹劾案”，接着又发表《“护党”宣言》。6月1日，孙科等人提出“制裁共产党分子案”。
事后，汪精卫对陈独秀说：“共产党以个人身份加入了国民党就应该遵守国民党的纪律，不应在国民党内开展党团活动。”张继说：“这是名符其实的党中有党。”陈独秀说：“最近一个时期，我们忙国民运动，忽略了本党自身的建设和发展。我们最近提出健全党组织，发展党员数量，提高党员质量，是因为党中工作繁多，而同志不够分配。而本党独立发展组织，正是避免与你们工作纠缠不清。
”“此事我们先提出来，以免引起不必要的误会，既然仲甫不以为然，我们也没有多说的必要。”汪精卫说话的口气很硬。
与此同时，谢持、张继、孙科也找鲍罗廷谈话，事后，孙中山下令作一个《关于党务宣言》，宣布“惟以其言论行动能否作本党之主义政纲及党章为断。如有违背者，本党必予以严重制裁，以整肃纪律。”“宣言”表示孙总理将在短期内召开一次中央执行委员会会议，详细解决这个问题。“宣言”发表后，短时间内缓和了一下国民党右派的情绪。
这次交锋后，鲍罗廷给共产国际写信：“不应当由此得出结论，像某些同志估计的那样，似乎共产党人在国民党内所面临的问题是如此尖锐，以致必须作好可能分裂的准备。”“某些同志”是指陈独秀、毛泽东、蔡和森、恽代英等人。
7月13日，陈独秀给在莫斯科的维经斯基写信：“据说，孙中山虽不会马上抛弃我们，但根本无意制止反动派对我们的攻击。为了明确‘如何在国民党中做工作’，我们给区委各地委和各独立组发出了以下通告。您的意见如何？”“通告”指近期陈独秀、毛泽东签署的中共中央第15号通告，提出“巩固我们在国民党左翼之力量，尽力排除右派势力侵入这些团体”。
陈独秀继续写道：“您急需紧急给鲍罗廷同志发一份电报，请他提供实际情况报告。我们期待你们根据他的报告制订共产国际的新政策。我们认为，对国民党的支持不能沿用以前的形式。”毛泽东与国民党上海执行部右派叶楚怆斗争已公开化。在叶楚怆的打击下，共产党在上海执行部中处于被动的地位，许多共产党员离开了上海执行部。后经反击，叶楚怆辞去《民国日报》总编辑的职务和国民党中央委员会上海局的工作。
李大钊、张太雷到莫斯科后，带去陈独秀及中央局的意见：“国共合作后，大批共产党人参加了国民党工作，共产党组织和训练工作受到削弱，党的刊物也不能按期出版。”旅莫支部常委决定，加派彭述之、陈延年、红鸿、任弼时、尹宽、郑超麟等回国。陈延年是去年春和赵世炎、陈乔年及郑起麟等人赴莫斯科，入东方劳动者共产主义大学的。陈延年走后，《少年》更名为《赤光》，由邓小平编辑。
9月，陈延年、陈乔年由海参崴到上海后，到民国路泰安旅店住了一晚，第二天和郑超麟、傅大庆、薛世纶等人一起到中央机关向陈独秀汇报工作。陈独秀和蔡和森等人商量，叫延年去广州，作团中央驻粤特派员；乔年去北京，彭述之（彼得罗夫）协助蔡和森编《向导》，任弼时去上海大学教俄语。
1924年9月7日，陈独秀给维经斯基写信，认为国民党一届二中全会“对我们是一个很大的打击……实际上，他们利用反动派施加的压力和他们的反共宣传来压制我们，目的在于把我们中国共产党置于国民党的领导之下……鲍罗廷同志不是站出来反对，而是建议他们成立所谓国际联络委员会，隶属于国民党政治委员会，并且拥有解决（国共）两党问题的全权。”陈独秀对鲍罗廷不与自己和共产党商量的做法不满，说：“请建议共产国际提醒鲍罗廷同志，同孙中山打交道必须十分谨慎，否则他还会上圈套，还要提醒他始终要同我们党进行协商。” 最后，陈独秀希望维经斯基从共产国际和红色工会国际寄7、8、9、10月份的钱来。中共“四大”要提前召开，陈独秀也“期望经过不长时间能从您那里得到一千多元钱来支付会议开支”。陈独秀知道，孙中山所以看重鲍罗廷，是因为他的皮包里有莫斯科的巨额援助。今年春，俄共（布）中央政治局托伏龙芝负责发放50万卢布、1万支步枪和一定数量的火炮资助孙中山。
10月8日，中共执委会在听取了刚回上海的瞿秋白口头报告后，作出决议，认为鲍罗廷和瞿秋白在广州对如何在国民党内做工作的问题上犯了错误。鲍、瞿错误地认为，我们应该帮助中派去哄骗右派，向中派让步，落入了中派的圈套。结果，自己的镇压反动派的决议案在会议开始时没有提出，并在国民党内部成立了干涉共产党事务的机构，等于共产国际和共产党承认，国民党有权成立调查共产党活动的机构。此外，鲍在军事政策上对国民党的帮助，实际是扩大了右派的势力。
决议最后说：“中共（中央）执委会非常不满的是，鲍罗廷同志作为共产国际代表同党的执委会联系很少，也不同它讨论决议和对国民党的态度的改变，而是单独行事。即便在这种情况下他不犯什么错误，那么这种状况也会破坏统一，破坏工作制度，这对国民革命运动来说是有害的。”
事后，宣传部干事张伯简告诉刚分来的郑超麟说：“瞿秋白在广州犯了错误，陈独秀和蔡和森要他立即回上海的。”至于具体情况，张伯简也不清楚。
隔日是国庆日，陈独秀以中共中央名义给鲍罗廷写信，请他解决经费等问题：“高尚德同志去广州带给您的国民革命运动预算是否已批准？这笔资金对于上海、吉林、湖南、浙江都很需要。如果没有这笔资金，那么这些地区的国民革命运动很快就会停止。特别是湖南和浙江的国民党党部长期欠债，每个地区3000美元，这两地区的负责人（我们的同志）已被追究债务责任（作为‘民事案件’）。我们的意见是需要还这笔债务，或由您负担，或列入新的预示……还有一件事。军校在用自己的经费为蒋介石征召兵员，并将这笔资金投放给上海的商业企业。请特别注意。”谈到黄埔军校的缺点，信上提醒鲍罗廷，“你们的资金不知他们用到何处去了……俄国的血汗（你们的资金），或许还有世界无产阶级的血汗花在这种学校上，我们认为很不值得，因为这个军校与其他任何一个军阀的学校没有什么区别。”
同一天，陈独秀以自己的名义给共产国际远东部写了一封信，说：“鲍罗廷同志从不同我们党协商，好像在中国不存在中国共产党。结果，对国民党没有采取联合行动。按照党的意见，国民党必须停止北伐，必须放弃广东政府，但鲍罗廷同志坚持另一种意见……我们希望共产国际给他提出警告。”
就在陈独秀写信告鲍罗廷状这天，发生了上海大学学生黄仁在纪念大会上听反帝反军阀演讲时被国民党右派指使的暴徒推下台事件。瞿秋白到同仁医院时，黄仁已死。也在这天，发生广州的商团反对孙中山的叛乱。10月15日，在陈延年、周恩来等领导的工团军（刘尔崧、施卜领导）、农民自卫军（阮啸仙、彭湃、徐成章领导）支持下，孙中山的部队将以“老虎队”闻名的商团部队打败，广州转危为安。
10月23日，北京政权落入冯玉祥、胡景翼、孙岳等人手中，冯玉祥发出召集会议，解决新的国家建设问题的通电。一些国民党要人希望孙逸仙北上，中共中央反对孙中山北上，国民党中派也有反对孙中山北上的，认为北上意味着抛弃国民党的宣言，意味着国民党的分裂。加拉罕和鲍罗廷认为，这是给国民党提供一个登上国民革命斗争大舞台并成为大政党的极好机会，鲍罗廷鼓励孙中山先发表宣言，然后北上。维经斯基也认为，孙中山参加天津战胜者会议，是一个进步。
11月17日，孙中山抵达上海。中共中央改变了不赞成孙中山北上的态度，发表中共中央第四次对时局宣言，支持孙文北上召开国民会议，并做了迎接孙中山的工作。随后，孙中山绕道日本去天津，他幻想建立中、日、苏俄联盟。
12月7日，维经斯基在和陈独秀交谈后给加拉罕写信。维经斯基上星期天到上海，以消除中共中央与鲍罗廷之间的误会。他写道：“请从国民党经费中拨给我们一定的数额用来为实现国共两党提出的口号开展强大的宣传运动……现在必须从国民党那里给党拨出一定数额。我们能具体做些什么呢？把《向导》周报的印数增加一到二倍……我请求为了整个这项工作给我拨1万卢布，由我负全责报账。”维经斯基希望加拉罕“尽快就经费问题给我答复……您可以分期拨出，而且可以从1万卢布中拿出一定数额给北方局来做这项工作。”
北方政局发生变化后，中共中央于12月初在北方成立了5人北方局：张国焘、李大钊、谭平山、瞿秋白、赵世炎。李大钊在苏联呆了四、五个月后，一回北京，就在邱祖胡同新寓所函集赵世炎等人开会，讨论成立北方区委事。高君宇因病重没有参加。
12月31日，孙中山抱病入京。在天津，孙中山肝病发作，E·福尔特医生诊断，病情非常严重。令孙中山失望的是，段祺瑞已经离开天津去北京，任政府首脑。在这之前，段祺瑞曾许诺在见孙中山前，不会这样做。显然，日本人邀请孙中山绕道日本是个阴谋，为段祺瑞到北京争取了时间。日本医生在北京散布谣言说孙中山活不了8天，得了多种可怕的病。
天津医疗条件不好，关于召开国民会议的宣言正热火朝天，种种原因促使孙中山到北京。孙中山到北京后，外国报纸指责他试图搞布尔什维克政变。
北方政局发生变化后，中共中央于12月初在北方成立了5人北方局：张国焘、李大钊、谭平山、瞿秋白、赵世炎。李大钊在苏联呆了四、五个月后，一回北京，就在邱祖胡同新寓所函集赵世炎等人开会，讨论成立北方区委事。高君宇因病重没有参加。
12月31日，孙中山抱病入京。在天津，孙中山肝病发作，E·福尔特医生诊断，病情非常严重。令孙中山失望的是，段祺瑞已经离开天津去北京，任政府首脑。在这之前，段祺瑞曾许诺在见孙中山前，不会这样做。显然，日本人邀请孙中山绕道日本是个阴谋，为段祺瑞到北京争取了时间。日本医生在北京散布谣言说孙中山活不了8天，得了多种可怕的病。
天津医疗条件不好，关于召开国民会议的宣言正热火朝天，种种原因促使孙中山到北京。孙中山到北京后，外国报纸指责他试图搞布尔什维克政变。
北方政局发生变化后，中共中央于12月初在北方成立了5人北方局：张国焘、李大钊、谭平山、瞿秋白、赵世炎。李大钊在苏联呆了四、五个月后，一回北京，就在邱祖胡同新寓所函集赵世炎等人开会，讨论成立北方区委事。高君宇因病重没有参加。
12月31日，孙中山抱病入京。在天津，孙中山肝病发作，E·福尔特医生诊断，病情非常严重。令孙中山失望的是，段祺瑞已经离开天津去北京，任政府首脑。在这之前，段祺瑞曾许诺在见孙中山前，不会这样做。显然，日本人邀请孙中山绕道日本是个阴谋，为段祺瑞到北京争取了时间。日本医生在北京散布谣言说孙中山活不了8天，得了多种可怕的病。
天津医疗条件不好，关于召开国民会议的宣言正热火朝天，种种原因促使孙中山到北京。孙中山到北京后，外国报纸指责他试图搞布尔什维克政变。
1925年5月上旬，鲍罗廷在前往广州的途中，在上海停留几天。他同陈独秀等人开会，留下“互不信任、不真诚、耍外交手腕”等不好的印象。在许多问题上，鲍罗廷和陈独秀、中央局有严重分歧。在将来的国民党中央委员会中的共产党人数问题，中央提出7人，鲍罗廷为了不吓跑中派和不无谓地刺激右派，主张4人；鲍罗廷希望中央应当把全部力量投向广州，陈独秀等则认为，张太雷、蔡和森、罗亦农以及其他许多负责人已被派往广州，尽了最大的可能。
离开上海当天，鲍罗廷给加拉罕拍电报：“中央落后于对时局的领导，落后于在南北方的紧急任务，这就提出了成立由两名中央委员和两名其他积极工作者组成的委员会来直接领导重点地区工作的必要性问题。中央委员会也是不很愿意这样做的。”此外，鲍罗廷反对委托中共中央办理紧急预算。鲍罗廷提出，“最好由我们自己在中央委员会紧急工作委员会和国民党左派的协助下制定……中央委员会并没有给我留下一个紧密团结、有朝气的机关印象，罢工之类的地方事件，临时把它们抛到面上，否则它就会呆在自己的小天地——租界里，事后从那里发指示。中央委员会是一个非常严肃的问题，我将从广州向您详细谈这个问题。”
5月28日，陈独秀、李立三、蔡和森、瞿秋白、恽代英等人召集中央紧急会议，讨论5月30日发动反日游行示威。5月15日，发生了日本纱厂资本家枪杀工人、共产党员顾正红事件，上海工人和资本家的矛盾白热化。陈独秀说：“在租界组织示威运动，是空泛和不切实际的，我担心没有多少群众参加，如果有三五百人参加示威，便是我们的成功。”李立三说：“我们可以下去发动，扩大社会运动势力。”恽代英说：“可以国民党名义，组织二三百人到各校演讲。”陈独秀决定去英美烟草公司等工厂。
隔日下午，2000多名示威群众行进到南京路时，遭到英巡捕开枪射击，打死11人，重伤10余人，造成“五卅”惨案。深夜，党中央在闸北横浜桥附近宝兴里的一幢旧式的两开间楼房开紧急会议。会议决定由瞿秋白、蔡和森、李立三组织行动委员会，陈独秀任指挥。为配合罢市、罢工、罢课的反帝斗争，会议决定出版《热血日报》。瞿秋白任主编，郑超麟、沈泽民、何味辛等人组成编辑委员会。
6月1日上午，陈独秀、张国焘等参加了“上海总工会成立”大会；与此同时，周恩来、陈延年的广州区委领导了省港大罢工。隔日傍晚，瞿秋白从香山路总部回到闸北华兴路56号一间客堂——《热血日报》编辑部。明天是《热血日报》创刊日，瞿秋白将陈独秀写的《发刊辞》给郑超麟，说：“明天，报纸刊出后，老头子的朋友一定会看出这篇《发刊辞》是老头子写的。”郑超麟问：“他们怎么会看出是老头子写的？”“老头子惯用的字眼，有一些同我们现在惯用的不同。”
瞿秋白解释说。如“阶级斗争”，陈独秀喜欢写成“阶级争斗”。果然，郑超麟发现，上面有类似“民族自由的争斗是一个普遍的长期的争斗”这样的句子。这年，陈独秀47岁，多年的忙碌使他明显的衰老了。因为在中央局年龄最大，所以大家背地称陈独秀“老头子”。老头子除了年龄大，还包含有当家的意思。
弄堂里还有一栋二楼二底的房子，是中央工农部的机关。陈独秀几乎每天要来这里办公。6月4日，陈独秀穿着衬衣，坐在白木长桌旁的长凳上看报，报头是瞿秋白写的。见大家兴奋，陈独秀问瞿秋白，“怎么了？”杨之华笑着说：“他说这比在大学讲台上讲课有效得多。”在瞿秋白、陈独秀等人的努力下，《热血日报》在短短的几天里销数达30000份，每天有近百篇来稿。6月下旬，《热血日报》正办得红火时，大资产阶级首先动摇，停止了罢市斗争，《热血日报》出版24期后，也被查禁。国民党右派借机攻击共产党是在发动非共产党的战争。7月初，陈独秀在《广州战争之意义》一文中，声明“共产党只以在野党的资格，在某种事
件上号召民众援助国民党政府，或在某种事件上号召民众监督国民党政府”。
7月初，维经斯基经蒙古进入中国。他在给斯科尔尼科夫信中提到“五卅”运动：“我们的中国共产党力量薄弱……党由宣传小组状态转入做群众工作时，它的种种不足总是非常突出地表现出来……至于说领袖，他们虽然也是共产党员，但都是第一次开始取得群众工作经验。”为了支持五卅运动，彼得罗夫在8月5—7日俄共中央政治局中国委员会上建议，由国际革命战士救济会为中国罢工拨款10万卢布。
8月20日，广州国民党中央党部门口，一辆轿车疾驰而来、嘎然而止。国民党左派领袖廖仲恺及夫人何香凝缓缓下车，就在这时，六七个凶徒枪声大作，一阵枪烟弹雨之后，身中4弹的廖仲恺倒在血泊中，眨眼间暴徒无影无踪……
廖仲恺被刺杀后，陈独秀感到瞿秋白、任弼时等人坚持反戴季陶是对的。夏天，戴季陶抛出《孙文主义之哲学的基础》、《国民革命与中国国民党》两本小册子，说共产党是借国民党的躯壳，发展自己的组织。戴季陶是国民党头号理论家，小册子出笼后，流传很广，尤其在黄埔军校，立即得到新老右派捧场，形成了以戴氏理论为依据的右派势力。作为反击，在这之前，瞿秋白写了系统反驳戴季陶主义的文章——《中国国民革命与戴季陶主义》。月底，陈独秀写《给戴季陶的一封信》，说：“你所写的《国民革命与中国国民党》那本小册子，错误的见解非常之多。”此信在《向导》上分两期刊完。
1925年9月上旬，从苏联回来的聂荣臻等人到达上海。负责党中央秘书处的王若飞带聂荣臻等人去见陈独秀。到了陈家，陈独秀拿出一张纸，是已经分配好的名单。他说：“你们的分配去向，已经安排好了，我们先认识一下。”按照名单上的名字，陈独秀一个一个地问了情况。陈独秀说：“你们回来好哇！一部分人到南方，一部分人到北方。到南方主要是去加强黄埔军校的工作，具体岗位，到了广东区党委再定……到北方主要是加强冯玉祥西北军里的工作。你们要参加国民革命，这个革命的性质是资产阶级民主主义革命，我们参加这个革命，使革命取得成功，就是好事情。”聂荣臻被分到南方，他想问，到黄埔以后工作怎么办？将来我们为着什么？但他发现，陈独秀不喜欢军事问题，大家谈在莫斯科学习军事的情况，他一言不发。在上海呆了一个星期，聂荣臻去广州。
五卅运动被军阀公开镇压后，工人的经济罢工也停止了。9月28日，中共中央四届二中全会开幕。陈独秀说：“五卅运动中，资产阶级暴露了只顾自己阶级利益的本性，不能与工人阶级战斗到底。戴季陶主义和国民党右派的进攻，表明中国资产阶级分化明显……”会议在形成决议文件时，没有点名地批判了陈独秀等人的观点：“最近中国无产阶级及共产党在国民革命运动中的地位，尤其是在中部及北部，使国民党中的资产阶级代表发生相当的反动，他们觉着了革命的无产阶级力量，赶紧提出阶级妥协的口号。假使认为这种现象，已经是中国共产党与资产阶级民主主义的国民党脱离关系之时，那就是一种很大的错误。”参加会议的维经斯基承认，包括他在内的远东部以及陈独秀等人低估了农民对于中国现阶段革命运动的作用。但维经斯基意识到，如果我们不提出直至没收土地的更激进的要求，就不能把农民吸引到革命方面来。
就在四届二中全会开幕这天，共产国际执委会给中共中央的指示草案：党团不应发号施令；共产党不应要求必须由自己的党员担任国家和军队的领导职位。早在8月21日，共产国际执委会东方部作出关于中国共产党军事工作的指示草案，提出了上述意见。瓦西里耶夫在9月21日给季诺维也夫信中，建议共产党放弃领导权：“党团无论如何不应发号施令。共产党不应当要求一定由自己的党员担任国家和军队的一切领导职位，相反，它应当竭力广泛吸引不是共产党员的国民党员参加负责工作。”
与此同时，莫斯科加大了对国民党的财政支持。9月23日俄共中央政治局中国委员会通过革命军事委员会制定的总额为1374896卢布28戈比的预示案，以资助学校、新建部队包括冯玉祥的部队。夏天，伏龙芝签名的俄共中央政治局中国委员会将这年10月1日前的中国军政工作开支预示确定为765734卢布和231226美元，以支持派遣人员、黄埔军校、师团组建、冯玉祥部队等。莫斯科为什么给国民党财政支持呢？斯莫连采夫在关于向人民军和广州提供物质支援计划的说明里说：“将财政集中在政府手中，广州政府则能够偿还我们的债务。”
东方部负责人瓦西里耶夫担心陈独秀等人争取领导权，于10月2日四届二中全会闭幕后这天，从莫斯科给维经斯基写信，要他明确告诉共产党和陈独秀，放弃做领导的努力，否则，共产党不会放弃争取领导权的。会议闭幕后，陈独秀等回到上海，维经斯基留在北京，他和陈独秀的联系，是一周几次发电报指示。事后，瓦西里耶夫给季诺维也夫写信说，他对中国共产党争取领导权的错误政治方针的担心是合乎实际的。由于维经斯基已经看到了这点，所以问题不大了。但瓦西里耶夫不同意维经斯基指责东方部忘记了农民。
11月上旬的一天，到上海的胡适与陈独秀闲聊。谈到年初胡适参加“善后会议”
的事，胡适说：“我是利用和平会议解决南北纷争，非要和你站在一边就对么？
”“适之，你连帝国主义都不承认吗？”陈独秀睁大眼睛说，“段祺瑞有日本帝国主义给他撑腰。”“仲甫！哪有帝国主义！哪有帝国主义！”胡适生气地说。
汪原放见他们认真，忙站起来倒水，说：“喝点水消消火。”陈独秀近来脾气躁，是因为高君曼和他闹得不愉快，赌气到南京去了。
隔日，汪孟邹对陈独秀说：“高君曼到上海来了。”“哦？”陈独秀迟疑了一下，问：“她什么时候再去你那里，我想见见她。”“不知道。她说这几日还要来。”汪孟邹说。晚上8点，陈独秀又来到五马路，问：“她来了没有。”汪原放说：“没有。”陈独秀坐了一下，怏怏而去。
第二天，高君曼到亚东来了。“仲叔昨晚来想见你。”汪原放说。汪孟邹叫高君曼进屋坐。“不坐了。”高君曼站在门栏边说。“还好吧？”汪孟邹见她不坐，一旁站着陪她说话。“不好。今天去看病，医生说我得了肺病，穷人得了富人的病了。”高君曼苦着脸笑了一下，她的脸苍白，人很瘦弱。“不去南京不行么？
”汪原放同情地问。“到南京是为了省一点生活费。在上海，我还有百十来元生活费；到南京，他只寄给我50元，太少了。这不是明明要逼我上死路吗？”高君曼说着，眼泪已流了下来。汪孟邹问：“在南京住哪里？”“哪有什么好地方住，就一间草屋，几件破家具，和叫化一样。”说着，高君曼揩了一把泪。
12月初，陈独秀和胡适二人在亚东图书馆谈到烧北京《晨报》馆的事，争了起来。“仲甫，这次火烧《晨报》，也符合你的争自由主张吗？”胡适说。“你以为《晨报》不该烧吗？”陈独秀反问他。“你以为该烧？”胡适睁圆的眼睛在镜片后面闪着光，他有些震怒地说，“仲甫，以前你脑子里还有一点容忍异己的东西，这样下去，这个社会怕要变得更残忍更惨酷了。”“适之，你也该吸取教训了。你说我们讲三民主义是名词运动，劝学生有秩序的运动，今天又叫我容忍。正因为社会残酷了，才逼出我们不容忍。章行严以乱罪抓共产党容忍了么？五卅运动他们容忍了么？把我关进大牢，他们容忍了么？”陈独秀提高了声音。
回到北京，胡适给陈独秀写了一封信，说：记得1919年你被拘时，署名营救的有桐城派马通伯与姚叔节。那晚在桃李园请客的时候，我心中是多么高兴啊。时至今日，不过六七年，情况发生了大变化，不容忍的空气充满了国中。胡适还讽刺说：“我这回出京两个多月，一路上饱读你的同党少年丑诋我的言论，真开了不少的眼界。”这“同党少年”包括瞿秋白。
12月1日国民革命军第二军司令部办刊物《革命》月刊第四期发表了毛泽东的《中国社会各阶级的分析》一文。就要任广州国民党中宣部代行部长职务的毛泽东写道：“中国革命亘30年而成效甚少，并不是目的错，完全是策略错。所谓策略错，就是不能团结真正的朋友，以攻击真正的敌人。”毛泽东将这篇无意中与维经斯基指责东方部忘记了农民是一致的文章，给《向导》发表时，遭到了陈独秀的拒绝。他认为这篇文章发表出来容易混乱我们同志的思想，也会引起国民党的误解。10多年后，毛泽东于1936年对斯诺说：“大致在这个时候，我开始不同意陈独秀的右倾机会主义政策。我们逐渐分道扬镳了……”
1925年12月中旬，张国焘绕道香港到广州出席国民党“二大”。陈独秀关照张国焘多做些说服代表的工作。 瞿秋白因肺病加重，咯血，没有出席。
张国焘到广州后，立即召集出席国民党“二大”的共产党的代表开会，有毛泽东、周恩来、吴玉章、陈延年、聂荣臻、萧楚女、董必武、林伯渠、恽代英、张太雷等人。张国焘宣读了陈独秀的信，其中说：现在革命处于低潮，因此统一战线上应采取让步政策，要把国民党的各方面人物都包括进国民党中央委员会中去。
陈延年说：“信上居然点名要把戴季陶、孙科这样的右派人物选进中央委员会，这不是妥协退让吗?”陈独秀的意见和广东区委意见差距很大。出席“二大”的代表278人，共产党和国民党左派有168人，中派有65人，占了绝大多数，右派仅45人，这是孤立右派的极好机会。见许多人支持陈延年的意见，张国焘说：“这是中央局根据形势分析做出的必要的策略，现在不能修改，而是要执行。”为了说服会议代表，张国焘亮出底牌，披露了陈独秀等人最近在上海苏联领事馆与孙科、叶楚怆、邵元冲达成的协议：共产党不包办国民党，在国民党“二大”上，共产党员在国民党领导机构中不会超过三分之一。
会场上出现了一阵不满的声音：“这是要不得的安抚政策。”“应该根据广东真实情况修改决定。”毛泽东、董必武、恽代英、吴玉章联合国民党左派势力，没有完全执行张国焘、陈独秀等人的退让政策。在他们的努力下，会议开除了“西山会议派”邹鲁、谢持等人的党籍，给林森书面警告，戴季陶反省检查。由于陈独秀的中央局的退让政策，大会选举的36名中央委员中，仅7人是共产党代表：毛泽东、吴玉章、李大钊、董必武、恽代英、杨匏庵等。代表不满选举结果，张国焘匆匆乘火车离开广州，回到上海。
一回到上海，张国焘急忙去环龙路铭德里2号，发现陈家大门上了锁。连问了几个邻居，都说已有几日没有看到陈先生了。张国焘去中央秘书处碰到了秘书任作民。任作民说：“陈先生说要有几天不来办公。”张国焘问：“有多少天了?”任作民说：“时间不长。”
过了几天，还是不见陈独秀。“老头子如果要做官，可以做很大的官，想不到今天落得这样下场。”张国焘的声音有些呜咽了。张作霖与吴佩孚打败冯玉祥部后，准备直接向广东革命根据地发动进攻，并挑拨国共两党关系。上海反动势力也十分嚣张，12月中旬杀害上海总工会代委员长刘华，并全力搜索中共中央机关。
国际来电主张中央迁移。张国焘怀疑反动派将老头子秘密处死了。
任作民去亚东图书馆问汪孟邹，汪说：“朱蕴山、薛卓汉从广州来，仲甫还来坐了一会。这一段仲甫情绪不好。前一阵子，仲甫和太太闹得很凶，已提出离婚，我劝了几回，才答应不离，陈太太已和两个孩子回南京过去了。”“会不会一同去了南京?”“我看不会，他们闹得很凶，上次汇250元到南京，都叫我帮他汇。
高君曼拿报上别人骂他的话骂陈独秀，仲甫很生气，两人感情怕真是没有了。”
任作民说：“说得也对，仲甫去南京也会和我们说一声吧。” 蔡和森、瞿秋白、彭述之等人商量，此事非同小可，也有可能是国民党右派分子陷害。任作民便在《民国日报》刊出“寻人启事”。因为陈独秀失踪，中央决定2月21日在北京召开特别会议。李大钊、陈延年、任弼时、瞿秋白、谭平山、任弼时等人出席。任弼时当时已买好船票，准备离沪回家过年，这时接到要他去北京开会的通知。陈延年在广州也感到蹊跷：怎么近来不见老头子写文章了？
会议开始后，即收到陈独秀由上海来电，说：“已经能扶病视事。”陈独秀失踪之谜才算解开，大家松了一口气。原来，陈独秀这期间生病，身旁有一个女护士施芝英服侍。高君曼去南京后，陈独秀不奈寂寞，和安徽人、25岁的施芝英同居了。他不愿意别人知道此事，对任作民说近几天不到办公处来。他自己也没有想到得的是伤寒病，加上有一个自己喜欢的女人成天陪伴着，也没有想许多。任作民“寻人启事”出来后，陈独秀知道不妙，赶紧露面，与任作民联系。
任作民见陈独秀来了，大大松了一口气，他递了一张《醒狮周报》、一张《民国日报》给陈独秀看，说：“你再不出来，我们都打算替你开追悼会了。”陈独秀拿了几样文件和书信，用纸包起来夹在胳膊下面，临走将自己的新地址告诉了任作民，说：“这个地址就告诉你一个人，有事你去通知我。”
2月底，瞿秋白等人回到上海，向陈独秀汇报会议情况。2月会议上，中央根据共产国际指示，决定成立军事委员会。此外，会议提出将党中央迁出上海，但往哪里迁，意见不一致，多数人主张迁往北京，也有主张移往广州。最后决定议而不决，请陈独秀最后确定。陈独秀说：“我认为中央放在上海比放在北京、广州有利。上海是无产阶级集中的地区，上海的通信联络设备也占优势。”陈独秀与施女士往来，瞿秋白已有耳闻。此时见陈独秀不愿离开上海，可能还包含一些不好明说的因素，不好多说。
第二天，苏共中央委员、红军政治部主任布勃洛夫(化名伊万洛夫斯基)率“苏俄观察团”到上海。布勃洛夫到陈独秀寓所，见陈居室简陋，说：“我在国内听说陈先生家很富有?”陈独秀笑着说：“我的叔父曾经很有钱，但那不是我的钱。我的财富便是这些书。”
不久，北京发生了“三·一八”惨案，广州发生了“三·二○”事件，证明了陈独秀将中央局留在上海是对的。