1915年初夏，陈独秀回到上海，住法租界嵩山路吉谊里21号。
隔日，陈独秀和汪孟邹谈到新办杂志事，汪孟邹说：“亚东图书馆已经担负了几家杂志发行任务，怕无力再接受新的任务。我有两位朋友，是弟兄俩，叫陈子沛、陈子寿，开了一家群益书社。不如明天我同他们谈谈，看看他们能否承担发行”。陈独秀说：“那就试试吧。”
第二天，汪孟邹带陈独秀到了群益书社。陈氏兄弟表示愿意承担新杂志发行工作。但提出每期编辑费、稿费只能定在200元。陈独秀说：“200元就200元吧。”
一日，陈独秀到搬到上海的《甲寅》编辑部闲坐。章士钊拿出李大钊《厌世心与自觉心》一文说：“你的那篇《爱国心与自觉心》引出来的风波还没有了结，守常这篇文章颇有见解，我打算用在《甲寅》一卷八号上。”李大钊说陈独秀“义中厌世之辞，嫌自泰多，自觉之义，嫌其泰少”，劝陈独秀“奋生花之笔，扬木铎之声”，“不要自迫于消极之宿命论”。陈独秀频频点头：“近日我在筹办新杂志，正合守常‘奋生花之笔，扬木铎之声’之说。至于宿命论，肚子一填饱，早已丢到爪洼国去了。”
9月15日，16开本的《青年》杂志月刊第一期问世，开始发行仅千册。陈独秀对汪孟邹和陈氏兄弟说：“开始有千册就不错了。有十年八年功夫，《青年》杂志一定有很大影响。”在创刊号上，陈独秀发表了《敬告青年》(发刊词)，提出科学与人权“若舟车之有两轮焉”，举起了科学和民主两面大旗。为避免文字狱，陈独秀提出办杂志的宗旨：改造青年之思想，辅导青年之修养。“批时评政，非其旨也”。
《青年》杂志创刊号刊出后，汪孟邹对陈独秀说，“我有位在美国纽约哥伦比亚大学学哲学的老乡，此翁聪明好学，小说文论俱佳。”“你是说胡适么?”陈独秀冲口而出。“你怎么知道?”汪孟邹感到奇怪。“《甲寅》在日本曾收到一位留美青年的信，提出输入外国文明，要有明达君子的赞助。我印象极深，想不到竟是你的老乡。”陈独秀边说边找出几本《青年》杂志，要汪孟邹寄给胡适：“代我向他约稿，言语写恳切些。”
回到四马路惠福里亚东图书馆，汪孟邹给胡适去信说：“今日邮呈群益出版青年杂志一册，乃炼友人皖城陈独秀君主撰，与秋桐亦是深交，曾为文载于甲寅者也；拟请吾兄于梭课之暇担任青年撰述，或论文，或小说戏曲均所欢迎。每期多因更佳，至少亦有一种。”信中所说“炼”，即汪孟邹自称，“秋桐”指章士钊。
此后每新出一期，陈独秀都要问汪孟邹：“你的美国老乡有消息吗?”汪孟邹给胡适写信说：“陈君望吾兄来文甚于望岁，见面时即问吾兄有文来否，故不得不为再三转达。每期不过一篇，且短篇亦无不可，务求拨冗为之，以增该杂志光宠，至祷，至祷。否则，陈君见面必问，炼穷于应付也。”
1916年2月3日，胡适第一次给陈独秀写了一封信。绩溪同乡汪孟邹几次来信，约他给《青年》杂志写稿。看了《青年》杂志上的陈君文章，胡适觉得这位安徽老乡在文学革命上有不少和自己相通之处，可谓神交。今日冒出文学改良的新思想，也急需找到新的知音。胡适给陈独秀的信中，提出“今日欲为祖国造此文学，宜从输入欧西名著入手，使国中人士有所取法，有所观摩，然后乃有自己创造之新文学可也”。
收到胡适信，陈独秀高兴地对汪孟邹说：“适之第一次来信，就提出改造新文学的意见，使人耳目一新。”汪孟邹也高兴，给胡适写信说：“陈君盼吾兄文字有如大旱之望云霓，来函云新年中当有见赐，何以至今仍然寂寂，务请吾兄陆续撰寄。”
1916年初春的一日，阳光明媚，东风送暖，东京郊外高田村一间简陋民房“月印精舍”门前池塘厚厚的冰块终于化去了。受着国内反袁斗争形势的鼓舞和陈独秀《青年》杂志的感染，李大钊满怀激情写下了热情洋溢的充满革命者活力的《青春》一文。“春日载阳，东风解冻。远从瀛岛，反顾祖邦。肃杀郁塞之象，一变而为清和明媚之象矣……”文章结尾，李大钊纵笔放歌，发出内心的呼唤：“以青春之我，创建青春之家庭，青春之国家，青春之民族，青春之人类，青春之地球，青春之宇宙。”
“守常其文如其人啊！”接到李大钊寄来的《青春》，陈独秀一气读完，深深为李大钊浩然正气所触动。“才不如识，识不如德。”此时他才体会到章士钊评价李大钊的话恰如其分。
就在这时，发生了一件叫陈独秀头痛的事。因为嫉妒《青年》杂志的影响，上海青年会气冲冲地写了一封信到群益书社，指责《青年》杂志和他们的《上海青年》杂志雷同，奉劝《青年杂志》及早更名。上海青年会态度硬，陈子沛、陈子寿胆子小，陈独秀执拗了几个月，没有办法，只好同意改名。9月复刊吧，《青年杂志》到9月正好一周年。
夏历三伏，是一年中最热的日子，上海法租界嵩山路南口吉谊里21号陈独秀寓所，主人正一手挥扇，一手执笔，加紧编排更名后的《青年》杂志2卷1号，新杂志取名《新青年》。陈独秀对来访的汪孟邹说：“新青年旧青年间有绝对鸿沟。我主张新青年要身体强壮，斩尽做官发财思想，自力创造幸福，不以个人幸福损害国家社会。”汪孟邹说：“你把延年、乔年放到外边，大约是这个思想的实验吧?”陈独秀点头说：“他们补习法语，不是坏事。我向来主张靠自己力量创造前途。”去年夏天，陈独秀带信到安庆，叫在全皖中学读书的延年带弟弟乔年到上海。这时，家中还有女儿玉莹及小儿子松年，生活来源主要靠昔凡留下来的一点店面、田产租金。延年、乔年刚到上海时和父亲、姨妈住一起，后来延年到法国巡捕房附设的法语学校学习法语，半工半读，弟兄俩便搬出来独居，自闯人生。
听到讲延年、乔年，高君曼对汪孟邹说：“我留他们弟兄俩住家里，老的不同意，小的不愿意。传出去，都是我不好。”“没有的事，延年、乔年人小志气高，现在学了法文，将来可去法国留学，是件好事，是件好事。”汪孟邹安慰高君曼说。
高君曼不忍心，几次在陈独秀面前嘀咕：“还是让孩子回来住吧，怪可怜的。再说，人家怎么说我呀？”陈独秀不耐烦地说：“让他们吃点苦，没有错。你这样做是姑息养奸呐。”
《新青年》在国内有发行处74处，国外已发行到新加坡，陈独秀计划撮合“亚东”和“群益”两书店，合并成一家。他决定和汪孟邹去北京集资招股。
8月21日，胡适翻看去年的1卷3号《青年》杂志，见陈独秀称赞谢无量长律为“希世之音”，称为“子云、相如而后，仅为斯篇”，觉得陈独秀也太夸张其词了。
陈独秀提出废除古典主义，而谢无量长律少说也有100处用古典套语。而且用得不当！不对！不工！不过押韵罢了，在长律中只能算得上下品。不要说子云、相如，就是元白柳刘，又哪里能比呢？他在给陈独秀的信里，谈到了最近思考的文学革命八事。文学革命必须要8个条件，即不用典、不用陈套语、不讲对仗、不避俗字俗语、须讲求文法、不作无病呻吟、不摹仿古人、须言之有物。这8个条件，也是自己以前提到的文言文三大病的补充。在美国的朋友反对自己的活文学的实验，胡适希望在国内找到支持者。
信发出不久，胡适收到陈独秀8月13日的来信，可谓心有灵犀，去信和来信在路上撞车了。自己信中的几个问题，陈独秀都提到了：《决斗》译文将在《青年》杂志2卷1号刊出，他要自己利用功课之暇，为《新青年》多译短篇名著如《决斗》者，以为改良文学之先导。
1916年10月1日，《新青年》2卷2号出版。康有为9月20日发表致总统总理书，主张“以孔子为大教，纳入宪法”。陈独秀则主张学习西洋文明，“不必远道乞灵于孔教”。陈独秀没有意识到，他已吹起了打倒孔家店的进军号角。
另一件使陈独秀得意的事是，他第一次发表了大洋彼岸胡适几个月前寄来的信，尽管这位未见面的朋友，对他在1卷3号谢无量长诗前写的按语不以为然，字里行间流露了不屑一顾诸子的神气。陈独秀和谢1904年就在一起办《国民日日报》，胡适当然不知道这层关系。但胡适在信中提出了文学革命的八不主义，眼光敏锐，令陈独秀嗟哦半日。胡适在信中称赞陈独秀“洞悉世界文学之趋势，又有文学改革之宏愿，故敢贡其一得之急”，这几句话，更使陈独秀心里乐悠悠的。细读胡适的八不主义，除第五条讲文法之结构，第八条讲言之有物，陈独秀感到不甚理解外，其余几条，陈独秀视之为中国文学界的雷声。
胡适的名字由此风靡学界，这也是陈独秀、胡适本人始料不及的。
10月5日，陈独秀给胡适写信，希望他作写实文学，切实作一改良文学论文。这一期《新青年》刊出胡适小说译作《决斗》，但校对失误不少。陈独秀说：“下次来文当亲为校对，以赎前愆。”
11月28日，陈独秀和汪孟邹住进北京前门中西旅馆64号。一天，陈独秀在琉璃厂附近遇到在北大教书的沈尹默(沈君默)，两人喜出望外。分手后，沈尹默在北京医专校长汤尔和面前推荐陈独秀，说：“如见蔡校长，可引荐陈君。”汤尔和早就认识陈独秀，光绪廿八年冬，他们在日本一起发起成立了“青年会”。
事后，汤尔和对蔡元培说：“文科学长如未定，可请陈仲甫。”蔡元培翻了翻沈尹默留给汤尔和的《新青年》，说：“陈仲甫，知道。日俄战争时，我在上海编《警钟》日报，刘申叔告诉我，陈仲甫一个人坚持在芜湖办《安徽俗话报》。”
二次革命失败后，蔡元培偕夫人黄振玉赴法，一去三年，因此没有看到《新青年》。翻了翻《新青年》，蔡元培决定聘陈独秀。12月26日上午，陈独秀起床开门，发现蔡元培端坐在门外的凳子上等候，大吃一惊。头天晚上，陈独秀和汪孟邹出门看戏，回来迟了，早上贪睡了一会，想不到让这位老翰林久等了。“蔡先生德高望重，怎敢屈你大驾光临？”陈独秀满面笑容，急忙将蔡元培引入室内。蔡元培50岁，和十几年前在上海组织暗杀团相比，明显老多了。但乌黑的分头，精巧的金丝眼镜，浅浅的山羊胡子，除了保留了当年朴实敦厚之外，又增添了学者深邃智慧的风度。
谈了一会分别后的情形，蔡元培说：“我初到北大，急需一班积学而热心的学者名流到北大，以改造校风，推进学术研究，不知仲甫可有此意？”陈独秀说：“蔡校长登门谒贤，令人感动。前日沈尹默见到我，也提到此事。从前我在安徽公学、安徽师范学校任教，却没有到名牌校园任过教授，怕难以胜任。”“仲甫客气。我想请你任文科学长，有你这些思想，足可胜任。”蔡元培目视了一下桌上的《新青年》说。
陈独秀犹豫地说：“因为要办《新青年》，上海那一头恐怕走不开。”“没关系，把杂志带到学校里办好了。”蔡元培劝道：“北大要聘一大批名流学者，正可帮你编杂志呢。”陈独秀不好推辞了。能到名牌大学任文科学长，月薪300元，对陈独秀也有吸引力。
听说北大要聘一大批名流学者，陈独秀说：“我有一位朋友留学美国，是个哲学博士，此翁年龄比我小，学识不薄，诗书文论俱佳，能有他任文科学长最好。”
见陈独秀提胡适，在一旁的汪孟邹笑容满面，连连点头。蔡元培沉吟了一下，说：“仲甫推荐的人才，想必不差，不妨请仲甫代劳，替我写一封求贤信，言辞写恳切些。若不当学长，文学教授、哲学教授请他任选，你看如何？”听得出，蔡元培还是希望陈独秀任文科学长，同时也聘胡适。
陈独秀点头说：“我一回上海，就给他去信。”蔡元培说：“我这头近日就给教育部呈文，相信不日就能批下呈文，莫让我在北京久盼。”现任教育部长范源濂当年是蔡元培的部下。民国元年，蔡元培任唐绍仪内阁教育总长，范源濂任教育次长。陈独秀说：“我对文科学长之任，决而未下，能否胜任，实在是个问号，能否试行3个月，那时再作决定？”“仲甫过虑，就依你的主意，该行了吧。”陈独秀不好再说什么了。
蔡元培因为要去中央公园参加信教自由会的会议，告辞了。送走蔡元培，汪孟邹问：“真的来？”“来！和这位翰林共事，令人愉快。再说，我在北京有利于书局向北方发展。”陈独秀情绪亢奋，眉飞色舞地安慰汪孟邹。“孑民把适之也聘了，这事你还要谢我呢。”“那也是。”提到蔡元培聘胡适，汪孟邹露出了笑脸。“我看蔡先生很平易近人，一定好处的。”这次北上，书局招股十余万元，南方认股数万元，加上“亚东”、“群益”旧有财产，共有30余万资金，因此书局成立在望，也不负汪孟邹此行。
1917年新年伊始，从北京回到上海的陈独秀收到胡适《文学改良刍议》一文。胡适写道：“此八事皆文学上根本问题，一一有研究之价值，故草成此论，以为海外留心此问题作一草案。”陈独秀一口气读下来，快慰无比。以前他和人议论施耐庵、曹雪芹的价值，远远高于散文家归有光、姚鼐，别人总是疑惑不解。想不到胡适也是这个观点，陈独秀乐不可支。
编好《文学改良刍议》，陈独秀兴冲冲地加了读后感：“白话文学，将为中国文学之正宗，余亦笃信而渴望之。吾生倘见其成，则大幸也！”又趁兴给胡适去信说：“蔡孑民先生已接北京总长之任，力约弟为文科学长，弟荐足下以代，此时无人，弟暂充之。”
来自四川成都的吴虞(又陵)的文章和信，也使陈独秀喜出望外。当年，陈独秀帮章士钊编《甲寅》，曾编过吴虞寄来的《辛亥杂诗》。吴虞在给陈独秀的信中抱怨说，他“写了一些非孔非庄的文章，成都不愿刊登”。陈独秀正缺别的刊物不敢登的文章。他写信希望吴虞“将所写文章全部寄来，分载《新青年》和《甲寅》，以嘉惠后学”。
住在峨眉山下的吴虞和潘力山谈起陈独秀来信，潘说：“陈独秀，我知道，大约40来岁，安徽人。辛亥革命前，喜欢读《易经》，写一手好小篆。在杭州作了不少游山玩水的诗。辛亥革命后，到处讲学，个性发生了很大变化。”吴虞将潘力山的话写进了当天的日记。
编《新青年》2卷5号时，陈独秀收入了《蔡孑民先生在信教自由会之演说》一文。这是去年12月26日蔡元培的演说。陈独秀记得，这天正是蔡公去旅社看他的日子。
高君曼听说陈独秀要到北京大学任文科学长，十分高兴。北京可是她的母校所在地呀。惟独把延年、乔年丢在上海，高君曼有些不自在。近一年时间，延年兄弟俩在外自谋生活，边打工边学习，晚上住《新青年》社编辑部，经常蓬头垢面，主餐是大烧饼，渴了喝自来水。但兄弟俩有骨气，从来不伸手找父亲要钱，陈独秀也顾不上他们。
一日，邻居潘赞化来坐。碰巧陈独秀不在家，高君曼说起陈独秀不让延年兄弟回家住的事，眼泪就掉下来了：“仲甫脾气倔，不听我的话，已有几次和我争翻了脸。”后来，潘赞化和陈独秀谈延年、乔年的事，陈独秀说：“高君曼是妇人之见，你不要和她一般见识。现在看起来是关心他们，其实是害了他们。社会这样险恶，从小不吃点苦，长大能干什么事?”潘赞化见不是路子，忙说别的去了。
上北京之前，陈独秀关照汪孟邹，每月从《新青年》发行费中拿出十几元补贴延年、乔年。汪孟邹连忙答应了，说：“应该!应该!小弟兄俩怪可怜的。高君曼有怜悯之心，堪称女中之杰。”邻居岳相如过来贺喜。陈独秀说：“能干就干下去，不能干，3个月后还回来。”
1917年1月4日，蔡元培到北大任校长，接替胡仁源。1月11日，蔡元培起草致教育部函：“请派陈独秀为北京大学文科学长”，并附了陈独秀履历表。隔日，教育部以函字13号送达北京大学：“贵校函开安徽高等学校校长陈独秀品学兼优堪胜文科学长之任……当经本部核准在案，除令行外，相就函复。”
1月13日，北大校园里一群人在围看蔡校长任职后的第三张告示：“本校文科学长夏锡祺已辞职，兹奉部令派陈独秀为本校文科学长。”校园里一时议论纷纷，赞同与贬斥沸沸扬扬。反对陈独秀任文科学长的是桐城派的古文家以及章太炎一派弟子黄侃、马裕藻等人。陈独秀鼓吹打倒孔家店，主张白话文运动，桐城派的古文家视之为同乡中的叛逆。黄侃等人主张晋宋文风，但其音韵考据之学，同样因袭古人，同属《新青年》扫荡范围。他们认为陈独秀只会写一些笔记性文章，不配在高等学府任教授，不能胜任文科学长一职。黄侃、马裕藻等人不愿在陈独秀任下执教，除了陈君激进外，还有对前任夏锡祺的感情因素。黄侃不容陈独秀，还有一个陈年老账。黄侃即当年陈独秀在日本《民报》馆无意中得罪的湖北人黄季刚。
支持陈独秀的教授主要是沈尹默及安徽籍的同乡。他们提出安徽自戴震(戴东原)之后，安徽人士研究文字学已成传统，在这些人士中，陈独秀对训诂研究造诣甚高，写过《字义类列》。于是蔡元培说：“陈独秀先生精通训诂音韵，有著作，能胜任文科学长一职。”
风波平息下去后，陈独秀携高君曼及子美、喜子住北京市箭杆胡同9号(今20号)。
《新青年》编辑部同时搬到北京。
1917年1月底，陈独秀忙着编《新青年》2卷6号。作为文学革命倡导者，在急先锋胡适写出《文学改良刍议》一文后，自己必须表明态度，树起大旗。他写《文学革命论》道：“余甘冒全国学究之敌，高张‘文学革命军’大旗，以为吾友之声援。旗上大书特书吾革命军三大主义，曰，推翻雕琢的阿谀的贵族文学，建设平易的抒情的国民文学；曰，推倒陈腐的铺张的古典文学，建设新鲜的立诚的写实文学；曰，推倒迂晦的艰涩的山林文学，建设明的通俗的社会文学。”结尾，他宣称“予愿拖四十二生的大炮，为之前驱!”
4月9日早上，在纽约正杀青博士论文的胡适收到了《新青年》2卷6号。他发现陈独秀在该期发表了响应自己的文章，支持文学革命，特别快活，回信表示“均极赞同”。胡适对钱玄同的通信很感兴趣，只是觉得这位未见面的大教授火气太盛。
不久，在湖南长沙师范学校读书的毛泽东看到《新青年》3卷2号登出了他写的《体育之研究》（署名“二十八划生”），不禁喜出望外。该文是请去北大任教的杨昌济先生转给陈独秀的。傍晚，毛泽东、张昆弟在湘江游泳后到蔡和森家坐。
毛泽东感慨道：“前之谭嗣同，今之陈独秀，其人者魄力雄大，诚非今日俗说所可比拟。”以前，毛泽东喜欢读康有为和梁启超的文章，现在他喜欢读陈独秀和胡适的文章。
季春一日，古典音韵学教授钱玄同来陈独秀家坐。陈独秀拿出刚收到的胡适信给他看，钱玄同说：“胡先生驳林琴南，我很赞成，划分文学时期，以宋元为一时期，我却不敢苟合。”“我主张建安为古代期，建安到唐为中古期，唐宋为近代期。”陈独秀认为中国的文学一变于魏，二变于唐。“唐宋放在一起，比宋元放在一起似更有理。”钱玄同表示赞同。
5月9日，胡适收到《新青年》3卷1号，通信栏中有钱玄同的信，是针对自己的《文学改良刍议》的。钱玄同很赏识胡适关于称谓、骈散文、文法等问题的论述，但胡适文章中也有不恰当的地方。譬如，用典一段所举5例不恰当，所举江君二典不确切等。
第二天，胡适写《再寄陈独秀答钱玄同》，对钱玄同的一些提法提出商榷，如钱玄同说《聊斋志异》“全篇不通”；将《西游记》和《封神传》相提并论，不应在文学上有一席地位；《七侠五义》是诲盗的书；抬高《说岳》，与《三国演义》相提并论等。
立秋后，天气凉爽多了。一天晚上，戴着眼镜、理着平头的钱玄同咚咚咚敲响了S会馆的大门。白底黑字的门匾悬在门庭的上方，门前的狗跟在他后面叫，使他心狂跳了几下。60多岁的长班齐“老太爷”因吸鸦片,已很瘦弱,他慢慢吞吞地开了门,见是大先生的客人,一边喝退吠叫的狗，一边侧过身让钱玄同进来了。穿过会馆南部的前院，绕过仰蕺堂的南墙,经过月亮形的门，便进了鲁迅住的补树书屋院内。补树书屋风门朝西，南偏室木窗前有一棵大槐树。这里曾有一位姨太太吊死，没人敢住，鲁迅不怕鬼，喜欢这里清静，蚊子又少，便于去年夏天从“藤花馆”搬了进来。
脱去长衫，放下手上的大皮夹，钱玄同接过鲁迅递过来的蒲扇，用力扇了几下：“豫才，老抄古碑有什么用？”说话时钱玄同扫视了一下房间，和上次来时一样，南墙壁下的书桌上，有几本金石拓本，堂间的书架和方桌上也堆满了这些东西。“没什么用。”坐在藤椅上的鲁迅点了一支烟，歪着头看钱玄同翻他的古碑抄本，他不知道钱玄同什么用意。周树人走路有点外八字，喜欢穿着黑色旧布长袍,前额方正,眉骨突出,上髭留着浓密短须。“那么，你抄它是什么意思？”钱玄同放下手中的抄本。“没有什么意思。”“我看你可以做点文章。”钱玄同说。鲁迅突然想到，钱玄同和陈独秀几个人在办《新青年》，正到处寻找友军，似乎这个刊物还无大的影响，没有赞同者，也没有反对者，大约寂寞了，于是说：“你们把要闷死的人从熟睡中喊醒，对得起他们么？”“或许，从梦中醒来，不至于死呢？你不能说他们决没有生的希望。”钱玄同说。鲁迅也知道明日总是有希望的，答应钱玄同做篇小说。
1917年9月10日，胡适到北京。他是7月10日回到上海的，为了和陈独秀见面，在上海住了12天，然后回家乡绩溪。今天本来是北大开学的日子，由于张勋复辟，推迟了。当天下午，胡适去北大拜访蔡元培，没有人。幸好陈独秀在家，两人高兴地谈了一下午。
一天，胡适和刘半农在北大河散步。北大周围的风景，就是三院的河可看。皇城边的河，居民太多，乱糟糟的。什刹海在后门外，虽然可看，太远。北海可看，可惜还没有开放呢！胡适说：“不知道为什么，独秀近来颇不起劲。”刘半农抓了抓头皮，说：“我也不知是何道理？”
胡适到北大后，陈独秀和胡适、钱玄同商量，想把《新青年》办成同人刊物。陈独秀说：“我现在忙着文科学制改革，一个人办《新青年》，着实忙不过来。”
钱玄同立即表示赞同：“众人拾柴火焰高，办同人刊物好，现在适之来了，守常、半农来了，加上尹默、一涵、豫才、启明，光北大就有七八个同人了。”胡适12月16日要回家乡完婚，近来喜气洋洋的，他说：“文学革命不是一个人的事，有大家齐心协力，我们把火再烧旺些。”
1918年年初，陈独秀在北大召集李大钊，刘半农、钱玄同、沈尹默、鲁迅、周作人等同人开会。周氏兄弟来后，钱玄同起身招呼鲁迅坐到自己身边。落座时，沈尹默和鲁迅打了个招呼。1909年秋，他与鲁迅同在杭州任教。
穿着鱼皮鞋的刘半农忙招呼周作人坐到自己身边来。周作人脱下大绒帽，解开马夫式的大衣，坐了下来。在刘半农眼里，留着浓髯、性格温和的启明，颇有点像俄国英雄。周作人也喜欢和性格活泼、好与人抬杠的刘复交往。第一次见到刘半农，见他“头大，眼有芒角”，还以为遇到了奇才。
陈独秀递了几期去年编的《新青年》给鲁迅。最后一期3卷6号还是去年8月1日印的。钱玄同告诉他，《新青年》将改横行印刷。鲁迅点点头。陈独秀见鲁迅看出版日期，解释说，“上海的群益书社嫌发行少，耽误了。”“新的一期何时出版？”鲁迅对独秀《三答钱玄同〈文字符号与小说〉》很感兴趣。“本月15号”。
陈独秀说。人到差不多了后，陈独秀说：“去年《新青年》发行了10000多册，书社仍嫌其过少，将《新青年》改为同人刊物，《新青年》一定会有大的发展。”“办同人刊物，宜实行轮流编辑，集体讨论制度。”这是北大图书馆主任、住在皮库胡同的李大钊的声音。李大钊平头，戴了个无边眼镜，蓄着八字胡，方正的面庞更加成熟了。见李大钊说话慢条斯理，坐在对面的陈独秀心里想，守常像是教私塾的好好先生。鲁迅是第一次见李大钊，他对李的第一印象是：诚实、谦和，不多说话。
回到家里，鲁迅给许寿裳写信说：“《新青年》以不能广行，书肆拟中止：独秀辈与之交涉，已允续刊，定于本月十五出版云。”鲁迅用“独秀辈”，是因为戴着眼镜、浓眉短髭的老夫子许寿裳对《新青年》评价并不高，说过“这里面颇有谬论，可以一驳”。但二弟看了，倒觉得没有什么可驳。
1918年2月3日，新郎胡适回到北京。看到《新青年》4卷1号刊登的胡适、沈尹默、刘半农的白话诗后，胡适对陈独秀说：“仲甫，你这急先锋何时也尝试尝试呀？”这次胡适回家乡，写了《新婚杂诗》。陈独秀2月10日写了《丁巳除夕歌》，他请胡适看，诗中写到：“古往今来忽有我，岁岁年年都过他，明年我已四十岁，他的年纪不知是几何？……人生如梦，日月如梭，我有千言万语说不出，十年不作除夕歌，世界之大大如斗，装满悲欢装不了他，万人如海北京城，谁知道有人愁似我？”
胡适问：“不是说你家很有钱吗？” 胡适听说陈独秀到北大后，嗣父陈昔凡在北京的铺子掌柜找到陈独秀，请“小东人”赏个脸去一趟铺子。陈独秀说：“嗣父曾经发了一点财，不久就破产了。而且，因为恋爱和别的事，嗣父生前就和我断绝了关系。”
胡适哪里知道，陈独秀写“除夕歌”另有苦衷。这时，高君曼和陈独秀已有磕磕碰碰。高君曼听信流言，认为陈独秀常逛八大胡同、拈花惹草，吵嘴时骂陈是无耻之徒。陈独秀讥讽高君曼故作清高、资本主义情调。清官难断家务事。胡适不好问，陈独秀也不说。因为有这难言之隐，所以陈独秀说“万人如海北京城，谁知道有人愁似我？”
陈独秀《丁巳除夕歌》刊在3月15日《新青年》4卷3号上。同期刊出王敬轩《给新青年编者的一封信》和记者《复王敬轩》两文。“王敬轩是谁？”胡适睁大眼睛问陈独秀。“玄同呀。”陈独秀没有注意胡适吃惊的脸。“‘记者’，是你么？”胡适又问，依然是吃惊的神色。“是半农。”这回，陈独秀注意瞧了一眼胡适。刘半农在这之前给钱玄同写信说：“比如做戏，你、我，独秀，适之四人，当自认为‘台柱’，另外再多请名角帮忙，方能‘压得住坐’；‘当仁不让’，是毁是誉，也不管他……”“一定是刘半农的主意。”胡适说。去年2月8日，林纾（林琴南）在上海《民国日报》发表《论古文之宜废》反对陈独秀、胡适的白话文运动。为了出这口气，钱玄同、刘半农演了这台双簧戏，由钱玄同化名王敬轩扮作林纾支持者，再由刘半农写文章反驳王敬轩。
“这样制造一点气氛，也无不可。”陈独秀说。鲁迅也赞成，对钱玄同说，“王敬轩”的“双簧戏”表演是一场“大仗”。“我不这样看。化名写这种游戏文章，不是正人君子做的。外人知道了，也会笑话《新青年》。”胡适话中有气。胡适对刘半农出言不逊，事出有因。胡适认为刘半农有些浮夸，刘半农认为胡适喜欢抬高自己。胡适讲过，北大有三只兔子，老兔子蔡元培（生于同治元年丁卯），中兔子陈独秀（生于光绪五年己卯），小兔子是胡适（生于光绪十七年辛卯）。刘半农和胡适同年生，也属兔。
一个月后，一位自称“崇敬王敬轩先生者”写信质问《新青年》记者为什么对王敬轩议论肆口诲骂。陈独秀复信说：“对于违背常识，闭眼胡说的妄人，不屑与辩，唯有痛骂一法。”
４月２日是个晴天，鲁迅心情愉快，吃过午饭后游了一下小市。他想轻松一下，晚上集中精力做篇小说。因为答应了钱玄同，陈独秀便天天催钱玄同，钱简直成了跑龙套的， 光上个月就跑了3趟，弄得鲁迅也不好意思，成了一块心病。
晚饭后，鲁迅习惯地依靠在藤椅上，一言不发。家人都知道大先生是在起草腹稿了。桌子上放着前年10月11日的日记。他想起姨表兄弟久孙当时从太原到北京，得了“迫害狂”病，后来鲁迅送他去池田医院看了一个星期，没有效果，11月6日鲁迅请蓝德将久孙送回绍兴。鲁迅脑中常浮现久孙那种惊恐万状的影子，他决定以久孙为原型，写成一篇小说，题目叫《狂人日记》。
天亮时，小说写好了，约5000来字，末尾想了想，第一次用了“鲁迅”笔名。趁着余兴，鲁迅用隔夜水重新泡了一杯清茶，吃了几块点心，重燃了烟嘴上的半截纸烟，又将《狂人日记》上可有可无的字划去。他想尽快将稿誊清，然后请钱玄同交给陈独秀。
1918年清明节晚上，钱玄同、刘半农顶风去了半截胡同，见到这篇小说，钱刘两人急急地看了一遍。鲁迅写道：“我翻开历史一查，这历史没有年代，歪歪斜斜的每页上都写着‘仁义道德’几个字。我横竖睡不着，仔细看了半夜，才从字缝里看出字来，满本都写着两个字是‘吃人！’”两人唏嘘了半天,说算得上《新青年》之成绩品。
第二天，钱玄同将《狂人日记》交陈独秀。“玄同，你立了大功劳哪。”陈独秀高兴地说。“其实，他也写新诗。”钱玄同记得在鲁迅家看过他写的诗《梦》。
陈独秀说：“何不一块找豫才要了来，4卷5号上还有空。”
过了几天,钱玄同将鲁迅的新诗拿来了,一共3首。其中《桃花》诗云：“春雨过了，太阳又很好，随便走到园中。桃花开在园西，李花开在园东。我说，‘好极了！桃花红，李花白。’(没说，桃花不及李花白。)桃花可是生气了,满面涨作‘杨妃红’。好小子！真了得！竟能气红了面孔。我的话可并没得罪你，你怎的便涨红了面孔！唉！花有花道理，我不懂。”
6月9日晚上，胡适作东请陈独秀、钱玄同、刘半农、陶孟和、沈尹默等人吃饭。
和江冬秀结婚时，胡适收到不少结婚贺礼。请送贺礼的同事吃一顿，是推不掉的事。所以，胡适年初在绩溪给钱玄同写信，就许诺请客，当时还说如章士钊把我的研究公孙龙的文章发表了，拿了稿费就请客。回到北大，事情一多，就耽误了。钱玄同笑着说：“你再不请客，也好，我们就等嫂子来了再喝喜酒，岂不快哉！”此话一激，果然有效。
喝酒时，大家都敬胡适的酒，胡适心里时时提醒自己：一定少喝！结果还是喝得烂醉如泥。回到家里，仆人阎海给胡适喝了许多开水，半夜就吐了。胡适对阎海说：“我这是第一次醉酒，以前还没有吐过。”阎海不知道胡适是在说醉话了。
7月9日下午两点三刻，住北京饭店19号的张元济（张菊生）到北大，和蔡元培、陈独秀、胡适、马幼渔、沈尹默、朱逖先、李石曾等谈有关大学出版教材事宜。
上月20日，商务印书馆经理张元济由天津乘京奉通车到北京。到北京一周后，张元济拜访陈独秀未遇。
讨论编辑教育书和改订本版教科书事时，蔡校长问：“排印速度如何？” “如无图表就快了。”张元济52岁，和蔡元培同岁。“只有石曾所编生物学有几幅插图，其他的很少有插图。”说着，蔡元培将已写好的书稿《人类学》、《心理学大纲》和《欧洲文学史》给张元济看。
谈到板式和字号，胡适说：“可以用四号字横行。书照‘科学’式，用五号。如何校对呢？”上海印刷，北京校对，毕竟不方便。张元济说：“制成纸版，打样后送校，少则挖改，多则附勘误表。”陈独秀问：“合同所限字数，每册不得过15万字，恐难免逾越。”陈独秀准备的是文字学考证方面的书。张元济说：“合同本来有彼此协商的话，此不过希望出书价格稍廉，易于推销，避免降低编辑人员的兴趣。”陈独秀点头，说：“这样就好。”
会议结束后，陈独秀问张元济：“每书另订契约一节，我还不明白。是否说本约已满，而每书之专约仍有效？”张元济说：“就是这个意思。”陈独秀问：“每本印多少册？”张元济说：“约500册。”胡适在一旁听了，说：“太少了。”张元济说：“有纸版，随时可以补印。”
1918年7月20日，已近大暑。下午下了几滴小雨，可惜一会儿就停了。吃过晚饭，鲁迅写了《我之节烈观》。写之前，他将今年已印出的几期《新青年》翻了翻,4卷3号上有陈独秀《驳康有为〈共和平议〉》长篇大论,鲁迅写道：“康有为，指手划脚的说‘虚君共和’才好，陈独秀便斥他不兴……”他先列出陈独秀、陈百年、钱玄同、刘半农及胡适在《新青年》上的文章，以为呼应。因为是周末，鲁迅写了一个通宵，好在第二天是星期天，上午一般是没有人来坐的。天亮时，文章写好了，5000多字。
8月下旬的一天，一位来自岳麓山下的年轻人风尘仆仆走进北大校园，他便是杨昌济推荐到北大图书馆任助理员的毛泽东。在李大钊的办公室，毛泽东见到了陈独秀。听到毛泽东提到《体育之研究》一文，陈独秀眯着眼笑了：“对了，对了，毛泽东，正好二十八画呀。”
在北大，毛泽东和李大钊接触最多，此外还拜访了蔡元培、胡适、陶孟和等人，并与傅斯年、罗家伦、张国焘、康白情、段锡朋、陈公博、谭平山等学生交往，但陈独秀对毛泽东的影响超过了其他任何人。
秋日的一天，北大德文预科班的罗章龙，和另外两位代表找到陈独秀在北大红楼的文科学长办公室。上月15日，罗章龙和毛泽东、张昆弟、李维汉等十余人，离长沙到北京。9月，罗章龙考进北大预科，住景山东街三眼井吉安东夹道7号。
罗章龙班上的学生德文水平参差不齐，有的是外交人员的子女，在德国生活过，有的在青岛大学学过德文，还有的就是罗章龙这样的，只在中学学过。因为水平不齐，大家的学习进度意见不一，最后决定三种类型的学生各推一名代表，请校方出面解决。
“你们来干什么？”陈独秀问。罗章龙等谈了情况，提出分班的要求。“分班？办不到，目前教员和教室都没有多余的。”陈独秀说。罗章龙说：“是否可采取甄别的办法，部分同学经过考试合格后，可升到本科学习。”陈独秀听了不耐烦，打断了他的话：“你们学生是想读书，还是想早毕业？你们希望早毕业好做官宦？多读两年书有何不好？”
一位代表申辩说：“不是这个意思。再说早毕业进入社会、转入仕途也不是坏事。”陈独秀近来情绪不好，发火说：“你们根本不想认真读书。你们平时对社会上的重大问题也不愿研究，只知道考虑个人……”见陈独秀发脾气了，罗章龙等同学知道问题不能解决，赶忙离开。陈独秀见同学们“诺诺”转身，不欢而散，起身送他们到门口。他对走在后面的罗章龙说：“你是哪里人？”“湖南人，湖南联合中学毕业生。”罗章龙说。陈独秀点头说：“你且留下，我们再谈谈。”
回到办公室，陈独秀问：“你说说看，这事该怎么办？”罗章龙说：“同学们的意见是合理的，并不过分。没有教员和教室也不是您的责任，可以转告学校有关部门，让他们解决！”陈独秀点点头。罗章龙继续说：“同学们要求通过甄别考试，提前毕业，也是正当的。有人想做官入仕，不能说我们都是怀着做官的思想。今天没有解决问题，大家不会就此罢休。”陈独秀若有所思，点点头。罗章龙便告辞了。
回来后，大家果然不同意陈独秀的答复，请三人再找陈独秀交涉。这次，陈独秀答应向学校反映学生分班的要求。他说：“提前毕业还要教育部核准。”
1918年11月4日，天已渐冷，鲁迅写通信《渡河与引路》。起因是夏天玄同编5卷2号时，冒出一句“唐俟也不反对Esperanto，以及可以一齐讨论”的话。Esperanto（世界语）是波兰柴门霍甫1887年创造的一种国际辅助语。《新青年》第2卷3号（1916年11月1日）起，陆续发表讨论世界语的通信，当时孙国璋、区声白、钱玄同等主张全力提倡，陶孟和等坚决反对，胡适主张停止讨论。因此，钱玄同在5卷2号（1918年8月15日）“通信”栏里说：“刘半农、唐俟、周启明、沈尹默诸先生，我平日听他们的言论，对于Esperanto，都不反对，吾亦愿其腾出工夫来讨论Esperanto究竟是否可行。”
鲁迅知道，陈独秀赞成世界语，认为有利于世界将来去国别、归大同。鲁迅也说：“人类将来总当有一种共同的言语；所以赞成Esperanto。”但鲁迅和陈独秀不尽同，认为将来是否必有一种共同的言语，现在没有讨论的必要。
11月24日上午，胡适接到母亲病逝电报后，到北大红楼向蔡元培请假，顺便到文科学长室和陈独秀打招呼。听说胡母去世，陈独秀说：“啊？这实在不幸！后天讲好商议创刊《每周评论》的事，你是参加不上了。”“回头你和守常、作人说说……”胡适喉咙有些嘶哑了。对于陈独秀等人热心办《每周评论》，胡适似乎没有多大的热情。他尤其对李大钊写《Bolshevism的胜利》不感兴趣。胡适曾和陈独秀说过，《新青年》应该坚持只谈文化、不谈政治的主张。因此，《每周评论》的创办是有尊重胡适主张的成分的。陈独秀、李大钊等人对政治有很浓的兴趣，为了尊重胡适的意见，也为了自己的政治上的兴趣，所以办了这张小报，专门发表政见、批评时事和策动政治改革。但陈独秀不希望胡适站在《每周评论》的外面，叮嘱说：“如回家有诗作，望尽快寄来。”
陈独秀、李大钊办《周评》的意见，得到张申府、周作人、高一涵的支持，加上胡适、钱玄同、刘复、马裕藻、沈尹默等人对《每周评论》也支持，最后确定《每周评论》编辑部设在北大红楼文科学长办公室，发行所设在宣武门外骡马市大街米市胡同79号安徽泾县会馆。参加的人交5元大洋，做开办经费。
12月21日，旧历冬至的前夜，北京的夜已很冷了。李大钊和张申府到宣外大街北京《晨报》的印刷所。无论如何，他们必须在今夜完成《每周评论》第一号最后的校对。陈独秀在《发刊词》里写道：“《每周评论》的宗旨，也就是主张公理，反对强权。”这一夜，两人校到凌晨4点。第一期组稿，为了模糊警察厅的注意，登了一些不痛不痒的文章，连高一涵看后都说，尽是些迂腐的议论！
1919年年初，《新青年》轮到陈独秀编，然后依顺序是钱玄同、高一涵、胡适、李大钊、沈尹默。其他人有特殊情况不参加编，陶孟和要去欧洲，周作人去日本，鲁迅因绍兴县馆不能再住，要找房子，找好房子后还要回绍兴接母亲来北京住，因此确定这年轮编计划时，这几个人都没有安排。
新年伊始，陈独秀发表了《本志罪案之答辩书》，为《新青年》四支大笔之一的钱玄同辩护。钱玄同主张废汉文，陈独秀认为是“用石条压驼背的医法”，但社会上人因此怒骂讥笑钱玄同，陈独秀则当仁不让。“若是因为拥护德先生（民主）和赛先生（科学）受到攻击谩骂，就是断头流血都不推辞。”陈独秀字里行间，已有血腥气。
元旦正好逢出版《每周评论》第二期，李大钊写了一篇《新纪元》社论，提出“打倒全世界资本的阶级”。胡适更认准了自己的判断没有错，下决心不给《周评》写文章，后来碍于面子，答应写点小说。李大钊明显感到，胡适对自己态度上的变化始于自己发表《庶民的胜利》演讲和《Bolshevism的胜利》文章，这使胡适很不以为然。李大钊在《Bolshevism的胜利》中说，“人道的警钟响了！自由的曙光现了！试看将来的环球，必是赤旗的世界！”胡适写信在美国的朋友张奚若面前叫苦。张奚若回信说“李大钊好像是个新上台的，他的《Bolshevism的胜利》空空洞洞。”在《新青年》同人中，张奚若只恭维胡适、陶孟和，对陈独秀、鲁迅等人，他赞成蒋梦麟的话——“无源之水”。
1919年1月中旬，第一次世界大战战胜国在巴黎召开和平会议。鲁迅一开始就对此次会议很怀疑，“都说公理战胜了强权；还向公理颂扬了一番，客气了一顿……将来如何收场，我是毫无经验，不敢妄谈”。陈独秀比鲁迅说得更激烈：“难道公理战胜强权的解说，就是按国力强弱分配权利吗？”
整个一月，钱玄同、刘半农轮番上门，或写信或一道来坐，少不了替陈独秀催稿。他们来催一次，鲁迅便做一篇随感录。钱刘陆陆续续来五次，鲁迅便做了五篇随感录。陈独秀对鲁迅谈进步美术家一文很感兴趣。凑巧自己最近写《答吕澄〈美术革命〉》一文，鲁迅的文章正补了《新青年》谈美术的不足。陈独秀嗣父陈昔凡是清末画家，家中藏有200多件王石谷的山水画。可惜二次革命后被马联甲抄走了不少。王石谷的画在京城能卖大钱，但缺点是临摹仿古画，并不追求自家创作。这种方法陈独秀并不感兴趣。因此，陈独秀主张美术革命，要学西洋画写实精神，不落古人窠臼。鲁迅自己爱画画，也肯花钱搜集画。因此在美术知识上，比陈独秀专得多。
正月，光绪举人林琴南化名林之在《新申报》“蠡叟丛谈”上发表小说《荆生》和《妖梦》，攻击陈独秀等《新青年》同人。“真是无聊的举动。”看到《新申报》，李大钊来到文科学长办公室。“这个伟丈夫荆生，大约是他的学生徐树铮吧。算什么本事，拿军阀吓人么？” 皖人徐树铮做段祺瑞的军事参谋时，曾南下镇压辛亥革命，当时正操纵安福国会。“抱陆军部次长的大腿，靠写胡编乱造的小说出气，不是正派人所为。”一向心平气和的李大钊也有些愤愤然了，这些人是不怕什么“伟丈夫”的。回到图书馆主任室，李大钊拿出书刊用纸放在红漆书桌上，在绿格竖写的竹纸上写出《新旧思潮之激战》7个字，开始反击林琴南的挑战。
不日，蔡元培也到北大红楼陈独秀办公室闲谈。“这家伙出语伤人，连我、适之、玄同一起骂了。”陈独秀点了一支烟说。“田必美、狄莫、金心异，细一想，还真是你们3个。”蔡元培说。《荆生》里讲，有三个人在一起放言高论，诋毁前贤，被荆生痛打了一顿。“田必美”指陈独秀，“必美”与“独秀”同，“狄”与胡适的“胡”同，“金心异”与“钱玄同”同。“到底是古文学家，对仗工整，亏他想得出。还好，只是被痛打一顿，没有抓去杀头。”“不至于。新旧思想交锋，难免讲过头话。”蔡元培想起，钱玄同也骂守旧派为“谬种”。
“你也被骂了呢。”陈独秀笑道。“是么？”“这‘元绪公’不是讲你么？”陈独秀提醒蔡元培。《妖梦》里的教务长田恒影射陈独秀，副教务长秦二世影射胡适，白话学堂校长元绪影射蔡元培。林纾写道：白话学堂有一“毙孔堂”，田秦二人毁伦常，赞扬白话文，元绪则点首赞赏。有一个能啖月亮的罗喉罗王妖魔直扑白话学堂，“攫人而食，食已大下，积粪如邱，臭不可近”。蔡元培和林琴南都是清末科举出身，以前也认识，入主北大时，有人提到聘林纾教国文，蔡元培考虑其桐城文风已过时，未加聘用。蔡元培不聘林纾后，徐树铮请“恩师”到自己主办的北京正志中学讲授《史记》。林纾希望“荆生”打“田必美”，就是唆使北洋军阀干涉新文化运动。刘半农已明显感到，文字狱黑影渐渐压了过来。
和林琴南发表隐射小说同时，1919年2月，《神州日报》发表北大学生张鹆子（张厚载）《半谷通信》，说陈独秀、胡适、陶孟和、刘半农等人，以思想激烈，受到政府干涉，陈独秀已去天津，态度消极云云。无风不起浪，张厚载发表《半谷通信》起因是北大关于文理合并的改革。理科的秦景阳等人不帮夏浮筠，恨他废止年功加俸和每年更换聘约制度（不知道是胡适的点子），也不希望本科学长落到陈独秀头上，建议用教务长取代学长。蔡元培还没有采纳，张厚载便迫不及待将此消息公布，加上揣测之辞，犯了捕风捉影大忌。
张鹆子去年曾来信谈新文学及中国旧戏问题，陈独秀在《新青年》上给予反驳。
一年前，张厚载对胡适编《尝试集》也有微词，说胡适“轻于尝试”。
2月19日上午，陈独秀、钱玄同和胡适在文科学长室闲谈。“适之太容忍了！看得起宋春舫，看得起张厚载……再这样，我要脱离《新青年》了。”钱玄同生气地说。去年，胡适给张厚载写了一封信，张厚载到处炫耀；此后，胡适找张厚载写文章，请他帮自己找材料，两人来往频繁，引起了钱玄同的反感。
陈独秀、胡适等人名气很大，张厚载的流言立即被上海等报刊转载，《神州日报》一时走俏。张厚载见陈独秀缄默，3月初，又在《神州日报》发表《半谷通信》说，“北京文科学长近有辞职之说，记者往访蔡校长，询以此事，蔡校长对于陈学长辞职一说，并无否认之表示”。
3月10日，惊蛰已过了几天，前夜的雨雪还未干，地湿漉漉的。胡适致函《北京大学日刊》说：“两个星期以来，外面发生一种谣言，说文科学长及胡适等四人，被政府干涉，驱逐出校，并有逮捕的话，还说陈先生已逃至天津。这个谣言越传越远，竟由北京电传到上海各报，惹起了许多人的注意。这事乃是全无根据的谣言。”
就在胡适致函《北京大学日刊》同一天，鲁迅开始誊抄《孔乙己》。这篇小说还是去年冬天做的。抄毕，鲁迅给高一涵写了一封信，打算寄给他。这一期轮到高一涵编辑。周作人正有事找高一涵，便说：“我给他吧。”
粤人陈铁生写《驳《〈新青年〉5卷5号〈随感录〉第三十七条》：“鲁迅君何许人，我所未知，大概亦是一个青年……卒之有一位系鲁迅先生最憎恶之拳术家，他说我是偏练之故；如用拳术，手足一齐动作，力与气同用，自然无手愈足否，足愈手否之毛病。我为了身体苦痛，只可试试看。不料试了3个月，居然好了；如今我日日做鲁先生之所谓拳匪……”去年11月，陈独秀在《新青年》5卷5号发表《克林德碑》，认为，克林德碑虽被拆迁，但并不能消除“保存国粹三教合一”等封建思想的影响。
3月2日，鲁迅写《集外集·拳术与拳匪》，替陈独秀说话：“此信单是呵斥，原意不需答复，本无揭载的必要；但末后用了‘激将法’，要求发表，所以便即发表。既然发表，便不免要答复几句了。来信的最大误解处，是我所批评的是社会现象，现在陈先生根据了来攻难的，却是他本身的态度。如何是社会现象呢？本志前号《克林德碑》篇内已经举出……”
3月中旬，陈独秀在《每周评论》13号上发表署名“只眼”的文章《关于北京大学的谣言》说：“张厚载因为旧戏问题，和《新青年》反对，这事尽可从容辩论，不必藉传播谣言中伤异己。若是无心传下来，岂不失了新闻记者的资格吗？若是有心传播，更要发生人格问题了。”针对林琴南，陈独秀说他的小说也不会受到旧文学家欢迎。因为荆生正是孔夫子不愿会见的阳货一流人物。林琴南是翻译家，陈独秀对他和对张厚载不一样，称作“林先生”。胡适和陈独秀公开驳斥张厚载谣言后，蔡元培发表《致神州日报函》，替陈独秀“辞职”辟谣，并依据大学规程，令张厚载退学。
1919年3月26日，大总统徐世昌指令教育总长傅坛湘致函蔡元培说：“时论纠纷，喜为抨击，设有悠悠之词，波及全体，尤为演进新机之累。” 蔡元培请傅斯年执笔回信，说：“元培亦必勉励俱生，为学问之竞进，不为渝越轨物之行也。”
夜里，愁眉不展的蔡元培和平素相处不错的尹默、夷初一道，去北京医专校长汤尔和处商谈陈独秀的事。最近报上又传出文科学长陈独秀有嫖娼一事，谈这种事在北大里面不合适。
“陈独秀逛窑子、嫖妓之事，流传甚广。陈君个人事小，有辱北大门风事大。孑民，何不趁学制改革，撤销文理科界线之机，免去陈独秀文科学长一职？”汤尔和知道蔡元培不想免去陈独秀，极力劝说。去年5月，汤尔和给陈独秀写信，不料陈独秀在《新青年》4卷5号上给他回了一封不太客气的信，想起来就不愉快。
“以你之见非撤不可？”蔡元培犹豫不决。“非撤不可。前年你聘他时，称他品学兼优，事实证明此君私德太坏，不堪斯任。”汤尔和毫不含糊地说。蔡元培说，“要免去陈君，理由事小，只是迎合了外人的心，决非本意。况且，年初我也和玄同君说过，驱逐陈独秀，除非‘上谕’将我革职。今我未革职而先除陈独秀，也不合我初衷”。
沈尹默说：“只怪这位先生太不检点，被人抓住把柄，倘若再任文科学长，社会上沸沸扬扬，大学斯文扫地呀！”汤尔和附和说：“尹默所言极是。陈独秀私德太坏，这是我和尹默当初都没有想到的。要不然，我们也不会极力向你推荐。今日到了这个地步，说起来，我们也有责任。成也萧何，败也萧何，我也不怕担当这个罪名。”
陈独秀此时还蒙在鼓里，一心一意做他的文章。3月30日，他在《每周评论》发表“林纾的留声机”，揭露林纾活动他的同乡议员，叫该议员弹劾教育总长和北大校长。3月，国会议员张之奇提出弹劾教育当局，撤换北大校长提案，未被通过。
陈独秀说：“这是叫议员做他的留声机器。” 4月1日，蔡元培在《神州日报》发表了他的《致〈公言报〉并答林琴南君函》，信上说：“革新一派，即偶有过激之论，苟于学课无涉，亦不干预。”
这个插曲未能阻止调整陈独秀。4月8日，清明后的第三日，蔡元培召集文理科教授会议，通过文理科教务处组织法。文理科统由教授会领导，教授会主任由文理科主要教授轮流担任，鲁迅的老乡马寅初被推为第一任主任(教务长)。三天后，由北而南行的陈独秀遇到回寓所途中的汤尔和，陈独秀脸色铁青，怒目而视，汤尔和见不是滋味，匆匆低头而过。
鲁迅也很关注这场撤换陈独秀的冲突，4月19日，他给回家乡的周作人写信说:“大学无甚事,新旧冲突事,已见于路透电，大有化为‘世界的’之意。”他对外国记者报道北大这场争战很感诧异。
4月20日，胡适翻着《每周评论》18号刊登的陈独秀《二十世纪俄罗斯的革命》一文，大吃一惊：“仲甫越来越左倾了。”上次见陈独秀写《贫民的哭声》这样纯苏俄式的文章，胡适心里就不是滋味。陈独秀写道：“20世纪俄罗斯的社会革命，当时的人都对着他们极口痛骂；但是后来的历史家，都有要把他们当作人类社会变动和进行的大关键。”胡适记得陈独秀在《每周评论》4号上批评十月革命“用平民压制中等社会，残杀贵族及反对者”，那时他看了这样的文字，心里是多么高兴啊！没想到短短数月，仲甫变了。除了汤尔和等人唆使蔡元培免去陈独秀的职务原因外，就是李大钊《Bolshevism的胜利》发生的直接影响了。
李大钊担心胡适的态度影响《新青年》内部的团结，写信说：“我觉得外面人讲什么，尚可不管，《新青年》的团结，千万不可不顾。”
文理科合并后，陈独秀一时失落，便一头埋进书房，每日专做带有火药性的文章。《每周评论》上便有陈独秀的文章十几篇，为各地激进社团报刊大量转载。4月20日，陈独秀公开点章宗祥、曹汝霖、江庸、陆宗舆为亲日派四大金刚，这几个人日子一天天不好过了。
1919年5月4日，星期日，北京李大钊、高君宇、邓中夏、张国焘、赵尔康等3000多人上街游行。学生火烧曹汝霖住宅、痛打章宗祥，队伍走到国务院门前时，紧闭的铁门内架有机关枪，走在前面的李大钊突然跑出队伍冲了上去，赵尔康等人一看不妙，紧紧地把他拖住。军警逮捕30多人。
这天，陈独秀在家中写文章：“我看这两个分赃会议，与世界永久和平人类真正幸福，隔得不止十万八千里，非全世界的人民都站起来直接解决不可。”
过了几天，到上海接杜威夫妇的胡适收到陈独秀来信。陈独秀说，30多人中有江绍原等22名学生。“京中舆论，颇袒护学生；但是说起官话来，总觉得聚众打人放火(放火是不是学生做的，还没有证明)，难免犯法。”
5月15日，李大钊将《新青年》6卷5号办成“马克思主义研究专号”，发表《我的马克思主义观》，公开把运动引向社会主义。鲁迅不太留意李大钊的文章，但自信和他是站在同一阵线上的伙伴。在写《“来了”》和《“圣武”》时，鲁迅赞美列宁领导的十月革命，他也不怕胡适不高兴，写道：“在刀光火色衰微中，看出一种薄明的天色，便是新世纪的曙光。” 同期发表了鲁迅写的小说《药》，看了鲁迅的小说，陈独秀说：“豫才的政论我不恭维，他的小说我是真的佩服。”
6月8日，陈独秀在《每周评论》发表《研究室与监狱》，提出入监狱和入研究室，是青年人生最高尚最优美的生活。次日是星期一，这天陈独秀和李大钊一上班就商量，群众运动正澎湃向前发展，被捕的学生已陆续放出，陆、章、曹免职已不成问题，大家日益感受到了胜利的喜悦。现在要趁热打铁，再烧一把火，把斗争引向深入。讨论了半天，他们决定起草《北京市民宣言》，向政府提出最后最低的5点要求，倘政府不接受，“我等学生、商人、劳工、军人等，惟直接行动，以图根本之改造”。
这时，一张大网正向陈独秀张开。北京各警察区署接到京师警察厅密令：严密监视陈独秀、李大钊、邓康、陈为人等人。罪名是以印刷物品传播过激主义煽惑工人，在大沟头18号设立印刷机关妨碍治安。但警察只知陈独秀住在中一区界内，不知陈独秀确切地址。
6月11日午饭后，陈独秀匆匆忙忙穿了一套白色西装，戴上礼帽，随身带了一筒传单出门。昨天，陈独秀等人在中央公园等处散发传单。北京政府视为“扔炸弹”，严命警署迅速捉拿印发传单的人。
陈独秀直奔新世界游艺场而去，他丝毫没有想到会有什么危险，口袋里蓝公武给他的信也没有拿下。外形似弓弩一样展开的四层高大主建筑的北京城南新世界游艺场人影憧憧，小摊小贩的叫卖声，人潮如涌的嘈杂声浑成一片。胡适与陈独秀、高一涵在游乐场吃茶聊天。胡适还是去年春天来这里玩的，街上熙熙攘攘，路面还留着昨天下雨的痕迹。正在说话，陈独秀突然从他的上衣怀里取出一筒《北京市民宣言》传单来向周围散发，茶房里一阵骚乱。胡适吃了一惊，他是一个胆小怕事的人，忙朝高一涵看了一眼。陈独秀使了一个眼色，说：“我一人留下。
”他一个人穿过人群直奔新世界顶部露天平台。高一涵和胡适便先离开游乐场。
新世界是北京外右五区警察署侦察重点地区，每天都有数名侦缉人员、巡官、巡警在这里活动。头一天，他们接到侦查传单的任务。约中午两点，一个叫朱霞的巡警神色慌张地找到巡官刘永德、邓海熙，从口袋里拿出一张刚捡到的传单。
在新世界顶部露天平台，两名巡官发现陈独秀形迹可疑，一边一个扭住陈独秀左膀右臂。“暗无天日，竟敢无故抓人。”陈独秀大吼大叫。一名巡官从陈独秀身上搜出一筒传单和一封蓝公武给陈独秀的信。陈独秀不再叫了。几个人见抓到了陈独秀，警官与侦缉队洪分队长发生了争执。警官人多，强行将陈独秀押往警察厅外右五区警察署解宪厅。
审讯时，陈独秀说：“我是北大文科学长，蔡校长走后，我也请假回安徽，昨天才到北京。今天到新世界商场，在头层楼矮墙上捡到一筒传单，看到三分之二处，大意还没有看明，就被你们抓来了。”“传单从哪里来的？”巡官一再讯问，陈独秀总是回答：“因为是捡来的，确实不知传单来历。”
晚上12时许，一群军警荷枪实弹，包围了北池子箭杆胡同9号陈氏住宅。两扇对开的破旧的窄木门被震得摇摇晃晃，门前一对矮小的石狮无奈地呲着大嘴。从梦中惊醒的高君曼战战兢兢。她这才知道，陈独秀出大事了。
陈独秀起草的《北京市民宣言》要求罢免6个人官职，其中有北京政府步兵统领王怀庆，所以王怀庆坚持主张将陈独秀按军法处理。京师警察厅总监吴炳汀是安徽合肥人，他要将陈独秀按警律处理。双方争执不下，告到总统徐世昌那儿，徐世昌决定送法庭判决。徐世昌迫于形势，1919年6月10日免去曹、陆、章职务，6月11日提出辞职。抓住陈独秀后，徐世昌又收回辞意，只是换了内阁总理，由龚心湛接替钱能训。
第二天，胡适听说陈独秀被捕，十分担心。陈独秀平时为人倨傲，加上“私德不修”，官高势大的同乡们早就嫌他，正好抓住了借口，把他捉将官里去了。半夜，一家报社来电话说，日本东京有大罢工举动。胡适一时睡不着，写了一首《威权》小诗：“奴隶们同心合力，一锄一锄的掘到山脚底。山脚底挖空了，‘威权’倒撞下来，活活的跌死！”胡适希望北洋政府早日垮台。这以后，胡适天天都接到关于陈独秀的消息。余斐山来信说：“闻独秀先生被捕，甚为骇异！”南通的张孝若来信提醒胡适：“陈独秀被逮，文字狱之先声也。”
6月13日，北京《晨报》、《北京日报》在第二三版用几行字小心翼翼地刊出了陈独秀被捕的消息。上海的《民国日报》则全文刊出《北京市民宣言》，发表《北京军警逮捕陈独秀黑暗势力之猖獗》时评。北方的报纸遮遮掩掩，南方的报纸摆出替天行道的架式，趁机给北方政府施加压力。
为了大造营救陈独秀的舆论，罗家伦、黄昆仑写信给上海安徽协会及全国学联，李大钊和高一涵分别给章士钊拍电报，请他出面和龚代总理斡旋。与此同时，旧势力希望重罚陈独秀，京师总商会申明《北京市民宣言》是假借市民名义。《神州日报》说“营救能否有效，殊难预卜也”。不日，上海《民国日报》刊出“陈独秀案之大疑团”，披露陈独秀已释放的谣传，同时披露了邮局克扣李大钊致章士钊电文事。一时扑朔迷离，疑团重重。
6月23日，设在上海的安徽协会潘赞化等4人给李辛白和胡适来了一封信，胡适没想到为营救仲甫还闹出一大堆事来。章行严致电北京政府财政总长王克敏后，王克敏回电说，陈独秀已放出，警察厅已派人到陈独秀家慰问。潘赞化等人正准备给陈独秀写信慰问，江彤侯来信说陈独秀仍在狱中。章行严怀疑王克敏的信是别人伪造，而自己的信，他可能没有收到。因为高一涵来信，章也没有收到。昨天，章行严又给王克敏、龚仙舟写信。此外，潘赞化、章行严等人还请章太炎写信给蔡元培；请李光炯转托吴；请吴守一托马通伯；李次山给张敬尧电报，张敬尧给段祺瑞、王怀庆、吴静潭去电报，李次山听说仲甫已放后又给张敬尧去电感谢，张敬尧也回电说已电谢北京……闹了半天，原来是一场滑稽剧。
6月23日下午7时，胡适在六味斋招待周作人、高一涵、李大钊等12人，商议《每周评论》善后事。陶孟和没有来，他3月份到美国去了。胡适说：“自孟和离开、仲甫被捕，《新青年》就像是衰了……要编好《每周评论》，需要有专门的人投入精力，我现在没有课……”胡适想一个人编《每周评论》，是想多发表一些杜威的演讲，他对宣传马克思主义早有看法。感到《新青年》色彩过于鲜明。因为过去胡适不乐意于《每周评论》，现在有了热情，不管出于什么动机，都是件好事，在外人看来，这意味着《新青年》内部的团结。李大钊是“好好先生”，他说：“我希望《每周评论》要体现《新青年》同人的团体的精神……”大家七嘴八舌商量了3个小时，商议结果，是维持现状，由李大钊和胡适共任编辑。
次日，上海《时事新报》刊登严修儿子严智怡游说徐世昌的消息。原来，严范孙（严修）的儿子带着父亲的信找到私交深厚的徐世昌，徐世昌开始说：“这是司法部的事。”严智怡说：“陈独秀生平的言论思想是一件事，陈独秀因嫌疑传单被拘又是一件事，不能拿他的平日的言行来裁判他……大学为新思想发源地，无论什么思想都要拿来研究的事，怎能够去干涉他呢？藉新旧思想暗潮来兴‘文字狱’，实在于教育前途有碍。”徐世昌听了，“颇动容”，答应“维持”陈独秀。严智怡又趁热打铁游说司法总长朱深，朱深推辞说：“此案还没有交到司法界，不便过问。”最后也答应“维持”陈独秀。除了严范修，马通伯等人也参与营救陈独秀。
李大钊上了警察厅黑名单上第二号人物后，准备回老家躲避。尽管报上讲仲甫受了两次拷刑，陈夫人也担心仲甫胃病发作，但有章行严给龚心湛写信、田桐致徐世昌函，估计仲甫没有生命危险。李大钊走后，《每周评论》交胡适负责。
天气渐热，警方同意高君曼送书籍、衣服及少数饮食品，但不允许和陈独秀见面。后来，警方突然又允许高君曼见陈独秀了。铁门咣咣啷啷的打开后，借着昏暗的光线，高君曼看见一张低矮的床上，卧着他的先生：衣衫不整，胡子拉碴，正染着寒热病。此时的陈独秀，正应了北大庶务主任李辛白小诗《怀陈独秀》里的话：“依他们的主张，我们小百姓痛苦。依你的主张，他们痛苦。他们不愿意痛苦，所以你痛苦。你痛苦，是替我们痛苦。”
7月20日，胡适在《每周评论》31号上发表《多研究些问题，少谈些主义》，说：“我主张一个一个地研究问题，一点一滴地解决问题。”李大钊看了，知道胡适针对的不是别的主义，而是马克思主义；针对的主要的不是陈独秀，而是自己，说：“胡适真是胡说，不懂主义，怎么研究问题？”一次胡适讲课，文言白话掺着讲，在黑板上写“孔说”、“孟说”，写到自己写了“胡说”，成了笑话。胡适无所谓，去年上半年作诗《胡说》，讽刺“拟古”。
7月下旬，李大钊利用回老家避难时间，写了反驳胡适的文章。适之说“偏向纸上的‘主义’，是很危险的。不错，纸上的空谈的‘主义’是危险的，但主义本身并不带来危险呀？！”李大钊直接了当地写道：“我可以自白,我是喜欢谈谈布尔什维主义的。”拉杂写了三五千字，李大钊自觉口气还是心平气和的。反复看了几遍后，8月初寄出。胡适将李大钊的文章登在8月17日《每周评论》35号上，又写了《三论问题与主义》载在下一期《每周评论》上。
秋天，李大钊从五峰山回到北京。对于胡适的反驳，李大钊觉得和他的前文重复，不必再反驳了。胡适似乎话还没有说尽，又写了《四论问题与主义》，专谈输入学理的方法，拟刊在《每周评论》8月30日37号上。就在这天，徐世昌政府查封《每周评论》。
9月上旬，急欲与西南和解的徐世昌政府派出和谈代表许世英到上海。针对沸沸扬扬的陈独秀案，孙中山说：“你们做的好事，很足以使国民相信，我反对你们是不错的。”许世英连连点头，说：“东海、心湛都是主张从速开释陈独秀的，孙先生的意见，我立即打电报回去禀报。”
孙中山发话后，9月16日下午4时，警察厅同意安徽同乡会以陈独秀胃病为由，保释出狱。出狱前，警方当着保人的面，提醒陈独秀行动仍受限制，重大行动须得政府批准。当天，北大同学会召开欢迎会，欢迎陈独秀出狱。会议主席张国焘致欢迎辞说：“我代表北大同学，热烈欢迎陈先生光荣出狱，并对陈先生狱中所受的迫害，表示深切的慰问。” 张国焘二十二三岁，江西萍乡上粟人。陈独秀见他方方的脸盘，鼻隆眉直，话虽不多，却很得体，对这位北大理学院的学生印象不坏。他致答辞说：“此后无论是否在北大工作，都将和同学们一道与恶势力作斗争。”北大已免去陈独秀文科学长一职，改任国史馆编纂。
陈独秀出狱后，李大钊写了欢迎诗：“你今天出狱了，我们很欢喜！他们的强权和威力，终究战不胜真理。什么监狱什么死，都不能屈服了你；因为你拥护真理，所以真理拥护你……”刘半农的欢迎诗开头是：“D——！我已八十多天看不见你。人家说，这是别离，是悲惨的别离……”他们来看陈独秀时，房里进来了一个獐头鼠目的陌生人，客人只好告辞。来人是警方的探员，奉命每日到陈宅巡察，并叫陈独秀填写《受缘戒令者月记表》。
1919年中秋之后，仲甫邀玄同、半农、守常、适之、尹默、启明等人开了编辑会议，鲁迅因修理八道湾房子,没有来。但启明说了长兄的意见，最后还是鲁迅意见占了上风，反对胡适一人编《新青年》。决定从12月1日7卷1号起，《新青年》仍由陈独秀一人编。蔡元培回校后，邀陈独秀任历史系教授。
11月1日，《新青年》6卷6号出版，晚上，胡适作《新思潮的意义》一文，继续主张研究一个一个的问题：“最简单的解释要算我的朋友陈独秀先生所举出的《新青年》两大罪案──其实就是新思潮的两大罪案……”在胡适看来，陈独秀还没有相信马克思主义，甚至曾坦白地反对社会主义。陈独秀对《新青年》“罪案”作了个承诺，但陈没有替新文化运动下定义。胡适认为，新思潮的根本意义表现出“研究问题”和“输入学理”两种趋势。新思潮的惟一目的是再造文明，即这个那个问题的研究和解决。
陈独秀出狱后，对布尔什维主义已经有了倾向性，但他对布尔什维主义并没有多少了解。他写文章说：“我们不情愿阶级争斗的发生，我们渴望纯粹资本主义。”
冬天的一个夜晚，上完法文班的潘赞化顶着初冬的寒风离校回家，远处昏暗的灯光下，一个人影以手抚肩背，瑟瑟缩缩向他迎面走来，像是沙漠上一只离群的小羔羊，走近才知是延年。陈独秀去北京后，延年、乔年兄弟住在亚东店堂的地板上，今年入震旦大学读书。
见延年仍然穿着秋天的夹呢袍，潘赞化停下问：“你不冷吗？”延年说“还好”。“到我家去，我给你找件棉衣。”潘赞化怜悯地说。“不需要，谢谢。”延年摇了摇头。近日，他打算和乔年赴法勤工俭学，正在刻意吃苦锻炼自己。潘赞化不再勉强他，问：“上次，你父亲在北京被京警局长吴炳湘逮捕，不少朋友以同乡关系营救他，你知道吗？”“已听说了一些。”延年当时已和无政府主义者吴稚晖、黄凌霜、郑佩刚等人有来往。“你对此事有什么想法？怕不怕？”“既作就不怕，怕就不作。况且这次学潮的意义千古未有。情况这么复杂，肯定有危险；仁人志士有这么一个机会光荣牺牲，是求之不得的呢，有什么可怕的。”潘赞化吃了一惊，说：“假如同仁救援无效，你会怎么想？”“中国失去一个有学识的人罢，当然可惜。”延年说。
1920年1月初的一天，毛泽东到箭杆胡同9号，拜访陈独秀。“五四”时期，毛泽东在湖南办了《湘江评论》，这次带一班湖南人进京请愿，要求驱走湖南军阀张敬尧。《湘江评论》创刊于去年7月14日，连载了毛泽东的《民众大联合》长文。
胡适在《每周评论》36号上写文章推荐说，这篇文章“眼光很远大，议论也很痛快，确是现今的重要文字”。
在《湘江评论》创刊号上，毛泽东发表了《陈独秀之被捕及营救》一文，称陈独秀为“思想界的明星”：“陈君曾自说过，出试验室，即入监狱。出监狱，即入试验室。又说，死是不怕的。陈君可以实验其言了。我祝陈君万岁！我祝陈君至坚至高的精神万岁！”
谈到驱张运动，陈独秀赞扬道：“我觉得你们湖南人的精神十分可贵，懂得生命的价值。个人的生命最长不过百年，真生命是个人在社会上留下的永远生命。我很赞赏你们驱张，也赞成你们打算组织‘改造湖南联盟’的计划。”最后，陈独秀答应毛泽东，作一篇《欢迎湖南人的精神》，支持驱张运动。这次见毛泽东，陈独秀增添了对湖南青年人的好印象，趁着余兴未了，他研墨挥毫，写道：“我听了这类声音，欢喜极了，几乎落下泪来！”