1901年10月，陈独秀进东京弘文学堂师范科学日语。
头一年，中国留日学生在东京组织了一个“励志社”。陈独秀到东京后也参加了这个组织。一次，清廷派官员到日本，励志社中的章宗祥、曹汝霖一班人争着当翻译，引起了陈独秀的反感，遂和张继退出了励志社。
秋去冬来，陈独秀和老乡桐城西乡（练潭乡）潘家楼人潘赞化一起回国。1902年初春，陈独秀回到了安庆。出现在他眼前的是南水关道院内两幢毗连的房子。房基隔街临江，隔壁是李鸿章公馆。陈昔凡看上这块风水宝地，打算将来在这里建屋造园、怡养天年。
陈独秀回到安庆不久，与一批进步青年成立了“青年励志社”。这些进步青年中，有安徽大学堂学生郑赞丞、房秩五，武备学堂学生柏文蔚，南京陆师学堂学生葛襄（葛涓仲）以及潘赞化、何春台等人。社址设在藏书楼。陈独秀等人的活动，引起了清朝安庆地方当局的警觉，准备逮捕学社的为首分子。秋天，陈独秀和葛襄被迫离开安庆，途经南京、上海，再次去日本。陈独秀临行前，妻子高晓岚已有身孕。年底，高晓岚生了一个团团脸、活泼好动的儿子陈乔年，因为排在延年之后，取小名“小五子”。
陈独秀到南京后，和葛襄去江南陆师学堂见到了徽州人汪稀颜。经汪稀颜、葛襄的介绍，陈独秀认识了正在陆师学堂读书的章士钊。陈独秀告诉汪稀颜，自己写了2卷《小学万国地理新编》，准备送到上海商务馆石印出版。
一个月后，汪稀颜给在芜湖搞图书发行的弟弟汪孟邹写信，称“陈仲甫”氏为“皖城志士”，说“此君现游日本，兄未到堂时，蒙见来访”。年底，汪稀颜猝然去世。陈独秀写了《哭汪稀颜》诗：“凶耗传来忍泪看，恸君薄命责君难。英雄第一伤心事，不赴沙场为国亡。”
秋天，陈独秀第二次来到日本。在日本，陈独秀认识了苏曼殊、冯自由等。苏曼殊生性豪放不羁，和陈独秀在一起，常常信马由缰，大谈特谈。
天渐寒冷后，一日，陈独秀、张继、潘赞化等人闲谈。张继说：“秦毓鎏，叶澜等人近日提出成立‘中国青年会’，问我们可有此意？”潘赞化说：“既然我们不参加励志社，不如正式宣布退出来，一起参加中国青年会。”陈独秀表示赞成。中国青年会以民族主义为宗旨，以破坏主义为目的，正对他的胃口。
除夕之夜，陈独秀和潘赞化说：“也不知道家里怎么样了？”潘赞化知道陈独秀挂记高晓岚生产的事，劝他说：“嫂子不是头一胎，家里还有孟吉夫人，你还是放宽心吧。”陈独秀说：“倒也是。冒冒失失地回去了，清廷的爪牙说不定还要找我的麻烦。”
冬去春来，陈独秀又结识了留日学生中激进人物黄兴、陈天华、邹容等人。往来较多的是赵伯先、潘璇华、葛温仲、周筠轩等。当时陆军学生监督姚昱是清政府的一个走卒，大伙瞧不起姚昱的奴颜媚骨，打算找个机会教训一下这个奴才。
1903年３月31日夜晚，东京到处散发着樱花芳香的气息。月光下树影憧憧，昆虫在嫩绿的草坪中嗡嗡作响，和偶然走过去的悉悉索索的脚步声交叠在一起，增加了夜的宁静。这时，有几个黑影轻手轻脚地闯进了姚昱的住室。只见抱腰的抱腰，捧头的捧头，捉手的捉手，惊慌失措的姚昱还没有弄清楚发生了什么事，只听得咯嚓一响，姚昱的辫子连辫根齐刷刷地被剪去。大家发一声喊，顷刻间人去辫空。原来，这抱腰的是张继，捧头的是邹容，执剪的是陈独秀。回到宿舍，陈独秀将手中的辫子扔到桌上，大口喘气地说：“这回出了一口恶气。”
当夜，他们将姚昱的辫子挂到留学生会馆。第二天，姚昱向清廷驻日本使节诉苦。不久，日本警方查出为首者是陈独秀、张继、邹容，旋即将3人驱逐出境。４月上旬，陈独秀、邹容、张继乘船到上海，一起去《苏报》编辑部看章士钊。
听了3人被逐经过，章士钊哈哈大笑，说：“你们来得正好，《苏报》打算增加革命宣传。不知你们有什么打算，我倒希望你们能留下来。”结果，邹容要写《革命军》，陈独秀急着要回家，只有张继答应留在《苏报》编辑部。
1903年４月底，陈独秀回到了安庆。6岁的延年已入私塾蒙馆读书，陈独秀我行我素，和新朋旧友谈天，他的住宅一时热热闹闹，又成了安庆进步青年的活动中心。
一天，卫国桢、潘晋华等青年来陈独秀家闲谈。陈独秀说：“现在大家爱国情绪十分高涨，我有一个想法，写一个‘知启’，在藏书楼开一个演讲大会。你们看怎么样？”卫国桢、潘晋华等都说好。
５月17日中午，陈独秀冒雨来到藏书楼。南水关离藏书楼所在地孝肃路拐角头只有十几分钟的路程。陈独秀到时，楼里楼外已挤满了喧闹的青年学生。不少学生穿着淋湿的衣服，焦急地向前台张望。陈独秀登台，先讲他在东北耳闻目睹俄国士兵欺压华人的暴行，然后说：“我们与俄国人仇结不解，我国之人有一人不与俄死战皆非丈夫！……我们人少力薄，要益于国事不能闭塞耳目，要消息灵通；要有爱国思想；要有健壮的体魄，提倡军人精神……”陈独秀演讲完毕，室内掌声雷动。接下来，卫国桢、潘晋华、潘旋华、葛光庭等人也发表了演讲。演讲结束，当场签名参加“安徽爱国会”的有126人，其中包括16岁的朱蕴山。
第二天，大学堂的总办、提督、总教的办公桌上，学生不上课的请假条越来越多。有的学生甚至公开号召学生停止上课，公开要求校方专门操练学生、组织学生军到东北与俄军作战。两江总督闻讯大惊失色，密令安徽巡抚密察为首者，务求早早缉拿归案，早日平息安徽风波。他在电令中称为首者“名为拒俄，实则革命”。安庆知府桂英接到两江总督电令，立即查封了藏书楼，并要学堂的总办、提督“将闹事的为首分子开除学籍”。安徽大学堂总办以“议论拒俄，煽动是非”的罪名开除了十几个请假闹事的学生。
在桂英下手之际，陈独秀草草收拾行李，避往上海。
1903年６月30日，上海警方因《苏报》刊登章炳麟写的《革命军》序，逮捕了章炳麟。第二天，《革命军》作者邹容愤而到巡捕房投案。7日，《苏报》被封闭。
《苏报》案发生后，章士钊、陈独秀、谢晓石、张继等人酝酿出版《国民日日报》，社址设在新闸新马路梅初里。
梅初里房子分楼上楼下两层，楼下是印刷场地，编辑住楼上。主笔是章行严，陈独秀、张继协助，撰述有何梅士、陈去病、金天翮、林解、谢无量、郭湛波等人。靠近窗台，有两张木桌，上面堆满了稿件和各种报纸。进门靠墙一边有张木床。编辑室来客，常常坐卧于床，和章士钊、陈独秀纵谈一切。
夏天，保定高等学堂的学生吴越、马鸿亮、金慰农、金燕生等来到《国民日日报》社。听说吴越是桐城老乡，陈独秀十分高兴。这次交谈，两人一见如故。
９月初的一日，苏曼殊（子谷）来了。刚从日本回来的苏曼殊脸型瘦削，身材单薄，因为衣食无着，便留在编辑部翻译雨果的《惨社会》，在《国民日日报》上连登。
一天，章士钊指着一叠稿子问苏曼殊：“子谷，你写的这些惨状是《惨社会》原来就有的么？”苏曼殊伸过头来看，说：“这是仲甫加上去的。”章士钊摇头说：“不好。翻译要讲信、达、雅。”陈独秀不以为然：“现在第一要紧的是把国人从睡梦中叫醒。信达雅的事，等以后没有事时，再坐下来慢慢译。”
深秋的一日，已是八九点钟，陈独秀还睡在床上，打着呼噜。“仲甫，起来了。”章士钊叫道。陈独秀眨了眨眼，问：“几点了?”“旭日临窗，少说也是卯时。”章士钊说。陈独秀从床上坐起，伸出胳膊穿上竹布蓝衫。在他的老布衬衣的领口上，有点点白色东西在蠕动，密集无数。章士钊诧异地问：“何耶？”陈独秀低头看了看说：“虱尔!”章士钊见陈独秀若无其事，说：“你不要弄到我的身上来了。”这时，苏曼殊进来，章士钊指着陈独秀的衬衣领口给他看，说：“我原以为仲甫是天生的领袖，想不到他还是天生的乞丐。”说罢，三人一起大笑。苏曼殊拿出译好的《惨社会》放在陈独秀的桌上，说：“今天该是行严主编稿子，我是专找仲甫来的。”陈独秀看稿时，用毛笔圈点了几个字，说：“就这样吧。
”苏曼殊说：“加上你的名字吧。”陈独秀点了一下头，说：“可以。”用毛笔在苏曼殊之后，写上“陈由己”3个字。
年底，上海的黑势力投诉上海地方当局，指责《国民日日报》“扰害大局”。销售部经理李少东以报纸卖不出去为由，停发了大家薪水。没有办法，只好停刊。
不久，苏曼殊去香港投靠兴中会陈少白，陈独秀回安庆，大家再次分手。章士钊很珍惜这段历史，写诗道：“我与陈仲子，日期大义倡。国民既风偃，字字挟严霜。”
1904年年初，陈独秀回到了安庆。
闲时无事，陈独秀常去桐城学堂坐坐。当时吴挚甫任桐城学堂董事长，房秩五、吴守一任学长。一日，陈独秀说：“安徽人多躲在鼓里，不知道外面发生的事情。我有一个主张，大家在一起办一份白话报，让安徽人通达时事，长点见识。”
大家一听，都说好。决定吴守一编小说、诗词，房秩五编教育，陈独秀是主笔，兼编辑论说、新闻、实业、来文。
陈独秀给绩溪人汪孟邹的老师胡子承写信，请他给汪孟邹写信，自己也给汪孟邹写了一信。收到陈独秀的来信，胡子承立即给汪孟邹去信推荐，说：“陈君仲甫拟办《安徽俗话报》，其仁爱其群，至为可敬、可仰……此事应如何应付，本社诸同志与拣老会面时当可妥商也。”信中所提“拣老”，即周拣臣，其女周物婉与汪稀颜子汪原放已定婚。汪孟邹写回信给陈独秀，说：“芜湖没有印刷条件，最好能在上海印出，再运回芜湖发行。”于是，陈独秀请章士钊帮助联系了上海东大陆印刷所。
3月21日，编在安庆，印在上海，发行在芜湖的《安徽俗话报》第一期问世。
就在这年，陈独秀的嗣父陈昔凡在东北遇到了一个发财的机会，成了暴发户。2月8日，为了争夺我国东三省，日俄战争爆发，清廷宣布“局外中立”。当时，日俄双方都需要马匹，商人便从蒙古贩运大批马匹到奉天(辽宁)出售，牟取暴利。陈昔凡和其他地方官趁机大抽牲口税，落入自己的腰包。日俄战争后，陈昔凡在奉天购置田地二百亩；在北京琉璃厂附近投资10000两银子，开了一间“崇古斋”古玩铺；在奉天设了一间“崇古斋”分店；在安徽贵池乌沙购地800亩；在安庆四牌楼开有近十家铺面。陈独秀办报缺钱，但不染指陈昔凡。父子俩一个是朝廷命官，一个是反清斗士，已不可同日而语。
盛夏，陈独秀背着包袱，只身到了芜湖。当时吴挚甫随桐城学堂去桐城，房秩五打算去日本留学，所以陈独秀把报搬到芜湖去编。科学图书社在芜湖长街中段一个阁楼上，汪孟邹说：“仲甫，我这里清苦得很，每天只有两顿稀饭。”陈独秀说：“就两顿稀饭好了。”好在省内各地设了供销处，东到上海，南到广州，北到辽东，都有订户，报纸有希望超过3000份。有的读者不知道是一人办报，希望把报纸办成日报。
不久，章士钊来信，希望陈独秀去上海加入暗杀团。陈独秀到上海后，章士钊带他见了杨笃生、陶成章、蔡元培等人。晚上住在暗杀团的秘密机关——英租界新闸路余庆里。陈独秀未来之前，章士钊已将陈独秀在安庆效仿蔡元培办安徽爱国会被通缉，以及办《国民日日报》、《安徽俗话报》的事告诉了他们。
杨笃生是暗杀团发起人，今年上半年在日本与何海樵等人成立暗杀团。原计划在北京刺杀西太后，没有找到机会，回到上海后发展了蔡元培加入暗杀团 。蔡元培时任爱国女校校长，于是又发展了爱国女校教员钟宪鬯、俞子夷，因为他们懂化学。陈独秀来了后，杨笃生等人举行仪式，发展他为暗杀团成员。
在一长帘高挂的房间，正面墙上临时挂着一纸黄帝神位字样，神位下面是一张八仙桌，一束香余烟缭绕，弥漫着神秘的气氛。桌下摆着两个草垫子，盛着酒的白瓷器皿已滴入刚杀的鸡血，陈独秀随杨笃生跪在草垫上，宣读誓词。读毕，又随杨君将血酒一饮而尽。随后几日，陈独秀和杨笃生一起向钟宪鬯学制造炸弹。
这次陈独秀在上海时间不长，当月回到芜湖。
1904年秋，房秩五由安庆去日本，顺路到芜湖与陈独秀叙别。房秩五来了后，天气转阴。陈独秀对房秩五说：“你是天留客。”秋雨淅淅沥沥下了三日，两人纵谈天下事，一连谈了三日。第四天，云开日出，陈独秀帮房秩五提着包袱，送他上船。“留人别馆三秋雨，送我晴江万里波。”船到江心，房秩五仍能看到衣冠不整的陈独秀立在岸边，向他挥手。
桐城人李光炯、无为人卢仲农将安徽旅湘公学移到芜湖，改为安徽芜湖公学(安徽公学)。受聘在安徽公学讲课的有柏烈武、陶成章、张伯莼、刘师培等人。陈独秀也兼任安徽公学国文教师。陈独秀上课，不拘小节，有时一边上课，一边搔痒。
什么纲常名教、师道尊严，全不放在眼里。堂下鸦雀无声，学生个个听得津津有味。受陈先生影响，学生写作业时也常冒出“新”思想。一日，陈独秀批改作业，见一个学生作诗“屙屎撒尿解小手，关门掩户圈柴扉”，不禁哈哈大笑。他用毛笔在一旁批了 “诗臭尿腥”四个字，然后又加了两句诗：“劝君莫做诗人梦，打开寒窗让屎飞。”
这时，苏曼殊也来到了芜湖。他在上海和陈独秀分手后，去香港投靠陈少白，因误会受到冷遇，加上婚姻挫折，气头上去广东惠州剃度为僧，当了和尚。但他凡性未灭，偷了已故师兄博经的度牒逃之夭夭。陈独秀推荐苏曼殊作国画教员，他认为，苏曼殊作画叫人看了如咫尺千里，令人神往，不像庸俗画家浪费笔墨。陈独秀常以诗僧、画僧称他。
苏曼殊与刘师培也是老熟人，到芜湖后就住到了刘家。刘师培夫人何震喜欢苏曼殊的画，三番五次要拜苏曼殊为师。闲时，苏曼殊与怀宁人邓绳候常相过从。邓绳候在皖江中学教书，是完白山人邓石如重孙，诗文书法俱佳，两人“共晨夕者弥月”。邓绳候曾写诗送苏曼殊：“寥落枯禅一纸书，欹斜淡墨渺愁予；酒家三日秦淮景，何处沧波问曼殊。”
年底，胡子承给汪孟邹写信，希望改良《安徽俗话报》，说：“鄙人甚敬此报，甚爱此报，而又不敢随声附和此报，意欲更图改良，立定宗旨，可乎？请与仲翁等商之。”陈独秀听说胡子承讲的宗旨是“辞旨务取平和，万勿激烈”，生气地说：“我办《安徽俗话报》时就立下宗旨，让皖人通达时事，长点见识。胡先生连‘自由婚姻’都容不下，还不如不办的好。”汪孟邹忙劝解说：“胡先生讲你‘血性过人’，一点不假，他提出改良，并未叫你一定照他的意思。”
苏曼殊生性喜欢漂泊不定，浪迹天涯。1905年6月，苏曼殊去日本江户。临行前，作《东行别仲兄》诗一首，诗云：“江城如画一倾杯，乍合仍离倍可哀。此去孤舟明月夜，排云谁与望楼台。”送走苏曼殊，回到科学图书社小阁楼，陈独秀看看苏曼殊墨迹未干的诗，对汪孟邹说：“苏曼殊专四言绝句，发人深思，字里行间别有洞天。”
“听说苏曼殊向你学过诗？”汪孟邹问。
“在上海，他突然要学做诗，但平仄和押韵都不懂，常常要我教他。”提起往事，陈独秀兴趣大增：“子谷做了诗要我改，改了几次，便渐渐的能做了。照曼殊的历史讲起来，能够成就到如此地步，真是不容易的。他实在是一个天才。”
夏天，安徽公学附设安徽公立速成师范学校，李光炯、卢仲农请房秩五到芜湖主持。陈独秀应家在寿州的体育教师柏文蔚之邀，和王静山、方健飞、宋少侠等人利用暑假去淮上一游。
从淮上旅行回来，一日，吴孟侠(吴越)和赵声来访陈独秀。吴越自前年到上海见到了陈独秀，从此和陈独秀一直书信往来。陈独秀问他：“还在保定办《直隶白话报》?”吴越摇头，说：“同胞们都在做弥天大梦，办报纸是远水解不了近渴。
我已和马鸿亮等人组织了北方暗杀团，决意亲手杀几个清朝大臣，以唤醒同胞已死之心。”
赵声对陈独秀说：“孟侠被推举为北方暗杀团支部长。”陈独秀听了连连点头，说：“去年11月万福华案后，章炳麟、龚宝铨、蔡元培、陶成章把暗杀团改为光复会，我也赞同。我一向主张用武力推翻清朝，只是行动要小心。”吴越说：“好在我没有妻子儿女，只有老父亲有些舍弃不下。这次我回桐城，上了一趟龙眠山老家的坟山。”“不可胆怯，也不可粗心，行动前要作缜密考虑，接受万福华的教训。”送吴越、赵声出门时，陈独秀一再提醒吴越。吴越、赵声走后，陈独秀书写了一幅对子，“推倒一时豪杰，扩拓万古心胸”。不久，《安徽俗话报》因刊载一则反英消息，触怒了英国驻芜湖的领事，该领事胁迫芜湖地方当局勒令停办《安徽俗话报》。
9月底，留在安徽公学教书的陈独秀听到传闻，北京火车站发生刺杀五大臣未遂事件，五大臣中仅载泽、绍英受轻伤。刺杀者当场身亡，因血肉模糊，至今官方不知刺杀者为谁云云。陈独秀大吃一惊，立即给在保定高等学堂读书的张啸岑去信：“北京店事，想是吴先生主张开措，关于吴兄一切，务详告。”
事情发生在9月24日，这天出洋考察宪政的载泽、绍英、端方、戴鸿慈、徐世昌五大臣出都。杨笃生是随员，事前通知了吴越。早上，北京正阳门火车站戒备森严，吴越身揣红布包裹着的自制炸弹不能靠近，临时买一套无顶红缨官服穿在身上，装成随员，在火车启动之际，登上了窗帘装饰富丽堂皇的五大臣专车。吴越尚未立稳脚跟，火车突然开动，猛然的震动使吴越措手不及，将胸前的炸弹引爆。
这枚炸弹有很大威力，火车站一时大乱。负责掩护吴越撤退的杨笃生和张榕见事已至此，忙趁乱离去。
张啸岑给陈独秀寄来吴越的两部遗著：《暗杀时代自序》和《意见书》，并说烈士赴难前，曾留下遗言，若遇难，将上述书转交杨笃生或陈仲甫。吴越写道：“杀那拉淫妇难，杀铁良逆贼易；杀那拉淫妇其利在今日，杀铁良逆贼其利在将来，杀那拉淫妇去其主动力，杀铁良逆贼去其助动力……”吴越字迹雄宏刚健，如枪炮子弹，掷地有声；文论气势磅礴，大义凛然。后来，陈独秀将烈士遗物寄往上海。开吴越追悼会时，蔡元培在大会上说：烈士“死难后，有陈君寄一皮包至上海，内有西式外套一件，此系烈士之遗物。当时系赠杨君，以为纪念”。
清廷不久查明是吴越所为，张榜示众时，将“越”字旁加一“木”，成“吴樾”，以示给吴越永远戴上枷具。（注：1929年，由张啸岑、金慰农等人提议，将安庆最繁华的街道命名为吴越街，延用至今）桐城人金寿民1901年任保定莲池书院讲习时，作担保人，帮吴越考取北洋高等学堂。吴越出事后，受牵连入狱。其妻郝漱玉曾任直隶女学堂总教习，后经日本女学生出面，请日本驻华使馆出面斡旋，慈禧太后下旨：“金寿民马虎成性，不堪录用，驱逐回籍。”金寿民遂与妻子郝漱玉回老家桐城（今枞阳）会宫养老，留住了性命。
1905年秋天的一日，在芜湖安徽公学代课的陈独秀和柏文蔚、学生常恒芳等人商议成立岳王会，因为岳飞反抗的金辽正是清人的祖先。
9、10月间的一天，一向冷落的芜湖关帝庙，突然来了30多位香客。他们在供桌的木香炉里燃上一炷香，在烛台上燃起两根蜡烛，面对神龛里的关帝泥塑，抚掌叩头，盘腿而坐。为首者便是26岁的陈独秀。大家静静地坐着，听陈独秀宣读岳王会章程，然后集体宣誓。会后，当选为会长的陈独秀利用会费，租了两间房子作秘密联络点。10月，柏文蔚因赵声之请，到南京新军第九镇任武官，不久在南京成立岳王会分会。
年底，孙中山派22岁的吴谷(吴春阳)到南京组织长江流域同盟会。柏文蔚率岳王会南京分会加入了同盟会。1906年年初，芜湖岳王会集体加入同盟会。陈独秀不愿参加同盟会，他说：“我不参加同盟会，照样也革命。”章士钊、徐锡麟、熊成基等也没有参加同盟会。
1906年春，陈独秀和苏曼殊一起去日本。在船上，苏曼殊问陈独秀：“为什么不加入同盟会？”陈独秀说：“同盟会鱼目混珠，泥沙俱下。我很佩服孙中山、廖仲恺、朱执信，但其他人我就不好说了。像汪精卫，纯属全躯保妻之徒。尽美、薄泉、师培与孙逸仙也常有摩擦。”这次去日本，苏曼殊想寻找大姨河合仙（义母）。苏曼殊是广东香山人，1884年10月出生日本横滨，母亲是日本人河合若子，父亲苏杰在苏曼殊出世前即丢弃河合若子而去。苏曼殊出生不久，母亲嫁给了一个海军军官。改嫁前，母亲将苏曼殊交给其姐河合仙。
到日本后，苏曼殊没有找到河合仙，因送小野氏南归，和陈独秀在大热之前回到芜湖。７月５日，苏曼殊给刘三写信：“申江别后，弟即偕仲甫东游，至处暑始抵皖江。”
秋日的一天，陈独秀回到安庆。嗣母谢氏见他西装革履，头发后梳，一副留洋派头，笑着对高晓岚说：“大众，你看他穿得像个鬼样子！”陈独秀脱下西装褂子，披到侄子遐文身上，笑眯眯地说：“老奶奶讲我穿得像鬼一样，这穿得多好看呐！”延年和遐文年龄相仿，见父亲和遐文讲话，远远地站着，睁着大大的眼睛朝他们看。陈独秀见状，走了过来，伸手摸了一下延年的黑黑的头发，“嗯”了一声，说：“长高了。”
1907年春，陈独秀到日本，住东京神田区猿乐町二丁目番地清寿馆，和章士钊、苏曼殊住一室。和他们住在一起的还有邓以蛰和二哥邓初。陈独秀和章士钊在正则英语学校学习英文，同时到早稻田大学学习法国等西欧文化。邓初到日本学医，邓以蛰在弘文书院学日语。陈独秀到东京后，和章太炎、刘师培、苏曼殊、张继、陶冶公、何震及日本人幸得秋水等人成立了“亚洲和亲会”，其宗旨是“反对帝国主义，共同使亚洲已失主权之民族，各得独立”。章太炎是1906年６月出狱后来到东京的，任《民报》总编辑。章太炎古文造诣很高，文章古奥。平常好说佛法，讲《说文解字》。陈独秀很佩服他的“朴学”，章太炎也推举陈独秀的文字学。当时钱夏（钱玄同、字德潜）也在《民报》馆。陈独秀不参加同盟会，但喜欢读《民报》，平常无事，陈独秀喜欢到《民报》馆坐坐。
这期间，陈独秀沉醉于拜伦（Byron）与雪莱(Shelley)的全集。因为看多了，陈独秀就时而拜伦的浪漫主义，时而卢梭的自由主义，时而易卜生的个人主义等。
在邓以蛰眼里，陈独秀就是南宋的陈同甫再世，而陈独秀本人也最服膺陈同甫和叶水心。苏曼殊佩服陈独秀的汉学，章太炎的诗，自己喜欢哼着以龚定庵为蓝本的七言绝句。
夏天，苏曼殊完成了“梵文典”的翻译。陈独秀写诗《曼上人述梵文典成且将次西游命题数语爱奉一什丁未夏五》贺他：“千年绝学从今起，愿罄全功利有情。
罗典文章曾再世，悉昙天语竟销声。众声茧缚乌难白，人性泥涂马不鸣。本愿不随春梦去，雪山深处见先生。”
上一年苏曼殊在芜湖送给邓以蛰一幅荷锄图，画上燕绕春柳，落花无情，陈独秀也题了诗：“罗袜玉阶前，东风杨柳烟。携锄何所事，双燕语便便。”平常陈独秀叫苏曼殊“糖僧”，“革命和尚”，但题诗时，总客气地称为“曼上人”。
1908年夏日的一个星期天，陈独秀来到《民报》馆。湖北人黄季刚正在和章太炎、钱玄同闲谈，见来了生人，便退到里屋。谈了一会，周作人也来了。谈到汉学，陈独秀说：“清汉学发达，戴、段、王都是安徽、江苏人，安徽、江苏还是出人的。”陈独秀知道章太炎、钱玄同、周作人都是浙江人，因为是熟人，他也不避讳。章太炎清秀的长脸看上去很精神。他见陈独秀抬举安徽、江苏人，虽不以为然，还是点了点头。“湖北没有出什么人……”陈独秀继续高谈阔论。章太炎又附和了一句：“是啊，湖北没有出什么人。”在里屋的湖北人黄季刚听了直喘粗气，大嚷：“湖北固然没有学者，然这不就是区区，安徽固然多有学者，然而这也未必就是足下。”陈独秀没想到草棵里杀出个程咬金，弄得十分尴尬。“这又何苦。”陈独秀找了个由头，起身告辞。
章士钊、陈独秀、苏曼殊3人在一起，1884年出生的苏曼殊年龄最小，小陈独秀五岁，小章士钊二岁。因此跑腿打杂，常常是苏曼殊的事。一次3人断炊，章士钊、陈独秀找了几件衣服，要苏曼殊去当铺当点钱买东西吃。谁知苏曼殊一走，半天不见人影。“疯和尚”，“死和尚”，陈独秀、章士钊两人大骂了一通，又饿又困，迷迷糊糊地睡着了。
半夜，苏曼殊回来了。手上的衣服不见了，取而代之的是一本书。“吃的呢？”
陈独秀见苏曼殊回来，咽了一下口水。“当了钱，正要买吃的，在夜市上见了这本书，因为遍地寻不着，便买下了。”说这话时，苏曼殊慢慢地往外吐字，像是平时闲谈。两人见状，又骂了几句，只好饿着肚子继续睡觉。苏曼殊一夜未睡，把新买的书看完了。第二天早上，陈独秀、章士钊起来接着骂。苏曼殊也不答，一头倒下，不一会，鼾声大作。
不久，章士钊因交女友，得罪了其丈夫，一位陆军大佐，只得独自先回国去了。
苏曼殊在日本出生，这次邂逅了当年的恋人菊子。菊子此时成了一名弹筝的艺伎，改名百助眉史。苏曼殊在陈独秀劝说下，决定作画卖钱，赎出百助眉史，不料艺伎老板用计奸污了百助眉史，迫使百助眉史蹈海自杀。苏曼殊受了打击后，成天少言简语，闷闷不乐。过了一时，苏曼殊写了十首怀念百助眉史的《本事诗》诗稿，给陈独秀看。其一云：
无量春愁无量恨，一时都向指间鸣。
我亦艰难多病日，那堪重听入云筝。
隔日，陈独秀写了和诗十首，其一云：
双舒玉简轻挑拨，鸟啄风铃珠碎鸣；
一柱一弦亲手抚，化身愿作乐中筝。
秋初的一天，陈独秀到枥木县日光山观赏华严瀑布（死亡瀑布），发源于中禅寺湖的大谷川，过去常有青年人在这里自尽。因联想到国内革命义举屡屡失败，陈独秀心情黯淡，吟《华严瀑布》诗十四首，其中如：“死者浴中流，吊孝来九州。可怜千万辈，零落卧荒丘。”苏曼殊却从诗中找到了佛性和禅机：“好，好，词况丽瞻，是仲兄的上品之作。”游华严瀑布，陈独秀感伤太多，不久他与苏曼殊分手，回到了国内。