1879年10月9日，清光绪五年己卯八月二十四日乙丑，陈独秀（庆同）出生在安庆城北的一间平房里。自陈独秀父辈上溯，陈家12世儒业不兴，陈独秀出生时，已成小户人家。
祖父陈章旭(字晓峰)，人称白胡子爹爹，生于1819年，年轻时候选知县，但一生候选，未被任用。陈章旭娶劳氏为妻，生下四儿一女。老大衍藩被太平军乱枪戳于稻草堆中不治身亡，老二衍藻夭折，老四衍庶（陈昔凡）是1875年的恩科举人，在外候选知县，无子。只有老三陈衍中娶查氏为妻，生有两子两女，继承了陈家一脉香火。
陈独秀两岁时，父亲陈衍中因瘟疫死于苏州怀宁会馆。这一年，陈昔凡的原配，23岁的方氏也病逝了。白胡子爹爹喜欢抽鸦片，脾气更坏了。怀宁渌水乡老家来人，陈独秀母亲查氏叮嘱他们，手脚轻些，防止挨白胡子爹爹骂。
陈独秀六七岁时，祖父叫他背四书五经。陈独秀天资好，但玩性重，背得急急巴巴的。白胡子爹爹拿篾条抽他，说：“你大伯父在你这么大时，这几篇东西早就会背了。”陈独秀挨了打，小嘴倔犟地鼓在一起，两眼狠狠地瞪着白胡子爹爹。
祖父见了更气，骂他“将来长大了，一定是一个杀人不眨眼的凶恶强盗，不成龙就成蛇”。
查氏很贤慧，在邻里亲友中有“女丈夫”之名。家里虽然穷得丁当响，乡人有急难，她常尽力相助。族长手下一个户差，经常以各种名义找查氏要点钱花。
一天，户差对查氏说，陈家祖宗在阴间缺钱，托话给他，叫他捎钱。说完，户差打了一个哈欠，直挺挺地倒在床上，嘴里咕咕噜噜，鬼话连天。查氏也不去揭破他，说：“你等一等。”从箱子底下翻出几块钱。陈独秀见户差装神弄鬼，闭目睡在床上，一动不动，便和一群小朋友相约在屋前屋后一起喊：“失火了!失火了!”户差一听，慌忙睁开眼睛，说：“我在阴间就闻到烟味，知道失火了。”陈独秀和小朋友们在一旁哄笑，说：“一点不灵。”户差恼羞成怒要走。查氏忙把钱递了过去，赔不是。
白胡子爹爹知道后，大骂陈独秀“翻生货”，抄起戒尺要打他，但想到户差平白无故打秋风，独秀聪颖乖巧，举起的手又放下了。
1889年，陈独秀11岁时，71岁的祖父去世了。陈独秀十二三岁时，哥哥庆元(字孟吉)20岁，已考取了秀才。开始接替白胡子爹爹，教弟弟读书。一日，查氏见陈独秀将四书五经放在一边，聚精会神地看《昭明文选》，埋怨道：“庆同，正经的书不看，这东西管用吗?”哥哥说：“庆同性子耐不下来，看一点闲书，比不看好。”嘴上已露出茸茸小胡子的庆元，是个阿弥陀佛的性子，讲话总是和颜悦色，一脸谦和。
查氏知道庆元管不住弟弟，责怪陈独秀说：“去到考场放个屁，也替祖宗争口气。你这样贪玩，怎么对得起你死去的爸。”说着，查氏的泪就掉了下来。陈独秀见母亲流泪，心软了下来，只好硬着头皮做八股文章。
1896年，17岁的陈独秀参加院试考试。考试前，母亲问庆元：“庆同能考上么?”庆元说：“弟弟县考府考关都过了，这次院试也能通过。”母亲说：“我替他担心，县考府考他的名字排在后面。”“庆同的八股文有限，所以县考府考名次低，但院试要临场发挥，这是弟弟的长处，中个秀才没有问题，你就准备喜蛋吧。”
宗师出了一个很古怪的题目，叫“鱼鳖不可胜食也材木”的截答题，不少考生傻了眼，交了白卷。陈独秀见题目出得怪，急乱中将《昭明文选 》、《康熙字典》上的难字古文，东拼西凑，一古脑儿往里搬，填满了一篇皇皇大文。宗师监考时几次走到陈独秀旁边站住。交卷时，他叫住陈独秀：“陈乾生，你且慢走，你今年多大了?”陈独秀毕恭毕敬地说：“童生今年17了。”宗师“嗯”了一声，点了点头：“年纪还轻，回家好好用功，好好用功。”这位宗师叫李端遇，安徽学政，大大的个子。回到家中，陈独秀把答卷情况和宗师的话对庆元说了。庆元半天才说：“怕是没有考好，不然宗师怎么会说‘好好用功’呢?”陈独秀见哥哥这样
说，心里很难过，母亲的情绪也低了下来。看榜那天，一个令人兴奋的消息传来了：陈独秀考上了秀才，而且还是院试第一名。这下陈家别提多高兴了，贺喜的人接连不断，远亲近邻，族长户差都来了。查氏赶忙煮喜蛋，应酬客人，一天到晚笑呵呵的。客人走后，庆元说 ：“我叫你煮喜蛋，没有说错吧?”查氏笑着说：“你也学贫嘴了，那几日怎么不见你呲个牙?"
庆元见弟弟不做声，问：“你在想什么?”陈独秀说：“我那篇不通的东西，怎么会得第一呢?”庆元说：“我也奇怪，听你那么讲，能考上秀才就不错了。”陈独秀说：“那题目本来就不通，文章写得又不通，那宗师也不通，大约这几个不通到一起，就通了。”母亲说：“这是命。什么通不通的，说出去，也不怕别人笑话。前天我做了一个梦，梦见一只大鸟从我的头上飞过。庆同考上，是贵人吉象，命中注定的。”庆元听了，笑着说：“外面人还说，陈家祖坟风水好，振风塔是陈家坟前一管笔。”振风塔又叫万佛塔，号称长江第一塔。
查氏说：“这话也像，陈家祖坟坐北朝南，振风塔正好在陈家祖坟前面，你父亲考上秀才，叔父中举，你们弟兄俩都中了秀才，说不定真有祖宗保佑呢!过几日，我们去一下坟地，好好烧把香。”陈独秀听了，不以为然，“我不信贵人吉相，祖坟显灵，我只感谢昭明太子，没有《昭明文选》……”庆元见弟弟这样说，白了他一眼。陈独秀见状，忙把后面的话吞了回去。
几日里，贺喜客人不断。最叫母亲高兴的是，安庆城几位从不登门的名门望族和富户人家，纷纷托媒上门，打听陈独秀的生辰八字。其中一位是安庆副将高登科托来的媒人，媒人只顾笑眯眯地看陈独秀，陈独秀不自在，说了声“请用茶”，借故出门去了。“到底是皖城名士，气度不凡。”客人说。查氏笑着说：“哪里称得上名士，你是夸奖他了。”客人说：“算是名士了，我们素不相识，不是慕名而来了么？”
安庆副将高登科是霍邱城东十里高家洋人(安徽六安霍丘临淮乡)，出身贫寒，小时受继母虐待。13岁那年放鹅丢了两只，不敢回家，正巧一支官兵路过，就随军而去。高登科作战勇猛，升任副将。他娶了三位夫人，女儿高晓岚是续弦詹氏所生。詹氏死后，高晓岚受到继母厅氏的虐待，高登科便带她到安庆，亲自教养。
面对媒人，查氏说：“晓岚自幼丧母，庆同自幼丧父，两人都是苦命，倒是般配，只是高晓岚是将门之后，庆同出身贫贱，怕是门不当户不对。”客人说：“庆同父亲是大清举人，做官在外，前程无量。文官武职，正和高将军门当户对。你的两个儿子都是秀才，陈家又是书香世家，说起来，还是高家攀附陈家哩。”他这么说，是因为陈衍中去世后，陈独秀过继给叔父陈衍庶（昔凡）为子。
查氏听了高兴，问：“不知高将军女儿今年多大了？”客人说：“高晓岚生于光绪二年丙子正月十八日，今年满19岁。”查氏说：“庆同生于光绪五年己卯八月二十四日，比小姐小3岁。”客人说：“不妨，女大三，抱金砖。”查氏说：“明个我带庆同去高府坐坐，和高将军、晓岚见一面，你看如何？”客人说：“这样最好。”
当晚，查氏讲到高府提媒的事。陈独秀看着庆元，庆元只是抿着嘴笑。庆元比妻张氏小一岁，所以不好说什么。陈独秀见哥哥只是笑，知道他已同意了，便说：“母亲做主吧。”
第二天，查氏和陈独秀去了高府。高登科一身新衣服，满面喜气。陈独秀喊了一声“伯父好”，挨母亲坐下了。高登科连声答应了，和查氏对坐，中间隔着一张八仙桌。堂厅正墙中间有一幅山水图，陈独秀手足无措，只将眼睛朝画上看。高登科以前没有见过陈独秀，只听说考中秀才第一。这会见陈独秀声音宏亮，目光炯炯，彬彬有礼，眉宇中透出几分英气，已是非常欢喜。虽然个子小了一点，皮肤略黑，因为年轻并不介意。
这时，高晓岚端上茶水、点心。高晓岚出身将门之后，个条高挑，这天穿着又仔细打扮过，一双如莲小脚。见了查氏，叫了一声“伯母”，挨次斟了茶水，走到高登科下首的紫檀木圆凳边，远远地和陈独秀对坐了。
查氏连忙答应了，两眼只顾朝高晓岚看，见她荆钗布衣、朴实厚道，心里十分欢喜。原来怕官家小姐，过不惯她家粗茶淡饭的生活，这回放心了。查氏再看陈独秀，儿子默默地坐着，大气也不敢出一口。偶尔，陈独秀瞧了一眼高晓岚，心嘣嘣地乱跳。正巧高晓岚在瞧他，两人的脸顿时红了。从高府出来，陈独秀一路无话。俗话说，十八无丑女，陈独秀情窦初开，哪见过这个世面，心里乐滋滋的。
母亲问他：“怎么样？”陈独秀头也不抬，只是笑。问急了，答道：“说不上来。”母亲笑了，说不上来就是同意啊。
1897年７月，陈独秀、庆元，庆元的先生、同学及先生的几位弟兄一行数人，雇了一只民船，到南京参加８月份的江南乡试。船行数日，到了南京。甲午战争之后的南京，满目疮痍，一片衰败。陈独秀原想到了六朝故都，开开眼界，结果大失所望。
一行人沿着街铺走，问了几家客店，都住满了江苏、安徽来的考生。别的省是一省考，只有安徽、江苏是两省在一起考，江南乡试期间，南京有10000多考生。一处很破烂的客店，周围泥泞不堪，只见一位穿着很漂亮的年轻女子，单衣薄纱，露着胳膊腿子，笑着迎过来说：“住店呀？”说着，伸出手拽住了先生手上的包袱，那妩媚的笑里分明还有别的意思。大家似着了魔，两眼发直迈不动腿，都说：“就住这儿吧。”屋里已住了不少考生，床铺是大通铺，房钱还高。因为碍着女主人吊胃口，大家都心甘情愿交了钱。
陈独秀转了几个地方，没有找到厕所。出了门，来到一片空旷地，远远的见一个年轻女子姗姗而来，同店的一位考生竟拉下裤子，蹲在一旁。陈独秀心里厌恶，咕哝了一句：“妖孽！”生了一阵闷气，陈独秀回来和庆元说了。哥哥说：“小便胡乱找个地方方便了，若出恭，只好等晚上天黑了。”陈独秀只好等天黑出门，走到屋后无人处方便，却踩回一脚的晦气。进屋后，一屋子的人都不高兴。不知是谁在叫骂：“这么难闻，是谁假正经呀？白天不去，偏要等晚上去。”陈独秀好一阵子不自在，只好不做声，让人叫骂了一会。
躺下来后，陈独秀想起那位花枝招展的女房东，便问睡在一旁的考生。那考生轻轻地说：“我们都中了美人计了。那个漂亮姐是房主临时请来招揽生意的，等我们交了钱，早已领了赏钱拍拍屁股一溜烟了。”陈独秀说：“原来是这样。”旁人已是鼾声如雷，陈独秀翻了几个身，久久难以入睡。他想：这时和女人睡觉，大约不会推辞，但叫我当街献宝，绝对不干。
离考试还有一些日子。第二天，陈独秀、庆元、庆元的先生等人约了一起逛街。
回到客店，昨晚和陈独秀挨铺的考生捂着肿起的脸颊，睡在床上呻吟。陈独秀问：“怎么了？”他哼了半天，说：“刚才去钓鱼巷，钱没有带够。”陈独秀一听，差一点笑出声来，赶紧用手捂住了嘴。他以前听说过嫖妓不带够钱要挨打，想不到这回真给他遇上了。
吃过晚饭，一位考生坐在窗前看上海《时务报》。陈独秀稀罕，说：“等一会给我看看。”陈独秀以前没有接触康有为、梁启超。他将这张《时务报》读了又读，对梁启超的“变亦变，不变亦变”十分感兴趣。这一晚，他又没有睡好觉。
八月初七，考生进考棚考试。考棚被分隔成十余丈长的号筒，每个号筒隔成一个一个的号舍。每个号筒要住上近百个考生，号舍又低又矮，像鸽子笼似的排在那里。进考场时，考生吵吵嚷嚷，蜂拥而进，惟恐找不到号舍。陈独秀背着包袱左右顾盼，差一点被人挤倒，还是庆元拉他找到了号舍，代他领了试卷。这时，陈独秀已三魂丢掉二魂半。
陈独秀那条号筒紧对着一堵高墙，是一条长巷。考试分3场，一场3天，要考9天，所以考生都背了烧饭的家伙。进了号筒，考生便将铁锅挂在对面的墙上。８月的南京，正是火炉季节，中午烧饭，到处浓烟滚滚。考生为了避热，伸出身子，半探在号筒中答卷。考试第一场，庆元的先生还斯斯文文地穿着老布对襟褂子，其他考生早已把小褂子脱去了。
下午，陈独秀拿着卷子，冥思苦想，只见一个徐州大胖子全身一丝不挂，头上盘着辫子，脚踏一双破鞋，手拿试卷，在号筒中走来走去，大脑袋晃动着，口中还念念有词。陈独秀见了，像贾宝玉丢了通灵宝玉，发了一阵呆。没想到在大清朝的科举场，竟有这等有辱斯文的事。“妖孽！”陈独秀心里想。这时，赤条条的大胖子，摇晃到陈独秀号舍前，猛地一拍大腿，口中念道：“今科必中。”把气喘吁吁的陈独秀吓了一跳。
这一回，昭明太子没有帮陈独秀的忙，兄弟俩双双落榜。
从南京回来，陈独秀与高晓岚完婚。婚礼那天，陈家亲族、本家来了不少人，陈独秀的大姐夫、商人吴向荣，小姐夫、画家姜筠之侄姜超甫都来了。婚礼杂事主要靠两位已出嫁的姐姐和嫂嫂张氏操持。高登科穿了皇帝赏他的马褂，请了不少当地有脸面的人到场。高晓岚同父异母的妹妹高君曼（小名小众）也从霍丘赶来参加姐姐的婚礼。陈、高两家热闹了几天，了却了一件心事。小众活泼可爱，和姐姐性格一个天上、一个地下。
新婚燕尔，北方的寒流就南下了。陈独秀和高晓岚一个新潮、一个守旧，度完了蜜月，两人的话也说完了。慢慢的，高晓岚有事无事便到嫂子张氏屋里坐。陈独秀乐得清静，写他的《扬子江形势论略》新式文章。
1898年是光绪二十四年戊戌年，康梁维新变法失败。就在这一年，陈独秀与高晓岚的第一个儿子陈延年在大南门培德巷东口一号出世了。因庆元的3个儿子比延年大，所以延年小名叫小四子。延年脑门阔，像陈独秀，瓜子脸像高晓岚。延年的出世，对高晓岚是个安慰。陈独秀年纪轻轻做了父亲，喜上眉梢。
这时嗣父陈昔凡回家省亲，临走提出带庆元、陈独秀弟兄俩去东北。陈独秀、庆元虽是秀才，都无事在家。陈昔凡脸色慈祥，眉清目秀，鼻隆耳大，一副富人吉相。他是光绪元年乙亥（1875）恩科举人，候升知府，在辽阳州任过班升道，分省补用，以知府赏戴翎。
一次，陈独秀随陈昔凡在东北乘火车，天黑大雨，几个喝醉酒的俄国士兵将中国人赶下火车。陈独秀问陈昔凡：“中国人买了车票，为什么还被赶下车？”陈昔凡叹了一口气，说：“还有打死中国人的事。”陈独秀追问：“华官为什么不管？”陈昔凡说：“管有什么用，路权已不属于我国。”陈昔凡关照说：“庆同，你年轻气盛，不要逞强。”
1899年年底，陈昔凡见义和团大闹山东，安排陈独秀兄弟俩回安庆。“关东遭丧乱，飞鸿惊寒弦。”此时正是隆冬季节，一路天寒地冻，惊鸿四野。弟兄俩日夜兼程，风餐露宿。1900年春节前夕，赶回安庆。见到弟兄俩，一身重孝的高晓岚和张氏嚎陶大哭，原来母亲查氏已不在人世了。想到母亲孤苦零丁的死去，陈独秀靠在门边，泪如雨下。
第二年，陈独秀在安庆过了一年安静的日子。年底，高晓岚生下了女儿玉莹（筱秀）。
1901年春，东北安定后，陈昔凡带信要陈独秀和庆元再去。但这次，陈独秀决定去日本留学。初秋，庆元庆同弟兄俩相约启程。“弟就辽东道，兄航燕海边。”
这是弟兄俩最后一面。