“肇和”起义失败后，陈其美、蒋介石等人被迫逃往日本。“肇和之役”结束以后，据统计，死伤及失踪之革命同志，殆及百人。至于造成这次革命之役失败的原因，有下列几点：（一）同时未能占“应瑞”、“通济”两舰，致“肇和”有孤立之势，而卒遭两舰攻击。（二）担任陆上各方面攻击之决死队等，武器只有手枪、炸弹，不能与正式军队之枪械抵抗。（三）5日晚间总机关破坏，各方联络中断。（四）陆军方面不能确实响应，故陆上无根据地可以凭借。这次战役虽然失败，但是影响是很大的。正如邵元冲所说：“因此，这次发难，虽然很快的失败，而它的效果，不仅影响到全国，而且影响到世界，在国内可以打破袁世凯武力万能的迷梦，促起一般人的觉悟，在国际上更可揭破袁世凯种种欺骗的宣传，纠正袁世凯兵力能够镇压全国的错误，同时在本党中间，也因此重复鼓励起各同志积极的勇气，在各处做种种发难的准备。所以不久云南起义以后，各省部能很快地响应，到底推倒了袁世凯的帝制。这后来很大的成功，实不能不说因肇和战役播了最初伟大的发难种子所得的效果”。
“肇和之役”失败，陈果夫说：“这次事情给我不少的刺激，谈话中不免有灰心的口气。英士先生责备我不应灰心，一面很有自信力的说：‘革命事业，失败不足怕，我们应该检讨得失，及时再起，必有成功的一天。革命党人不可颓唐；意志消沉，则永远不会有成。所以我们今后仍旧要积极进行，革命的成功不过是时间问题罢了’。从此我重振精神，继续积极工作。”
袁世凯自“肇和”举义后，不但毫无悔意，且变本加利，一面积极进行帝制自为，一面多方消灭革命党势力。袁世凯日事伪造民意，以伪“国民代表大会”投票，决定变更国体，拥袁世凯为“中华帝国皇帝”，定民国5年为洪宪元年。而由革命党与进步党合作策划的云南起义于民国4年12月25日成立护国军，分两路向四川、广西进兵。陈其美已自日本回到上海，策划讨袁。袁世凯虽然于民国5年3月22日被迫取消帝制，但国人决不容许这种毁约法变国体家天下的独夫，以其负国，反袁讨袁，更是积极。为阻止陈其美回国，袁世凯派人找到陈其美，声称只要他不再过问国内政治，便可资助他50万元赴欧考察。陈其美要求一次付清，而说客坚持分期付款。陈其美对说客说道：“我个人不需要这么多的钱，我想要这笔钱，无非是为了国家。一次付清，可以用作革命经费。”说客说：“你错了，这笔钱不是想让你拿去革命，而是让你不要革命了，你如果拒绝，那袁世凯就要把这笔款用于杀你。”陈其美断然拒绝。
陈其美回到上海后，袁世凯又许以重金，要其离开上海，又为陈其美拒绝。收买不成，袁世凯决定用重金雇人将陈其美暗杀。
陈其美回上海后，首先运动海军第二舰队开往沪淞一带，未能成功。随后又商定于4月12日零时发炮为号，海陆军同时响应起来。不巧，晚上正逢天降大雨，号炮潮湿，不能放响，直到凌晨3时，才放响一炮，海陆军都无法响应。次日，改为海军开炮发动，陆军响应。然而海军未能发炮，举义未成。后来蒋介石、杨虎虽然率军攻占了吴淞要塞，但未能坚持多久，遂告失败。
陈其美在上海革命屡屡受挫，但其革命意志丝毫没有动摇。他多方筹措经费，等待时机。
袁世凯党徒探知陈其美正苦于革命经费难筹，便派爪牙许国霖和程子安设立一个鸿丰煤矿公司，然后收买同盟会会员李海秋，让他告诉陈其美，说鸿丰公司有一块矿地，准备向日本抵押借款。如果除其美能帮助介绍签约，公司可以拿出贷款的4／10约40万元，支援革命。陈其美正为筹款事犯愁，当即答应由李海秋与鸿丰公司办事人带合同底稿来签字。
黄郭、吴文藻等革命党人对此事表示怀疑，均表示应该弄清虚实后再说。但陈其美要钱心切，他说：“我们湖州人有句俗话：‘和尚要钱连经也卖’。革命需要，财政枯竭，眼前悠悠万事，该冒的险也就得冒了。”
5月18日，陈其美来到法租界萨坡赛路14号寓所等候。李海秋等人不久也驱车赶来。坐定不久，李海秋声称合同底稿忘带，需返回取来。李海秋刚出门，两个彪形大汉持枪冲了进来。陈其美不及防，头部连中数弹，倒地身亡。黄郭、吴忠信等人闻声赶来，与暴徒展开枪战，其中一人被击毙。
陈其美死时，经济相当窘困，检查身边遗物，仅有款项20元。陈其美临终时，黄郭抱着他，他还说：“惜乎讨贼未成，身死小人之手，此为憾事！”
陈其美死后，孙中山要求国葬，但迟迟没有下文。
蒋介石听到陈其美被刺杀后，痛哭失声，立即赶到出事地点，冒险将陈其美的尸体载回自己在上海的秘密寓所人殓，并亲自撰写祭文悼念陈其美，他以极悲伤的语调说：“自今以往，世将无知我之深，爱我之笃，如公者乎。”由此可见蒋介石对这位盟兄兼恩师的情意之深了。