戴笠去见陈立夫，陈立夫极为藐视，为此戴笠怀恨在心，便时时处处都想让“中统”人出乖露丑，为了挽回颓势，得到蒋介石“青睐”，叶秀峰继徐恩曾之后，更加凶恶。
“中统”和“军统”这两个特务机关，常常互相摩擦，互相排挤，互相攻击，这种情形，并非到两“统”分立之后才开始，在它们还是“一处”，“二处”的时候便已发生。当“复兴社”的特务处并入陈立夫领导的“军委会调查统计局”为第二处时，戴签去见陈，陈对他极为藐视，这使他怀恨在心，久久不忘。因此他自立门户以后，便事事都要爬在“中统”前头，以逞报复之快。正因为陈立夫看不起戴笠，所以在陈任局长时期，徐恩曾的“一处”比戴笠的’‘二处”，政治地位较高，许多便宜都给“一处”占了先，这使“二处”很不服气。当时专搞反间工作的南京邮件检查所和南京电报检查所这两单位，邮检所的中校所长张志鹏，是“一处”的，少校副所长董襄是“二处”的；电检所的情况也一样；正所长是“一处”的叶定。这两个检查所凡有检获，材料照例送局本部，而局本部主办邮电检查部分工作的特务，又是“一处”的应泽。所以在没有送到局本部之前，“一处”老早就全部知道了。至于“二处”的人即使是副所长一类的头目，也只能从经手人那里看一点，记一点，所以他们感觉总是为人作嫁，不能与“一处”争功，早就心有不甘。后来，罗杏芳当上重庆邮检所所长时，就曾愤愤地说过：“CC”分子还想从我这里得到情报？对不起，老子请他们吃“CC”！（罗杏芳是湖南人，湖南土话称尿为“稀媳）
当两“统”分立之时，照蒋介石的指示，原有分工之议：“中统”着重于党务、政治、经济；“军统”着重于军事、特务武装和“‘行动”。但后来“军统”
机构逐渐庞大，经费也不断扩增，戴笠更用印制伪钞、走私贩毒等办法来自筹经费，野心勃勃，悉力发展，而且为恶愈多，愈获得蒋介石的信赖，就再也没有去顾什冬分工。特别是在他把徐恩曾搞垮以后，更是什么都抓，不理“中统”。到了抗战后期，戴笠得到美帝的支持，靠山愈大，野心愈大，机构愈大，特务愈多，那就更不把“中统”放在眼里了。
“军统”素来认为全国警权应该归它，任何其他派系均不应分沾。“中统”则因本来没有培训过什么警政人员，也没有公开指挥或管辖过警察单位，所以也无法向警权圈内插手。在这种情况下，陈立夫便用了一向搞警官学校的李士珍。为了扶李土珍，陈立夫在蒋介石面前一再说他“识大体”，心目中只有“领袖”，替他邀得蒋介石的喜欢。李士珍的资历本来够不上当国民党的中央委员，但因为得到陈立夫的帮忙，终把名字圈了上去，因此李土珍对于陈立夫感激得五体投地。虽然如此，但陈立夫却并不要李士珍公开与“CC”合作，而叮嘱他保持原来的政治面貌，有时候还要李士珍在公开场面上，对陈立夫或“CC”提出带“批评性的意见”，借此在第三者的眼前吹起迷沙。李士珍之所以能始终保持着中央警官学校这个地盘，没有被“军统”吃掉，不能不多谢陈立夫的做法。这样一来，以李士珍而言，是借陈立夫之助维持住地盘；在陈立夫而言，则是利用李士珍的存在，以抵御戴笠在警权内的独占，双方都有好处。因为李士珍的地盘巩固了，在国民党内的地位提高了，他对警官学校的毕业生就能抓得更紧。这些毕业生派到各盛市、县去担任警政职务后，由于李士珍的关系，便和“中统”的地方特务组织协同一致，这又使“中统”得到不少助手和方便，借此达到两利的目的。在警权方面，“中统”虽无力与“军统”明争，却仍用“柔术”进行暗斗。
尽管陈立夫和徐恩曾等人想方设法与戴笠争宠，可是事实上，愈到后期，“中统”愈给“军统”压得无法出头。这不仅是因为“军统”利用抗战期间，大量扩充，且得到美帝的帮助；更因为蒋介石的统治愈接近末日，也就愈依靠暴力手段来维持，在这个作用上，“军统”的组织比之“中统”，确实更能适应蒋介石的需要。再加上戴笠一心要垄断蒋介石的整个特务工作，但又不可能把“中统”消灭，便时时处处都想让它出乖露丑，一直弄到徐恩曾走私贪污案发，是戴笠对“中统”最重的一击。徐恩曾招架不住，终于被打下台来，从此就得不到蒋介石的起用。这一幕，是“军统”和“中统”利害冲突的顶点。
徐恩曾垮下来，叶秀峰顶上去，“中统”就开始走下坡，其内部的离心现象也加重了。
首先是人事上的变迁。在徐恩曾时代的许多组处级的人物，因已利用过去时期的人事关系，和别的范围拉扯上，这时候干脆弃旧而就新，离局他去。有的人因在本籍已扎了根，或在企业范围已打好底子，这时也转去当地方官或经营赚钱的业务了，有的和二陈关系更为直接也更为密切的，就转到中央级的别的部门或省市级的厅处去。只有一部分一直靠“中统”吃饭的中下级人员，仍然守在旧窝。
其次是经费被削减。在徐恩曾为蒋介石宠信的时期，除国民党中央党部照编制开支的经费之外，尚有“特别补加费”。“中统”分布在各公司开的有收益机关（如盐务机关）的头子们，还向局本部提供款项，俾资运用。而用走私等种种不法手段弄来的钱，也可拿来补充。但徐去叶来之后，在蒋介石偏重“军统”的情形下，正式经费打了折扣，别的来源也随之萎缩，以致叶秀峰也唉声叹气的说：“徐先生倒霉，连机关经费也缩减，人与事相联，实在伤脑筋广在失宠的景况下，为了挽回颓势，重邀蒋介石“青睐”，叶秀峰就加紧为恶。
所以，在抗战后期，像在重庆搞“校场口血案”，组织反苏游行，捣毁《新华日报》等等，“中统”局本部及其“重庆实验区”都派了大批特务去进行。抗战结束后，各地学生“反内战、反饥饿、反迫害”的运动风起云涌之时，在学校进行特务活动，编造学生黑名单，并进行绑架搜捕工作，“中统”更成为主力。在蒋介石政权的最后阶段，“中统”向“军统”学步，在川湘等省的部分地区，也利用帮会和土匪，组织过特务武装，其中如湘西洪江的陈通焕、玩陵的吴学尧等“中统”分子，就是这样。但是，在解放军到达湘西时，很快都被肃清了。
叶秀峰接管“中统”是在抗战后期，当时，他还看不到蒋介石政权会如此迅速地趋于崩溃，所以仍想借着这个特务机关，做出一番“表现”。岂料抗战胜利不久，许多他认为可靠的人，已开始离开。到1948年，这种众叛亲离的现象更趋显著。连他自己一手培植的杨博清（曾混人延安抗大，后返重庆），也不愿再跟随他，而利用自已是福建人的关系，要到印尼去另谋出路。今天这个离开，明天那个远走，连“纪律”约束也宣告失灵。那年秋天，‘中统’的刘恭在上海碰到“CC”头目之一的洪兰友，洪对他苦笑道：“趋炎附势，人之常情；看样子，如果共产党说不杀人的话，我们“中统”的朋友，十有八九输诚自请，望门投止１曾兼过“中统”
局长的朱家晔，在离开南京之前，在其赤壁路7号寓所见到“中统”的旧人时，也承认共产党的工作做的好，国民党是没有办法了。他说：“他们的工作做得好，老百姓都跟他们了。这些事实我们都知道。我看老头子（蒋介石）也明明知道一些，他就是不肯认输。戴先生（戴季陶）和他谈过，谈了也无益。我们这些人都上了年纪，不中用了，钻牛角尖钻到底算了１那时候，蒋介石在大陆还保有半壁江山，但洪兰友和朱家骅已觉得局势无可挽回。先为它致悼词了。