陈果夫没有想到自己推荐的人会向他开刀，感叹“真是人心大变”。陈立夫身为部长却十分害怕戴季陶。蒋介石训斥说：“现在有些人一天到黑互相吵闹，我看闹垮了，还闹什么"
蒋介石对谁都不相信，所以在他手下的每个系统中，他都有意制造两个以上的派别互相牵制，互相抗衡，以利于他自己独揽大权。蒋介石的这种手法和意图，在当时就已为他的一些手下发现。复兴社重要分子萧作霖在回忆复兴社之所以被解散，贺衷寒被贬的情况时，引述了一段贺衷寒对蒋介石评价的话，他回忆说：
“1941年我自西北调回重庆，也因投闲置散，无所事事，与贺衷寒往还较多，记得有一次邀我到他的李子坝住处吃腊狗腿，我在醉后大发牢骚，痛骂蒋介石昏暴。贺衷寒大约也有点醉了，竟也说出了他的真心话。他说：“你哪里知道，蒋先生暴则有之，昏则完全不然。你没有看到的统驭术的绝顶高明。他一向抓得很紧的是军队、特务和财政这三个命根子。他这三个命根子各有一套他最亲信的人替他看守，同时他又让这三种力量互相依赖互相牵制，而听命于他一人。这三个方面的每一个方面，又都各有三个鼎足对峙的力量，使其互相牵制。军队方面是陈诚、汤恩伯和胡宗南；特务方面是戴笠、徐恩曾和毛庆祥；财政方面是孔祥熙、宋子文和陈氏兄弟；他们之中谁也不敢有所挟持而无所顾忌。所有这些人，除了孔、宋是他的至威外，其余又都是浙江人，连宋子文的原籍也是浙江，可以说，都是他的亲信的人了。可是他对这些人都还有个防而不备，难道还能算是昏？他对我们湖南人尤其是懂得点政治的湖南人，是绝对不放心的。像复兴社这样的组织，他也只是一时利用一下子，等到他被摔成绝对的独裁领袖，当然就不再要这个组织了。因为他唯恐复兴社会发展一旦难于驾驭的地步；尤其是这个组织的高级骨干又多数是湖南人，这也是他所难以放心的。他的打算有极高明的权术的，你还骂他昏！可见你还是年轻不大晓事，你自己才是有点昏"
蒋介石之所以让二陈主持国民党中央党务多年，没有给他们二人培植反对派，除了二人对蒋介右比较忠心而外，还有两个原因更重要，一是党一直是一块蒋系和其它派系如汪精卫派、胡汉民派、西山会议派争夺的阵地，蒋不能在内部分散自己的力量，必须一致对敌；二是国民党是一块只能作为发表意见用的讲坛，起的决定作用并不大，枪口的说服力比人口大得多，让二陈替自己去和这些人吵嘴，免得让这些人有精力找上自己。这样，二陈垄断党务近十年，一直未发生内部危机。
但是，二陈并不是一点儿私利都不讲，百依百顺的那种奴才，一旦身居高位，手下又有一帮可靠的喽罗以后，说话办事，逐渐难免有点骄横。对蒋介石也不是十分听话了，常常也敢为了自己或手下的人事和蒋顶上几句，蒋对二陈不能不产生怀疑。
从1935年起蒋介石便在忠于自己的党棍中给二陈物色对手，以打破他们垄断党务局面。最初，他选中了张厉生，所以在1935年12月不顾陈果夫的反对，把张推上了国民党中央组织部长的位置，张在布置组织部人马时，以王星舟代骆美，并提倡读书，想给组织部带来点新气象。但陈果夫树大根深，经营组织部多年，张厉生又多年为陈果夫下手，积威之下，张战战兢兢，并不敢对二陈的人马大动手术。加上张厉生的支持者是陈诚，属于军界，张本人在国民党内没有强硬后台，认识的人大都是CC分子，也没有一支自己的队伍，张唯恐自己出了差错，没人搭救，所以一直未敢对二陈下辣手。虽然事实上已叛离CC，表面上还得尊重M陈。张以后依靠陈诚走向政界，事实上是自己脱离了党务系统，也可能是在党务系统为二陈排斥而不能立足。
张厉生虽未敢向二陈开刀，“但陈果夫对他的叛投陈诚一直耿耿于怀，1939年11月国民党第五届六中全会期间，陈果夫亲自出马，上书蒋介石，要求张厉生下台，同时并推荐朱家骅。蒋介石此时也对张厉生未完成他的意图不满，同意由朱家骅出任组织部长。不想陈果夫一念之差，赶走了张厉生，迎来了朱家骅，倒真的招来了拆自己台的冤家。
朱家骅，浙江湖州人，本是二陈的湖州小老乡，曾任北京大学地质系教授。1926年戴季陶任广州中山大学校长时，把朱请到广州，推举他为副校长，以后升任校长。南京政府建立后，朱曾任中央大学校长、教育部长和交通部长。
朱家骅和二陈的关系本来不错，应该说也是CC关系上的人。但从一开始，朱家骅同二陈的关系就不是类似于张厉生。张道藩、余井塘等人居于二陈之下的上下级隶属关系。朱颇受戴季陶、张静江、吴稚晖这些国民党元老的重视，三人也频频在蒋面前对朱大加赞扬，因而蒋介石对朱的印象一日好过一日，而朱在国民党内官场行情也日渐看涨。朱和二陈关系处理得不错，一是看二陈势大，得罪不起；二是自己没有基本队伍，需要借和二陈的关系护身；三是因为朱是湖州人，属浙江系，二陈有意拉朱，想利用未在学术教育界为CC出点力，也想利用朱和戴季陶的特殊关系，让戴多在蒋介石面前说点好话。戴季陶因为和蒋介石有盟兄弟的关系，又不拉帮结派，不恋官位，敢说敢干，不怕伤人，在蒋介石眼中一直占有特殊地位，蒋对他的意见，颇为重视，二陈伯戴季陶也加入反对他们的战团，如果这样，二陈是万万吃不消的。出于双方利害的需要，朱家骅自然而然地和二陈更加接近。在朱家骅当交通部长的时候，他拉张道藩当了交通次长，二陈对朱有什么要求，都通过张道藩向朱提出。基本上可以说是有求必应。抗战开始后，朱家骅还是紧紧地靠拢着军委会第六部部长陈立夫，高级分子在六部聚会商议重要问题时，朱家骅基本上都被邀参加，陈果夫、陈立夫对朱说话，既不像对外，也不像对部下，既尊敬又亲切。
1938年3月，国民党在武汉召开了临时全国代表大会，在这次会议上，蒋介石当上国民党总裁，汪精卫当选副总裁。表面上看，蒋江已结束了党权之争，但实际情况，远非如此。汪精卫对选举结果并不满意，在他的头脑里，总裁的位置应该给他。蒋介石虽如愿以偿。但对汪仍不放心。多年的党权斗争，蒋介石知道汪不是一个容易对付的角色，尤其善长宣传和组织活动，他手下的改组派诸如陈公博、顾孟余也都是些拿得起、放得下的厉害人物，所以蒋总裁拖着汪副总裁这个尾巴，让汪自由活动。实在寝食难安。更要命的是，蒋介石要负责全国各战场的军事指挥，有关军事的一切活动都要由他最后决定和组织。战场军情，瞬息万变，要掌握各种情况，做出决策，并非易事，蒋介石必须全力以赴，这便等于是将党政舞台完全让给了副总裁汪精卫。
在党务各方面，本来有二陈看家，但二陈无论在组织能力、宣传鼓动和资历、才干上都远逊汪精卫。张厉生这时正任组织部长，更是后生晚辈，在政治上没有号召力。在这种情况下，戴季陶给蒋介石出了主意，将国民党中央秘书处秘书长提高一级，改称中央秘书长。居于国民党中央各部部长之上。其地位仅次于总裁、副总裁；为使中央秘书长有执行的能力，使之兼任国民党中央调查统计局局长，秘书长主持中央党部工作。秘书长一职的提格，目的显然是为了架空副总裁。
以地位实力而言，出任中央秘书长的最佳人选是陈果夫或陈立夫，但这时的二陈，正值包办了国民党临时代表大会之后受到国民党内各种派系的围攻，苦于分辩，而戴季陶正在此时也加入了攻击二陈战团。
戴季陶不满意二陈，却对朱家骅颇为欣赏，因此向蒋介石极力推荐，于是朱家骅顺利地当上了国民党中央秘书长兼中央调查统计局长。朱家骅之为国民党中央秘书长，比他的前任叶楚伧、陈立夫的国民党中央秘书处头子的中央秘书长地位要高得多，权力也大得多，可以指导指挥中央各部会的首长，成了国民党中央真正的第三把手。在工作上，他不像叶楚怆那样胆小怕事，遇事推、拉、拖，而是干脆明了，立刻断决；在干劲上，他比陈立夫还要精力充沛，生气勃勃，经常揽事找事做。
朱家骅主持国民党党务工作这种大包大揽的风格，就是为了让汪精卫无法插足，但汪精卫不甘寂寞，他为了冲破朱家骅以中央秘书长地位对他和中央各部关系的隔离，他规定每隔两星期的一个星期六，召集各部秘书、处长以上人员，到中央秘书处会餐，漫谈工作，解决疑难问题。朱家骅对之表面应付，暗地另加布置。国民党中央各部部长也都知道江朱的关系，对江一味敷衍，所以在会上好好形成的决定，一转身走出中央秘书处，便成了空话。汪精卫本以为他以前受蒋介石的气，这次蒋忙于军务，不能抽身，在党务问题上应该有决定权了，没想又冒出个朱家骅来，对汪这位副总裁的帐一点不买。汪眼见掌权无望，一气之下于1938年12月18日离开重庆，飞往昆明，次日飞赴河内，干脆投降了日本。
精力充沛、干劲十足的朱家骅不仅架空了汪精卫，在中央大权独揽，而且将手伸向地方，他把属于中央组织部职权的沦陷区和战区的东北、华北、江南各省党部人事、经费全部揽在手中，由他选派委员，发放经费。对陈立夫、徐恩曾主持的中央统计局，他也毫不放松。他派刘次萧充该局主任秘书，核阅重要文件情报，按时向他汇报。又派专员高越天，拿着他的名章在文件上盖章，他还亲自去中统局召见过一次中统员工。以表示他对该局工作的重视。
对于朱家骅的欺上压下，陈果夫表示大力支持，他把朱家骅当作自己人，自称是自己的知己。对于朱家骅从张厉生手中夺取东北、华北、江南沦陷区和战区国民党各省市党部委员人选，陈不以为怪，他乐于见到张厉生出乖露丑，只要有损于张厉生的事，他都愿意看到，甚至推动其发生。
汪精卫投日后，朱家骅的中央秘书长职务已失去初设时的意义，陈果夫乘机推荐朱家骅出任国民党中央组织部长。陈此举的意图，一方面仍是对朱表示推崇；另一方面，也是为了赶走他所讨厌的张厉生，戴季陶此时对二陈虽颇不满但对陈果夫推崇的朱家骅却非常赏识，以全力支持他。戴季陶推崇朱家骅出掌中央组织部的意图和陈果夫截然相反，他是想让朱家骅把陈果夫、陈立夫在国民党内搞糟的一套，全部抛掉，来一个一百八十度大转变。用一句话说，就是把二陈原来在组织部的一套人员和工作办法，连窝端掉。蒋介石对朱家骅敢干敢为，能干能为的作风也非常赏识，他觉得交给张厉生的任务已不能完成，要给二陈在党务系统内树立一个反对派，得让朱家骅来干。这样1939年，朱家骅接任了国民党中央组织部长一职。
朱家骅接任后，对元老们果然尊重，他把由戴季陶订立的以三民主义与儒家学说混而为一的国民党党员守则12条，塞进了总理纪念周日程，于每星期一上午八九点对党政军人员讲述。在人事上，朱家骅对外拉“三青团”为外援，内部对丁惟汾的“大同盟”分子、改组派遣留成员以及少数胡汉民派分子，一并收揽，唯独对CC分子大加清洗。陈果夫看到此种情形，不知道朱的后面有蒋介石的默许和戴季陶的支持，对受了排挤的CC分子大发牢骚：“朱太不像话，怎么单对我们的人开刀。而我们人中也有些失节之徒跑到朱家，真是人心大变。”朱家骅的反CC阵营诸如“大同盟”、“改组派’分子，长期被CC分子在各地压得抬不起头，这次有朱家骅撑腰，立即反攻，无论在什么地方，什么部门，朱家骅派和CC分子互不相容。朱家骅收揽人力，不管过去和自己的关系如何，只要现在帮助自己反CC，一并收人，甚至对被他取代的张厉生手下人员，也企图拉为己用。1940年初，朱家骅亲自找张厉生手下的第一号干将胡梦华谈话，要求他继续留任组织部任党务视察主任。并借和胡是南京中央大学校友的关系，要求胡留下来，帮助他们彻底清除二陈留下的一套。由于张厉生反对胡梦华留任，胡只得辞职，由张介绍出任了河北省政府秘书长。但朱竟不以此为意，继续要求胡照顾他所派的河北及东北党务督导员度过河北进入日占区，开展工作和发放经费，而且强拉硬套，让胡出任国民党河北省党部委员。
1944年，蒋介石准备召开国民党第六次全国代表大会，因陈果夫包办历次全国代表大会有经验，蒋介石叫朱家骅将国民党中央组织部部长职位让给陈果夫。不久，陈果夫因肺结核病重，不能再任组织部长，改由陈立夫担任，朱家骅任原由陈立夫担任的教育部长。于是，双方争斗再次激烈起来，陈立夫将朱家晔安置在组织部的人大批赶走，朱家骅则在教育部清洗二陈的爪牙。1945年5月，国民党第六次全国代表大会选举中央委员时，朱家骅便与中华复兴社分子联合向CC派争中委名额，双方针锋相对，寸步不让，吵得热火朝天，以至每次会议，蒋介石都被闹得头昏脑胀。有一次，蒋在中央党部纪念周上大发脾气。训斥说：“现在有些人，一天到黑互相吵闹，我看闹垮了，还闹什么"
除组织和教育系统外，二陈与朱家骅争夺的第三个部门是中统。本来，国民党临时代表大会后，蒋介石之所以不让徐恩曾出任中统局长，不让戴笠出任军统局长，是嫌二人资历太低，所以才让朱家骅兼任中统局长，林蔚兼任军统局长，而以二人为副局长主持工作，负实际责任。林蔚出任军统局长后，很知趣，并不过问军统的事情，一切让戴笠全权处理；可朱家骅就不同了，他不满意空头局长这个名义，而名实相符，真抓实管。实际上，二陈和朱家骅的冲突，首先就发生在谁控制中统的问题上。
朱家骅本来是没有自己的班底的，出任中央秘书长以后，由于有组织部长张厉生在，也不好立即招兵买马。由于出任中统局长，所以他的建立自己基本班底的主意首先便打在了中统局上。中统局由朱家晔任局长，对中下层的中、小特务来说，是值得庆幸的事，一方面是朱家骅职高权重，兼任局长，显示了中统机构的重要；另一方面，中统局毕竟是一个叫得出口的机关，不像过去的名称“特工总部”那样不伦不类，中统特务们可以不再抱怨“我们就像小老婆养的一样”了。但对徐恩曾来说，就不怎么满意了，原来他毕竟是“特工总部”的一部之主，以“部”改“局”，他一下子多了个“婆婆”朱家骅，尽管朱原也是CC线上的人，但徐心怀恐惧，怕没事还要揽事的朱家骅真的行使起局长职权来。这时朱在蒋介石面前红得发紫，如果真的那样，徐恩曾只有让出实权乖乖服从的份。徐恩曾虽心怀疑惧，但二陈来说，由朱兼任中统局长也未尝不可。朱毕竟和二陈颇有渊源，而且在这时国民党内很受欢迎，二陈人缘不好，在好多地方有用得着朱这样的人物去缓冲一下摩擦冲突的需要，所以对他进入中统相当欢迎，没有完全把他当作仅有空名的局长看待。这样，朱家骅便以自己自愿，徐恩曾无奈，二陈支持的背景像模像样地当起了中统局长。
这时，正值国民党政府的大批机构由武汉迁往重庆，朱家骅到重庆后，徐恩曾还未到。这位“真正的”中统局长在重庆找不到中统局的行踪，便在重庆连电催徐，叫他立即率人赶往重庆。徐恩曾复电说，原特工总部的人部分还在武汉、衡阳，路途遥远，交通困难，短时间不能赶到重庆，中统机关不能马上成立。朱家骅便跳着脚大骂徐恩曾混蛋。并不管三七二十一，独自作主，将陆续到达重庆的干部进行了安排。朱家骅安排干部，有的是自己的亲信，有的是过去反对徐恩曾的人，有的中统的对手军统分子，不管背景如何，只要来投奔自己，一概安置。徐恩曾到重庆后，看到这种情况，非常恼火，却也无可奈何。接着发生了让徐恩曾更为恼火的事。原“特工总部”主任秘书孟九外调，淄前脚刚走，朱马上以“中央秘书处”的名义推荐他的亲信刘次萧接替。何培荣是朱家骅任浙江省民政厅长兼杭州警官学校校长时的学生，当时戴笠任该校政治特派员，何在校时就加入了戴的特务组织，朱家骅喜欢何，便让他出任了中统四川省调查室主任。此外，局内的处长，专员室级别较高的专员，由朱家骅任命的也超过一半以上。朱又控制着中统的经费，没有朱的批准，经费就拿不到手。对此，徐恩曾只能忍气吞声，朱的人做处长，徐的人就做副处长，处处让着朱。徐恩曾虽表面上忍得住，但徐原来手下的人却忍不住了，他们想出种种办法，给朱派来的人和朱难堪。
朱的人多是新来乍到，并不懂中统局的业务，所以有时遇上问题，就得向徐的人请教，但徐的人往往持不买帐的态度，有时反问对方：“你是领导，为什么问我们。”有的干脆消极怠工，躺倒不干。朱家骅为笼络人心，缓和与徐的手下的矛盾，于1940年春给全体人员发委任状，明确任职，在徐的支持下，徐的手下人串通一气，“不予接受”，弄得朱家骅十分难堪，最后还是拉上了徐恩曾，由徐多方面做工作，徐的手下人才勉强接受。以后，徐派人又多次对朱发难，朱徐的矛盾越来越深。
朱家骅要将二陈控制的中统据为已有引起了二陈的不满，他们开始想办法赶走朱家骅。1937年2月，国民党五届三中全会召开，陈果夫被推荐出任国民党中央组织部长，原中央秘书长由叶楚枪口任。没想到朱离开中央组织部长职后，赖着中统局长不辞，而叶楚伧和他的继任者吴铁城也不以为意，听之任之。这样，朱家骅仍旧兼任中统局长。由于在朱家骅和徐恩曾争夺中统控制权的斗争中，二陈偏袒徐恩曾，终于引发了朱家骅和二陈矛盾的公开化，他在出任组织部长后，全力和二陈作对。
朱家骅和徐恩曾的争夺也未停止，为了壮大自己的声势，徐恩曾保荐自己亲信顾建中为副局长，而朱家骅也从陕西调来了陕西省党部书记长郭紫峻，保荐为副局长。这样，朱家晔和徐恩曾二人的争夺，就变成了以朱、郭为一方，徐、顾为另一方的四人争夺。1944年，朱家骅离开组织部长职位，出任教育部长，郭紫峻失去后台，不得不向徐恩曾屈服。可徐恩曾穷追不舍，仍要痛打丧家犬，逼得郭紫峻走投无路便和戴笠勾结了起来。1945年初，郭当面向徐提出：“请为着你，为着整个团体，请求你自动向总裁辞职，由我过渡一个时期，以后再交权给你，行不行？”徐不同意，并立即表示对郭不信任，戴立即行动，人赃俱获，并马上上报蒋介石。蒋介石对徐恩曾行动不力早已不满，借此机会立即下令免去徐本兼各职，“永不录用”。当徐走私贪污，人赃俱获时，朱家骅也立即向蒋汇报了徐的种种非法行径。这样，徐恩曾便在军统和朱家骅的联合夹击下倒了台。