1939年元旦，国民党中常委举行临时会议，讨论对汪精卫“艳电”之处置。
蒋介石说：“除夕之日，我已嘱布雷拟电稿，晓汪以大义，为留悛悔余地……”
抗战时期的宋美龄他话还未讲完，林森气呼呼地说开了，这位老先生讲话从来是很稳重的，可是这次很激动。林森还未讲完，张继、吴稚晖也愤慨陈词。会议决议永远开除汪精卫的党籍，并发表决议文“昭告全国，以明邪正”。
1月下旬，国民党召开五中全会，在全会期间，蒋介石出席演讲六七次，陈布雷整理讲词记录，都做到了随到随办，毫无滞留；又参加了宣言起草(戴季陶主持)。二三月间，为蒋介石撰拟文字最多，如《行的道理》、《政治的道德》及《三民主义之体系与实施程序》等。其他各种纪念文字如《新运周年纪念》等，也写得不少，写来也觉顺利，胜任愉快。
在重庆期间，陈布雷有几次休养。第一次是1939年4月以后，他体力不支，精神疲惫，但以工作繁忙，未便请假，可是蒋介石夫妇倒看出来了。有一天，宋美龄亲自对陈布雷说：“陈主任，你身体不好，不要硬撑，主席很不放心，嘱我告你，是不是易地疗养?是不是到昆明去休养?那边气候好。所有休养费用，交通工具，我会关照的。”
陈布雷感激涕零，只是说：“多谢蒋先生和夫人关心，去昆明太远，万一蒋先生有事，恐有不便。”
一直到5月7日，宋美龄又亲至美专街，还带来了蒋介石的一封亲笔信：“移地疗养不便，可在近郊疗养，修书敦促，请即离渝，保重身体。”
陈布雷到重庆近郊北碚休养去了。他在回忆中说：“5月8日到北碚，12日移往缙云山中之石华寺。缙云山原有相思寺，系唐时古刹，近年设汉藏教理院，由太虚法师之徒法尊任院长，彼此有交谊，余乃赁其别院之石华寺东厢以居，凡休养五十二日。其间即在山中为蒋公补辑民国十六年以来各年之日记，盖原本藏置地下室，日久为水浸入有剥蚀者，蒋公命余为之整理并督查补重订，凡六周而毕事。又为蒋公撰《科学的群众时代》之讲演，并复阅训练团讲稿多篇，虽在休假中亦有相当工作，然山中气候凉爽，每日必外出散步，居月余，诸患渐除，乃于6月30日下山回渝销假。”
7月初旬，陈布雷精神复原，又为蒋介石撰拟并修改了抗战二周年《告全国军民书》、《告友邦人士书》、《告日本民众书》及激励将士通电和若干对外函札等。
1939年12月26日，陈布雷50岁生日，蒋介石给陈布雷写了“宁静致远澹泊明志”的祝词后，陈布雷道谢。这时，蒋介石告诉陈布雷一件事：
“接到经国电报，日机在农历十一月初二轰炸溪口，以丰镐房和文昌阁为主要目标，经国的母亲、我的外甥宋涨生、教过方良（经国妻）国语的董先生都被炸死。经国奔丧回赣后来过电报，其母满七时（即死后七七四十九天），经国又去溪口，住武岭公园中国旅行社，不料被潜伏的日谍侦悉，正月初二又出动大批日机，狂炸武岭公园……”
“那经国兄……”陈布雷猛地一惊，问。
“经国因年关在即，在年前赶回赣州，总算安全。但是武岭公园附近建筑物被严重破坏，居民死伤之惨，为历次轰炸最严重之一次。”蒋介石言之悻悻。
“日寇就是正对统帅，”陈布雷也不禁义愤填膺说：“蒋先生，你的行踪确实应该严加保密。”
陈布雷对侍从室人员更加强调保密的制度，说：“侍从室的人员绝对不能多嘴，如有一点泄露，就要误大事。”
有一次，当中、英、美三国在开罗开会之前，蒋介石由重庆九龙坡乘专机向西南飞行。这一消息本来是保密的，可是外间有人一开口就说：“委员长到非洲去了。”陈布雷一听，大吃一惊问：“你怎么知道?”
这个人说：“我家隔邻是委员长的随员，他的副官对我说，他收拾了一箱子衣服，其中有几套白色夏衣，现在是冬天，为什么带夏衣?再者，在九龙坡的路上，有宪兵布岗，飞机升空之后，向西直飞，不是去非洲又去哪里?”
陈布雷惊得两手都发抖了。
1944年3月，陈布雷身体又复不支，蒋介石这一次批准陈布雷赴成都休养。
抗战胜利前夕，国民党六全大会在重庆复兴关的国民大会堂举行。这一次只有大会的宣言是陈布雷起草的，谁知大会讨论时，有的代表说：“大会宣言狗屁不通，总裁左右都是一些酒囊饭袋……”
陈布雷当场落泪，他想不通：我以领袖之心为心，一切都为贯彻领袖意志出发，周旋于各方面之间，尽调协维系之责，以求国是到达最高境界，奈何不见谅于众?有的代表劝解那位发言人落座，宣言总算修正通过。陈布雷痛心大会意见之分歧，感到政治这事太难搞，心情抑郁不振，身体更垮了。
陈布雷惊得两手都发抖了。
1944年3月，陈布雷身体又复不支，蒋介石这一次批准陈布雷赴成都休养。
抗战胜利前夕，国民党六全大会在重庆复兴关的国民大会堂举行。这一次只有大会的宣言是陈布雷起草的，谁知大会讨论时，有的代表说：“大会宣言狗屁不通，总裁左右都是一些酒囊饭袋……”
陈布雷当场落泪，他想不通：我以领袖之心为心，一切都为贯彻领袖意志出发，周旋于各方面之间，尽调协维系之责，以求国是到达最高境界，奈何不见谅于众?有的代表劝解那位发言人落座，宣言总算修正通过。陈布雷痛心大会意见之分歧，感到政治这事太难搞，心情抑郁不振，身体更垮了。