1938年12月，日本陆军在“1938年秋季以后对华处理方案”中指出：除发生特殊重大和必要的情况外，不再扩大占领地域，而应划分以确保安全为主的治安区和以粉碎抗日势力为主的作战地区；应以华北要地及包括上海、南京在内的华中三角地带，作为需要迅速恢复治安的地区，以武汉、广州地方作为作战地区，分别配备一个军的兵力，使之成为在政略和战略方面压制抗日力量的后盾。
根据上述原则所制定的《陆军作战指导纲要》中做了如下规定：
在武汉地区配备一个强大的作战军，以压制洞庭湖、长沙方面敌军主力，对集中之敌及时予以反击，以挫败其抗战意图，但应力求避免扩大战局。
这样，驻在武汉地区的日军第11军根据大本营陆军部第241号命令：要协同海军确保自岳阳至长沙下游的交通，以武汉三镇及九江为根据地，打击敌主力部队，摧毁敌之抗战意图；作战地区大体上限定于安庆、信阳、岳阳及南昌之间。
此后，该军“即作为配置于重庆军主力部队四周的惟一纯野战军，承担摧毁中国主力部队的作战任务”。
武汉会战后，日军华中派遣军战线进一步拉长，一部分北起合肥，中经芜湖、宣城，南至杭州的连线以东地区；一部分以武汉为中心，北至信阳，西至安陆、应城，南至岳阳，东至九江附近地区。
为巩固对武汉地区的占领，在撤销第2军时，华中派遣军将其所属的第13、第16师团及派遣军直辖的第3、第9师团，均转隶第11军，使第11军兵力扩大到7个师团(即第3、第6、第9、第13、第l6、第101、第106师团)。至1939年7月中旬，第9、第16师团先后调回日本，而在此期间，第11军又增加了独立混成第14旅团、第33、第34师团。这样，第11军仍有7个师团又1个独立混成旅团。
1939年9月下旬，中国派遣军总司令部在南京成立。前教育总监西尾寿造任总司令，前陆相板垣征四郎为参谋长。第11军改隶中国派遣军总司令部指挥，但仍然配置在武汉地区，任务不变。其兵力部署情况是，江南为第6、第101、第106、第33等4个师团及独立混成第14旅团，江北为第3、第13、第34等3个师团。大致配置如下：
江南方面：第6师团接替第9师团守备岳阳地区，并将警备第一线推进到新墙河北岸；第106师团以奉新为基地，向箬溪、武宁、高安、上高方向警戒；第l01师团警备南昌(南昌、丰城、进贤之间地区)；独立混成第14旅团警备九江、德安、瑞昌地区；第33师团接替第6师团警备武昌及崇阳——通山——阳新连接线以北地区。
这样，日军第11军在江南占领地区大概为岳阳——通城——通山——德安——奉新——丰城——进贤连接线以北、以东地区。
江北方面：第3师团的司令部位于应山，担任应山与信阳之间地域的警备；第13师团的司令部设在云梦，该师团主要守备平汉路以西、安陆以南地区；第34师团司令部设于黄陂，主要守备宣化店、麻城、宋埠之间地域。
到1941年夏，日军第11军的组成又有些变化。第33、第101、第106师团先后调出第11军的序列，第39、第40、第4师团又先后加入到该军的序列，另外第11军又增加了独立混成第18、第20旅团。这样，第11军便有7个师团(即第3、第4、第6、第13、第34、第39、第40师团)又3个独立混成旅团(独立混成第14、第18、第20旅团)。
其主要兵力部署情况大致为：第3师团仍担任应山一带的警备任务；第4师团担任应城、安陆地区的警备任务(第三次长沙会战前调归大本营直辖，其防区由第18独立混成旅团接替)；第6师团担任岳阳至崇阳一带的警备任务；第13师团担任宜昌及其附近的警备任务；第34师团担任南昌地区的警备任务；第39师团担任荆门、沙东、当阳一带的警备任务；第40师团担任咸宁、通山、大冶地区的警备任务。
日军中国派遣军由于确保占领区安全和扶植傀儡政权的需要，对华中地区极为重视。当时，武汉外围的中国守军，长江以南是陈诚、薛岳指挥的第9战区，长江以北为李宗仁指挥的第5战区，这两个战区的兵力加起来近100个师，并对日军第11军形成了一种包围态势。
为了打破这种不利态势，中国派遣军指示第11军不断地对周围的国民党军队进行打击，以动摇国民党军的抗战意志，迫使蒋介石早日妥协屈服，并推进汪精卫伪政权的出笼。
日军第11军针对当时的情况，将打击的重点放在以长沙为指挥中心的第9战区。因为长沙是中国中南地区的军事重镇，攻占长沙，一方面可以南攻衡阳，西指常德、桃源，扼两广之咽喉，控四川省之门户，将中国军队压迫在川黔境内；另一方面，当时第9战区为中国战场的主体，中国守军近四分之一兵力都在第9战区。日军企图通过进攻长沙，达到击溃、消灭中国军队主力之目的，最终早日解决中国事变。
为此，日军第11军先后于1939年9月、1941年9月、1941年12月对长沙进行了三次大规模的进攻作战，即长沙会战。