1938年11月下旬，国民政府军事委员会在湖南南岳召开军事会议。第3和第9战区的司令长官、军团长、军长、师长等100余人出席了会议。中共中央代表周恩来、叶剑英等也应邀参加。会议在蒋介石主持下着重从军事角度检讨了过去抗战的得失，判断了当时战争的形势，确定了以后二期抗战的军事战略方针，并据此调整了部署。
蒋介石在会上提出了划分抗战阶段的设想。他说，此次抗战，依照预定的战略政略来划分，可分为两个时期，从“七.七”事变到日军占领武汉、岳阳为止，是抗战的第一时期，此后属于抗战的第二期，即“我们转守为攻，转败为胜的时期”。
国民政府军事委员会制定的第二期抗战的战略方针是：“连续发动有限度之攻势与反击，以牵制消耗敌人，策应敌后之游击战；加强敌后方之控制与袭扰，化敌后方为前方，迫敌局促于点线，阻止其全面统制与物资掠夺，粉碎其以华制华、以战养战之企图；同时抽调部队，轮流整训，强化战力，准备总反攻。”
这个方针的特点在于，注意了游击战争的作用，决定派遣部分力量争夺敌后控制权；对正面战场的主力部队，虽然要求发动有限攻势，但侧重于整训部队、恢复和培养战斗力，亦即保存实力，这是在抗战进入相持阶段后，蒋介石一直强调的核心问题。
按照战争形势的变化及新战略方针的要求，南岳军事会议决定重新划分战区，调整部署。此次全国共划分成第1、第2、第3、第4、第5、第8、第9、第10战区；敌后新设鲁苏和冀察战区。
继南岳军事会议之后，1939年1月下旬，国民党在重庆召开了五届五中全会。会议内容涉及第二期抗战的政治、军事、经济、外交等各个方面，其主要议题是抗战和党务问题。在这两个主要问题上，五届五中全会表现出积极与消极方面交相并存的双重性。
在抗日问题上，五届五中全会基本上坚持了继续持久抗战的立场。武汉会战后，日本改变了侵华策略，着重从政治上进行诱降。中国国内、尤其是国民党内妥协求和的空气再度上升，对此，五中全会在其宣言中重申：“吾人所求为合乎正义之和平，非屈服之和平，屈服只以助长侵略。中国若怵于日本暴力，以屈服谋一时之苟安，则将降为日本之殖民地。”表达了坚持抗战的意向。蒋介石也在题为《以事实证明敌国必败我国必胜》的开幕词中，批评了对日和平的倾向，表示要坚持抗战。不过，蒋介石虽然当时反对对日妥协，但并未完全排除与日本谈判求和的可能性，问题在于时机和条件。
1939年10月，国民党军第2期整训完成，部队战斗力有一定提高。适值第一次长沙会战之后，国民政府军事委员会判断日军可能增兵再攻长沙。为进一步消耗日军，乃决定将整训部队主力分别拨归第9、第5、第3战区和第2战区，准备于11月下旬至12月上旬，全面对日军发动冬季攻势。上述4个战区为主攻战区，其他战区实施助攻。
此次冬季攻势无论是作战规模，还是军队的战斗意志，均大大超出日军意料，给了日军以相当大的打击。
为总结第一次长沙会战的经验教训，探求日后抗战方略，1939年10月末至11月初，国民政府军事委员会在南岳召开第二次军事会议。蒋介石在会上强调，一定要切实执行第一次南岳军事会议确定的第二期抗战军事战略。同时蒋介石还提出了欧战爆发后中国应采取的战略。他说：“我们的战略亦就是要使中国抗战能达到与世界战争同时结束的目的。在欧战没有结束，世界问题尚未解决以前，我们若急求速了，妄想与日本妥协讲和，这就是自取失败，自取灭亡!”
在1939年11月中旬召开的国民党五届六中全会上，蒋介石重申了一直要打到欧战结束的战略思想，并强调在此期间，中国要从各方面加强自己的力量。
正是在上述军事战略方针的指导下，第9战区先后与日军第11军进行了第一、第二和第三次长沙会战。