1938年10月，日军侵占广州、武汉后，由于战线过长，兵力不足；人力、物力消耗巨大，财政经济陷入困境；国内人民反战厌战情绪开始滋长，统治阶级内部因“速战速决”战略的破产和对外政策的分歧而争吵不休；更由于中国人民坚持抗战，使其称霸世界的战略受到极大影响，处处呈现被动的局面。在这种情况下，日本侵略者被迫调整其侵华方针。
在政治上，放弃过去“不以国民政府为对手”的立场，转而对国民政府采取以政治诱降为主，以军事打击为辅的策略。在军事上，停止对正面战场的战略进攻，重点巩固已有占领区。在经济上，加紧经济掠夺，力图“以战养战”。
在改变了侵华方针后，其军事战略也做了相应调整。第一，放弃速战速决战略，准备长期作战。第二，明确规定军事行动要服务于政略和谋略工作。第三，为减少消耗而限制战争规模和强度。在作战范围上，“如无重大必要不企图扩大占领地区”，“力戒扩大缺乏准备的战线”；在兵力上“为准备今后国际形势的转变，要在各方面减少驻屯兵力及兵力的消耗”；在作战形式上“进行小接触”，只是在“敌人集中兵力来攻击时，及时予以反击，消耗其战斗力”。第四，把军事打击的重心移向对付其后方的抗日游击战。
1939年9月，欧战爆发后，日本政府决定暂不介入欧战，而致力于解决“中国事变”，以争取主动，为南进或北进打好基础。9月15日，日本陆军部制定了《以建立中央政府为中心处理事变的最高方针》的文件，企图使中国国民政府妥协屈服，与汪伪合流，建立一个新的“满洲国”式的傀儡政权，巩固其在中国的霸权。
为统辖对中国的政略、战略，以适应建立中国傀儡政权的需要，9月中旬，日军大本营撤销原华中派遣军司令部，在南京新设中国派遣军总司令部，统帅在华全部陆军(在东北的关东军除外)。
在此期间，在华日军正依据其新的军事战略开始调整部署，实行向保守占领地的持久战态势的转变。1938年10月，日军在华有24个师团、4个独立混成旅团、1个骑兵集团(2个骑兵旅团)和1个支队。其中，华中派遣军有13个师团、1个支队；华南第2l军有3个师团；华北方面军有8个师团、4个独立混成旅团和1个骑兵集团。日军的主力在正面战场。其后，日军进行了大规模的交替换防，将久战疲惫的师团陆续调回国内休整，同时按照保守占领地的要求，新编了一批适合警备任务的三单位编制的师团和独立混成旅团，替代回国部队。至1939年年底，侵华日军新部署基本完成后，在中国派遣军隶属之下的侵华日军共有24个师团、20个独立混成旅团、1个骑兵集团。这些部队被分为4个战略集团，并规定了其各自的任务。
为加速中国事变的解决，日军于1939年9月至1940年夏在正面战场上相继发动了对长沙、桂南和宜昌的作战，但并没有达到预期目的。
1941年6月，苏德战争爆发后，日本内部在关于北进还是南进问题上一直争吵不休。10月，战争狂人东条英机组阁后，反复强调“中国事变的成果不能动摇”。日军参谋总长杉山元也明确表示：南进是解决中国事变的“极为必要的措施”。这样，日本在1941年夏秋之际再次调整侵华战略，在准备南进的同时，继续向中国大举进攻，以期早日结束中国事变。
太平洋战争爆发前夕，日本再次部分调整了对华战略。其总体构想是：确保和稳定占领区，使之成为“大东亚战争”的总兵站基地，对国民政府继续施加军事压力，削弱其抗战力量，并以政略和谋略相结合，摧毁其继续抗战的企图，然后利用“大东亚战争”的成果，促使国民政府屈服，最终解决中国事变。
第二、第三次长沙会战便是在上述这种背景下发生的。