此前，齐王的舅舅阴弘智就劝齐王私养壮士，还推荐自己的妻兄燕弘信、燕弘亮给齐王。他们暗中招募了不少人。
如今杀了权万纪，一不做二不休，索性反了。齐王自己任命了官吏，打开府库，将财物分赐众人，一副小朝廷的模样。
消息传到了长安，太宗令李世发九州之兵讨之。而王师未到，齐王等人就被左右及齐州吏民给制服了，押送到了京师来。
太子在听到齐王造反的消息之后，还信口对纥干承基等说道：“齐王虽然出事了，但丝毫影响不到我们的安排。我东宫离大内不过二十几步，与卿等共谋大事，齐王怎能够与我们相比！”可他没有料到，看似与自己无关的一件事，最后却打乱了他的整个计划。
问题就出在纥干承基的身上。此人不知为何，与齐王的事情牵连到了一起，被抓进了大理寺狱，论罪当死。
人谁不畏死，死到临头，纥干承基也管不得什么了，他以告太子谋反换得了生的机会。一盘棋往往就输在一个子儿上，而且还是无关轻重的一个子儿。
太子谋反的消息如同一声惊雷，震撼了所有的人。太宗的心情更是复杂。但作为一个君主，他还是很快下令，组建了临时最高法庭，命长孙无忌、房玄龄、萧、李世与大理寺、中书省和门下省的官员会同审理此案。
审查的结果是承乾勾结朝臣、意图造反属实。太宗听了，默而不语。承乾联系的这一帮人，有的是开国功臣，有的是朝廷贵戚，有的是建成旧属。想到这里，太宗不由得心惊，如果他们真的成功了，那自己可能就变成了另一个太上皇。事情到了这个地步，自然不能再让承乾作太子了，不过又怎么忍心杀亲子？太宗想了片刻，心中已有了主意，开口问道：“众卿说要如何处置承乾是好？”
大家此时哪敢贸然发言，互相看看，都不言语。
“陛下不失为慈父，太子得以尽天年，臣认为是最好的办法。”说话的是通事舍人来济，他是隋朝名将来护儿之子，后来在高宗时候做到了宰相。
“好啊，说的好。”太宗点了点头，此人意见正与自己相合。
长孙无忌在一旁也看了来济一眼。
“至于汉王，朕也想免他一死。”太宗又说。
“臣认为不可。汉王怂恿太子谋反，罪大恶极，按律当诛。”长孙无忌站出来说。
“唉！就依卿之言吧。”太宗也疲惫了。
四月乙酉，诏下：废承乾为庶人，幽禁于右领军府。汉王赐自尽于家，母、妻、子赦免。侯君集、李安俨、赵节、杜荷等人皆斩首。东宫的一班大臣，如左庶子张玄素、右庶子赵弘智、令狐德等，因为进谏不力，均免为庶人。其他一干人等全部赦免。太子詹事于志宁勇于进言，特此慰劳。纥干承基因告密有功，被任命为府兵系统中的一个中级军官，封爵为县公。
行刑当天，太宗忽听得刑场有人来报：“启禀皇上，侯君集请陛下看在他长期跟从随行，又曾出征攻打吐谷浑、高昌的份上，免他一子的死罪。”
“告诉他，朕赦免了他的妻儿，流放到岭南，让他安心去吧。”太宗悲痛难当，摆了摆手，打发来人下去了。
侯君集跟随自己那么多年，太宗对他的感情非同一般，纵然他以谋反被诛，可仍是多年的君臣，一朝竟要天人永诀，怎能不伤怀。太宗此刻深深体会到作为帝王诛杀功臣的无奈与心酸。
想到这里，太宗念及李靖来。还记得当初，自己命李靖教侯君集兵法。不几日，侯君集就来告诉自己，说李靖会谋反。他的证据是李靖只教了一些粗略的兵法，精深之处却都留着一手。那时自己也问了李靖，他却说侯君集要造反，因为所教之法对于太平之世足够用了，欲学更多奸诈之术，不是为了谋反是为什么。二人各执一词，当时自己也没有放在心上。如今看来，还是李靖识人啊。真不知道他对承乾一事有什么看法。不过太宗也明白，以李靖的性格和处世原则，是不会对此发表什么意见的。