无论如何，变乱暂告结束了。所有兵器都回鞘，尽管紧张的气氛还在空气中弥漫着。一切发生得如此迅速，又结束得如此迅速。
长孙妃来到现场，安抚将士。裴矩奉高祖命，安抚东宫将卒。
高祖回到宫内，身心疲惫，坐在尊位上，充斥脑海的，是无奈的平静。
“传秦王来！”高祖道。
也许有几分羞愧，但李世民很快冷静下来，需要给高祖一个说明、一个安慰，也需要让他明白自己已经长大了。于是，世民见到高祖，扑通跪下，吸吮着李渊的乳头，半晌才号啕痛哭起来。“父皇……父皇……”语不成声，双肩剧烈抖动。
往日三子膝间闹，如今一子泣凄凉！
高祖抚摸爱子深埋的头、颤抖的肩膀。受惊后的秦王就像小时候一样脆弱。但高祖心里明白，他是在依照“乳翁”（“乳翁”是一种习俗，是父权制社会建立之初，男性争夺对子女抚养权的一种遗留现象。李唐皇室有着浓厚的鲜卑遗俗。李世民跪吻高祖之乳，是儿子对父亲的尊重和安慰，也是子女表示对父亲亲昵的一种习俗。）之习俗，给自己履行一个成人仪式。是的，他表面看来还带着惊魂未定的脆弱，但他不再幼小，他即将成为一国之君！
紧接着要处理的，是安定局面，清除一些不安定的因素。太子建成的五个儿子，齐王元吉的五个儿子，都是“承”字辈的亲王，一概处死，清除出皇家的属籍。有人建议要将建成和元吉左右百余人及其亲属一并诛杀，而刚执行完任务的尉迟敬德坚决反对。滥杀的气势很快就被遏止了。李渊当即下诏，“国家庶事，皆依秦王处分”。
第二天，昨日在玄武门外奋力厮杀的原东宫系的将军冯立和谢叔方自出投降，薛万彻在李世民派来的使臣反复慰谕之下，也从山中出来了。李世民很大度地把他们都释放了。
六月初七，李世民被立为太子。李世民从此接管了处理全部国家政务的大权。原来秦府的一班谋臣勇将，都被安排到重要的岗位。一些原东宫和齐王府的官员也被李世民委以重任。
六月下旬，地方上还有一些震荡的余波。如益州（治今四川成都）行台仆射窦轨利用这个机会，收斩了与自己关系一直紧张的行台尚书韦云起，理由是韦云起家里有不少人是太子建成的宫僚。又如幽州大都督、庐江王李瑗，原本与建成有过秘密协定，答应在外做建成的奥援。面对玄武门事变的突然变故，他缺乏应对之策，最终成为自己一个下属谋取功名的砝码，被迫以谋反的态度站出来，被杀。
到八月初九（甲子）日李世民在东宫显德殿正式即位为帝的时候，玄武门事变的余波已经完全消除了。与事变相关的每一个人，都重新调整了自己的位置和心态，一起在等待着一个新的时代的来临。
事变中起了关键作用的常何将军，也许由于态度不是很明朗，只是由于事先秦王的买通，才睁只眼闭只眼地把秦府兵马放进了玄武门，而不像敬君弘等力战而死，所以他在事变后很长一段时间里，心情都异常复杂。他似乎也没有别的选择，尽管自己不可能列入新君的功臣名单，未来的官运也不可能太亨通，但他仍然是大唐的臣子。只是，以前他是李渊的臣子，以后他是李世民的臣子罢了。