李靖绷紧的神经，渐渐恢复了轻松。正在此时，一支吐谷浑大军浩浩荡荡往李靖的驻地开来。李靖一边命左右备宴，一边领将出帐迎接，谈笑风生。李靖的卧室里，安静地躺着伏允之子顺提前送来的投降书。他不满伏允的负隅顽抗，发动兵变，杀死了天柱王。此时浩荡而来的吐谷浑军队，正是顺带来的数万人马。
伏允已经穷途末路，只得领数千亲兵西逃。李靖督诸军经积石山（今青海境内）、河源（今青海境内），至且末，穷其西境。得知伏允在突伦川（今新疆塔克拉玛干沙漠），将逃奔于阗（今新疆和田）。契何力追之，袭破伏允牙帐，斩首数千级，获杂畜二十余万。伏允逃走，俘其妻、子。侯君集等进星宿川（今青海境内），至柏海（今青海境内），还与李靖军会合。
伏允帅千余骑逃碛中，过了十多天，伏允部众几乎散尽，伏允被左右所杀。壬子，李靖奏平吐谷浑。乙卯，诏复其国，以慕容顺为西平郡王、故吕乌甘豆可汗。又担心慕容顺不能服其众，仍命李大亮将精兵数千为其声援。
在艰苦卓绝的西域地方，李靖又一次不辱使命。
岂料又横生枝节。打吐谷浑时，高甑生曾延误军期，依照军法，李靖治罪于他。李靖只是依法行事，不知高甑生竟怀恨在心。回军后，高甑生诬告李靖谋反。
谋反？何其敏感字眼！太宗难以相信，但是，他还是派出人手，进行调查。调查结果：李靖并无反叛迹象。
李靖回到长安，居家不出。他知道皇上在调查他，他只是不管不问。一日三餐，照食不误。夜眠晨起，无所妨碍。
“夫君，皇上在派人调查？” 李夫人日日陪伴左右。她的担心，比李靖的担心多得多。
“皇上圣明。”李靖道。
“可是谋反！高甑生告夫君谋反！”李夫人纵然女中豪杰，她依然不能像李靖那样平静。
“不要担心！”李靖抱住夫人，轻声安慰道。
“夫君，这件事，触动了皇上对夫君的微妙感情中最敏感的神经：功臣谋反。”
“不要担心。皇上知道李靖不会谋反。皇上知道。”
“历史上，多少功臣谋反的罪名，最初都不是功臣想要谋反，只是身处猜忌，多少无奈，甚至空穴来风的罪名，临死，也只能感叹上天无眼。”
“不至于。皇上不会犯这种错误，演历史悲剧。”李靖轻轻拍夫人的肩背，他明显地感觉到夫人的消瘦。李靖不是没有半点担心。他只是坦荡无惧。他把命运的赌注押在天子身上。皇上圣贤之君，不至于相信谗言，不至于因功害将，不至于。李靖其实在跟天命相赌。
八月，庚辰，房玄龄来访。“皇上判高甑生发配边疆。李大人可知？”
“不知！”李靖摇头道。于是房玄龄将昨日经过略为讲述：皇上判高甑生发配边疆。当时有朝臣为高甑生求情：“高甑生是秦府功臣，希望陛下宽恕他的罪过。”皇上意志坚决：“高甑生违背李靖号令，又诬蔑李靖谋反，这样的人还可以宽恕，国家的法令还怎么行使！并且国家自起兵晋阳，功臣那么多，若赦免高甑生的罪，其他功臣犯法，将何以禁止！我对旧勋，未尝忘怀，正因为这样，才不能随意纵容，正因为这样，无论如何不能赦免高甑生。”
在旁的李夫人松一口气，几乎倒下。
“唔！”李靖只是平静，“谢皇上圣明。”
“皇上知道大人不反，只是为了堵住奸人之口，所以派人调查。皇上希望大人不要介怀。皇上圣明，绝不疑大人。”
李靖朗然笑：“李靖知皇上圣贤，所以从容！”
房玄龄心下舒一口气。替皇上？也许是吧。
李靖自是闭门杜绝宾客，虽亲戚朋友，不轻易接见。
太宗未尝不知道李靖不会反。他处理得很高明，坚持严惩高甑生，既告诫旧功臣不可以恃功放纵，又安抚了李靖。
而李靖，他懂得太宗，也很明智地收敛自己。
贞观十一年（637），改封李靖为卫国公。