当然这第一次内战，强弱势殊，袁世凯此时是采取主动的。6月9日，袁以大总统令，把江西都督李烈钧免职，由驻节武昌的副总统黎元洪暂代。而后粤督胡汉民（6月14日）、皖督柏文蔚（6月30日），亦相继被免，同时黎元洪在武汉亦大肆搜捕从事地下活动的国民党，风声鹤唳，草木皆兵！是时粤、皖两省的国民党内部皆有窝里反现象，胡、柏二人虽心有不服，还是遵令去职。李烈钧因在江西掌握较稳，被撤职心有不甘，乃潜沪与中山密商，之后又潜返江西湖口，约集心腹同志及武汉避难党人，密谋起义抗袁；举棋未定，李纯已受命为九江镇守使，率军步步进逼。李烈钧不甘示弱，乃于7月12日，在湖口要塞布檄鸣炮，公开起义讨袁，打响了二次革命的第一枪。［附注］这二次革命和民国开国后的第一次内战，便带有严重的区域主义(regionalism)的色彩。我国古代地方政府，本有一种回避的制度，如汉制便规定，本郡人不能为郡守，非本郡人不得为郡吏。这就是现代政治学上的所谓制衡制，是很科学的。此制断断续续地实行了两千余年未尝废。清制仍遵守本省人不能任本省督抚的传统制度。所以在有清二百余年的地方政府里，三藩以后，再未发生藩镇割据的现象。民国成立之后，首先就把这一优良政治传统破坏了，民初各省都督几乎全是本省人，这就开启了本省军阀盘踞本省的恶例。国民党这民初三督，也都是本省人；跟他们闹窝里反的也都是本省人。例如广东，那时中山下面的哼哈二将--胡汉民和陈炯明都是广东人。二人不和，弄得两人都想反袁，却都不敢反袁。江西的李烈钧控制得比较好，窝里反问题不大，所以他敢于起兵反袁。但是李的本省同志之反袁，为着革命的利益，显然没有他们抗拒北军（客军）心情的严重。其时远在云南的蔡锷（蔡为湖南人而任云南都督），对此日益滋长的regionalism便深具戒心。蔡虽然也是反袁人物，此时他却助袁，通电痛斥李烈钧："以前行为，本难宽忍。"（见1913年5月29日《云南蔡锷艳电》，载上引《北洋军阀，1912～1928》，卷二，第144页。此电在原书中误印为1915年）此一区域主义，后来竟滥觞于军阀时期。至台湾而变本加厉，可悲也。
这时愤恨袁氏专权，或仅为不满现状，欲为自身另找出路的国民党中下级军官，亦所在多有。如今江西义旗一举，各地也纷纷响应。国民党的据点在江西、广东、安徽、上海固无论矣。纵在较北的徐州驻军之内，也不乏反袁义士。须知在那个时代，国民党并没有自己的军队，它所有的不是当时有革命倾向的正规国军慕义投靠，就是地方杂牌民军就食而来，他们的战斗力和纪律，有时且远不如袁氏的北洋六镇。一旦接仗，往往就如古人所说的趋市民为战。不但战斗力有限，而且军纪松弛，亦不下于北军。加以武器、粮饷皆缺，因而士气不振。上海由陈其美指挥，连个制造局亦屡攻不下，徐州、广东、湖南一触即溃。稍微能坚持一两周者唯湖口与南京两处，伤亡溃败亦惨不忍言。
南京原有若干民军起义，然由于都督程德全首鼠两端，弃职潜往上海，孙派之激进军官何海鸣等确有意死守南京，苦撑待变。中山亦曾有意亲临指挥，终以黄兴抱奋勇而来则罢。然黄氏觉事无可为，半途易服而去。迨柏文蔚从安徽战场败至南京，曾痛批黄兴为"一将无能，千军受累"。可是吾人今日回看，实觉孙公之发动二次革命，正如美国杜鲁门总统对麦克阿瑟有意侵华之评语曰："斯为一天时、地利、人和，无一不错之战争也。"(A war against a wrong enemy, on a wrong place, at a wrong time)焉有胜利之望？
二次革命时未迭月，革命军就全军尽没，国民党全党上下，被扫地出门之后，早期梦想的以美为师、民主共和政体的实验，也以全盘失败告终。袁世凯早就感觉共和政体不适用于中国（见他和顾维钧的对话），再经过与国民党一番痛苦的斗争之后，金窝，银窝，终不如狗窝，他老人家就要回头去做皇帝了。吾人今从世纪之末，回看世纪之初，大概没有什么历史难题不能理解的吧？