在孙中山与黄兴等商讨组织政府和行政人选时，二人都有意以同盟会的高级干部为班底。但是他们很快就发现自己是眼大于腹了。
首先，这次武昌起义，各省纷起响应，原是基于清政府墙倒众人推的形势，同盟会所出的力量只是一部分，可能还不是主要的一部分。中山和黄兴二人都是以声望取胜。中山初抵上海时，革命军正在闹穷，当时谣传他带回华侨所捐巨款，足解燃眉。新闻记者也就以此相 问，孙中山答曰："余一钱不名也。带回来的只是'革命精神'耳。"中山的好口才虽能使听众大鼓其掌，然亦显示出，在这次联合推墙的众人之中，他除声望之外，并无特殊政治实力也。
至于黄兴，那更是个有将无兵的光杆司令。他初到武昌时，也是靠声望将兵，黎元洪及其他与三武（孙武、张振武和蒋翊武）齐名的革命诸小将，对他暗中也颇多嫉忌之心。汉阳一败，他就只有黯然而去了。其后光复南京之战，虽打了胜仗，但是江浙联军又岂是这位湖南骡子的子弟兵呢？在那个上阵必须子弟兵的时代，从天而降的光杆司令（后来国民党军队中的俏皮话叫作伞兵司令）是很难的，甚或是无兵可指挥的。且看近代中国军事转型史，民国时代的军队系统，从袁世凯的小站开始，哪一路武装不是子弟兵？当然子弟兵这桩封建残余（洋人叫feudalistic remnant），在历史转型的过程中，最后一定会被转掉的。军队国家化是中国军事转型史中的一个必然，任何人也不能逆转之。吾人对此项军事转型，至为乐观也。
但是话说回来，在那个混乱的民国初年，去古未远，带子弟兵却是为将之必须，光杆司令永远只是个荣誉头衔罢了，而黄兴那时无疑就是个光杆司令。因此在内务总长这一职位上，孙、黄二人的内定人选，原为他们最亲密的革命伙伴--那位光芒四射、才气逼人的宋教仁。也正是因为他光芒四射，所以招致党外（且借用一个现时名词）人士的嫉忌，甚至同盟会内也有反对的声音。中山不得已，只好改荐原江苏都督、前清巡抚、亲立宪派的老官僚程德全了。虽然在前清的官僚之中，程氏还算是一个新派人物，但是这个政府的内务总长之为宋与为程，其性质就截然不同了。为宋，它就显然是个革命政府；为程，它就显然是个新旧杂组的"拼盘"了。这个"拼盘"再加上一个立宪派的张状元季直（实业总长，1894年甲午战争那一年中的状元）和汤进士寿潜（1892年进士），那就成为"拼盘之拼盘"了--张、汤二人都是前清极负时誉的立宪派中坚。光复前，张、汤二人分任中国东南最具影响力的江、浙两省的谘议局议长，而汤且是杀害女革命者秋瑾的主谋。
教育总长原内定为章炳麟，亦以章氏不孚众望而改荐蔡元培。然中山为笼络这位曾公开反孙的国学大师老同志，乃特设一枢密院顾问之高位以安置之。但是倨傲的章疯子却不屑俯就。章炳麟虽曾为同盟会会员，但他也是光复会的发起人。这两个革命团体就始终未尝统一过。这时两派尚且争权甚烈。光复会的另一巨头陶成章，竟被当时上海都督陈其美派盟弟蒋志清于1月14日枪杀于上海。此后两派斗争无已时。光复会老同志逐渐与老立宪派结盟以抵制同盟会。凡此皆可看出中山当时的妥协性。孙中山是位个性倔强、胆大泼辣的革命者，不是个轻意妥协的人物。他这次之所以如此妥协者，实在是他知己知彼也。只有这么大的实力，得大位已逾份，不妥协又如何呢？
外长一职，众意应属伍廷芳。伍氏粤籍，然出生于新加坡，按理曾为英属海外公民（British subject）。伍氏精通双语，受法学教育于伦敦，并领有英国律师执照。后来在香港开业，为英籍华民之第一位律师。后又被选任为立法局议员，亦为香港华裔之第一人。然伍氏在一全白的殖民体系中，做一个低声下气的二等官僚，显然心有不甘，乃转回祖国之大清政府任职，竟累迁至头品大员，任外务部右侍郎（相当于今之外交部第一副部长），后又外放为钦差大臣、驻美公使，可谓官高位显，一帆风顺。然伍君深入"酱缸"（且用一个柏杨术语），目睹清廷官僚之不可救药，武昌炮声一响，乃立即附义，并出任军政府对外交涉之总代表。此一要职，当时革命阵营中，伍老之外无第二人也。迨中山出任总统，乃改任伍氏为司法总长，而以外长一职畀之刚从耶鲁卒业之毛头小子王宠惠，而王自知两人经历不能相比，不敢接任。其实中山暗中有意自主外交，而欲王氏挂其名，佐理之而已。王遂成为当时最年轻之总长。