进攻南京的日本军人是疯狂的。12日上午，美军珀内号炮艇满载着美国大使馆的最后一批人员和一群西方记者，拖着美孚石油公司的三艘驳船，离开日军迫近的南京城，溯江而上。日军奥山中尉率领一个飞行中队飞到珀内号上空。奥山明明看见下面的炮艇上飘扬着美国国旗，却视而不见，率领机群向珀内号攻击。二十分钟后，这艘美国炮艇下沉，艇上的人纷纷跳水逃命。
罗斯福总统听到这个消息，很想制裁日本，无奈国会里阻力重重。议员们宁愿牺牲在中国的利益，也要维护对日本的贸易。日本也急于避免与美国冲突，日本外交大臣连忙照会美国驻日本大使“深表歉意”。圣诞节前后，美国收到了日本政府的赔款支票，面额为美金二百一十万四千零七元三角六分，这场风波才平息下去。
12日正午，雨花台陷落后，孙元良师从城墙爬进城内，直奔挹江门，企图从下关渡江逃走。宋希濂的戒严部队阻拦劝说，收容约两千人，仍然由孙元良率领，回到中华门附近作战。
下午4点，俞济时军也从三汉河向下关搭浮桥，准备向下关撤退，又被长官部制止。这时，日军虽然猛烈攻城，占领了雨花台和紫金山第一峰据点，但胜负并没有最后分晓。
5点左右，顾祝同给唐生智打来电话，转达蒋介石的撤退命令，要他迅速赶到浦口，以便撤离。唐生智表示：不能马上离开南京，撤退问题必须部署。当晚，蒋介石又来电，命令唐生智放弃南京，向津浦路撤退。第二天凌晨，唐生智召集各部师长以上军官开会，做出“大部突围，一部渡江”的部署。
守军将领们默不作声，沉浸在悲愤的深渊里。唐生智心里也不好受，他大声说：“战争不是在今天结束，而是在明日继续；请大家记住今日的耻辱，为今日的耻辱报仇”