日军在兵力和装备上都具有极大的优势，在战略上也占了先手。但是天不助日军，暴雨连日不断，致使抚河泛滥，战场化为泥潭，严重影响了日军部队机动力量的发挥。
蒋介石发现顾祝同手下兵力不足，在6日急令薛岳又调欧震军策应第三战区的作战。顾祝同派刘广济的第一百军会同第九战区友军会攻临川，日军不得不转用大贺师团增援高桥师团，抗击中国守军，并向南攻陷丰城和南城，以减轻高桥师团右侧背所受的威胁。日军继续与中国军队转战于上述各地及宜黄和崇仁一带，又转用大贺师团在进贤、东乡和鹰潭一带与岩永支队联合向东进犯。日军平野支队与海军配合，在鄱阳湖东岸登陆，攻陷瑞洪，继续东进，相继占领进贤和东乡。
8日，大贺师团突破孙渡军阵地，主力直下临川，与高桥师团会合，猛攻夏楚中军，双方激战到12日，大贺师团主力转向浙赣铁路，会同岩永支队进攻鹰潭。
接着，日军高桥师团也将主力转向浙赣铁路，薛岳的第九战区在东乡和金溪以东、南昌以南地区发起攻势：欧震军从南北两面进攻崇仁和临川，方靖军从南向北进攻临川以南的南城。15日至16日，欧震军下属部队先后攻克崇仁和宜黄，继续向临川进迫。这时，沿浙赣铁路向东攻击的日军大贺师团主力攻陷了鹰潭和贵溪。
从21日起，中日两国军队在南城、宜黄、崇仁和临川地区展开激战。23日，日军发布歼灭欧震军的命令。中国军队曾一度包围临川和南城，但久攻不克。到30日，日军再次攻陷宜黄和崇仁，双方形成对峙。7月13日，日军放弃崇仁和宜黄，蒋介石电令中国军队停止进攻，南昌以南地区的战斗便告停止。
浙赣路东段方面，从7月上旬以来，第三战区发动局部攻势，先后收复新登、桐庐、建德、弋阳和横峰。
日军侵占了四十多座城市和沿浙赣线长六百多公里、宽三百多公里的地区。28日，日军大本营命令畑俊六停止浙赣作战，确保金华附近的占领区，日军于8月中旬撤退，第十三军大城户师团留守金华、武义和东阳，内田师团留守新昌和奉化，其余部队在19日撤回原驻地；第十一军所部也从19日开始撤退。
顾祝同于第二天命令部队伺机向日军后方及侧方挺进，基本上未与日军正面接触。这样，浙赣会战便告结束。
这次会战历时约三个多月，日军集中九个师团以上的兵力，经过苦战，付出惨重代价，实现了预定目的。据日军战史记载，日军死伤二万八千九百多人，损失酒井师团长，并失去战马二千六百多匹。中国守军由于缺少必要的通讯联络及判断失误，第三战区未能实现与日军决战的计划。
在浙赣会战期间，国民政府外交部长和美国国务卿赫尔分别代表两国政府在华盛顿签订了《中美抵抗侵略互助协定》。6月4日，日本海军在袭击中途岛时与美军激战，日军受到极大的打击。