入侵长乐的日军兵分两路，一路进犯福清县城，在松下的鹿山险地，遭到陈俊盛和程文龙率领的民众武装一百多人顽强阻击，达六个小时。日军炮火猛烈轰击，飞机盘旋扫射，守军伤亡惨重，弹药不继，陈俊盛和程文龙先后壮烈殉难，九名水警队员和二十名自卫队员为国捐躯。日军于当天从松下攻占福清的海口镇，第二天占领县城。
日军的另一路进犯长乐县城，在鸿山到沟东附近的小山丘，长乐驻军第七十五师胡广平营指派一个机枪连五十多名战士阻击日军。但是，守军目标过早暴露，阻击两小时后，日军大部队赶到，飞机猛烈轰炸守军阵地，守军伤亡过半，周桐轩连长和一名排长殉职，阻击失利，长乐县城陷落。
入侵连江的日军从浦口乡登陆后，守军第七十五师一个团，在西门外莲湖头抵抗了一阵，打死打伤二十多名日军。日军大部队赶到，敌众我寡，守军撤出阵地，连江县城陷落。
20日，日军分兵多路围攻福州。驻守福州地区的第一百军，军长陈琪平时备战不力，疏于防范，得知日军大举入侵时，又不战而退。21日，福州陷落。
日军入侵长乐、连江、福清和福州等地区后，中共福建省委领导当地军民奋起抗击，积极开展游击战争。他们派黄国璋回闽中担任军事特派员，加强共产党对抗日战争的领导。
中共福清长乐平潭县委书记陈享源，与国民党长乐县代理县长和长乐抗日游击队总队长刘润世，联合成立长乐抗日游击总队，陈享源任参谋长兼第一大队长。5月，他们先在长乐的七社和三溪，两次打败日伪军的“清剿”，活捉敌参谋长邱玉霖等五人，击毙三十多名伪军。接着，又在三溪和江田的两次袭击中打死打伤一批日军。
8月4日，游击总队挑选四十八名熟悉地形的精干战士，埋伏在长乐琅尾港小冬浦南岸的桔树林里，袭击日军舰艇，将其击沉，全歼艇上日军四十二人，并击毙日军马尾营前地区司令中岛和分队长村野，游击队员无一伤亡。这是福建抗日游击战中战绩最好的一次伏击战。9月2日，日军准备撤退，长乐抗日游击总队闻讯后，兵分两路袭击日军，第二天收复县城。
中共连江党组织建立了连江抗日游击队。9月2日晚，他们配合国民党第一○七师一部和连江县保安中队，收复了连江县城。
福州地区的民众结成各种形式的抗日组织袭击日伪军，配合国民党驻福州地区军队的反击战。8月19日，顾祝同电令陈仪的第二十五集团军对日军占领地区进行突击。28日，第十三补充兵训练处处长李良荣率部向桐口突击，迫使日军于31日退回福州。9月1日，李良荣分兵两路反击日军，同时，中共领导的各县游击队和福州地区的国民党驻军，也从各自的防地向日军反击，迫使日军于9月3日全线撤退。沦陷四个多月的福州，又回到中国人手里。
1941年年底，日军大本营下令进攻香港。圣诞夜，香港总督府飘起了白色停战旗。九龙半岛饭店富丽堂皇，英国殖民地总督马克·扬博士服饰华丽。形成极大反差的是他脸上沮丧的神情。他把投降书交给日本第二十三军司令官酒井隆中将。一万五千多名英军成为日军的俘虏。
日本在香港设立占领总督，由大本营直接管辖，受中国派遣军总司令官节制，陆军中将矶谷首任港督。这时，出访美国的丘吉尔，坐在白宫圣诞宴会的餐桌旁，一反常态，沉默不语，满口的俏皮话都缩进了肺腑。第二天，他来到美国众议院，发表一篇慷慨激昂的演讲，谴责日本人的侵略行径，用一个反问句表达胸中的愤懑：“以谨慎和稳重是难以调和的，他们把我们当成什么人了？”
日军进攻香港时，东江抗日游击纵队派出武装工作队，进入沙头角、西贡、大埔、元朗、罗湖和沙田地区，发动民众收集英军遗弃的武器弹药，获得三十多挺轻机枪、几百支步枪和一批其他军用物资。
东江游击队首先在元朗捕捉处决了一批替日军服务的罪大恶极的汉奸，迅速控制了大雾山。在元朗和沙田，组织了两支自卫队和一支农民场备队，在西贡区和大埔区，建立了农民自卫队和新兵训练队。西贡区还成立了“游击之友”小组，以小规模骚扰的方式打击日伪军。
抗战以来，香港和澳门是中国获取外援的重要国际补给线，大量抗战物资从香港和澳门上陆，转运内地。国民政府和中国共产党在香港澳门设立了许多机构，联络国际支援抗战，得到港澳同胞全力支持。宋庆龄领导的“保卫中国同盟”，长期以香港为基地，在港澳同胞配合下，联络海外侨胞，募集了大量捐款，支援祖国抗战。
香港沦陷时，中共中央及南方局要求八路军、新四军驻香港办事处和东江纵队，全力营救各界爱国人士。周恩来给在香港的廖承志和潘汉年连发两份急电。不久，又致电廖承志，询问香港文化界人士撤退和安置的情况，以及同新加坡和菲律宾联络得怎样，叮嘱他们派人帮助宋庆龄、柳亚子、邹韬奋和梁漱溟等人离港。
廖承志和张文彬等人，想尽办法把民主人士和文化界人士，安全送达东江游击纵队。他们有的经澳门、韶关或广州湾到达桂林，有的经浙江去上海，转赴新四军驻地。这场秘密大营救活动，历时半年，行程万里，遍及十多个省，共营救出何香凝、柳亚子、邹韬奋、茅盾、夏衍、沈志远、张友渔、胡绳等八百多人，包括在港爱国人士和部分国民党军政官员及其家属，也包括英国、美国和印度等国的官兵、侨民八十九人。这次营救，被称为抗日战争以来最大的抢救工作。