《新华日报》冲破山城的重重浓雾，将皖南事变传遍了重庆，轰动了国民政府的陪都。第二版上，周恩来的题词占六栏地位：为江南死难者志哀。第三版用五栏登出了周恩来针对皖南事变的题诗：
千古奇冤，江南一叶，同室操戈，相煎何急。
周恩来的诗满含悲愤，揭穿了国民党顽固派制造皖南事变的实质，诗中蕴涵的强烈抗议，震撼着每一个爱国者的心。
1月20日，中共中央军委发布重建新四军的命令，任命陈毅为代理军长，刘少奇为政治委员，张云逸为副军长，赖传珠为参谋长，邓子恢为政治部主任，号召新四军全体指战员继续高举团结抗战的旗帜，坚持抗战。
同一天，中共中央又发出成立新四军军分会的通知，任命刘少奇为军分会书记。根据中央军委命令，陇海路以南的部队统一编为新四军。全军共七个师和一个独立旅，计九万多人。
这时，日军加强了在华中的作战力量，兵力已达二十六万人，正面与新四军作战的有十一万日军和十五万伪军。
2月13日，李长江在泰州率部公开投降日本，新四军军部决定予以严惩。刘少奇指出：“此贼不除，后患无穷，望集全力迅速解决之。”陈毅赶到东台，和粟裕一起研究讨逆作战方案。
17日，新四军军长和政委签发《讨伐李逆长江命令》，任命粟裕为讨逆总指挥，叶飞为副总指挥，刘炎为政治委员。叶飞的第一旅为左路军，王必成的第二旅为中路军，陶勇的第三旅为右路军。第二天，新四军战史上著名的讨李战役拉开帷幕。
新四军第一师主力，沿海安到泰州的公路向西进攻。在取得姜堰和苏陈庄等战斗的胜利后，19日拂晓，三路大军向泰州推进，傍晚直逼泰州城下。顷刻间，枪声大作，火光冲天，泰州的夜空如同白昼。李长江惊魂四散，急令部队凭借工事拼死抵抗，等待日军增援。
第二天凌晨3点左右，王必成的中路军突破东门进入泰州城，陶勇的右路军从西门突入城内，锋芒直逼李长江的司令部。李长江见大势已去，急忙换上便衣，潜出城外，落荒而逃。拂晓，战斗结束。这一仗总共俘虏叛军官兵五千多人，迫使叛军两个支队战场起义。
上午，陈毅和粟裕得到情报：日军为援救李长江叛军，分别从扬州、高邮和如皋等地出动，乘虚侵占海安和东台，并向泰州急进，准备“扫荡”新四军第一师。为了争取主动，陈毅和粟裕命令全师撤离泰州，转入敌后反“扫荡”。
3月中旬，陈毅返回军部。