这时南缭河水涨，该师无法渡河。夏楚中军只有第一一八师北上阻截。而王铁汉师与第七十六师部队已经无力坚守原地，正在撤退之中，罗卓英的补漏作战完全无效。
22日凌晨两点，日军搭成了浮桥，花费不到五个小时。冈村精心策划的主角石井战车队立即渡河。江畔守军用机枪猛烈射击，日军战车队渡河失利，三辆战车在忙乱中落水沉没。中午，日军战车队全部渡河，战况急转直下。日军第一批渡河的一个战车中队协同中井师团横击段珩师与王铁汉师阵地，以扩大渡江面，减低威胁。段珩在得知王铁汉师阵地被突破之后，立即派第三二一旅抢占呼童桥阵地，但日军一个混成大队在十五辆战车掩护下已从侧面冲出，第三二一旅阵脚大乱，在阵地间与日军混战。
据战史记载，第三二一旅观察到，四辆日军战车在开上公路之后，似乎兴奋过度，居然在公路上绕圈圈。国民党军队在抗战初期还没有彻底破坏公路的习惯，所以通往南昌的公路依然可用。日军战车队在突进到公路之后，立即发挥机动优势，向奉新狂奔。
日军渡河之后，天气渐渐放晴。日军第三飞行团开始在永修到安义之间大肆空袭，轰炸坚守阵地的中国军队。守军部队的调动，基本上都被日军侦察到了。已经渡河的日军战车队得到一个轻型轰炸机战队直接配合，几乎如入无人之境。
这时，王铁汉师与段珩师的江边防御阵地非常混乱，依然遭到日军炮兵的狂轰。他们抵挡不住，先后撤退。日军战车队向奉新奔袭，中井师团随后跟进。夏楚中带着第一一八师赶往王铁汉师防线途中，发现大量战车正面扑向奉新，与第一一八师擦肩而过。夏楚中知道日军已经突破了永修防线，为了避免遭到包围，只好急电罗卓英请求撤退，于是，守军永修方面的防线崩溃。
日军占领了前沿阵地，向纵深发展。日军另一部沿南浔线攻击，在修水南岸涂家埠遇到顽强阻击。
22日下午5点钟，日军战车部队攻占安义，晚上9点进占奉新，23日早晨，在优势的飞机和炮火掩护下，分三路围攻吴城，并不断发射燃烧弹和毒剂弹，守军伤亡惨重，于第二天放弃吴城。
中井师团进入奉新后，派出一支部队向西进攻高安，阻击中国援军；主力从安义和奉新向左转，扑向南昌。南昌守军只有保安部队，罗卓英急令宋肯堂军从修水南岸涂家埠一线退守南昌。到26日为止，宋肯堂军只有两个团抵达南昌。这时，日军战车部队逼近南昌西北赣江桥，守军奋勇炸毁桥梁，将日军阻止。
但是，日军步兵从南昌西南的曾家和生米街横渡赣江，切断了浙赣铁路。27日，日军斋藤师团攻入南昌，宋肯堂军进驻南昌的部队奋力抵御，与日军巷战，但寡不敌众，当天上午，南昌失陷。守城部队奉命突围，赶往南昌增援的第十六师也在路上被击退。宋肯堂军主力此时已赶到南昌城下，被日军截祝中井师团越过南昌，南下截断浙赣铁路。
夏楚中军在日军斋藤师团转向南昌之后，尾随追击，但机动力太差，遏止不了日军的攻势，夏楚中只能率部沿安奉公路搜索日军。28日，日军一部突然调头攻击，夏楚中的军部被日军切断，军参谋处处长王禹九为了保护夏楚中，率领第五八四团向日军冲锋，壮烈殉国。经过激烈战斗，守军伤亡甚重，奉令向进贤撤退。
武宁方面，日军稻叶师团主力，从3月20日开始，从箬溪附近攻击李玉堂军和彭位仁军阵地，樊崧甫权衡战局，命令彭位仁军坚守阵地，王东原师第十八团支持前线，李玉堂军的第三师主力守备武宁。王陵基也派韩全朴军向武宁推进。柳际明师发动全线反攻，与日军混战，第十五师固守棺材山一线阵地。进援的王东原师第十八团搜索日军，奋勇出击，收复了刚被日军攻陷的金鸡山，第三营杨明阁营长在冲锋中牺牲，第二营武霄华营长与团长赖传湘都负伤不退，指挥部队抵抗日军。第十五师第八十九团在日军疯狂进攻下，奋战不退，全团伤亡殆尽，阵地依然没被日军突破。
3月22日，柳际明师在反攻中损失惨重，退回原阵地。王东原师派第九旅增援第十八团，守军阵线稳定下来。王陵基派夏首勋军推进到彭位仁军阵地，重叠部署，日军稻叶师团进展不得。日军派出一支部队从巾口南渡，进攻夏首勋军阵地，激战几天，双方伤亡都很严重。王陵基又派韩全朴军接替夏首勋军。日军观察到守军换防，兵力空虚，命令第三十六旅团停止反攻，配上战车，转向箬溪东南渡过修水，进攻靖安方面韩全朴军侧翼范楠宣师的阵地。守军第一团沉稳抵抗，用集束手榴弹摧毁两辆日军战车，挡住了日军的混合大队。
28日，日军第三十六旅团再次用观测气球指挥炮兵轰炸范楠宣师阵地，第一团阵地全毁，韩全朴与范楠宣率领特务连上火线督战。日军用强烈炮火阻止守军预备队的调动。这时，南昌失陷的消息传来，影响了守军士气。当晚，范楠宣师苦战不支，范楠宣率部突围，靖安失陷。日军稻叶师团主力立即穿过缺口，从侧翼向武宁进攻。第二天凌晨，日军攻占了武宁。
但是，王陵基集团军的防线并未崩溃，日军只在武宁形成一个突出部，与守军对峙。
4月上旬，国民政府军事委员会命令罗卓英统一指挥第三战区和第九战区各一部共约十个师，反攻南昌。方针是：“先以主力进攻南浔沿线之敌，确实断敌联络，再以一部直取南昌。”
21日，反攻开始。第九战区卢汉集团军第一八四师和新编第十师向奉新日军发起攻击；第十一师主力监视靖安日军，一部向滩溪挺进。到24日，日军退守奉新。俞济时军主力攻击高安附近的日军；俞济时军和刘多荃军各一部北渡锦江，攻击大城和生米街一带的日军，到26日，收复了高安、大城和生米街，并一度攻入牛行，日军退守高安东北一线。此后，第九战区部队进展困难，无力切断南浔线。
第三战区上官云相的第三十二集团军，派第十六师、第七十九师、预备第五师和预备第十师一部，于23日渡过抚河，向南昌方向攻击，26日收复南昌东南市汊街，迫近南昌。27日，日军斋藤师团得到海军陆战队支援，进行反扑。上官云相集团军攻击受阻，派第二十六师加入战斗。5月5日，攻克南昌东侧的飞机场及南昌火车站。7日，南昌日军与前来增援的中井师团，在航空兵配合下，不断反击。上官云相集团军伤亡很大，所属第二十九军军长陈安宝中将殉国，攻击受挫。9日，中国军队奉令停止反攻。
南昌会战经历了一个半月时间，以中国军队失利而告终。这次会战，共歼灭日军五万多人，中国军队伤亡近十万人。