负责九江防务的第九战区第二兵团司令官张发奎，是冈村的老对手了。十二年前，以军事才干而自负的冈村宁次，也是在九江，栽在张发奎手上。张发奎早年曾任孙中山警卫团的营长，北伐时任第四军军长，参加了攻打汀泗桥等重大战役。1926年秋，他率部在九江和南昌一带与军阀孙传芳作战，冈村是孙传芳的军事顾问。张发奎把孙传芳打得节节败退，冈村化装成老百姓才得以逃脱。他顺手偷走了一份华中地区的军用地形图，在这次武汉会战中，复制给日军各级指挥官使用。
张发奎到达九江以后，严令部下积极准备迎击日军。九江北临长江，东滨鄱阳湖，有利于日本海军舰队和空军飞机发挥优势，张发奎认为守城难度很大，必须在九江西南丘陵地带设立二线预备阵地，一旦九江失守，可以节节抵抗，牵制和消耗日军。但是，蒋介石的命令是固守九江，张发奎不敢违抗。
冈村住进石钟山下的那天晚上，天空阴沉昏暗，雨前劲风阵阵。九江城内，张发奎预感到，这样的天气适合日军偷袭，于是吩咐部下：“马上通知九江各口岸，尤其是姑塘守军预十一师，加强戒备，决不能疏忽。”
果然，23日0点，波田支队从湖口乘船出发，在海军第十一战队掩护下，潜入鄱阳湖中的鞋山附近，企图从姑塘登陆。待守军预备第十一师发现时，日军已掩袭到滩头。守军竭力抵抗，击沉日艇十多艘，但是日本海军舰炮齐射，实行火力压制，守军伤亡重大，波田支队强行登陆。
天亮后，几十架日军战机在天空轰炸扫射。鞋山的日军炮兵阵地和鄱阳湖上的日军舰炮，把成千上万发炮弹射向中国援军。据守滩头的张文美营全部牺牲。奉命增援的第十五师和第一一八师，被压在通往姑塘的坑坑洼洼的道路上，无法靠前，预备第十一师的预备队虽然靠近滩头，但兵少力孤，装备又差，几次反击都未能奏效。
24日，波田支队及松浦师团主力已全部登陆，占领了姑塘。一百多架次的日机轮番轰炸九江城区。25日拂晓，日本海军扫雷队强行扫雷，艇上炮火向锁江楼宝塔射击。塔身中了三炮，向东北方倾斜。锁江楼附近的守军炮兵阵地，用猛烈炮火向日艇还击，击伤一艘。
大约在7点钟，日军二十艘舰艇和五十六架飞机进入九江城区，对守军阵地和市区狂轰滥炸，掩护陆战队登陆。10点钟，一支日军在洋油厂登陆，向沙子滩方向进攻。下午两点，日军又在九江西北的小池口登陆，守军预备第九师和第一一九师竭力抗击，但火力和兵力处于劣势，难以支持。从姑塘登陆的日军波田支队和松浦师团也推进到太阳观，向妙智铺方向进攻，迫近九江城区。
陈诚看到战况不利，认为九江已难固守，为了防守江西北部和湖北东部的主要阵地，不宜再向九江投入兵力而徒增损失，命令第二兵团调整部署，放弃九江。25日夜晚10点10分，张发奎下令从九江撤退。当晚，第二兵团全线后撤，向牛头山、金官桥和十里山等阵地转移。27日早晨，日军占领九江城区。
在九江攻防战激烈进行的同时，日军稻叶师团按既定部署向太湖、宿松和黄梅一带展开进攻，中国军队进行了顽强抵抗，终究未能挡住日军推进。7月26日，太湖失守。8月2日，宿松失守。8月4日，黄梅失守。
九江失守，蒋介石大为震怒，恼恨张发奎不肯把总预备队欧震第四军调往九江死守，认为他是为自己保存这支北伐铁军的实力，于是下令将他撤职，由薛岳和吴奇伟主掌南浔线战事。张发奎深感委屈，到武汉自请军法治罪，多亏陈诚为他承担责任，才免受处分。
蒋介石正在为战况忧心如焚，突然得到一个情报，令他大为宽心：日本向苏联进攻了！从7月11日起，苏联红军在苏朝边境附近的张鼓峰构筑工事，苏军可以俯瞰朝鲜铁路和罗津港。日本军方的“北进派”力主以此为借口进攻苏联，而裕仁天皇尚未下定决心，日本朝鲜派遣军司令官中村孝太郎大将就于31日擅自命令精锐第十九师团越过苏联边境，向张鼓峰地区进攻，迫使苏军一度后退。不久，苏军大举反攻，日军惨败。日本政府立即向苏联政府提出，愿意单方面后撤一公里。8月10日，苏日双方达成协定，从次日正午停止战斗。
整整七年了，中国独力顶着日军全部淫威的压力，蒋介石原以为苏联和日本开战，将会迫使日军分兵，没想到斯大林对西线的德军警惕有加，无心在东线大战日军，而日军在被苏军打败后赶紧缩了回去，武汉会战牵制了日本陆军的主力也是原因之一。总之，日本暂时放弃了武力进攻苏联的北进计划，使蒋介石空喜一常
日本通过外交平息了和苏联的争端，侵华日军没有在九江止步，继续攻击九江外围，作为进攻武汉的前进基地，并在九江与合肥大规模集结作战部队，积极准备进攻武汉。
8月1日，冈村命令松浦师团从九江南下，攻击金官桥一线中国守军。同时令沿江北进攻广济和黄梅的稻叶师团加紧进攻。长江南北两岸，第十一军的两个先头师团分别向南面和西面延伸猛攻。
冈村是一个有战略眼光的军事指挥官。他的部队占据了九江，他没有投入所有兵力直接向西猛攻武汉，而是分兵从湖口和九江南下，企图攻占德安和南昌，造成西进长沙的态势，企图截断粤汉铁路，对武汉形成战略大包围。这样一来，他不但消除了左翼薛岳的几十个师对日军的威胁，而且用截断武汉退路的战略手法，意在彻底动摇中国守军的意志，最终合围中国的几十万重兵。