拂晓，蒋在珍在花园口设立指挥部，架设专线与商震联系，随后传令破土。由他选定的八百名精壮士兵，编为五个组作业，每两小时一轮换。每个组又分作两班，分工挖掘与搬运。
由于分工得当，进展很快。夜幕降临时，四辆军用大卡车开来，用车前灯照明，不停挖掘。
破土时，蒋在珍下令将决口上方加宽到五十米，既可预防赵口塌方再现，又可拉出斜面，形成便于站立作业的阶梯，随时增加挖掘人手。不论白天黑夜，师部长官轮班在工地上巡视，严加督促，官兵不敢怠延。魏汝霖赶来花园口督察，告诉蒋在珍：“新郑已发现日军便衣，集团军司令部已迁往巩县，委员长再三催问，命令尽快决堤。”
蒋在珍看看表，说：“争取提前在9日午时放水。”他调来两个营增援，改为两个班轮流作业。又把战地服务团召来慰问演出。
忽然，一阵“嗡嗡”声传来，两架日机从北方飞来，在花园口上空盘旋，害怕高射炮射击，不敢低飞。蒋在珍没有躲避，官兵仍奋力挖掘。日机在附近村庄投下几颗炸弹，便飞走了。
9日一大早，魏汝霖又来花园口，登高大喊：“我已把弟兄们挖堤的情况向统帅部报告，统帅部在电话机旁等着消息。程长官要我告诉弟兄们，如能在今天12点以前放水，奖励法币三千元。”
官兵们快挖快跑快运，气氛紧张。挖到基石了，蒋在珍命令工兵连运来填塞炸药的大缸，划定爆破点。随后，只听得连声巨响，硝烟和碎石齐飞。一个多小时后，炸起的碎石清理完毕，只剩下一米多厚的堤坎，阻挡河水流出。
终于，上宽五十米、下宽五米的缺口挖成了。放水前，蒋在珍将部队撤到安全地带。9点整，实施最后决口，军士划船到堤坎旁，将坎挖开。顿时，黄水汹涌而出，激流把堤坎冲垮，水势更加激烈。
蒋在珍三步并作两步跑到指挥部，向商震报告。他要求商震调来炮兵，对准已挖薄的堤岸，平射轰击，连开六七十炮，缺口迅速扩大了七八米，河水排山倒海地咆哮直下！
望着堤内外汪洋中茅舍漂流，牲畜扑腾，蒋在珍慨然叹道：“是功是过，让后人评说吧。”
“师长，你的电话。”参谋处长把听筒交给蒋在珍。
商震把蒋在珍赞扬了几句，接着说：“派人把龙王庙和附近的房屋、大树炸倒一些。”
蒋在珍聪明一世，糊涂一时：“这是为什么？”
“这是命令，必须执行。”商震紧接着说，“你直接向军事委员会发一份电报，就说6月9日，大批日军飞机轰炸花园口黄河堤岸。”
“卑职明白。”蒋在珍这才恍然大悟。
6月12日，汉口出版的《大公报》和《申报》等大小报纸，纷纷刊出骇人听闻的中央社郑州电讯：
敌军于9日猛攻中牟附近我军阵地时，因我军左翼依据黄河坚强抵抗，敌遂不断以飞机大炮猛烈轰炸，将该处黄河堤垣轰毁一段，致成决口。水势泛滥，形势严重。黄河南岸大堤被暴敌决口后，滔滔黄水由中牟、白沙间向东南泛滥，水势所至，庐舍荡然，罹难民众，不知凡几。故此种惨无人道之暴举，既不能消灭我抗战力量，且更增加我杀敌之决心。
第二天，中央社又发电讯：
敌机三十余架，12日晨飞黄河南岸赵口一带，大肆轰炸，共投炸弹数十枚，炸毁村庄数座。更在黄河决口处扩大轰炸，至水势愈猛，无法挽救。
日机炸毁黄河堤岸的消息，通过通讯工具，飞传长城内外，大江南北。人无分男女老幼，地无分南北东西，举国同愤，国际社会也在严重关注。日本政府立即做出反响，电台和报纸同一口径，矢口否认此事，声称是中方嫁祸于日本。
13日，陈诚在汉口举行中外记者招持会，通报了日机轰炸花园口河堤经过。美联社记者问道：“日本方面声称，决口是中国政府自己炮制的恶作剧，对此，部长先生有何评论？”
“无耻之尤”陈诚正颜厉色说道，“日寇惯用欺骗宣传，他不但不知悔忏，反而血口喷人，把毁堤罪行移解到我们身上，令人愤慨之至！此种诬报，毋庸辩驳，相信并且希望，是绝对不会淆惑世界公正人士视听的。”
“对已决堤口，中国政府是否准备堵塞？”法新社记者提问。
“据前线消息，由于上游连日大雨，黄河暴涨，加之日机在决口处扩大轰炸，致决口愈大，水势愈猛，一时无法挽救。”陈诚的语调变得低沉，“我战区居民被淹者日多一日，无家可归，在死亡线上挣扎，政府岂能撒手不管？政府将不惜代价，尽早堵塞决口，以减少战区居民痛苦，此刻，前线将士正着手进行。”
《申报》记者问：“报载郑州附近已聚集数万灾民，衣食皆无，情况堪怜，政府有否救援措施？”
陈诚答道：“行政院、中央赈灾会于施以急救的同时，正在制定更有力之方略，日内即有行动。”
“日军决堤，最受其害者，为我战区居民。但也有国外军事专家评论，由于大水泛滥，日军也必遭严重损失，于中国可谓因祸得福，陈部长的看法呢？”发问的是香港《南华日报》记者。