日军在南京的滔天罪行，除了任意屠杀我国同胞以外，便是随时随地强奸我国妇女，其次数之多，情状之惨，也是打破世界记录的。
远东国际法庭的判决书支持了这种说法。
强奸事情很多。不管是被害人或者为了保护她的亲属，只要稍微有一点抗拒，经场便遭到杀害……在这类强奸中，还有许多变态的淫虐狂的事例，许多妇女在强奸后被杀，还将她们的躯体砍断。
在占领后的第一个月中，在南京市内发生了两万例左右的强奸事件。
全城内无论是幼年的少女还是老年的妇人，多数都被奸污了。
梅汝璈说，国际法庭接受了无数的关于这类强奸及奸后杀戮的证据。例如，一个姓丁的小姑娘竟惨遭十三名日本兵轮奸，她受不了这样的狂虐，厉声呼救，日本兵当即割去她的小腹，将她杀死。又如，日本兵在东岳庙轮奸年近古稀的老太太谢善真，事后将她剖腹，砍断四肢，一块块投入火中焚烧。这类先奸后杀的暴行，在日军攻陷南京以后的近两个月时间内，几乎每天都要发生几百件、上千件。
在南京，日军对中国男性的虐杀，也是耸人听闻的。上面引用过其著作的小俣行男，在他的书中描述了日军在南京的烧杀抢掠和对中国战俘的虐杀。
在南京，到处都可以抢劫和强奸。我们刚进城时，还有许多建筑物，第二天就开始纵火，将主要建筑物全部焚毁。士兵们冲进深宅大院，在屋里大肆翻搜，抢走值钱的物品，然后就放火烧房。……俘虏达到十万之众。刚进城的部队向军司令部请示：“这些俘虏怎么办？”回答是：“适当处置。”
所谓适当处置，就是执行枪决。日本兵把俘虏们押到长江岸边的下关，排队轮流砍头。砍完第一排，强迫第二排的俘虏把尸体抛进江水，然后排成一列，依次砍头。就这样，从早晨杀到晚上，一天不停，杀了两千人。
第二天杀累了，就抬出机关枪，用两挺重机枪组成交叉火力，让俘虏面朝江岸排成一列，扣动重机枪的扳机，哒哒哒开火。俘虏们一齐逃往江里，却没有一个人能挣扎着跑到对岸，后来，军司令部下达命令：“俘虏不杀了，送到后方去修筑道路，或者干其他苦役。”
然而，被杀的俘虏已经不计其数。长江上漂满了中国士兵的尸体，鲜血染红了江水，惨不忍睹啊！
日军不但残杀俘虏，还杀害了无数平民百姓。路上躺满了百姓的尸体。日军究竟杀了多少人？没有公布数字，也无法统计。总之，一眼望去，满目死尸。留在市内而又没有住进难民区的百姓，都被日军一扫而光。
我乘坐救援部队的卡车向盐城进发，沿途所见，所有的村庄都被烧光了，空气中弥漫着火烧之后特有的焦臭。汽车驶近盐城时，看到一大片馒头状的土堆。……这些“土馒头”就是坟墓。新坟墓连成一片，成千上万。……
盐城是个十万人口的县城，城内已被夷为平地，没有一幢建筑物幸免。城内连一粒米都没有了，附近的村庄也被焚烧一空。
《东京日日新闻》1937年12月27日号有一篇报道，典型地描述了日军在南京的杀戮。记者以《紫金山下》为标题，报道了两名日本军官之间的一场杀人比赛。
谷寿夫师团是最先攻入南京的日军部队。这个师团有两名少尉，一个叫富冈明，一个叫野田岩。他们约定比赛，以一瓶白兰地为赌注，看谁能杀人满一百。他们从南京下关一直杀到夫子庙，富冈明杀了一百零五人，野田岩杀了一百零六人，后者赢了这场比赛。两人又打赌，看谁先杀满一百五十名中国人，杀人竞赛再度开始。他们各自提着极其锋利的钢刀，分头走向大街小巷，遇到中国人，不论男女老幼，当头便是一刀，劈成两半。他们在砍杀人数分别达到一百五十的时候，便相约登上紫金山的高峰，面朝东方，遥拜日本天皇，报告杀人的数量，狂欢乱饮，还为他们的“宝刀”“庆功祝捷”。
日本历史学家色川大吉，写了一本《昭和五十年史话》，记载了在南京会战中被日军俘虏的中国官兵的惨死。
（中国战俘被）集中到市内广场上，用电线捆绑成数行，押到江岸的围墙里。然后拉出一队人，把这些俘虏作拼刺刀的练习工具。日军把没死的俘虏浇上煤油，点着火，看他们在火中挣扎乱蹦，活活烧死。军官们用日本刀把俘虏劈成两半，互相竞赛。要杀害的人实在太多，日军就命令俘虏们自己挖一个大坑，叫他们排立在坑的边沿，当作靶子挨个射击，使他们掉入坑内。为了节省子弹，他们将一些俘虏用刺刀扎死，用土埋上。有一批俘虏，手和脚都被日军捆绑，头朝下，倒埋在土里。不计其数的俘虏，被砍了头抛进河里，或被机枪扫射倒在长江里。
许多中国军人，在南京城陷落前奉命集结在城内，不得随便行动。他们成为战俘以后，有的被捆紧手脚，推倒在地，日本兵开着军用卡车在身上往来飞驰，以致碾成连环肉饼，分不清哪是谁的肉身了！还有一些战俘被日军用马匹分尸，然后把碎尸拿去饲喂军犬。
大屠杀中，日军以杀人取乐，觉得单是砍头和枪毙还不过瘾。他们显露了人性中最丑陋最恐怖的一面，杀人自愉，还要花样翻新。有的日本兵先向难民身上淋浇汽油，然后用机枪扫射，枪弹打在被害者身上，汽油立即着火，施暴者看着他们的牺牲品挣扎翻滚、痛苦至极，便鼓掌狂笑。