武汉沦陷后，蒋介石任命白崇禧为桂林行营主任，指挥顾祝同第三战区（苏、浙、赣）、张发奎第四战区（川、桂）、余汉谋第七战区（粤）、薛岳第九战区（湘、鄂）等四个大战区的战事，以维护重庆外围的安全。桂林行营管辖长江以南各省，等于是半个中国。说起来桂林行营的权限很大，其实只是虚的，真正管辖的只有广西一省。此话怎讲。因为蒋介石此人的一大“特点”就是事无巨细，要直接过问到战区和军一级。
1938年10月24日，白崇禧乘坐美式吉普车南下广西上任。车子由鄂西进了沙市、常德后，吉普车发动机发生了故障。白崇禧只得下车，等待司机修理。这时，中共中央军委副主席兼任国民党军委会政治部副主任的周恩来乘车路过那里，见白崇禧的车子坏了，便下车叫自己的驾驶员帮助修理。修车之际，周、白二人便闲聊起来。周恩来赞扬李、白在指挥台儿庄战役时的指挥艺术，同时也指出了指挥存在的不足之处，白崇禧最喜欢探讨军事问题，对周恩来的一番分析十分感兴趣，两人谈得很投机，大有相见恨晚之意。周恩来将毛泽东的《论持久战》一书赠与白崇禧。白崇禧边接书边说：“此书我在《新华日报》上看过连载，毛泽东先生大作，我概括为两句话，积小胜为大胜，以空间换时间。书中有些内容与精神，同我们德邻的《焦土抗战》一书有相似之处，说明在对敌策略上，毛先生与德邻有共同之处。德邻的焦土抗战，精神实质在全面战、持久战、攻击战，以抵抗为战争，以攻击代防御。”
周恩来说：“毛泽东的《论持久战》一书，精神实质在于发动民众打持久战。台儿庄战役之所以能获胜，除了五战区官兵浴血奋战外，民众支持起了很大作用。一位50多岁的老妪冒着枪林弹雨为你们送情报，还有一位16岁的孩子小福星，故意乱报一个地方，使敌人白白消耗了几千颗炸弹。”周恩来用肯定的口吻说，“没有民众的支持，台儿庄战役的胜利是不可想象的。”他友好地拍拍白崇禧的肩说，“你如果重视民众的力量，你这个诸葛亮就会更亮了。”
两人谈话之际，车子修好了。周恩来与白崇禧挥手告别，白崇禧坐在车子里，反复考虑着如何经营广西，如何让诸葛亮更亮。鉴于以往桂系与蒋时分时合的教训，他感到合是暂时的、有条件的，分才是长久的，也可能终有鱼死网破之日。本着这一指导思想，白崇禧确定了联合民众及各方进步力量，经营广西、建设广西的方针。只要民众及各方进步力量支持广西建设，蒋介石就不容易插手干扰。白将自己的想法，向李宗仁、黄旭初作了通报，得到了他俩的首肯。李宗仁还提出，实行开明政策，招贤纳士的决策。
为表示真心实意联合各方力量建设广西，白崇禧和黄旭初成立了广西建设研究会。以研究会为基础，大量招揽各方进步人士，借此与各党派建立联系，以壮大桂系的政治势力。
果然，广西建设研究会一挂牌，各方进步人士便纷纷从敌占区和敌后各城市涌向桂林。白崇禧从联共反蒋需要出发，允许中共在桂林建立八路军办事处，还允许中共在桂林设立文化机构。不少文化人和爱国民主人士，从全国各地相继来到桂林。一时间，桂林的进步团体、文化宣传机构，如雨后春笋般蓬勃发展起来，各种报刊杂志纷纷出版发行。据不完全统计，1939年至1940年间，先后在桂林创刊和发行的报纸有13家之多，出版社达82家之多，印刷厂有33个，出版杂志达150余种，出版的文艺书籍1500种，进步文学团体就有40多个。郭沫若、夏衍、田汉、范长江、白杨、张瑞芳等著名作家、记者、演员都在这里频繁活动，可谓人才荟萃，盛极一时，是国民党统治区独一无二的抗日文化中心，著名的文化城。
1938年11月，日军准备开辟华南战场，用军舰运兵，经北部湾，在企沙港、龙门港登陆，企图北上截断我西南国际交通线。
这是日军在华最高军事指挥机关中国派遣军，以第五师团、台湾旅团与一部分海军组成的。第五师团官兵大部分是广岛人，他们从旅顺港登上军舰，经过广岛时，今村师团长为保守机密，不许任何官兵上甲板观望家乡。军舰经过台湾，秘密地将台湾旅团1万多人接上舰。尽管他们的保密工作做得好，但还是被人发现了，70多艘军舰行驶到北部湾海域，被一架英军飞机发现，及时发电报向桂林行营的白崇禧报告。白崇禧一面向重庆统帅部报告，等候指令，一面组织部队拦截。
在南宁以南布防的是第十六集团军总司令夏威的第三十一军、第四十六军，这两个军恰好是桂系的，第三十一军在台儿庄战役中，在蚌埠打阻击，伤亡过半，返回广西补兵。第四十六军是以第三十一军一部分骨干新建的。这两个军接到白崇禧的命令后，立即南下，层层阻击。第五师团在旅顺训练了整整两年，台湾旅团也训练了三年，官兵的战术和单兵动作十分娴熟，加上武器精良，他们一登陆，就发动了凌厉攻势。桂系这两军骨干经过台儿庄锻炼，虽然战斗力也不弱，但毕竟新兵多，军事素质还没来得及提高，根本不是日军的对手，只好眼睁睁地看着他们肆虐横行，杀人放火，而不敢制止。因此，日军北上钦州，11月24日，就轻易地占领了省会南宁，29日隆重举行入城仪式。12月17日，日军准备进攻龙州和边境镇南关。白崇禧虽然发动民众破路和途中阻击，日军却边修路边作战，20日占领了龙州和镇南关。这里是中国通向越南的必经之道，国际援助物资从这里入口，日军在镇南关得到了从美国运来的物资，汽车120辆、汽油85万加仑，还有大量枪支、军服、炸药等。他们以为是中国军队的统统拿走，运不走的，便一把火烧个精光。后来，美国人知道后，作为向日本宣战的一条理由。
蒋介石天天拿着情报对照地图，越看越紧张，日军从南面进攻，目的显然有两点，一是截断我国际交通线，二是进窥滇、黔，与西进日军包围重庆。照这样的速度下去，日军攻占重庆已是指日可待了。
为了保卫重庆和恢复国际交通线，蒋介石电召白崇禧到重庆，研究确定反击方案。白崇禧接到电报，一个反击计划已在胸中酝酿而成。
台儿庄大战后，蒋介石看出日军侵华速度如此惊人，主要原因是依赖机械化的装备。因此，蒋介石和陈诚秘密地将新编第十一军改为第五军，从湘潭移驻广西全州，又花大笔军费，从德国购来坦克、汽车。这是国民政府在抗日战争初期成立的惟一的一支机械化新军。军长杜聿明是黄埔第一期学生，是蒋的得意门生，指挥作战很有计谋。杜担任第五军军长后，不耻下问，掌握了战车、装甲车、汽车的性能，由外行变成内行。部队经他严格训练后，战斗力很强。这年秋天，白崇禧代表重庆军委会，到全州校阅观摩时，给予很高评价，称第五军有新的朝气，士气旺盛，训练课目项项达到要求。白崇禧胸有成竹，就是想动用杜聿明的第五军，加上驻湘的第三十八集团军、第二十六集团军和桂军第十六集团军，总共有50万余兵力，来对付一个日军第五师团和台湾旅团，他认为，只要按此方案，胜利在握。但是，第五军是蒋介石的心头肉，动用他们不经蒋的点头是不行的。
蒋介石召来白崇禧，挥手招呼他坐下，便劈头问道：“日军只有一个师团加一个台湾旅团，你们桂军两个军近5万多人，怎么打的？竟让日军长驱直入，占了南宁，又占了龙州，把美国人给我们的东西抢得光光的，你是怎么指挥的？夏威干什么去了？我要实行军纪，处分你们的，你说说是怎么一回事？你这个诸葛亮怎么不亮啦？你说啊？”
蒋介石连珠炮似的指责，是在白崇禧意料之中的。于是，他避开蒋介石那咄咄逼人的目光，耐心解释说：“委员长，有些特殊情况我没在电报中说明，请你原谅。那天，夏威接到他父亲打来的电报，母亲因病去世了。夏威是广西的第一号孝子，他便连夜回容县老家奔丧。行营参谋长林蔚同夏威关系不错，他提出由他来代表我，去容县吊丧。敌人就在这天的后半夜登陆。日军打到钦州，三十一军十九师在钦州顶过两天，师长生病，没顶住。细细想想，我们一个师，怎么能顶得住人家一个师团和旅团呢？加上钦州至南宁净是羊肠小道，兵力展不开。当然，我有责任，我要作检讨的。”
白崇禧这番话，是经过周密思考的，完全切中了蒋介石的心理。因为白对蒋孝顺母亲之心十分清楚。1920年1月，蒋在上海协助孙中山筹划起义，天天熬夜，累得眼睛发红，双眼肿得像一对桃子。此时蒋母生病，蒋不能回溪口探望，便派人将母亲接到上海，亲侍汤药，以尽孝子之道。半月后，蒋母病体康复，蒋眼疾也治好了，便亲自送母回溪口。1921年6月14日，蒋母王采玉归天，此时孙中山刚就任大总统，蒋介石身兼粤军司令兼第一军军长、广东省长、陆军部长和内务部长等五职，孙中山一天离不开他。蒋介石因孝顺母亲，编了十大理由，说服了孙中山，让他回家吊丧。蒋竟回家三个月不归，孙中山派张静江到溪口代孙吊丧，并动员蒋回广东，好不容易说服了蒋。蒋坐返回的车子到韶关时，天下大雨，蒋流泪对张静江说：“天降暴雨，我担心暴雨淹了我亡母的灵柩。”他不经张的同意，又匆匆折回溪口，溪口虽有水灾，但灵柩无恙，蒋才放心回广东。
蒋介石听到夏威母亲病故，虽不是他的母亲，也难过得差一点掉下了眼泪。说：“夏威是孝子，好样的，但是日军占领南宁、龙州、镇南关对我威胁很大，你要千方百计将日军赶出广西，你设想过反击方案吗？有的话说说看。”
“委员长，我仔细想过了，”白崇禧一块石头落地，回答说，“我有百分之百的把握，将入侵广西日军赶下海，再打一个台儿庄大捷。因为广西民风强悍，最恨小日本，只要蒋委员长登高一呼，几天之内，拉出十几万人来不成问题，现在，关键要动用你手中的国宝才行。”白崇禧说罢，方方的大脸庞上现出了笑容。
“莫名其妙！”蒋介石一挥手，诧异道，“我有什么国宝？为了抗日，你要什么我都可以送给你的。”
白崇禧用一种神秘的口吻说：“委员长，我并不要你送给我，只需用他十几天，一定交还给你。”
蒋介石越发迷糊，有点不耐烦地说：“别和我绕弯子了，到底是什么国宝，你就快说吧！”
白崇禧这才认真地说：“委员长，我说的国宝就是杜聿明的机械化第五军，请你暂拨给我指挥，我便能将日军赶出广西。”
听到白崇禧要动用他的第五军，蒋介石愣住了，一时语塞，不知该如何回答。日军占领南宁、龙州、镇南关后，蒋介石为何不动杜聿明的第五军，原因有二：第一，他想借日本人之手，除掉他的心头之患桂系老窝，一举两得；第二，他担心刚刚花代价建立起来的机械化军上去，和日本人拼命，两虎相斗，必有一伤，如果将自己的惟一机械化部队拼光了，那不是得不偿失的事吗？所以，他不想让杜聿明出击。
“报告！”机要员打断了蒋介石的思索，送上一份急电，正是杜聿明的求战电报。蒋介石看完电报，犹豫不决地在屋里打转踱步，前思后想，又觉得维护国际交通线是当务之急，虽然广西有雄厚的兵力，打败日本鬼子的把握还不是很大，在此关头，一是白崇禧要求杜聿明军出击，二是杜聿明主动请战，如果不答应第五军参战，白崇禧有看法，老百姓们要说闲话，杜聿明部队的官兵们求战不成，也会有怨言。想来想去，他才决定忍痛割爱，答应白崇禧的要求，也好趁机试一试这支机械化军的威力。当然，他心里还有着一个不可告人的动机，那就是杜部打得好，就可名正言顺地长期占着广西，这正是中央军继续留在广西的极好借口。
于是，他抬起头，下决心似地说：“好吧，我就答应你。另外，我还要将驻湘的徐廷瑶三十八集团军、蔡廷锴的二十六集团军拨给你指挥。”说着，走到地图前，指着地图继续说，“我再发电报给江西陈骥的六十六军、广东余汉谋的十二集团军，发动攻势作战，牵制广西四周的日军，配合你作战，你觉得如何？”
“谢谢委员长！”白崇禧感激不尽，满怀信心地告别了蒋介石，第二天就飞回了桂林调兵遣将。
白崇禧有了蒋介石的“尚方宝剑”，说话的嗓门都粗多了。他和林蔚筹划了几天，将参战部队高级将领召到桂林开会，会上宣读桂林行营攻击昆仑关，收复南宁的作战命令。命令的主要内容是:
(1)夏威第十六集团军、周祖晃的第一纵队两个师，进攻南宁以北高峰隘，收复四塘、五塘，策应杜聿明五军攻打昆仑关。第三十一军第二纵队两个师，从南宁以南大塘、吴圩进攻南宁，并阻击钦州方向日军增援南宁。
(2)徐廷瑶三十八集团军为预备队，待第五军攻占昆仑关后，两军开赴南宁，协同十六集团军、二十六集团军，歼灭南宁之敌。
(3)蔡廷锴第二十六集团军向桂南灵山集中，破坏钦州至南宁交通，重点攻占小董地区，阻敌向南宁增援。第六十六军渡过郁江，袭击邕、钦公路以东地区敌人，破坏其交通和通讯，阻止敌北上增援。
(4)预定开始攻击时间为12月18日。
散会后，各高级将领返回部队。昆仑关是南宁的屏障，攻占此关，日军无法在南宁立足。因此，计划是首战昆仑关。白崇禧知道昆仑关地形的险要，大有“一夫当关，万夫莫开”之势。他率领指挥所来到红水河南岸扶济镇，摇通与第五军的电话，与杜聿明通了10分钟电话后，得知杜的部署方案很细致周密，便放心地放下电话。这天半夜，白崇禧入睡后，电话铃声吵醒了他，是杜聿明打来的，告诉白崇禧说，他担心敌人侦听到我军攻击时间和方案，为出其不意，要求提前一天攻打昆仑关。白崇禧觉得有理，批准了他的要求。
占领昆仑关的日军是第五师团下辖的第十二旅团，有7000之众。第五师团在侵华战争中，参加过南口、忻口、太原、台儿庄等战役。原来的第五师团长坂垣征四郎在台儿庄战役后，回国休假，提升了。新到任的师团长中村欲继承坂垣的作风，在打开南国大门战斗中，创造了奇迹，所以雄心勃勃。16日晚，他没睡好觉，想巩固南宁的同时，早日打到越南、缅甸。17日一早，他就打电话，命令第九旅团长及川少将，率部由南宁出发，向龙州和镇南关开进，待机开赴越南、缅甸。不料，聪明反被聪明误，由于他抽走了一个旅，南宁兵力空虚，给中国军队攻占南宁制造了良机。
这天早上，南宁日军南移，白崇禧得到情报，大喜过望，他带着随员来到谭逢村杜聿明的指挥所，兴奋地说：“老兄，天赐良机，南宁日军不知怎么搞的，正在南开，我军攻打昆仑关，南宁日军兵力有限，增援兵力减弱，良机不可错过啊！”
杜聿明心领神会，含笑点头。
中午时光，杜聿明下达了攻击命令，正面主攻部队是荣誉第一师郑洞国部，在战车、炮火的掩护下，对昆仑关发起了猛攻，不到一小时，占领了仙女山，接着，继续猛攻，同敌人进行白刃战，双方刺刀见红。当晚，又继续进攻。邱清泉的第二十二师绕道侧击，向南推进，18日占领六塘、鹿鸣山一线，19日占领五塘、六塘，破坏了公路和桥梁，切断了南宁日军增援昆仑关敌人的通道。19日午后，郑洞国占领了昆仑关。敌军在大批飞机掩护下，进行反攻，昆仑关又得而复失。白崇禧对杜聿明说：“你打电话告诉郑洞国，我军控制了南宁通向昆仑关的道路，敌人无援兵，叫他放心，从容不迫地指挥就是了。”
杜聿明打过电话，命令其他部队猛攻昆仑关以南的罗塘堡、同兴堡、界首堡等地，20日，第五军四面包围了昆仑关。日军第二十一旅团长中村正雄，在昆仑关的九塘指挥，21日傍晚，他站在山坡上，用望远镜观察，被飞来的一颗子弹击中腹部。军医当即将他抬进民房，二十一旅团医院给他动手术，晚上8时20分，医生刚为他取出子弹，飞来一颗炮弹，将手术室草房炸得烈火熊熊，中村正雄和几个医生，全部被烈火烧死。中村正雄一死，昆仑关日军群龙无首，呈现一片混乱之态。29日，郑洞国占领了昆仑关。
蒋介石得到杜部攻占昆仑关，获得大胜的情报，并无喜色，因杜部伤亡1.67万余人，第六十六军、第九十九军也伤亡1.1万人，心里一阵疼痛。他下令将第五军调离战场休整补充。
在昆仑关之敌被围之际，日军大本营及中国派遣军日夜开会，筹划调兵向南宁增援。命令开往龙州、镇南关的第九旅团迅速返回，路上虽遭到桂系三十一军的阻击，他们边走边打，于12月22日返回南宁，加强了防守力量。广州日军第二十一军司令官安藤利吉，接到上面救援南宁的指令和南宁日军的告急电报，派副司令松井带指挥小组，飞赴南宁，协助今村指挥。松井刚走，大本营作战班长中佐荒原兴功和南京中国派遣军副参谋长铃木及两名参谋，飞来广州，研究半天，由二十一军副参谋长佐滕，带着驻广州的第十八师团3个旅团，分期分批坐飞机来到南宁。12月20日，广州第二十一军参谋长根博少将率领司令部到南宁指挥。根博向大本营要来200架飞机。一时间，南宁城日军人满为患。1月20日，日军集中兵力，猛攻昆仑关，不到三天，重新占领了昆仑关，日军反攻，白崇禧、杜聿明指挥部队连续抗击，部队伤亡很大。
蒋介石连日看着战报，开始还乐滋滋的，可是当看到第五军损失巨大时，心直往下沉，他派陈诚、李济琛到桂林前线协助白崇禧作战。陈诚、李济琛哪有回天之力，战绩仍旧不好，天天吃败仗。蒋介石坐不住了，于2月21日在张治中的陪同下，飞赴柳州，召集师以上军官汇报总结战况。当郑洞国说到他们师的1.7万官兵，战后只剩下700人时，蒋介石又气又急，差一点晕了过去。他听完了汇报，总结出日军的“快、硬、锐、密”四大长处，在第二天的会上，他沉着脸说：“桂南会战，先胜后败，崇禧等实有负国人厚望。”
白崇禧心里一沉，低下头。
蒋介石接着宣读军委会对桂南作战负有责任和应受奖励的人员名单：
桂林行营主任白崇禧督率部队不力，予以降级，由陆军一级上将降为二级上将；
政治部部长陈诚指导无方，予以降级，由陆军一级上将降为二级上将；
蒋介石不读了，歪着头问第三十七集团军总司令叶肇：“叶总司令，日军反攻昆仑关，你在哪里？”
叶肇在昆仑关以南的高田村祠堂里打牌，接到白崇禧要他迂回昆仑关命令时，迟迟不动。蒋介石点他的名，吓得站起来，结结巴巴地说：“报告委员长，那天我拉肚子，找不到军医开药。”
话没说完，只听“嘭”地一声，蒋介石猛地一击桌子，吼叫道，“我给你开药方了，”接着宣读处分通报：“查第二十七集团军总司令叶肇，临危不进，贪生怕死，不顾大局，罪大恶极，交军法审判！”说罢，手一挥，“来人，逮捕他！”
接着，他又宣读了八名军长撤职查办的处分。
蒋介石一次战役处分那么多高级军官，在国民党战史上前所未有，后来的淮海战役损失60万，也没处分这么多人。
柳州会议以后，蒋介石回到重庆，看到各报刊登关于桂南会战的报道，大都是指责白崇禧，一气之下下令撤销了桂林行营，免去了白崇禧桂林行营职务，调回重庆分配工作。1940年7月，任命他为国民革命军副总参谋长。
日军重占昆仑关，巩固南宁后，为使两广成为向我国内地进攻的策应方向，和进窥东南亚的基地，大本营决定在广西成立华南方面军，下辖四个师团，由安滕吉利担任华南方面军司令官，驻扎南宁。
担任进攻南宁和昆仑关的是日军第五师团，他们在此次战役中立下大功，其师团长正是1934年和1935年在李宗仁、白崇禧部担任军事顾问的今村。今村对广西情况相当熟悉。在桂军担任军事顾问期间，他与白崇禧关系十分密切。白在生活上对他无微不至地关心，并给他找了一个广西的漂亮姑娘为妻。
就在蒋介石在柳州宣读军委会给白崇禧的降级处分之际，今村给白崇禧发来了所谓日华提携的电报，其主要内容是：
(1)日军占领南宁，是为了遮断至越南之交通。
(2)对李、白两将军在广西之建设成就表示敬意。因而尽力避免破坏，并对两将军治理下之民众生命财产，努力予以保护。
(3)希望两将军统观世界局势，促进东西同文、同种，中日两民族之间的提携，并向前迈进。
(4)将军应认识到，如与日军为敌，希图夺回南宁，则在南宁之日军，可独立与将军所率之50万人来攻之部队作战，且确实将取得胜利。
(5)将军部下在南宁附近战死之4200余名勇士，日军已将其葬于南宁之中山公园，并予以着重保护。
白崇禧接到今村的电报，怕泄露出去，让蒋介石知道后，再给自己一个通敌的罪名，便主动将电报交给了蒋，蒋在电报上批了几个字：健生受处分，咎由自取。
这也是中日战争中，老师打学生的一则趣闻。