在这种全国逆转的情况下，蒋经国再努力也跳不出国民党的大紧箍咒。在苏联时，人家说他是“带国民党本质的共产党”；回到国内，他又成为“有共产党气质的国民党”，因此，他的改革，他的冲劲，只能到某一限度就停摆了。正如美籍华裔作家江南所说的：“从这个角度，分析他的新政，热闹有余，成事不足。禁禁烟赌抓抓烟土强盗，尽可放手大干，且容易看得见成绩，一旦动摇到国民党的根本，注定非败阵不可。”
蒋经国不断收到乡长和保甲长们的情报，说乡下“匪患”越来越严重，乡团队的人被“土匪”打死的不少，此患不除，将酿成“大祸”。蒋经国最后下了决心，一变就一百八十度大转弯，亲自带领保安团去平定“匪区”——红军长征后仅存的赣南粤北游击区。
此时的蒋经国再也不是戴鸭舌帽，穿夹克工人服，见了人就笑着打招呼的“蒋经国同志”了，而是一身戎装，戴着白手套，骑着高头大马，威风凛凛的保安少将司令了。
蒋经国率领的保安团队来到南康县，追索所谓逃走的壮丁，沿途洗劫，群众愤怒无比，质问蒋经国：“这哪里是国共合作？你们还在‘剿匪’嘛！”
蒋经国竟然回答说：“就是‘剿匪’又怎么样？”
终于，群众忍无可忍了。一天晚上，熟睡中的蒋经国被卫兵叫醒：“蒋专员！蒋专员！共产党暴动了，把团队的枪全缴了！”
这一惊非同小可！原来，红军长征后，有些赤卫队员留下来了，散居在乡村务农，他们见蒋经国在赣州大抓共产党，现在又带兵到乡下来“剿匪”，闹得百姓遭殃，鸡犬不宁，就秘密联络起来。群众有反“围剿”的传统，一呼百应，一夜之间，就把保安团队的人分割包围。保安队被吓懵了，一个个乖乖缴了枪。
这一惊使小蒋的脸变得更沉了。1940年6、7月间，他在赣州召开的三青团会议上，无端指责共产党违背民族利益。在另一次行政扩大会议中，他又和信丰、大余等县县长秘密讨论了所谓防止“非法分子”的活动，“剿匪”油山“共匪”的问题。接着，又与邻省韶关、南雄等地专员、县长秘密召开“两省联防会”，共同对付共产党游击队。赣南专署还出告示，规定“窝藏奸匪”者杀头、坐牢，告密者赏谷子。
蒋专员目睹信丰县的革命火焰正旺，油山的游击队活动频繁，这是他“大展鸿图”的障碍，因此绞尽脑汁，企图扑灭革命火焰。但他又怕公开撕毁国共合作协定，罪责难逃。故借清查户口、挖掘兵源、严行三禁、安定社会秩序为名，炮制所谓“清乡运动”。
为了处理这类安全问题，蒋经国派王升担任专区警察首长。此后，王升就统管赣南的情报和警务工作。蒋经国又派王升兼任军事科科长，职责包括征兵入伍。按照国民党中央政府配下来的征兵名额，赣南地区落后了，还“欠”中央3000名新兵。
王升处理征兵问题颇有一套，有一回在赣州市逮捕200名拿不出身份证的年轻人，把他们统统送去当兵。不久，赣南就满足了国民党中央征兵员额的要求。
1940年4月的一天，蒋经国和王升身穿便衣，肩背斗笠，足踏草鞋，从乡下私访回信丰县城。走到加定桥头，正遇水东小学操场上在上体育课，便停步从石围墙缝隙向里瞧，见一队学生，前面走的都是些矮小个子，年约十一二岁；后面走的那些却是高大个子，浓眉黑胡，少说也有30岁了。
这些是小学生吗？他感到诧异，就闯了进去找校长问个究竟。碰巧，一问就问到校长曹相任本人。曹校长也不知道面前这个矮个子是什么角色，便轻慢地答道：“我就是校长，你有何事？”
小蒋抽一张名片给他，又问：“你这是什么学校？”
曹看了名片一惊，知道他是蒋专员，吓得再不敢轻慢，怆惶失措地答道：“敝校是水东小学。”
蒋专员惊讶嘲讽地说：“啊！这是小学吗？我还以为是大学呢？你看那操场上排在队伍后面的学生，连大学生的年龄都超过了！上级规定小学生的年龄是多少？”
曹校长知道被抓住辫子了，如喝了两斤大曲似的，耳红脸发烧，支支吾吾地仍狡辩说：“他们的年龄是大了些，但他们积极要求上学，所以把他们收下了。”
蒋专员一针见血地训斥他说：“你这是在包庇壮丁，违犯兵役法，应该坐牢的！”
曹相任吓得魂飞魄散，牙齿打架，哀求说：“请专员原谅，我把超龄生送回去就是。”
蒋专员严肃地说：“要把他们交到乡公所填入壮丁名册，准备应征。”说完便同王升扬长而去。
自此以后，曹校长战战兢兢，心神不定，天天等待着受处分。约过了两个月，果然接到撤职命令。曹校长还庆幸地说：“好得没有叫我去尝铁窗风味。”
小蒋的眼睛盯上了信丰县，那里陈毅、项英的游击队闹得凶。1940年6月21 日，江西省第四行政区保安司令部指派参谋龚景率一连武装去信丰县主持“清乡运动”。信丰县府于6月23日召开临时会议，成立“信丰县清乡委员会”，由邓必兴县长兼主任委员，龚景为副主任委员，县警察队长聂锡藩、国民党信丰县党部书记张善初、军事科长蔡松波、保警大队长吴光球、财政科长孔显尧、商会主席米国宝、地方绅士张祝三等为委员。24日又召开扩大的县政会议，县属各单位主管及镇长都参加了会议。会上，龚景演讲了清乡的重要性，交代了清乡的任务：查缉异党分子，挖掘隐藏壮丁，严禁赌、烟、娼。会议决定从二区开始，进而向五区、三区到四区，猛攻六区，特别是油山、长安等处。最后回到一区总结经验教训，布置善后工作，同时，在会上还组织了“清乡工作队”，由每个乡镇抽调一至二名干事为队员，警察队、保安队、财政科都要派员参加，龚景自兼总指挥，统率一切。他带来的武装队，除留一个排担任随身警卫、勤务、通讯外，其余均驻守油山附近，以防备游击队的袭击，保证“清乡运动”顺利进行。
6月28日，清乡工作队排成长蛇阵，浩浩荡荡向二区的荔迳进军。荔迳乡先期召集了各保甲长及乡绅在乡公所等候开会，龚景一到就宣布开会。龚景在会上讲了清乡的必要性，严令与会者慎重其事，要尽一切努力搞好这一工作，并嘱咐各保要安排好工作人员的膳宿。
会后，工作队分两大组出发，由保长作向导，逐保挨户核对户口，侦查“坏人”。龚景则带兵巡回视察，解决疑难问题，并强迫各保长、甲长出具连坐切结：“保证今后境内不出现违法乱纪、隐瞒壮丁、吸毒、赌博和窝藏异党分子等情况，如有出现，愿受政府最严厉之处分”。
队伍到达六区大阿、九渡、禾秋、长安等乡时，如临大敌，简直是草木皆兵，连走路也恐先争后，怕带头碰着游击队会送了命。龚景于是大声嘱咐：“大家在这区要特别注意侦察游击队的活动，抓获‘异党分子’。”他们每到一个山区的屋场，就强迫居民把所有的东西都搬出，放在空坪上，任队员翻箱倒柜搜查。又派人员进屋到处敲敲捅捅，检查有无地窖夹墙隐藏共产党人和武器。搞得百姓鸡犬不宁。工作队还对每个青壮年都追根究底，查问游击队和共产党人的行踪。尽管如此，也未找出共党半点蛛丝马迹，只在一次搜山中，抓到了中共粤赣区特委青年部长朱平。朱平叛变后，带领国民党武装二三百人包围潭塘坑粤赣区特委机关，妄图突然袭击中共特委机关。幸而特委得知朱平被捕后，分析了骤变的形势，果断地采取了紧急措施，一方面迅速将机关人员、文件、物资转移，白天只派一二人去佯装办公，晚上即全部撤离。另一方面，通知各地党组织，积极做好准备，以防事变的发生。结果保安大队的袭击扑空了，游击区却没有遭到任何损失。
赣南地区国共合作公开破裂了。中共粤赣区特委就国民党袭击我机关一事，发表《告赣南同胞书》。特委还与信丰、大余、三南的工作人员一起在油山成立“抗日除奸武装工作队”，处决了两个叛徒。
1941年初，蒋经国第二次组成第四行政区清乡工作团，派副司令吴骥当团长，信丰县长和龚景二人为副团长，龚景兼任军事组长，专署中校参谋孙克强为政治组长，特务室派出侦察组长汤觉吾为侦缉组长，还带了一个政工队。清乡武力以人民自卫总队的第四大队为主力，信丰县的自卫队辅之。此外，他们还把当地的土豪劣绅、流氓恶霸组成一个肃奸组，组长朱勉。这些人是地头蛇，破坏力相当大，是清乡团的鹰犬。
通过“肃奸组”的秘密侦察，抓到一个赣粤边区基层组织的女部长，她叛变“自新”以后，分配在赣县砂石乡乡公所当妇女主任。
第二次“清乡”又草草结束。可不久小蒋又接到报告，说信丰、油山地区时有游击队活动。他气得七窍生烟，火冒三丈，怒斥龚景、邓必兴是饭桶、无能，致使前二次清乡毫无成效，遗患无穷。他准备再发动一次清乡运动，但认为必须改变方式，不能打草惊蛇，要实行秘密清乡，不附带什么“三禁”、“挖丁”，专一“清剿异党”，打杀共产党、游击队。因而立即下令所属各县县长、县党部书记长、三青团主任及保安司令部有关人员，集中到南康县政府开秘密会议，研究如何清除异党分子，扑灭游击队。
会上，蒋经国阐述了开会的目的，介绍了游击队的活动情况，指定赣县主任秘书代县长杨明拟出具体行动计划。同时，组织了“清乡工作团”，蒋经国自兼团长，区保安副司令吴骏及金××兼副团长，负责清乡的具体工作，团以下设便衣队，由肖炳任队长，调专署便衣警察和政工队一部分成员及本县几个熟悉情况的人以及游击队叛徒组成便衣队，经常在油山附近的长安、九渡、大阿等乡，神出鬼没地侦察游击队的行径，抓捕、打击、杀害共产党人。
是年冬月，吴骥和金参谋长驻大阿、长安一带，身带蒋经国的私章，故而可以随便批准抓人、打人、杀人，弄得当地人心惶惶，鸡犬不安。吴、金还命令大阿、长安乡长举办特别训练班，以培养爪牙；将有共产党嫌疑的人集中关押起来，进行逼供。据统计，国民党在这次清乡运动中，“清出”对国民党不满的进步人士和他们所谓的“异党分子”共三百余人，其中一百余人被迫声明“自新”，许多无辜群众惨遭杀害，他们先后四次枪毙革命人士。第一次是专署秘书方冲明杀害二人；第二次在大阿圩枪杀一人；第三次是一个姓徐的参谋在九 渡圩枪杀了数人；第四次枪毙了一个姓郭的。红军长征后留下坚持游击战争的朱赞珍的母亲，就是在那时被杀害的。
这年冬天，小蒋见信丰清乡运动初见成效，但觉得不彻底，“不入虎穴，焉得虎子”，因此，决意要亲自去油山游击区侦察一番，以作“剿共”准备。
7月16日，他带了两个保镖，打扮成油山附近的农民模样，奔赴油山侦察。临行时告诉他的亲信刘佛舟（信丰县府主任秘书），刘惊讶地摇头说：“蒋专员，去不得！那是极危险的匪区。”
小蒋笑笑说：“你这个胆小鬼，怕什么？你看我这身打扮谁能认出我来？况且现在国共合作尚未破裂，他们不会把我怎么样的。我就不相信七零八落的游击队，会有三头六臂的本事。”说完，三人便匆匆出县城下西门往大阿方向走了。
刘佛舟会来事，他担心专员的安全，又不便公开派兵一道同去，只好向驻信丰的国民党保安十五团第一大队的大队长吴光球要了二十名精兵，亲自率领远远尾随。
信丰县的油山是红军长征后，陈毅他们领导的游击队长期经营过的根据地，陈毅写过《油山游击词》，使这个小地方中外驰名。陈毅之所以选中这个地方，除了有群众基础，就是山势险要。十八条大坑套一百八十条小坑，山山连环，坑坑互通，峰回路转。要抓游击队，如大海捞针；游击队要抓你，如瓮中捉鳖。
蒋经国经上下坪至油山脚下，再爬上油山顶峰，举目远眺，盛赞油山风景秀丽，地势险要，确是打游击的好战场。他在苏联军政学校学习时，是研究过游击战术的，一看这里的地形地物，暗自佩服共党的游击队员有眼光。不多时，他们下到半山腰的太平庵，认为险境已过，太平无事了，便在庵旁坐下来休息。忽见远处有支队伍走来，小蒋一阵惊慌，举起望远镜观看，认出走在前面的是刘佛舟，知是他带兵跟来护卫，又是高兴又是恼火，便高声吆喝：“喂！我们在这里！快来吧！”
刘佛舟早已看在眼里，就走了过来会合，并拿出干粮来分吃。
小蒋两眼望着刘佛舟说：“你这不是冤枉跑吗？我们歇歇就要回去了。”
刘佛舟腼腆地说：“我是怕专员遇万一，才前来的。”
游击队在信丰大阿、九渡地区的“朱老表”朱赞珍（中共党赣南特委的区委书记），得到了放松油农民关于油山来了保安队的报告。他旋即派名叫南生的农民装扮成捉石蛙的模样，去庵上探听情况，察看到庙中确有身穿黄军衣的保安队士兵，约摸三十多人，正在做饭，准备进餐，其枪枝架在一块，分成了三堆。途中发现了新张贴的“抓住刘新潮（即刘建华，当时赣南特委领导人之一），赏稻谷五百担”的标语。当然，他不认得蒋专员，以为是一般的保安队。
朱老表得到南生的汇报后，当晚就和乌迳区委书记肖星鹏等召开了紧急会议，研究在国共合作还未完全公开破裂的情况下应如何对策？要不要撵他们走？当时议论纷纷，有的说：“打不得，国共合作未公开破裂，打了，他们会说我们破坏合作，何况他们武器好，我们打他不过的。”
有的说：“他们是来抓共产党的，朱平不是被抓了吗？他们还要捉刘新潮。破坏合作的是他们，打之有理，打，才能使他们不敢得寸进尺，如果打不过他们，就是撵也要撵走他们。”
最后会议决定，为了警告国民党不要制造摩擦，一定要撵他们走。以什么名义呢？大家想来想去还是以打土匪为名的好。因为当时靠广东的南雄这一带，时常出现拦路抢劫的经济土匪，这是保安团所知道的。故而把保安团“误”作土匪来撵，国民党保安团挨了吓，也有口难言。大家商定，乘天还未大亮之前，群众齐喊“打土匪”，突然来个枪声齐发，把保安团吓跑。
办法既定，朱老表和肖星鹏便火速分头发动群众，组成了两种队伍：靠近信丰九渡、大阿这一带的群众充作“助战队”，靠近广东边界的乌迳这一带的群众充作“战斗队”，助战队的群众迅速备好空洋油瓶和鞭炮等物；战斗队的群众扛出鸟铳土炮，准备好硝石火药，在三更天就埋伏到油山的太平庵四周。
7月18日四更天，天上乌黑，伸手不见掌，油山四周一片寂静，只听见松涛呼啸作响。看庙内有火光闪烁，保安队的炊事兵已做好早饭，其他官兵也已经起床，准备吃了饭开拔。说时迟那时快，在茫茫的夜空中，突然响起了“滴滴嗒嗒”的军号声，同时“助战队”的群众点燃了鞭炮放进空油瓶里，顿时响起了密集的“枪声”，大家齐声高喊“打土匪！不要让一个土匪跑掉了！要抓活的！”
军号声、枪声、喊声汇成一片，响彻夜空。同时，“战斗队”的群众在肖星鹏带领下，在油山庙下用鸟铳、土炮向庙前、庙左、庙右三个方向猛烈射击（只留庙背一方，给个出路）。
国民党保安团官兵骤然听到阵阵嘹亮的军号声、密集的枪声、高昂整齐的喊打声，不知从哪里冒出了这么一支队伍，一时惊慌失措，一面把步枪和轻机枪朝庙外乱放，一面高喊：“别误会了，我们不是土匪，我们是保安队的！”
助战队和战斗队的群众听到保安团的喊声、枪声以后，军号吹得更响，“枪声”放得更密，喊声更响亮。小蒋见对话不顶用，怕天亮后逃脱不了，因此命令保安团在庙背后墙上挖了一个洞，派两名尖兵先行探路，留几个士兵随后掩护，边打边退。蒋、刘二人从那个狗洞大的缺口逃出，沿着尖兵的足迹，以闪电式的速度退下山去。
小蒋他们慌不择路，退到半山腰天已大亮，只见庙旁有密密麻麻的老表，小蒋才松了口气。混在老表中的“战斗队”员眼看保安队的士兵已经逃走有一段距离了，这才高喊奚落：“哎呀，你们是保安队呀！我们还以为你们是土匪哟！真对不起，误会了！”
这话传到保安队长和蒋经国的耳朵里，他们都气得要死，没想到去“剿匪”的司令倒被人家当“土匪”打了，有苦说不出，只得路经井下、竹坑、中坝等地，连夜回到信丰县城。
事后，赣南特委才知道，这支在油山遭到袭击的保安队的官兵中，就有蒋经国专员。8月份以后，蒋经国便开始派保安队到赣南各老革命根据地进行清乡反共了。
经此次惊吓，蒋经国认为刘佛舟精明能干，料事如神，因而更宠信他了。1942年定南县长韦安仁以人地不宜为由离职，蒋便调升刘佛舟为定南县长。