国共合作抗战的好景不长，到1940年便风云突变，杀气腾腾，赣南陷入白色恐怖之中。
1940年3月下旬，蓝衣社分子开始连日上街火炬游行，高喊“一个主义”、“一个领袖”，并砸商店，捉“异党”，闹得满城逆风乱卷，人心惶惶，百姓们遂感到1926年底杀国民革命功臣、赣州总工会主席陈赞贤的往事又要重演了。
三青团悄悄下手，不动声色地逮捕了中共地下党员吴越，当时知者甚少。那时小蒋还在重庆。
1939年下半年，赣县的三青团几乎已全部被重庆来的一伙人控制了。趁蒋经国在重庆之际，他们采取了行动搞小政变，先是撤换了在团内宣传组工作的朱承熙、王重实，接着由一个叫江海东的带头，手提木棒，气势汹汹地砸了吴越的“青年文化服务社”，绑走了那里的工作人员。这次行动的来头挺大。
有一次，国民党中央委员、江西赣县人王某特来赣州，邀同赣县党部书记长刘宜之来县政府找县长吴剑真。王、刘对吴说：“赣州公园路一个新书店是共产党机关，请你立刻派警员去搜捕。”
吴县长是小蒋从政治讲习院带来的干部，忠诚于小蒋，他答应负责去慎重办理，但不同意即派警员搜捕。王、刘挟国民党的势力以压人，王更以“中委”特派指导赣省党务的名义要县府调十名警士交他带去，吴也未答应。两人不欢而散，回到县党部，他们亲自带领职员十几人，冲进文化服务社的书店，直登楼上。正值有十余人在楼上开会，王、刘搜获开会记录等。他们翻抄吴越的住处，又找到吴越在延安抗日军政大学三期的毕业证书，延安解放社的书和马列著作，算是“铁证如山”，绑走了吴越和傅命绪。王据此飞回重庆报告，又给在那里受教育的小蒋当头一棒。后来查封了书店，那些有共产党嫌疑的人也都逃避走了。专署主任秘书黄中美气不过，撕掉了封条。党部把此事告到省主席熊式辉那儿，熊式辉下命令要抓黄中美，被小蒋拦住了。
他们像法西斯匪徒一样的行为，使赣州的空气顿时紧张起来，白色恐怖笼罩着整个赣州。
这时的赣州，国共合作已经到了三岔路口，但看蒋经国回来是怎么个态度了。
快要毕业的赤珠岭青干班第一期学员，正在赖老怪空荡的土屋仓房里举行例行的周末联欢晚会。插科打诨的节目过后，大家起哄要章亚若上台表演正经节目。
晚会明星章亚若款款走上台，亭亭玉立刚站定，一阵掌声似风刮起。她用流畅标准的英语先唱异国情调的《祝酒歌》，学员们听得如醉如痴。但是不过瘾，又用掌声要求她表演最擅长的京剧。随着二胡奏起西皮流水腔调，她又有板有眼有滋有味唱起了《苏三起解》，苏俄女子蒋方良唱的苏三跟她没法比，仓房里又响起暴风骤雨般的掌声。
这时候小蒋悄悄出现在仓房门口，依门欣赏情人的精彩表演。享受着热烈捧场的章亚若冲着东南西北方向一一深深鞠躬，她抬眼一瞥，与小蒋火辣辣的目光撞个正着，心里像一阵电流麻酥酥流过。
小蒋是被重庆召唤去了，风尘仆仆刚回来，就被晚会的锣鼓声吸引到仓房来了。欢乐的人群发现蒋专员回来了，群情沸腾，啦啦队更加起劲，狂热地拉他表演节目，谁也没有注意到他的神色与往常不同。
“好，我给大家唱个歌吧！”他不愿意扫大家的兴。
学员们以为他在这种热闹的场合，又是唱苏联革命歌曲《红色水手歌》，以煽动学员们的革命热情。没想到大家举起手掌来准备配合他的“噼呖啪”节奏时，他却不用“噼呖啪”了，而是改唱了一只儿歌：
两只老虎，两只老虎，跑得快。一只没有脑袋，一只没有尾巴，真奇怪，真奇怪。
这支歌，后来代替了红色革命歌曲，蒋经国自己喜欢唱，也喜欢教学生唱，唱到赣州，唱到重庆，唱到台湾，成了一时的流行歌曲。唱歌时总是群情欢跃。
这就是人们焦急期待回来的蒋经国。这次回来跟以往大不一样，威风凛凛，带回来侍从室一个团的兵力，显然，这是保驾的“御林军”。专署衙门又恢复了武装警卫站岗的制度，站岗的士兵，全是披挂着新式装备的保安团士兵，气势慑人。蒋经国的家也搬了，搬进了警卫森严的保安司令部的特务室，人们再去找“蒋经国同志”就不太容易了。这一切告诉人们，从重庆回来的小蒋已经不是离开赣州时的小蒋了，蒋经国变了，他已经根据他老子的意旨作出了自己的选择。
作出选择之后，他采取了两手策略回击那些指向他的诋毁和暗箭，一手是表明心迹，洗刷自己；另一手就是对共产党下手。
他邀集智囊团成员研究对策，并提出要写一篇澄清是非的文章，以蒋经国名义发表，向外界剖析事实真相，以正视听，表示不怕恶意攻击，继续推行赣南新政的决心。起草文章的责任落在《正气日报》主笔高理文身上。高理文从高处着笔，说明蒋专员来赣州的目的，只是在抗战的大前提下，为赣南老百姓，尤其是穷苦的老百姓谋福利，建设新赣南是为了支援抗战，并不是为了做官发财，更不是实行共产党的主张，以具体事实反驳各类攻击。文章写成之后，经由小蒋审查定稿，定名为《是非辩》，发表于1940年4月1日的《正气日报》和《新赣南月刊》。此文一出，改变了一些人，特别是国民党中央政府某些人的视听，取得了他们的谅解。
但国民党高层老爷们听其言不够，还得观其行，看他敢不敢对共产党变脸，对共产党下手。
对共产党下手，他并不情愿，而且很痛苦，刚回赣州那几天精神苦闷，拼命抽烟。但他既已作出了选择，不变也不行。当时在赣州小蒋身边工作的人，也看着小蒋一天天在变脸。政治口号从“建设人人五有的新赣南”，变成了“建设人人五有的三民主义新赣南”，许多类似左倾的做法也大大收敛了。随着时间的推移，官位的升迁，老蒋庭训的鞭策，以及当朝形形色色夤缘时会的政客不断的吹捧、举荐和拉拢，使他日复一日地变了。他每去一次重庆回来，连外在的音容状貌，都会有几分不同的味道。但这次回来是大变脸，与以往的渐变不一样。
雷宁住在动员委员会里，看到专员公署的门里又多了些陌生人进进出出。
从重庆刚回来的小蒋，遇到雷宁高兴地说：“这番人多了，好办事！”雷宁没有搭腔，他觉得这类人多了，是难办事，会搅事。
葛洛也遇见了他，他告诉葛洛他的办公室搬了，也不知道在什么地方。后来才知道他搬到保安司令部特务室那儿去了。实际是隔绝了与身边中共地下党员的联系，好放手让特务去抓人。
三青团宣传组的朱承熙、王重实，赣县生活书店的吴越、傅命绪等几位同志已先后被捕了。雷宁立即去向江西省委报告，已经到了必须撤退的时候了。
有一次，在三青团编《江西青年》的赖天球偶然在街上碰到周百皆秘书，周百皆急急忙忙告诉赖：“情况很严重，你要作好必要的准备。”
赖问：“蒋主任意见怎样？”
周摇头说：“他自己也被人在老头子面前告了状，处境也很不利……。”
接着，省主席兼省党部主任委员熊式辉来电报，命蒋专员将他的智囊核心成员四大秘书和葛洛、雷宁等捉拿起来送省保安司令部（熊兼司令）候审。
不几日，省党部调统室、中统江西特种工作办事处主任冯琦，和省党部第四行政区党务督导员叶竞民找到蒋专员，拿着一份大逮捕名单逼他签批（蒋经国与熊式辉和各派系特务有约在先，无论谁要在赣南抓人，都必须有他的签字批准）。他往名单上一看，黄中美、高理文、周百皆、徐季元、葛洛、雷宁……。
这不是要砍掉他的左膀右臂吗？小蒋不禁愤怒发火，他一拍桌子，盯着冯琦说：“可以。黄、高、周、徐四大秘书若有罪，我亲自陪他们一道绑缚去泰和报到！”
曾是中共党员的叛徒冯琦吓一跳，但仍眨巴着眼睛说：“蒋专员，请不要着急，他们都是经过核实的共产党员。”
小蒋冲着他讽刺挖苦起来：“哼，不错，他们都曾去过苏联，也都曾加入苏共，那又怎样？你不也到过苏联，不也加入过中共吗？只不过你把徐锡根的名字改成了冯琦，摇身一变罢了。”
一被抖落根底，冯琦就张不得口了，叶竞民赶紧打圆场，说：“蒋专员，别误会，这不是请你过目吗？你担保的，我们就拍司嘛，好，就从葛洛开始，行吗？”
小蒋又说：“不行，葛洛从温泉练兵就跟我，又是我请到赣州来的，不能用我的手把他送进牢里。”
经反复争执和电报电话往来，最后，蒋经国被迫同意从雷宁开始，于是便有了赣州的大搜捕共产党地下人员和爱国青年的恐怖行动。
4月的一个天气阴霾的下午，雷宁在回来的路上遇见葛洛，他急忙地拉着雷宁到青年会的茶座，告诉雷印染工业合作社的甘时鸣，在中国工业合作协会东南区办事处的大街上被特务追得到处乱闯，引得商铺做买卖的和附近的居民惊慌不迭。市民正不知发生了什么事，见后面追赶的人握枪把他押走了。用不着说，便服抓人，除了特务，没有别人。
葛洛问：“怎么办？要不要撤退？”
雷宁还有点书生气，说：“得听候组织的意见，稍微等一下。”
哪知他一回专员公署，踏进卧室，保安司令部的科长就光临了。本来是熟人，他却一反常态，推门进来就说：“刚回来？蒋专员请你去谈谈。”门没有关，卧室外的石阶上，还有二三个士兵手握武器，雷宁一看就完全明白了。
雷宁随着他离开专员公署。这位科长带着路，士兵在他的前后挟持着。科长还一股劲儿说宽慰话：“没有什么大不了的事，蒋专员对你很好，谈几句话，放心好了。”雷宁当然明戏，如果真的“很好”，只是想谈几话，还用士兵挟持吗？
穿过昏暗的街道，拐进一条小巷，还有些破砾碎石，不见人家，到了死角，是一个十分僻静的地方，一推门，登木梯，钻进小阁楼，见到中国工业合作社的甘时鸣已经关里面了。这下科长放心了，他客气地告别一声：“让你委屈了。”
这一夜是大搜捕，继续捕进来的还有江西政治讲习学院的上官和(文明)，和写《总裁祝寿献机歌》的汤光溶，还有在赣州邮政局工作的杨传琦。寄押在白云山习艺工厂。
这不是犯人的劳动场所吗？不是三民主义新赣南的功绩之一吗？他们参与努力创造的条件，却是作茧自缚！
也就是在这个强民习艺工厂，雷宁所领导的党支部之一——政工队正在这里做教歌工作。雷宁托他们带走了他写的报告。他在报告中说要撤退，要越狱而走。可是由专署派来担任为犯人上文化课的地下党员葛洛，带进了中共江西省委给他们的慰问、鼓励信。江西省委来的指示却是：不准撤退，坚持斗争。根据党的指示，雷宁、甘时鸣、汤光溶、杨传琦、上官和他们五人推定了雷宁、甘时鸣为正副组长。组成了狱中党小组，继续坚持斗争。与此同时，也传来了小蒋对他们五人很关心的信息，要他们写信给他，要求留在赣县工作，由他长期考察监督。可是小蒋又到重庆去了。不久，他们也就被解押到了泰和马家洲集中营。
葛洛是蒋经国亲自请来的，发生此事，他不得不礼送出境，对他又送礼又赠金，让他安全离开江西，到他向往的地方去了。四大秘书也开始被排挤。由政校系来的人执掌专署主要部门。
雷宁的家属找小蒋要人。他亲自接见家属，告诉他们：是不得已而逮捕，还要找机会释放。
1941年5月下旬，四区专署又查封了出售《新华日报》和进步书刊的江西书店（在至圣路），要逮捕地下党员经理伍云华。伍云华闻风逃脱，但是书店里的其他地下党员还是被抓走，这个中共地下组织也就被破坏了。
这次查封江西书店和抓人，是省党部调统室主任冯琦（CC系，江西中统特务头目）亲自到赣州来执行的，他先找到蒋专员商量，亮出名单，专员同意了，派特务室的人带了军警去协助逮捕，后来把抓到的人送到马家洲去了（江西省中统特务在泰和的集中营）。
不久，四区特务室在杨明的布置之下，派了行动组长蔡百里、侦察组长汤觉吾，带了一帮小特务，前往南门外营角上“中国工业合作协会东南分会驻赣州办事处”，抓走了人，又破坏了一个中共的地下组织。
1942年，中华正气出版社资料室主任魏晋被捕，特务室要他登报脱党反共，魏晋拒绝。后经周百皆竭力营救得以保释。
经过这场变故，许多进步人士和革命群众被投进了监狱。有的人失踪了，蒋经国愈来愈走到群众的对立面。他原来的改革计划也大半随之半途而废。
当时赣南形势不是孤立的，是全国局势变化的缩影。在全国，蒋介石又打起了反共的旗帜，由“曲线救国”来代替全面抗战了。
小蒋并不情愿发生这种变化，在这种逆转中他自己都差点不保。这一切，被他后来著文斥作“黑暗的恐怖”，无疑在日机轰炸下母亲罹难的伤口上加了几把盐，令他痛苦万分。由此，他日见脾气暴躁，遇事易怒，使原本就是劳动民众那种棕色的脸，显得黑了许多。他深深感到，“有许多人捏造了许多事实来攻击、来毁谤，并且有计划的派人、派兵到赣州来，（是）要想造成一个蒋经国不得不走的事实”（见蒋经国著《哭王继春之死》）。在江西省参议会上，某些人抛出的一个提案，“要求政府很快的调换专员”（同上文），便是要把他赶走的一个具体步骤。