到1940年春，赣南“烂局”基本上得到收拾，“建设新赣南”的锣鼓刚刚敲响。就在这时刻，赣州发动了第一次反共大搜捕。
这个时期蒋经国的声望，可以说是“火箭似地直上云霄”，在国内外爱好和平、民主、进步的人士中引起广泛好评，但在国民党内部却有一种 “强烈的酸性反应”，马上变成恶浊的气体，弥漫到重庆他老子那里。国民党反动派有的指责赣南的改革是苏联社会主义的中国版；更露骨的说法是：“蒋经国是地道的共产党，赣南快被亦化了。”
这种“化学变化”是怎么发生的呢？事情是这样的：小蒋的母亲遭日机轰炸丧命，使他的仇日情绪急剧高涨，做出了一些被怀疑是共产党性质的过激的抗日救亡举动。之后，那些受他的“除暴安良”和“三禁”打击的土皇帝、地头蛇，以为抓住了他的辫子，联合起来勾结省府省党部的反动人士向重庆最高当局递折子告状，这些地方士绅重弹小蒋在南昌时期已经被指控的旧调，认为小蒋的做法和口号，与共产党一模一样，是“有共产党气质的国民党”。到了赣州则有过之无不及，说小蒋在赣南搞“赤化”，闹“共党”，要暴动，赶走熊式辉，夺取全江西。反正怎么恶毒怎么写。他们又把小蒋的“建设新赣南”的说法做法，说成是他根据在苏联学到的“党和苏维埃要对人民负责”的精神搞出的名堂，蒋经国走的是中共的“群众路线”，蒋经国的勤政亲民源自苏共的“党员干部要起先锋模范作用和联系群众”的思想，蒋经国是根据在苏联学到的“干部决定一切”的观点在培训干部，总之，他的“建设新赣南”就是苏联经验的翻版。那些反动派明白要赶走小蒋，就要往他头上戴“红帽子”，因为他老子最讨厌“红帽子”，虽然国共合作了，他也老找茬跟“红帽子”闹磨擦。
尤其糟糕的是，陈立夫兄弟掌控的中统，以及戴笠主持的军统，亦向重庆当局提出报告，指称共产党员已经潜伏进蒋经国的文宣机关工作。蓝衣社旧成员也打报告说，蒋经国的办公室本身遭到共产党员的渗透。小蒋身边是有些共产党员，他们是帮助他搞抗日救亡，因为国共还在合作抗日嘛。
“折子”上得多了，老蒋就起了疑心。老蒋本来就是个谈“共”色变的人，本来就疑心儿子“一身睡两张床”，可能是斯大林派回来的内线，或中共安在他身边的暗探，在溪口洗脑不彻底，放出来工作就老是冒出苏联那一套。故他一见江西的报告，就十分当回事。而且觉得自己的“限制异党活动办法”虽已签发全国有年余，在儿子坐镇的赣南却尚未执行，现在是处置赣南异党的时候了。
重庆老蒋先变了脸，他要求儿子也要变脸，采用的方式十分激烈。
老蒋再次把小蒋召到了重庆官邸办公室，“啪”地把厚厚一册“情报”扔到了他脚下，训斥同时掷过来：“哼！你在赣南干的好事。你自己看去！我还相信熊式辉的话，以为你真的脱胎换骨了呢！”说完拂袖而去。
小蒋俯身捡起那些“情报”，一页页翻过去，都是一个调调，说他在赣南搞共产党那一套，说他“骨子里虽是国民党，气质上却是共产党”，说他包庇重用共产党。
老头子不放过他，又放不下老子的架子跟他讲道理，就派了党国元老戴季陶、于右任、居正、陈果夫、陈立夫一干人，轮流来教育他。苦口婆心，晓以利害，唱红脸唱白脸的轮换上场，最后是要他反省悔过，保证回去对共产党下手。
儿子反共不得力就得派得力的人去，于是相继增派了“政校系”的人“充实”赣州专署，“中统”、“军统”和宪兵也往赣州去了许多，同时又调了大批“蓝衣社”分子去赣州捣乱。
其实赣南并不缺情报特务机构，更不缺特务。
从1939到1945年的六年当中，赣州市的均井巷一号，一直是一个半公开机关“江西省第四行政区专员公署情报室”的驻地。
这是一幢宽敞的普通民房，房间甚多，光线不太好，走进里面有些阴森森的感觉，从外到里是一所地地道道的国民党掌控的特务机关。
蒋经国在苏联留学时，对苏联的“契卡”便很感兴趣。他知道特务情报机关的重要，当了江西第四行政区的专员以后，就决定搞一个“新赣南的小‘契卡’”，这就是扩建区保安司令部情报室，改属专员公署。蒋经国把此事交给接任徐君虎当专署主任秘书的黄中美去办，并派黄为扩建后的第一任主任。
情报室分为三组，侦察组长汤觉吾（以前曾任三区保安司令部情报员），行动组长蔡百里，还有一个总务组。
黄中美还向蒋经国推荐了一个临安同乡杨明当副手，派为情报室的副主任。后来这个杨明获得小蒋的青睐信任，黄中美和苏联系情报干部靠边以后，蒋就派杨明继任情报室主任。不久，又派杨明充任赣县县政府秘书（主任），仍然兼任情报室主任。这时，情报室改名特务室。
专署情报室起初的任务，主要是协助党政军机关实行三禁，查缉烟、赌、娼，同时查缉汉奸间谍、走私贪污，监视所谓“异党分子”。国民党变脸反共以后，反共成为情报室的主要任务，直接参加逮捕共产党员，破坏中共地下组织。抗战胜利以后，杨明继任专员，改派他的亲信郭某为侦察组长，刘滨海为行动组长，新增侦缉员牛慎之、汪复初。青帮头子、军统出身的李翼也介入特务室，区保安司令部副司令段杰也过问特务室的工作。
在当年的赣州，传闻黄中美是个神秘人物。黄是浙江临安人，与蒋经国在莫斯科孙逸仙大学同学。据说他到苏联去留学的时间比蒋经国更早，在留学期间参加过苏联的“契卡”（后改名克格勃），从事秘密工作，并曾一度回国，潜往东北哈尔滨一带活动，不久返回莫斯科。1939年，蒋经国邀请他到赣州来工作，当了专署主任秘书，蒋交权给他扩建情报室，并派他兼情报室主任。
情报室的主要人物除了主任之外，就要算行动组长蔡百里了。蔡百里有“赣南的小戴笠”之称，他最厉害的一手就是在赣州全城编织了一张无孔不入的情报网，方法是就地取材。罗致收买（名义是聘请）通讯员，加以短期训练，然后为其所用。在旅社、餐厅、浴室里，就从茶房当中选聘，在戏院、影院就从把扎子的当中选聘，在大商店里，就从店员中选聘，在机关团体中，就从职员工友传达中选聘，在工厂里就从工头之中选聘，在学校里，就从职员工友和部分学生中选聘。收买的手段主要是“保证不抓壮丁送兵”。光凭这一条就有许多人甘愿尽义务充当情报室的通讯员。也有每月拿少量津贴的，所送情报如有用处另有奖金。因此，情报室到处都有坐探、眼线，消息非常灵通。
蔡百里为人很老辣，他的特工，竟做到“新赣南”的干部头上来了。有时他会向蒋专员打小报告，蒋也需要人做他的耳目以了解干部们在背地里的言行表现，所以蔡就有机可乘，把了解干部列为任务之一。有些人吃过他的苦头，也是哑巴吃黄连，所以，“新赣南”的各级干部们对蔡百里都有戒心。
他凭着情报室行动组长这个特殊身份，亮出“拍司”给人一看，谁都要卖他的账。只要发现所谓有可疑之处的人，他就有权抓起来。得罪了他的人，当然要倒霉，抓起来关上几天，查不出问题再放出去，但已经枉坐了几天牢，受了侮辱。因此，赣州老百姓或在赣州住的人，凡知之者莫不畏之如虎。
一般人认为专署秘书黄中美、赣州动员委员会秘书周百皆和专署秘书孙某都是共产党员。因此，青年和一般人就不以旧官吏来看待他们，看到小蒋新来时的一些改革举措，对他及他的班子就更抱一些希望。以至在1939年，赣州市成为了东南重镇和文化中心，进步的空气相当浓厚。它给国人的印象，好像这里是沙漠之中的一片绿洲。那也的确是许多中共地下党员在幕后折腾的。
小蒋也风闻他周围的热血青年中有不少是或明或暗的共产党员，他也不是没有一丝觉察，可在渊源上曾为苏共党员的他不仅不提防他们，而且还鼓励他们积极做抗日救国的事。他觉得他们也的确会办事，招人喜爱，与国民党的官吏硬是不同。他喜欢朱承熙大刀阔斧又扎扎实实的工作作风，三青团筹备工作做得有板有眼，有声有色，他有一份不薄的功劳。他喜欢葛洛的沉稳细致，从容不迫，从温泉督练处任教官再随他进专署动员委员会，当宣传股长，始终任劳任怨，配合默契。他喜欢锋芒毕露又能言善辩的吴越，短短的时间就将文化服务社搞得红红火火。他喜欢有独立见解又老成持重的雷宁，在南昌和赣州他都做了不少抗日宣传工作。他知道他们都是共产党，那又怎么样？他们能干又不捣乱，怎么不能用呢？不是国共合作共同抗战吗？
因为小蒋喜欢身边共产党的一些能干的人，就以为他喜欢共产党，这是一种错觉。其实，小蒋是愈来愈不相信中国共产党。他在演讲和编造口号上，能巧妙地把他重视平等，反抗既有体制的名词与他父亲钟爱的新儒家思想结合在一起。他骨子里已是国民党了，可是，与保守顽固的国民党人又格格不入，国民党内最保守的一些人士晓得蒋经国不喜欢他们，因此以牙还牙，一再传布谣言，指控蒋经国是“苏联的秘密工具”。
这是冤枉。只是小蒋当时的确没有反共，而是容共，因为当时国共合作还没有破裂嘛。赣州的“民主”、“进步”空气很浓厚，有些民主人士、进步分子在吉安、泰和站不住脚，纷纷来到赣州，他们以为蒋经国是棵大树可以庇荫。小蒋也敞开大门欢迎他们来，打出“到赣南来”的旗号以抵制青年“到延安去”。
这个时期的情报室，工作重点放在查缉汉奸间谍和除三害、安定社会秩序方面。监视“异党”活动只是例行公事，尚未正式逮捕共产党员。
重庆派来的以周灵均为首的“政校系”的“中统”和“军统”特务、宪兵，到了赣州，与赣州的特务合流后，形势大变。他们大肆活动，集会，唱歌，造声势，最奇怪的是没有什么值得庆祝的事情，也举行火炬游行，每个人穿着整齐的蓝色衣服，一律佩“三青团”的臂章，非常划一，高呼的口号，也很别致。
一边呼：“中国只有一个党。”
另一边答呼：“中国国民党。”
一边呼：“中国只有一个主义。”
另一边答呼：“三民主义。”
一边呼：“中国只有一个领袖。”
另一边答呼：“蒋委员长。”
有点像德国的法西斯捧喝团！
小蒋还在重庆挨训，他们就迫不及待抓人。
1940年6月，戴笠手下抓到一个中共地下党员，此人负责中共在江西和广东的青年工作。这个地下党员旋即叛变，同意与国民党合作，指认潜伏在赣州工作的若干中共党员的身份。12月，保安队在赣南突袭中共党员的一次秘密会议，逮捕了20多个中共党员。
赣南形势大变，CC系推荐的这批中央政校毕业生前来赣南“辅佐”蒋经国，一下子往赣南地方政权的结构里掺进了沙子，凡认为有助小蒋“搞赤化”之嫌的苏联系通通让路靠边，黄中美也被排挤，交卸了专署秘书兼情报室主任的职务，调任财政部江西省盐务处任副处长。
黄中美靠边以后，蒋经国把副手杨明提升为主任，后又派苏联系的尤策副之。小蒋也老辣，这个自己能掌握的要害部门始终没有让政校系插手。
杨明是黄中美的同乡，在家乡是做生意的，曾任临安县商会会长。到赣州后，当了交易公店的经理。因为他懂得做生意，交易公店在短期内赚了大钱，因此得到蒋经国的赏识，后来调升为赣县县政府的主任秘书，实际上是代行县长职权，兼任专署情报室主任。他为了报答蒋经国的知遇之恩，日办县务，夜办特务，把全家搬到特务室去住，老婆也带进情报室工作。在继续查禁烟赌娼和查办贪污案件当中，杨明主持的情报室出了一把力，起过一些作用，深得小蒋信任。
赣南自从在政治上翻脸以后，四区特务室的任务立即转入以反共为主的阶段，从监查“异党”活动，到逮捕“异党分子”。