蒋经国一来到江西，就听说江西的南门口与广东接壤的赣南社会秩序不好，土匪横行，社会糜烂，民不聊生。
当时赣南有三大股土匪，专门为害老百姓。最大的那股土匪头子是赖天球，他本是国民革命军第五师长赖世璜的部下。赖世璜是赣南石城人氏，保定陆军军官学校毕业，是熊式辉的同学，北伐时，担任江西第四师师长驻守瑞金，经熊式辉游说，改编为国民革命军独立第 五师，赖仍任师长，熊任党代表。第五师一举攻克赣州，又克南昌。但赖与熊之间产生分歧，当时宁汉对立，有政客持汪精卫致赖的亲笔函，望赖脱离蒋依附汪，赖不知已被人跟踪，从南京到上海时，一到车站便被扣押，旋解南京候审，被草率处决于陆军监狱。熊式辉接任师长，同时也背上了卖友求荣的罪名。赖部手下有5000多人马，被熊式辉吞并了，许多旧部回到家乡，抗日时又打起旗帜，以赖天球、刘卓夫、王廷骥为首成立民团，与熊式辉和省保安部队作对。
另两股土匪的头子一个是大余人刘卓夫，一个是信丰人王廷骥。都是赖世璜的旧部。后来他们的三股队伍虽然经过熊式辉招安，名义上成了国民军的三个团，但也是割据一方，称王称霸，为非作歹，从来不听省府的命令。三个团分别驻扎在南康、大余和信丰，实乃赣粤的咽喉区，包括赣州市在内的七个县，全在他们的势力范围内。这七个县由什么人当县长，都是他们说了算。熊式辉当了七年的江西省长，从来不敢去赣南，赖天球他们三个团长在蒋经国去赣南之前，也没有去过南昌。天高皇帝远，谁也管不了谁，赣南几乎成了化外之境。
年轻气盛的蒋经国眼睛里岂能容得下这粒沙子。熊式辉也有意让小蒋去收拾他们。
1938年秋天，蒋经国不顾朋友们的劝阻，决心冒着生命危险到赣南察看一番。有胆有识的小蒋说：“赣南虽然土匪横行，不属省上管辖，但只要以诚相见，他们就不会伤害我。”
秋雨连绵的一天清晨，他只带了一个司机，一个警卫就上路了。黑色的皮尔克轿车经过两天的奔波，载着蒋经国到了赣州，立马又去了南康潭口，见了三位民团团长。
果如他所料，赖天球他们居然买他的账，不仅没有为难他，而且对他特别热情。他们领蒋经国到赣州各地参观游览，蒋经国也向他们介绍了临川练兵的情况。赖天球他们一听蒋经国临川练兵有奇招，就提出来要去观摩。蒋经国当场就爽快地答应了。说走就走，几个人一车就开到了南昌。熊式辉听说“土匪”似的赖天球他们到了南昌，喜出望外，马上接见，趁机拉拢，缓和关系。
赖天球他们在南昌玩了几天，又随小蒋来到临川温泉，观看了新兵的军事训练和政治训练，十分感兴趣，对蒋经国说：“我们那些兵什么也不懂。请你们帮助我们训练好不好？”
蒋经国求之不得，爽快允诺：“有什么不好，行啊！”
小蒋打电话请示熊式辉，熊满口答应，求之不得。于是蒋经国就派他得力的助手徐君虎在赣州南康县唐江镇成立一个新兵督练分处。赣南收拾土匪民团的新的练兵工作开始了。
小蒋在莫斯科中山大学的同学和“哥们”徐君虎到赣州后，赖天球他们把他当钦差大臣招待，让部队列队欢迎，盛宴款待。小蒋又从政治讲习院带去好几个干部和学生作他的骨干，讲习院的训导员吴剑真也由政治讲习院调任赣县县长，为熊式辉搞新县制的试点，与蒋经国、徐君虎、赖天球等彼此来往，小蒋的势力逐步向赣南渗透。
徐君虎按蒋经国的意图在赣州市郊风景区通天岩开办了一个干训班，把赣南保安团连长以上的干部都调来受训。另外，还成立了一个自卫队训练团，帮助地方把各乡自卫队集中起来进行训练。
训练基地通天岩，是赣南的名胜，悬崖深谷，古木参天，岩泉如涌，风景极为秀丽。500年前，王阳明曾在此研究“心学”，石壁上刻有王阳明等人的题壁诗和300多座唐宋石雕佛像。如今这佛门清静地突然来了一群匪气未脱的大兵，军歌嘹亮，喊声动天，成了一座别具一格的新型军事学校。
小蒋定期轮番召集各团讲话。他每次总是提前到达操场，趁早餐后连排长没有到齐之际，便到连排队里找士兵谈话，询问训练生活情况，关心备至，使士兵都爱接近他。他又常深入营连驻地调查士兵生活与居民关系，做了一些改善士兵生活的事情。小蒋与三个团长的关系也搞得很近乎，一人降了三人，通过这三人又降了几千人，因此这三个团的面貌有所改变。
干训班办了三个多月，凡是受过训的军官都脱了匪气，跟蒋经国、徐君虎建立了亲密的师生关系。通过训练，部队的纪律加强了，作风改变了。赖天球他们“土匪头子”的形象在群众中也发生了变化，从而他们更增加了对蒋经国的信任。
一天，徐君虎不解地问赖天球：“你们当了那么些年团长，过去和熊式辉互存戒心。为什么蒋经国一来你们就那么相信他？”
赖天球坦率地说：“蒋经国若把我们当土匪看待，我们就对他不客气，把他抓起来做人质，要他老子出钱出枪。可他没把我们当成土匪，只一个人带着个警卫员就来了。他信赖我们，我们当然也就信赖他。”临川温泉练兵，是蒋经国事业的开端，为他以后的政治、军事生涯开辟了道路；赣州练兵，为他日后立足赣南，打下了基础。
在练兵期间，蒋经国最爱和他的朋友们一起登“望江亭”，饱览赣州景色。每当他们登临峰顶，远望群山环抱，赣江如带，顿时心胸开阔，壮志凌云。他在赣南大干一番的新时期就要开始了！
这时候，小蒋从溪口带来的司机毛宁邵却想离他而去。由于蒋经国的行动没一定规律，说行就行，说止就止，使司机常感到不知所措，更为他的安全担心。到了赣州更是难伺候，赤珠岭、五云桥、藜莞背，到处跑。不通公路的地方，他就自己开摩托车，或骑自行车，甚至走路。而且，他经常自己开车出去，就是由毛宁邵开车外出时，也总是喜欢坐在前排，从不坐在后面，兴致来了还要抢着开车。毛宁邵总是提心吊胆的感到责任重大，渐渐起了回家的念头，不想为他开车了。
1938年的下半年，他们到抚州温泉新兵督练处，见那里有一部开往宁波的汽车，毛宁邵便向蒋经国请假，回家去了一趟，心里打算再不回江西。见他20多天没回来，蒋经国亲自打电报要他速归，毛太夫人知道他回浙江老家了，也再三说好话，要他回江西，好好伺候经国，并表示对他爱人很关心。这样，毛宁邵只好又回到南昌，继续跟蒋经国开车。
新兵督练处成立几个月后，日军攻陷九江德安，南昌也告急，常遭日机轰炸。为了安全起见，蒋经国和在航委会工作的高理文决定将家眷送到南昌的乡下去，离城只有十几里路，不必逃警报。在乡下只住了一个多月，日军逐渐西进，南昌受到威胁。小蒋乃决定将家眷送回奉化溪口，那里离战区远，比较安全。高理文也在四处找便车，打算将妻儿送往重庆。小蒋便请求他让妻儿跟他们一起去奉化，说他家有多余的空房子，可以安置他的一家，免得长途跋涉远去重庆。高理文夫妇在溪口给小蒋陪读过，罗南英还是蒋方良的汉语老师，对那里熟悉，便一口答应。小蒋和高理文送走妻儿后，只剩下两个单身在南昌，高住励志社，蒋住乡下租的房子，两人见面的机会很多。
1939年3月中旬，日本侵略军第101师已推进到距南昌数英里的城郊，江西省政府南迁泰和，难民及政府公务员眷属开始往南疏散。熊式辉下令保安司令部的新兵督练处迁到南边的赣州。高理文也接到航委会的命令，因苏联飞机移住衡阳，他也被调往该地。
南昌在3月27日弃守。在南昌沦陷的前一天，小蒋和高理文才离开南昌，分别奔赴赣州和衡阳。