1944年末至1945年初的冬天，历来少有风雪的赣州，气温骤降，寒意森严。
1944年底，日军为了打通其南进路线，发动了所谓“豫湘桂战役”。这是抗日战争以来，日军向国民党正面战场发动的第二次进攻。1945年初，侵占湘东的日军频频骚扰赣西，进攻萍乡、莲花一带。相邻的赣州顿时吃紧！1月9日，《江西民国日报》报导：赣县正积极疏散中。中央驻省机关已开始迁移。物价、时局动荡不定。江西邮政营业局决定迁宁都、广昌办公。江西盐务管理局决定迁瑞金。1月17日，日军发动“一号作战”，针对美国空军新辟建的一系列机场进行袭击。数天之内，日军已推进到赣州城郊。
此时尚挂赣南专员衔而人在重庆的蒋经国，不得不于1月16日晚飞返赣州，处理日本鬼子即将兵临城下的危机，布置最后的抵抗和疏散事宜，并立即到赣南大礼堂露面。18日，蒋经国举行茶会招待各机关负责人及新闻记者，强调要有组织有秩序地疏散，会后即赴省府所在地泰和。20日，由泰和回赣州。
蒋经国从省府回到赣州后，于1月21日召开全城各机关紧急会议，说明当前局势。他一再向全城人民发誓：“要与赣州城池共存亡！”
23日，日军攻陷莲花，继续南窜，赣南受到严重威胁。蒋专员兼司令召开紧急会议，研究应变大计，宣布即将执行紧急疏散。28日，接重庆蒋介石急电，要他返渝。l月29日，日军侵入距赣州仅90公里的遂川县后，沿公路向赣州进犯。驻赣南的国民党第三战区第25军军长刘多荃，特到赣州与蒋经国商量对策，准备于2月1日成立赣南警备司令部，由刘多荃任司令，蒋经国副之。
1月30日，江西遂川美军空军基地派出飞机一架，飞抵赣州，悄悄停在新修好的黄金机场，奉命接蒋经国飞渝。它带来蒋介石给蒋经国的手谕：“着即携眷随来机飞渝，毋须异议，以策安全。”限令蒋经国遵行。小蒋“抗旨”未登机，还摆着“誓与城池共存亡”的架势，只是让他身怀六甲的夫人蒋方良和一对儿女，还有蒋纬国及其养母姚冶诚上了飞机。
2月3日，山区里传来阵阵枪声。赣州西郊的黄金机场也接到爆破命令，爆破前还得完成一项重任，送小蒋离赣飞渝。
2月5日晚，一架巨型美军军用运输机，再次降落在赣州西郊黄金机场跑道的一端，待命返航。这种装有雷达导航设备的军用机，当时还是最新、最尖端的，可以长途夜航，安全可靠。蒋介石感到赣粤边境军情紧张，赣州城危在旦夕，特再次遣该机飞赣，突击完成一项特殊任务——迎接儿子蒋经国飞渝。第一次老头子的手谕没起到作用，这次老头子搬动夫人宋美龄捎来八个字：“从速飞渝，不得有误！”小蒋顶不住了，他知道父亲因他违旨而恼怒，这次再违旨后果不堪设想。他决定离赣赴渝了。
2月6日晨，一些重要干部，被点名前来机场送行，他们当中有周灵钧、高理文、黄密、杨明、漆高儒、游琨、刘汉清、刘景星。王升当时在外地，没有参加。他们提前来到机场伫候，冒着凛冽的寒风呆着，没有一个人说话。
小蒋乘坐的皮尔克轿车开进了机场，车停住后，他握紧司机毛宁邵的手，深情地说：“宁邵，你今后若要钱用，找黄寄慈吧。”毛宁邵明白这是他最后一次为他开车，眼眶里不禁蓄满了眼泪。
“我这次离赣，确非自愿。”这是蒋经国的临别演说的第一句话。讲完这一句，这位演说家卡住了，大家沉默地望着沉默的他，只有风声呜呜在耳边刮过。
他望望送行的部属振作起来，又恢复了演说家的自信，沙哑着嗓子一气说下去：“日本鬼子的泥脚，已伸到我们新赣南的近壤，我曾向赣南的父老弟兄作了保证，誓死与赣州城共存亡，坚决保卫赣南的每一寸土地。早些时候，张治中将军不是前来作说客吗？这是大家都知道的，他要我去重庆，我因为舍不得离开新赣南，所以不去。现在敌情如此嚣张，我怎能离城而去呢？各位也不会支持我去做个逃兵，现在刘多荃将军衔命而出，挺胸承担赣州的防务，我只得暂时和各位告别了，以后，还会来探望你们的。”
虽然说得诚恳，真诚的歉疚和难言的痛苦溢于言表，因为人毕竟就要登机逃离了，因此大家听起来仍然是一篇官话，被离情别绪困扰着的人们振作不起来，客气的掌声稀稀落落，无精打采。
蒋经国的语音刚落，一队身穿黄呢军服，头戴钢盔，手持冲锋枪，脚登皮靴，胸前还挂两枚爆破弹的武士，鱼贯登机。原来这些美式装备的武士们，是来自重庆警卫团的一个排，接受“随时护航，安全返防”的军令，随机来到赣州接“太子”的。
蒋经国最后一个慢步登机，只见他频频回首，向送行的人群示意。人群也纷纷举起麻木沉重的手臂，机械地向他挥着。即将走进机舱的蒋经国，回首还想说句告别和鼓励的话，但他的眼睛已被眼泪模糊，悲愁离情已哽住了他的喉咙，他一咬牙埋头钻进了机舱。
驾驶员理解蒋经国此时的心情，腾空后座机盘旋机场上空一周后，方向北飞去，刹那消失在浩淼无垠又黑暗无边的夜空。据他的亲信卫士陈梅山回忆，蒋经国进了机舱就失声痛哭，哭得十分伤心，引发得所有随行人员都陪着痛哭了一番。
他不愿意离开赣南，不愿意放弃他在赣南正在推行的新政，不甘心他在赣南6年的艰苦努力因他的离去而付之流水。
守城的国民党军政当局，立即爆破机场黄金机场跑道，这是他们预先部署的城防第一步。次日，又将水东浮桥解缆，彻底火焚。凡是城廓与近郊之间的通过要隘，一律设置障碍，并破坏桥梁和公路路面。从蒋经国走后，预定的城防措施并未按计划进行。刘多荃军长承担布防任务之后，也东返宁都去了，赣南警备司令部也就自然流产。那位被指定守城的团长不见踪影，也没有看到地方保安团队的一兵一卒和上街值勤的宪警。那时赣州己成了一座不设防的“真空城”。当时城内至少有两万以上居民未及疏散。
2月5日晨，日军自五云桥分二路进攻赣州城，一路从西门入城，另一路从南门入城，赣州城已是十室九空。日军几乎不费一枪一弹，就占领了赣州城，轻而易举地达到了其打通赣粤两省交通运输线的目的。
1945年6月初，蒋经国向国民党政府辞去了赣南行政督察专员兼保安司令的职务。遗缺由他保荐的信丰县长杨明（曾任蒋的秘书）继任，从此，结束了蒋经国在赣州的任职。
“其人存，则其政举；其人亡，则其政息。”
在人治为主的旧社会，这是不可避免循环往复的悲剧。蒋专员也难逃这种命运。1944年底，小蒋的屁股就主要坐在重庆了，他兼了一段专员，便推荐自己的部属和亲信、信丰县长杨明接任专员兼保安司令，嘱托他把他留下的的事业继续办下去。可杨明没法办下去，身份声望能力都差得太远。杨明是浙江临安人，原在临安经商，当过临安商会会长，到赣州后，先当交易公店经理，搞得不错，取得小蒋信任，便官运亨通，一路升官成了蒋专员的接班人。但他毕竟是商人，非政治人才，当了官后专以做官为能事，干不了事也干不成事，蒋经国留下的主要事业——土地改革、儿童新村、正气中学、正气日报、新人学校，他都一一荒芜和停办了；三年计划、五年计划，他更是无法“计划”，一概束之高阁，“五有目标”连讲都没人讲了。蒋专员的新政，到了杨专员手里，一概完蛋，统统寿终正寝。
于是，古城赣州的墙壁上，赫然的“五有”标语上，有好事者加了注释：
“人人有工做－修路，人人有饭吃－吃粥，人人有衣穿－军衣，人人有屋住－茅屋，人人有书读－《中国之命运》。”
这讽刺有点儿以偏概全，不太公平。蒋经国的赣南新政改革虽因日军入侵未能贯彻到底，他挑选的接班人也不得力，但他本人的思想和行为还是有许多可取之处，他的良苦用心，他的亲民作风，他的可观治绩，赣南老百姓还是给予客观评价的。他离开之后，赣南地方的关帝庙、岳王庙这些祭祀由清官成神的庙宇，有人为他树立神像，以表示对他的怀念和尊敬。这在历代为官赣南的官吏中，享受这种特殊待遇的角色为数不多。