1939年1月，国民党在重庆召开了五届五中全会。
在国民党五中全会上，对内政的重要议题是“整顿党务”。会上，蒋介石作了《唤醒党魂，发扬党德，巩固党基》的报告和《整顿党务之要点》的讲话。所谓“党魂”，则是被蒋介石曲解了的“三民主义”所谓“党德”，就是“忠孝仁爱信义和平”。
会上通过的“整理党务”决议，规定了国民党要以“防共、反共”为中心任务加紧组织的发展，“力谋新力量之增加与培养”，“力求乡村社会力量中之发展”；加强国民党内部的思想统治。即所谓“力求革命理论之领导”；以及对全体国民党员。尤其是下层组织的严格控制。会议还根据蒋介石的报告与讲话，决定“溶共、防共、限共、反共”方针，设置了专门的“防共委员会”。会上，还作出了一些强化国民党独裁统治，加强蒋介石个人权势的重大决定。其主要者：决定设立党政军一元化的国防最高委员会，蒋介石任委员长；规定“委员长对于党政军一切事务得不依平时程序命令为便宜之措施。”这就进一步加强了蒋介石个人独裁的权力。还规定了实施《国民抗敌公约》的办法，其中规定：全国人民以保甲为单位，宣誓“服从最高领袖蒋委员长之领导，尽心尽力，报效国家”；宣誓后如违犯誓言，要“依法治罪”，以此严加控制人民的思想、行动，禁止人民的革命活动。
根据会议精神，会后国民党有关部门即制订和发布了一系列文件，如《共党问题处置办法》，《沦陷区防范共产党活动办法草案》、《第八路军在华北陕北之自由行动应如何处置》、《异党问题处理办法》等。并且加派有力部队“前往冀鲁”，“以限制共产党之发展”，以“收复失地”为名，侵占解放区；经济上搞封锁，既不发饷，又以统一经济制度为名，不许自筹补给；政治上亦不承认敌后抗日民主政权，阻止青年奔赴解放区而且还要以特务手段破坏共产党组织。
这些事实说明蒋介石一刻也没有忘记消灭共产党，只要腾出手来他就要反共。在抗日战争中，战斗在敌后的共产党领导的人民武装力量壮大，对于抗击日寇、争取抗日战争胜利是有利的，是符合整个国家民族利益的，但却引起了蒋介石的恐惧。他深恐共产党在抗日过程中“坐大”，因此当日寇停止对国民党正面战场的进攻、抗日战争转入相持阶段后，蒋介石就开始集中力量对付共产党了，这标志着国民党对内对外政策向着退步、消极、反动方向转变。
蒋介石虽然同中国共产党实行了第二次国共合作，但始终把中国共产党及其所领导的抗日部队作为敌人来看待。蒋介石把“做了日军傀儡的汉奸”和“不服从命令的共产党”作为国民政府“面对两大内敌”。蒋介石在日记中一再攻击中国共产党是“假抗日、真作乱”。甚至对中国共产党的根超过了对日伪的恨。当日本忙于制造汪精卫的伪政权因而在军事上暂时停止了大规模地侵犯时，蒋介石在日记上说：“军事如常，无变化，惟共产党作崇为可恨耳广
1939年5月7日，蒋介石又在中央训练团党政班上作了任民主义之体系及其实行程序》的演讲。在这个演讲中，蒋介石否定了民主主义、共产主义和法西斯主义，认为惟有三民主义“博大精深，能涵盖一切”，“无丝毫偏颇之弊”，最“充满无缺的革命建国的最高指导原则”，并制作了一张“三民主义之体系及其实行程序表”，并具体解释了这张表。其核心就是主张由国民党一党独裁。蒋介石说：“一切要由党来负责。所谓‘以党治国’，‘以党建国’，其意义即是以党来管理一切，由党来负起责任。”
1939年12月，蒋介石又指使胡宗南率部向陕甘宁边区进攻，妄图扼杀抗日武装力量。当时，朱德、彭德怀等曾通电全国，反对国民党枪口对内进攻边区的罪恶行径。
在1940年4月召开的由蒋介石主持的国民参政会第一届第五次会议上，何应钦作了一个题为《冬季攻势开始以来晋冀鲁各省所发生之不幸事件》的军事报告，大谈所谓“国军自去年冬季攻势开始后，北方各战区连续发生不幸事件，自行对消抗战力量，并给敌军以抽调转用之自由。”攻击中国共产党及其所领导的抗日武装力量“破坏行政系统，建立特殊名称”、“违背现行法令，建立特殊组织”、“利用军队，造成割据”、“利用抗战形势，达成国家民族利益以外之任何企图”。何应钦在回答董必武。梁漱溟的询问时说：“十八集团军在陕北造成一种特殊组织，即所谓‘陕甘宁边区政府’。继又造成‘晋察边区政府’、‘冀中冀南行政主任公署’。均自委官吏，自成风气，自行征收粮税。此外，并擅设银行，发行纸币，至数千万元以上。似此破坏行政系统，违背现行法令，利用军队，造成割据，企图达成国家民族以外之利益，实属非是。至于军队方面……朱总司令等刚电谓其全军有23万众，在中央机关从来无案可稽。据调查该集团不但自由扩军，而且自由行动。”而且叫嚷“目前政府对于各地的不幸事件，在政治上，仍抱宽大态度，希望十八集团军凛于国难之严重，一致团结抗战，但在军事上必须严格要求。任何军队，均应严守军纪，绝对服从军令，如再有轨外行动，必照军纪，予以严厉制裁。” 1940年7月16日，蒋介石又提出一个所谓《提示案》，由参谋总长何应钦、副参谋总长白崇禧提示军事委员会政治部副部长周恩来及第十八集团军参谋长叶剑英。这个《提示案》的要点如下：“一、拟定‘陕甘宁边区’的范围（此时准其包括十八县），改称‘陕北行政区’，暂隶行政院，但归陕西省政府指导。二，划定第十八集团军及新四军作战地境。将冀察战区取消，其冀察两省及鲁省黄河以北，并入第二战区，仍以阎锡山为司令长官，以朱德为副司令长官，秉承军事委员会命令，指挥作战。三。第十八集团军及新四军于奉令后1个月内，全部开到前条规定地区之内。四、第十八集团军准编为三军六个师，三个补充团，另再增加两个补充团。新四军准编为两个师。”很显然，这个《提示案》就是限制中国共产党领导人民进行抗日，这是在抗战中反共的一个先声。同年10月19日，蒋介石又由何应钦、白崇禧联名向第十八集团总司令朱德、副总司令彭德怀、参谋长叶剑英以及新四军军长叶挺、副军长项英发出“皓电”，说什么“历次不幸事件，其症结所在，皆缘于第十八集团及新四军所属部队：①不守战区范围，自由行动。②不遵编制数量，自由扩充。③不服从中央命令，破坏行政系统。④不打敌人，专事并吞友军。”于是就提出“第十八集团军及新四军各部队，限于电到1个月内全部开到中央提示地点。第三问题所规定之作战地境内（黄河以北），并对本问题所示其他各项规定切实遵行，静候中央颁发对于执行提示其它各问题之命令。”在“皓电”发出以后，顾祝同就积极制订“防堵计划”。同年12月9日，蒋介石以军事委员会委员长名义下了手令。今文说：“前令第十八集团军及新四军各部开到黄河以北作战；兹再分别地区，宽展时限”。“凡在长江以南之新四军，全部限于本年12月31日前开到长江以北地区，明年1月30日以前开到黄河以北地区作战。”“现在黄河以南之第十八集团军所有部队，限本年12月31日止开到黄河以北地区”。“希即遵照参谋总长10月皓电所示之作战地境内，共同作战，克尽职守，毋得再误。此令！”于是，在1941年1月，当新四军军部和一、二、三支队的部分武装1万人北移时，惨遭国民党军队的包围袭击，除千余人突围外，大部皆壮烈牺牲，酿成了震惊中外的“皖南事变”。而蒋介石在同年1月25日对苏驻华大使说：“新四军之干纪抗命，已非一日，由来已久。余可保证：新四军之种种宣传，纯为谣言，绝不可信……新四军违抗命令，伤害友军与妨碍抗战之事，自去年春夏以来，先后在江北袭击友军，指不胜数，中央一再宽容，冀其终所觉悟。”蒋介石把这次袭击新四军北撤的“皖南事变”与北伐战争时期的“中山舰事变”等同看待。蒋在1月30日的日记上说：“解决新四军案，撤销其番号，此为国民革命过程中之大事，其性质或甚于民国十五年三月二十日中山舰事件也。”
对于皖南事变的真象，国民党一直封锁消息，妄图在国内外舆论面前掩盖事实真相，并极尽颠倒黑白之能事。1月17日，蒋介石公然宣布新四军为“叛军”，取消新四军番号，并将叶挺交军事法庭审判。
面对蒋介石一手制造皖南事变的阴谋和暴行，中国共产党进行了针锋相对的斗争。中共在国统区办的《新华日报》在报道皖南事变的消息时，新闻稿件受到国民党新闻机关的蛮横扣压，为表示抗议，《新华日报》开了“天窗”，周恩来在“天窗”上题词：“为江南死国难者致哀！”“千古奇冤，江南一叶；同室操戈，相煎何急2”以表示对国民党当局的强烈抗议。
为了早日把日寇赶出中国去，中国共产党正确地分析了当时的国内外局势，以抗日大局为重，采取了一面坚决斗争、一面在斗争中求团结的策略；在政治上和军事上对蒋介石掀起的一次次反共浪潮进行有力的回击，原则上作到了有理、有利。有节。在国内外舆论的支持下，以蒋介石为首的国民党顽固派日益孤立，不得不有所收敛。
蒋介石坚持反共，视共产党为洪水猛兽，这是由他的阶级本性所决定的。在整个抗日战争过程中，以蒋介石为首的国民党顽固派始终采取两面政策，一面主张团结抗战，一面又摧残国内进步势力，反共反人民。应当说，蒋介石作为世界反法西斯战争中中国战区的最高统帅，在领导国民党军队抵抗日寇侵略方面是做了一些工作的。但是在抗日的同时，他又顽固坚持其反共立场，对中国共产党领导下的新四军、八路军和广大人民群众进行了无情的屠杀。这一反动本质的暴露，是蒋介石失去人心、蒋家王朝走向灭亡的关键一步。