明道二年（1033）三月，垂帘听政的刘氏去世，仁宗亲政，朝政发生重大改变。仁宗首先依赖垂帘听政期间劝谏太后、要求还政的那一批忠直臣僚，凡贬官或外放者一一召回，范仲淹就是其中之一。这一年四月，范仲淹被召回京，除右司谏。右司谏是专职言官，专门从事讨论朝政得失的工作，负责给皇帝和朝廷提供批评或建设性意见。谏官职责甚重，往往由非常得皇帝信任者或享有良好声誉者出任。范仲淹既有良好的声誉，又得到皇帝的信任，结合他以往直言无讳的作风和耿介的秉性，是谏官的最好人选。
皇太后刘氏去世时留下遗诰：尊太妃杨氏为皇太后，继续垂帘听政。已经成年的皇帝当然不甘心仍然做傀儡，众多大臣也公开反对，所以发布遗诰时就删去“皇帝与太后裁处军国大事”一句。范仲淹任谏职后，首言此事，反对再立太后并垂帘听政。最后，皇帝及其朝廷的做法是：立太后而不垂帘听政。皇帝的决断在范仲淹上奏章之前已经贯彻，但是，范仲淹的奏章依然给了新亲政的皇帝政治上的支持，进一步获得皇帝的好感和信任。终仁宗一朝，范仲淹可以出将入相、建功立业，与仁宗对他的特别好感分不开。
仁宗亲政后对多年以来被迫处于傀儡地位的处境当然有许多怨言，当务之急是对太后垂帘时期做政治清算。表现在三个方面，其一，太后去世的第二个月就全部罢免二府大臣，当时首相吕夷简，枢密使张耆，枢密副使夏竦、范雍、赵稹，参知政事陈尧佐、晏殊同日被免职，皇帝重组中枢班子。其二，更新朝政，与太后执政时异趣。仁宗“亲政，裁抑侥幸，中外大悦”（《宋史》卷十《仁宗纪》），就是指这方面的作为。其三，严厉惩罚当年阿谀太后者，启用因反对太后被外放或遭贬谪的官员。迎合这样一股政治清算思潮，看风使舵者便观察帝意，借诽谤已故太后进身。范仲淹立即告诫皇帝：太后是奉先帝遗旨垂帘听政的，十多年时间里也扶持和保护仁宗皇帝，“宜掩其小故以全大德”，不应该听任诽谤语言泛滥。正直不阿的范仲淹再度表现出自己独到的政治立场和宽广的胸襟气度，他并不曲意迎合皇帝，也不记恨太后当年对他的打击，此时反过来维护已故太后。在不清楚皇帝个性和政治态度之前，这样的劝谏有相当大的政治风险。范仲淹永远是将个人利益置之度外，只以朝廷和国家为重。范仲淹这样的意见能够引起仁宗的充分重视，因为仁宗完全清楚和信任范仲淹对待已故太后问题上的政治立场，便下诏不许再议论皇太后垂帘日事。仁宗在历史上有明智宽厚的定评，这与范仲淹等大臣诸如此类的劝谏和匡护有极大的关系。范仲淹对待已故太后的政治主张，保证了朝政的平稳过渡和健康发展。
范仲淹由于获得皇帝的信任，除了谏官本职工作以外，朝廷还经常特别指派他处理其他政务。这一年六月，朝廷特派范仲淹等会同审刑院、大理寺等专门部门，制定刑法条规，详细议定全国应当配隶罪人的刑名。七月，朝廷派遣范仲淹出使长江、淮河沿线地区，视察当地灾情，开仓赈灾。这一次特使任务是范仲淹争取来的。范仲淹在京师了解到江淮和京东地区的灾情，就要求朝廷派遣特使外出巡行，负责赈灾特别任务。一开始，范仲淹的请求并没引起朝廷的重视，范仲淹就乘某次面见仁宗时提意见说：“宫廷中半天不吃饭，会怎样呢？现在全国好几处地方缺乏粮食，怎么可以置之不理？”于是，就有了这次特别指派任务。范仲淹所到之处，调拨粮食到灾区，开仓救济灾民，申请朝廷特别拨款，偿还官府从百姓手中购粮、购盐等的欠账。范仲淹还采取了更多积极的措施，减少灾情危害。如，范仲淹努力改变当地恶陋习俗，捣毁过多的祭祀活动场所，把精力和财力集中到赈灾中来。范仲淹巡视至淮南时，向朝廷推荐当地赈灾工作出色的官员吴遵路，请求颁布吴遵路赈灾事迹，以为各地榜样，并将此文献藏于史馆。范仲淹又向朝廷上疏请求免除江淮部分地区应该缴纳的粮食、茶、盐之类税钱。范仲淹要求当地官府实地勘查，凡因灾情死亡而导致田地荒芜处，免除赋税；家中只剩下孤贫老弱的，也依照实情减免赋税，或者全免；逃荒回来重建家园的灾民，免除当年赋税。第二年，范仲淹已经被贬谪出京，朝廷却依然在逐条落实范仲淹安抚淮南时免除税钱的系列奏请。同时，范仲淹将当地灾民用来充饥的野草送往朝廷，要求给内宫和皇亲国戚做特别展示，以戒奢侈。最后，范仲淹将巡视见闻归纳总结为八点，以提醒朝廷开源节流。大意为：裁减朝廷多种奢侈用度，不滥赏，削减冗兵冗吏，让没有战斗力的士兵解甲归田，减少江淮至京都粮食或货物的运输费用，将购置于西北的战马划归民间饲养，控制江淮地区因押送粮食而获升迁的武官人数，合并重复设置的政府部门和机构，地方减少建设寺庙等劳民伤财的工程。这一系列的建议，都得到仁宗的重视，获得仁宗的好评。范仲淹处理具体政务，总是有如此统观全局的观念，表现出卓越的政治才干。
此外，范仲淹发现，当地官府收购百姓余粮，商人从中大肆牟利。商人趁丰收时低价从农民手中购粮，囤积储存，再抬高价格卖给官府。耗费大量官钱，农民也得不到实惠。范仲淹奏报朝廷获得同意，农民在作保的前提下，可以先从官府领钱，一个月内将粮食缴纳给官府，从而省去了商人的中间盘剥。但是，不许强迫农民提前领钱。王安石后来推行的“青苗法”变革，某种程度上学习了范仲淹的这些作为。
回到京师后，范仲淹积极履行言官职责。十二月，范仲淹上疏请求：全国各地弓手，为官府服役满七周年者，可以让他们回家务农。朝廷采纳该意见，使得大批壮劳力回归务农。范仲淹又向朝廷大量推荐人才，推荐丁钧、邓资、徐执中、卫齐、卢革、李硕、张弁等人，“公廉文雅，为众所称，堪充京官”（范之柔《年谱补遗》）。范仲淹说，如果自己推荐的人今后贪赃犯法，自己愿意同罪受罚。范仲淹就是如此不计较个人得失，一心为朝廷、为国家举荐贤才。范仲淹还奏请朝廷，对轻微犯法的官员，允许保外听审，采取相对人性化的处理方式。
这一年末，朝廷又发生一件大事，即：仁宗皇帝执意废皇后郭氏。郭氏能够成为皇后，是垂帘听政皇太后的选择，仁宗并不喜欢。仁宗亲政后，在女色方面开始放纵自己。郭氏嫉妒，时有干涉。新旧怨气叠加，仁宗便有了废后之意。宦官首领阎文应迎合皇帝意愿，怂恿仁宗与执政大臣商议废后之事。当时宰相吕夷简以前曾因郭氏的原因一度罢相离开朝廷，对郭氏颇多怨恨，极力赞成废后。权三司使范讽在吕夷简的授意下，以皇后立九年无子为理由，要求废后。于是，宫廷内外、帝王大臣，结成强大的废后联盟。封建时代，皇后母仪天下，立后或废后都是国家大事。无故废后，会造成政局的动荡，损害帝王的道德名望。仁宗废后主要原因是出于对已故皇太后的怨恨，范仲淹认为尤不可取。在废后酝酿过程中，范仲淹直接告诫仁宗：“应该尽早停止废后的商议，不要让外界知道此事。”当时台谏言官，是反对废后的主要政治力量。仁宗一意孤行，宰相吕夷简又特别嘱咐相关部门不得接受台谏的奏章。废后诏令颁布后，皇帝等躲避不见台谏，奏章又无法递达。台谏首长孔道辅会同范仲淹，率台谏群官员到宫殿门外集体请愿，要求皇帝收回诏令。仁宗无法应对台谏言官，就下诏令欺骗他们，让他们先去与宰相商议废后之事。言官到中书后，与吕夷简反复争论，终日没有结果。吕夷简被质问到哑口无言，就哄骗说：“你们见皇帝自己去陈述理由。”言官们就准备第二天当仁宗和百官之面，与宰相等争辩废后之事。吕夷简事先已经对仁宗说：“台谏集体当廷请愿，不是太平盛世应该有的好事情。”仁宗和吕夷简商定将多数台谏言官贬谪，驱赶出京师。
第二天凌晨，言官们上朝等待廷见皇帝，朝廷已经有旨将他们贬谪出京。孔道辅被贬出知泰州，范仲淹被贬出知睦州（今浙江桐庐等地）。朝廷担心再起波澜，贬谪敕令下达后，立即派人押送诸位被贬言官离开京城。匆忙中，范仲淹又一次离开了京都。仁宗处罚范仲淹的方式，非常宽松，贬谪相当于外放。范仲淹前往任职的地方，是风景秀美且富庶的鱼米之乡，而非瘴烟蛮气萦绕的穷山恶水。范仲淹到达睦州后所上的《睦州谢上表》中也感谢仁宗“赎以严诛，授以优寄”的宽仁做法，自己到达贬所后可以“静临水木之华”，修身养性。这与宋代保护言官的祖宗家法有关，更与仁宗对范仲淹的特殊好感有关。仁宗此度意气用事，自知理亏。既不敢面见范仲淹等言官，当场辩论；又在处罚时手下留情，不将范仲淹“投遐远之方”。同时，富弼等人以比较激烈的言辞上疏批评皇帝，为范仲淹辩护，仁宗只是置之不理，没有进一步的处罚措施。范仲淹《睦州谢上表》，倔强依然。首先，范仲淹表示自己身为言官，“理或当言，死无所避”。其次，范仲淹以史实证明“废后之朝，未尝致福”。所列举的前朝大量废后而导致政局混乱之事例，更是将仁宗废后之举与前朝衰政比拟，尤犯忌讳。仁宗接到此表后，仍然听之任之。作为封建时代的独裁者，仁宗宽厚的行为确实有值得肯定的一面。