在不到6个月的时间内，日本人就占领了旧殖民者统治的大片土地，而这曾经是他们花费了几个世纪才夺取的。东南亚地区超过100万平方英里的土地--实际上是整整半个西太平洋地区--沦陷到了日本人的统治之下。有超过1.5亿的新增人口成为裕仁天皇的子民。另外，超过50万的欧洲人和美国人以及将近15万的军事俘虏落入了日本人的手中。
胜利者们兴高采烈的同时又有点不知所措。因为不久他们就发现，控制和开发一个帝国甚至比夺取它还要困难得多。在这样大的统治范围和极快的征服速度下，日本人已经超出了自己成功管理的极限。
部分问题是后勤方面的。从日本的本土岛屿到新征服地区之间的距离是令人惊愕的。例如，一艘船从横滨出发航行到新加坡，必须穿越相当于从纽约到利物浦的路程。日本海军也没有认识到商船护航的重要性，也就是充分保护从新占领地运送物资回本土的商船，而这对于国家经济发展是至关重要的。
困难还表现在日本缺乏受过训练的殖民地管理人员。一直到现在日本人还是对此没有什么要求。管理满洲和占领的中国领土的任务全部都交给了军队，日本人认为，同样的管理模式在他们占领的其他地方也一样适用。进攻南线之前的3个星期，在东京举行了一次最高机密的会议，当时日本的领导人决定，在可信赖的地方政体建立之前，日本在这些征服地区的管理者应该实行绝对权威的统治。
但是东京没有预料到战争的进展是如此之快。差不多是立即的，银行、商业、工厂、矿山和种植园都需要大量的专业技术人员，只有这样日本才能够从新占领的地区获取利益。需要工头去监督当地人的劳动；需要学校教师和宣传专业人员，要教导大量的当地居民适应一系列的新事物。
一个殖民地的地方机构必须在混乱中建立起来。仅仅在同日本新任殖民官员接触几个星期之后，很多东南亚人开始怀疑他们是否仅仅是换掉了一个主人，而他们曾经非常高兴地欢迎摆脱了白种人的殖民枷锁。日本人试图礼貌对待的地区大约只有一个，那就是泰国，它曾经毫无反抗地欢迎日本人的到来；但是泰国人不久也清醒了。"当我们的人开始嘲笑我们的时候，"他们当中的一位官员评论说，"我们经过所有开着的门窗都被人嘲笑。而日本人却在一旁微笑着研磨他们的牙齿。"
那些被派去管理新征服土地的官僚人员，对当地人充满了傲慢的态度，漠视他们的习惯和传统。了解东南亚人们不同的文化、信仰和语言被证明是非常必要的。他们发现使用威逼和胁迫的办法进行统治，其效果远远超过去了解他们古怪的行为方式。
他们只有使用日本军队去进行统治；相应来说，军队不用考虑任何事物。事实上，东京给了它的战地指挥官们无限的权力，可以全权管理当地的通讯、财政、贸易、工业、食品和原材料；他们可以毫无约束地处理遇到的任何问题--无论是战争俘虏、外国侨民或者是当地居民。
在1942年2月中旬新加坡陷落之后的一段时间内，依照日本军队自己的方式处理地方事务的弊端已经开始显现出来。所有岛上的华人居民开始团结起来进行反抗，那些被断定是反对日本的人遭到草率的处决。根据东京自己后来的承认，惨遭杀害的人数至少达到了5000。