占领新加坡以后，日本掌握了对马来亚半岛的绝对控制权，占领了大量的锡、铁、黄金、铁铝氧石和橡胶资源地。而且，日军把战火烧到了马六甲海峡，这里距离苏门答腊岛仅仅65英里，后者是荷兰在东印度的第二大殖民地，是亚洲最富饶的殖民地之一。
新加坡陷落之后，征服荷属东印群岛度已经在紧锣密鼓的策划之中。日军计划兵分三路占领这个最大的群岛。在东线，他们计划攻下安汶岛和帝汶岛，从而切断敌军和澳大利亚的 通讯和增援。在中间，将占领婆罗洲和西里伯斯岛，以及群岛最西面的部分，在新加坡的形势确定以后即可进攻苏门答腊岛。最后，当这些目标占领以后，部队将合并在一起进攻爪哇岛，它是另外一个蕴藏有丰富石油和矿产的主要岛屿，是东南亚盟军海军的指挥中心，以及盟军部队联合作战的司令部所在地。
当新加坡陷落的时候，根据计划，日军开始有组织地向荷属东印度群岛进军。安汶岛已经被攻下，帝汶岛处于能够轻易打击的范围之内。婆罗洲和西里伯斯岛已经遭到攻击，这两个岛屿的失陷指日可待。
2月14日，在新加坡投降的前一天，当700人的伞兵部队从巨港的上空空降的时候，日军第一批侵略部队已经抵达了苏门答腊岛的南部地区。这个城市的居民已经开始忙着炸毁多年的劳动果实和投资的财富--油田、储油罐和巨大的荷兰壳牌炼油基地，以及荷属东印度群岛地区惟一的一家高效航空石油供应基地。许多空降的伞兵被打死，但是这次战斗也中断了破坏工作，并且在它重新恢复之前，日军从海上立即发动了一次大规模的攻击。
6艘日本巡洋舰，1艘航空母舰，11艘驱逐舰和8艘运兵船组成的庞大舰队，从姆斯河入海口处抛锚起航，距离巨港50英里。整整一个步兵师簇拥在一艘很小的运输船中，开始逆流而上开往这个城市。在绝望的情绪中，人数和武器都占优势的守卫部队向河道中释放了大量的石油并放火焚烧。燃烧的火流烧死了几百名日军士兵，但是大部分都逃脱了。第二天，日军占领了巨港--连同东印度群岛剩下的一半石油储备。
至少需要几个月的时间来恢复炼油设施，但同时日军却转向了荷属东印度群岛的最后一个目标--附近的爪哇岛。2月27日，当盟军试图阻止入侵舰队靠近岛屿的时候，争夺爪哇岛的激烈战斗首先在海上开始了。对于盟军来说，根据荷兰海军少将卡累尔·道曼的简报，这次战斗早在前一天下午晚些时候就已经提前开始了，当时他是盟军海军联合舰队的指挥官。他的司令部位于苏腊巴亚地区一个树叶茂密的老居民区，靠近盟军的海军基地，这儿还沉浸在欢乐的气氛中。军官们身穿他们硬挺的白色服装，衣服上佩戴着金色的编织物，他们没有多想白天日军轰炸机在苏腊巴亚的狂轰滥炸；相反，他们频频为友谊和好运干杯祝愿，眺望着远处港口上五彩缤纷的热带夕阳。
当道曼说话的时候，屋内开始安静下来。他说，他们的任务是阻止对爪哇的侵犯--寻找和击溃正在运输途中的日军。通过地图，他解释了自己的计划，并且宣读了盟军的战斗命令。这次会议非常简短，正如后来一些人回忆所说的那样，将军比以前更有魅力了。当他谢过大家离开房间的时候，军官们行礼致敬。这也许是他们最后一次聚会了。
那天傍晚，盟军舰队穿过苏腊巴亚的布雷区，在公海海域进行编队。3艘英国驱逐舰在前面一字排开组成一道屏风，紧接着是一列5艘巡洋舰：两艘荷兰的，1艘英国的，1艘澳大利亚的，1艘美国的--美国的"休斯顿"号，被报道多次沉没，它的船员给它起了一个绰号："爪哇海岸线上飞驰的幽灵"。两艘荷兰驱逐舰航行在侧翼，4艘美国驱逐舰紧跟在后面。
道曼的舰队在前面的战斗中被击溃，船员们也都疲惫不堪。这支联合打击力量没有统一的信号标志，没有空军护航，没有关于敌军的可靠的情报，以及--在一个充满石油的地区--没有充足的燃料供给。
第二天下午，爪哇海战在苏丹巴腊北部90英里的地区爆发了，盟军舰队遭遇了两支日军护卫舰队，包括3艘巡洋舰和14艘驱逐舰，日军指挥官是高井健子。两艘高井的巡洋舰出现在东面，带着全部20尊8英寸的大炮不断来回摆动着，在炮火最大射程即28000码的边缘线内开火。"沿着他们的战线爆发出大量赤褐色的火焰，"在"休斯敦"号的甲板上，美国海军指挥官沃尔特·温斯洛在日记中写道："当我意识到第一轮轰炸开始的时候，我的心都被震裂了。"盟军舰队开炮还击，一艘日本巡洋舰退出了战斗，它的船桥上冒起了烟火。
但是高井的炮火还击得更加猛烈。一颗炮弹呼啸着冲进了英国巡洋舰"埃克塞特"，接着在轮机舱引爆，炸死14人，爆炸使8个锅炉中的6个停止了转动。"埃克塞特"巡洋舰也退出了战斗。一颗鱼雷砰地钻进了荷兰驱逐舰"克特斯尔"号；这艘船立即被炸成两截，消失在了海水中。3艘日本驱逐舰出现了；英国驱逐舰"伊莱克塔"号遭到了暴雨般炸弹的轰击，最终沉没了。
黄昏时分，高井冲出战场，打算护送他的运输船队到安全一些的水域。率领驱逐舰"德岛特尔"号的道曼，出发去寻找逃匿的日军运输船队。他的舰队现在只剩下4艘巡洋舰，没有空军侦察，舰队在黑暗中艰难摸索着前进。
当道曼的舰队逼近的时候，日军侦察机用烟火标出了他们前进的路线，水面上像燃烧起了鬼火一样闪烁着。在黑暗的掩护下，日军巡洋舰包围了盟军的舰队。到了午夜时分，当两支部队靠近到不到10000码的时候，日军炮兵装上了12枚超强威力的新式鱼雷，把它们发射了出去。
一声巨大的爆炸声从荷兰巡洋舰"爪哇"号上传来，战舰随后陷入了一片火海之中。几秒钟之后，一声爆炸振动了"德岛特尔"号巡洋舰，然后一柱火光直冲夜空。在船桥上，道曼命令剩下的两艘巡洋舰"休斯敦"号和"澳大利亚佩思"号，立即返回基地。接着，在最后一次痉挛性的爆炸冲击中，荷兰旗舰沉没了，带着道曼和他的366名船员。
2月28日，"休斯敦"号和"澳大利亚佩思"号试图通过介于爪哇和苏门答腊岛之间的巽他海峡，逃进印度洋。一架孤零零的侦察机可能已经警告他们，日军已经封锁了那段海峡，并派部队在巴达维亚附近的海岸线登陆，那里是爪哇的首都（后来被称为雅加达）。
当绕过巴达维亚西边的地岬的时候，"休斯敦"号和"澳大利亚佩思"号突然出现在日军运输船队前面，它们当时正停留在无人守卫的海面上。两艘巡洋舰冲了过去，近距离地击沉了两艘运输船。几分钟之后，一支日本舰队赶来了，包括3艘巡洋舰和9艘驱逐舰，接下来发生的是一场简短的、一边倒的交火。4枚鱼雷击中"佩思"号并炸沉了它。"休斯敦"号遭到了一连串的炮击，3枚鱼雷撕开了它的船体。当这艘战舰向右舷倾斜过去的时候，温斯洛舰长猛地跳进了漂浮着石油的水面，在那儿他目睹了战舰的沉没。"好像一阵微风吹起了星条旗，在最后一下挑衅性的姿态中挥手告别。"他回忆道。接着，在一阵战栗 中，"爪哇海岸线上飞驰的幽灵"消失了。
第二天，日军在爪哇岛上登陆。盟军战斗机攻击了他们的运输船队和登陆船，但是在地面上已经没有什么有效的反击行动了。3月9日，在巴达维亚，荷兰正式放弃了他们的东印度群岛，结束了他们在这个群岛上300年的统治。爪哇岛上最后的一条消息通过一家商业无线电台发射出来了。"现在，我们被击败了，"一个声音诉说着，"下一个美好的时代再见。女王万岁！"