同盟会成立后，革命党内部出现了分裂，章太炎、陶成章、张继、刘师培等掀起倒孙风潮，闹得不可开交。这无疑给艰难的革命雪上加霜。
孙中山又面临一场新的考验……
在武装起义连遭挫折的不利形势下，保皇党加紧了对革命派的拉拢、分化，清廷也加强了对革命派的镇压、收买，使同盟会内部“意见不相统属，议论歧为万途”，终于导致分裂。
孙中山又面临着一种新的考验。
促使同盟会分裂的导火线，是孙中山离日的事。
1907年3月4日，孙中山离东京赴越南。临行前，孙中山接受了日本政府赠送的路费5000元、东京股票商人铃木久五郎的馈金1万元。他以2000元留为《民报》经费，余款用作军费。
这件事来不及在同盟会本部讨论，孙中山就离开了日本。他一离日，接受赠款的事马上就传开了，参加同盟会的日本人平山周、北一辉、和田三郎首先和宫崎滔天就此事发生争吵。张继、章太炎、刘师培也纷纷责难孙中山。
张继说：“说走就走，要人家的钱干什么！”
刘师培嚷道：“孙文受贿！”
章太炎则把挂在民报社的孙中山相片撕下来，批上“卖《民报》之孙文应即撤去”几个字，寄到同盟会香港分会，表示羞辱孙中山。
一时间，同盟会本部议论纷起，闹得不可开交。
正在这个时候，黄冈起义、七女湖起义失败的消息陆续传到东京。同盟会内部的矛盾，犹如干柴遇烈火，火上再加油，终于掀起了第一次倒孙风潮。
张继大闹民报社，扬言：“革命之前，必先革革命党之命。”
章太炎催逼庶务刘揆一召集大会，罢免孙中山的总理职务，改选黄兴继任。
刘师培更是惟恐天下不乱，叫嚷改组同盟会本部，推荐北一辉、和田三郎为同盟会干事。
同盟会的内让，对保皇党来说，宛如从天而降的甘露，使得他们欣喜若狂。梁启超连忙写信告诉康有为：“民报社各人互相噬啮，团体全散。……故其势全熄，孙文亦被逐出境。今巢穴已破，吾党全收肃清克服之功，自今以往，决不复能为患矣。”
保皇党未免高兴得太早了。
同盟会大多数会员深明大义，坚持团结，反对内讧。刘揆一深知孙中山对赠款的处理，虽不能说完全没有缺点，但他是完全出于对革命全局的考虑，并非忽视《民报》。如果不从大处着眼，惹是生非，喊喊喳喳，对革命事业毫无好处。刘揆一维护同盟会的团结，力排众议，以至和平素好挥拳动武的张继在民报社扭打起来。后来，刘揆一在《黄兴传记》中回忆说：“孙总理受此款时，留给民报社维持费二千元，余悉以供潮惠党军急需，诚非得已，又深知公素以实行革命为务，绝不居此空虚总理之名。且方与孙总理共谋粤东首义，万一团总理二字而有误会，使党军前途顿生阻力，非独陷害孙、黄二公，实不啻全体党员之自杀，故力排众议。”
1907年6月17日，孙中山派野长知回日本，和宫崎滔天。三上丰夷秘密购买村田式快枪2000枝，子弹120万发。村田式快枪在日本虽说已经落后，但在当时的中国，还不失为先进武器。这事，本来是无可非议的，但给平山周他们知道了，转告了章太炎，立即又掀起了一场风波。
章太炎大吵大嚷：“孙某所购的村田式军火在日本老早不用了，用到中国去不是使同志白白丢了性命吗？可见得孙某实在不是道理，我们要破坏他！”他出于意气，用民报社名义明码电告香港《中国日报》：“械劣难用，请停止另购。”
冯自由连忙将这件事转告孙中山。
购买枪弹事属军事秘密，章太炎竟以明码泄露。孙中山非常气恼，便令胡汉民写信给东京同盟会本部，谴责章太炎。接着，又派林文返回东京，禁止章太炎、宋教仁再干预军事。
9月13日，孙中山致函宫崎滔天，明确表示自己的态度：“弟去东京后，闻平山、北、和田诸人与足下冲突，当时弟以为诸人意见不合，非有大故，故于来书所述欲得全权办理之事，虑平山、北、和田等既挟意见，不能和衷，故第五十四号函中有‘于各人才力所及之范围内，各有全权’之语。不料平山、北、和田等不顾公义，为弟之所不及料，非惟无以维持团体之精神、增进团体之势力，且立意欲破坏团体，既将日本人的方面破坏无余，且进而侵入内部，几致全局为之瓦解。前托野君回国购械，与足下谋议，事已垂成，而机泄于此数人之手，凡此皆不法之举动、公义之蠹也。弟以后不复信任此数人，其关于日本之运动，当托足下全权办理。宜秘密行事，不特平山、北、和田数子不可使之闻知，即本部中人及民报社中人亦不必与之商议。专托足下一人力任其难，如有所商酌，可直接函电弟处。”
风潮虽然暂时平息了，但却给同盟会留下了难以愈合的创伤。风潮之后，孙中山对东京同盟会本部持冷淡态度。章太炎则对中国革命感到迷茫、失望，醉心佛教，想到印度去当和尚。张继、刘师培则提倡无政府主义，否定三民主义。
1907年年底，刘师培从日本回到上海，向两江总督端方自首，自称“大恨往日革命之非”，愿献“乱”之策，保证设法使（民报》停刊，三年之内毙杀孙中山、黄兴。次年2月，刘师培受端方派遣，回到东京。他一面做暗探，经常向端方密报革命党人情况，策划谋杀活动，“欲以十万金而孙文之首”；一面以更为“左”的姿态出现，创办《衡报》，提出颠覆人治，实行共产；提倡非军备主义及总同盟罢工，记录民生疾苦；联络世界劳动团体及直接行动派之民党四条纲领。
1909年，章太炎、陶成章掀起了第二次倒孙风潮，终于使同盟会走上了分裂的道路。
事情是这样开始的：1908年9月，陶成章改名唐继高，带着章太炎所印的（民报）股票数百张，来到南洋筹款。他到了新加坡，向孙中山提出了包括拨款2000元作（民报）印刷费的一系列要求。
这时候，正是孙中山背着沉重的包袱，咬紧牙关，进行着韧性战斗的时刻。
起义失败后退到越南，后又被越南、法国殖民当局解送到新加坡的600多名战士的衣、食、住、行，成了孙中山和正处在经济危机中的新加坡华侨难以胜任的负担。他们当中，有要求款项想返回香港、大陆的，有卧病不起需要医治的，有闹事行凶招致警吏干涉的，有群聚一起到中兴日报社和孙中山住宅讨伙食的，简直把孙中山弄得焦头烂额。后来，孙中山和陈楚楠、张永福、林义倾诸同志创办了中兴石场，才把这600多人安置下来。
这时候，孙中山自己也常常陷入衣食难济的窘境。现在陶成章来了，向他提出一大堆要求，他只得将自己的手表、衣物交给陶成章去变卖。过了不久，陶成章又要求孙中山为他筹款5万元。孙中山大吃一惊，只得摇头、叹气，向他解释：“近日南洋经济恐慌，为这里数百名同志的生计，已经碰得焦头烂额。5万元巨款，实在难以办到。”
陶成章向来主张“中央革命”，在长江流域发动起义，不满孙中山把起义的重点放在南方。这点，作为革命战略本来是可以商榷的。但是，他决计“独自经营”了。首先，他与同盟会摈港分会的领导人李文和“深结”，把他拉了过来。接着，他带着孙中山的介绍信到缅甸仰光、摈榔屿等地，以江、浙、皖、赣、闽五省革命军的名义筹晌。可是，那些地方的华侨认捐都很少，常常仅仅是二三百元。这样，陶成章怀疑是孙中山暗中掏鬼，就把怒火喷向孙中山，声称河口起义所用军费不过1000多元，孙中山将各地同志的捐款攫为己有，家中发了大财。接着，陶成章跑到摈港，纠合李文和等五六人，以川、粤、湘、鄂、苏、浙、闽七省同志的名义起草了《孙文罪状》。
《孙文罪状》指责孙中山在汇丰银行储款20万；孙眉在九龙建造房屋，是由孙中山汇款助建。罗列孙中山“谎骗营私！’，有“残贼同志”、“蒙蔽同志”、“败坏全体名誉”等“罪状”三种十二项；提出善后办法九条，要求“开除孙文总理之名，发表罪状，遍告海内外”。
陶成章带着这份《孙文罪状》，跑回东京，找到了黄兴，要求同盟会本部开会讨论。
黄兴断然拒绝陶成章的无理要求。他还写信给李文和，为孙中山辩诬。
这时，黄兴正在东京筹备继续出版《民报》。陶成章断言《民报》只能为孙中山“虚张声势”，认为“非先革除孙中山的总理职务不能办报”。黄兴根本不理会陶成章的无理要求。陶成章恼羞成怒，便动员章太炎刊印传单《伪（民报）检举状》，分送南洋，美洲各地，攻击孙中山“怀挟巨资，而用之公务者十不及一”。
1910年2月，章太炎、陶成章便从同盟会分裂出来，公然在东京成立光复会总部，章太炎为会长，陶成章为副会长，李文和为南部执行员。李文和并将南洋一些同盟会分会改组为光复会分会，以江、浙、皖、赣、闽五省革命军的名义募款。一时间，光复会势力在南洋迅速蔓延，“有取同盟会而代之之势”。
正在法国的张继，也吵吵嚷嚷的要求孙中山“退隐深山”，或“布告天下，辞退同盟会总理”。
陶成章、章太炎一伙干着仇者快，亲者痛的事，孙中山既恼火又痛心。1909年10月22日，他写信告诉布鲁塞尔的同盟会会员王子匡：“近接美洲来信，谓有人托同盟会之名致书各埠。大加低毁于弟，不留余地，该处人心颇为所惑云。此事于联络华侨一方面，大有阻碍矣。……故从外人视之，吾党已成内乱之势。人心如此，真革命前途之大不幸也，可为浩叹！”
他又致函主办（新世纪）的吴稚晖：“所攻者，以我‘得名’，以我‘攫利’为言。而不知我之经营革命在甲午以前，此时固无留学生为我吹嘘也。而乙未广州之事失败，则中国举国之人，无不以我为大逆不道，为乱臣贼子，为匪徒海盗。当时如有陶成章，想亦不欲得此等之名辞也！今日风气渐开，留学之士以革命为大光荣之事业，而陶辈始妒人之得名。然我之初意只在赴大义、行宗旨，而与共事之同志亦无不如此。……自我一人于此两年之内，除住食旅费之外，几无一钱之花费，此同事之人所共知共见也。而此期之内，我名下之钱拨于公用者1．4万元，家人私蓄及首饰之拨人公用者亦在千数百元。此我‘攫利’之实迹，固可昭示于天下也！”
11月12日前后，孙中山复函张继，拒绝他的无理要求：“此时为革命最衰微之时，非成功兴盛之候，是为弟冒艰危、茹困苦以进取之时代，非退隐之时代也。……弟被举为总理，未有布告天下始受之，辞退亦断未有布告天下之理。弟之退总理已在要求同盟会及章太炎认不是之时，同盟会及太炎至今未有认过，则弟已不承为彼等之总理者久矣。”
勇气和毅力，减轻了命运的打击。
陶成章、章太炎对孙中山的谩骂攻击，影响极坏，富有正义感的革命党人极为气愤，群起而攻之。
在东京，黄兴致书孙中山，表示“陶等虽悍，弟当以身力拒之”。接着，他亲自撰写《致美洲各埠中文日报同志书》，说明“本处风闻于孙君未抵美以前，有人自东京发函美洲各埠华字日报，对于孙君为种种排挤之词，用心险毒，殊为可愤，故特飞函奉白”，“望我各位同志，乘孙君此次来美，相与同心协力，以谋团体之进步，致大业于成功，是所盼祷”。
在越南，革命党人发表《河内公函》，详述发动广西、云南起义的经过，以大量确凿事实驳斥陶成章的诽谤。
在南洋，革命党人调查了孙中山的经济情况，发现“先生九龙的家里，只有母亲，自己的夫人和女儿，几间旧房子，此外别无所有。还有先生的哥哥，是自己修了草房子，在那里耕种。假使先生为革命发了财，把钱寄到家里去，为什么家里的房子，家里的人，还是这样蹩脚呢”？南洋同志切实调查以后，就把实情宣布，这是一个很有力的反证。“南洋华侨对于先生的信仰，更为坚确，毫无动摇之余地。”真相大白，革命党人焚毁了陶、章散发的印刷品。
比较，确实是医治受骗的良方。因为墨写的谎言，终究掩盖不住铁的事实。
“心底无私天地宽。”孙中山没有被骂倒，被吓怕，他经受了内江的考验，意志更加坚强，对前途充满信心：“际此胡氛黑暗，党有内讧，诚为至艰危困苦之时代，即为吾人当努力进取之时代也。倘有少数人毅力不屈，奋勇向前，支撑得过此厄运，则以后必有反动之佳境来也。”
真正的猛士，更奋然而前行了。
起义失败，党有内讧，使得一部分同盟会会员产生了悲观绝望情绪。他们不愿意长期做艰苦、细致的工作，总想找一个“最快最捷”的“速成法子”，使大事成功。他们以为，无政府主义者鼓吹的个人暗杀，就是最好的手段。
1907年4月，《民报》在增刊《天讨》中全文发表吴越的《暗杀时代》，说“排满之道有二：一曰暗杀，一日革命。暗杀为因，革命为果。暗杀虽个人而可为，革命非群力即不效。今日之时代，非革命之时代，实暗杀之时代也”。10月，《民报》又发表黄侃的《专一之驱满主义》，说“若乃事之简易可行而恒能操胜者，今世惟爆裂之弹而已”。1908年8月，《民报》又发表汤增壁的（崇侠篇），鼓吹个人暗杀行动。刘师复甚至成立了支那暗杀团，策划暗杀的活动。
作为革命家的孙中山，既反对无政府主义，也不赞成把个人暗杀作为革命斗争的主要手段。他幽默地讽刺无政府主义，说：“无政府论之理想至为高超纯洁，有类于乌托邦，但可望而不可及，颇似世上说部所谈之神仙世界。吾人对于神仙，既不赞成，亦不反对，故即以神仙视之可矣。”他深刻分析了个人暗杀活动的危害：“暗杀须顾当时革命之情形，与敌我两者损害孰甚。若以暗杀而阻我他种运动之进行，则虽歼敌之渠，亦为不值。敌之势力未破，其造恶者不过个人甲乙之更替，而我以党人之良搏之，其代价实不相当。惟与革命进行事机相应，及不至摇动我根本计划者，乃可行耳。”
确实，震骇一时的牺牲，不如执著、韧性的战斗。
在逆境中的孙中山，一面反对内讧，抵制个人的恐怖活动；一面准备新的武装起义。
河口起义失败后，孙中山吸取以前的教训，认为“今后之计，惟有各埠合力另创善法，先集备大款，然后举事，乃可乘胜趋利；若如以前举事后方筹款接济，莫讲筹不得，即使筹得，亦多迟延失机也”。
孙中山把筹款同宣传革命、批判保皇、发展组织密切结合起来。
1908年秋，孙中山在新加坡设立同盟会南洋支部，委任胡汉民为支部长。孙中山十分强调团体的组织纪律性。他在《中国同盟会分会总章》上，特别加上批语：“注意：组织会众为营、为队、为列、为排一条，为极紧要。有此则会员之感情乃能密切，团体乃能坚固，不致如散沙。”
1908年11月14日，光绪皇帝突然死亡。次日，慈禧太后也一命呜呼。光绪皇帝无子，由他的侄儿溥仪继承帝位，年号宣统。溥仪年仅三岁，他的父亲醇亲王载洋以摄政王的身份执掌朝政。这位年仅25岁的摄政王，既无经验，又无魄力，头脑中却牢记着不能重用汉人的祖训。他独断专行，实行皇室集权政策，激起多数督抚的反对和大批满汉官员的不满，使朝廷陷入更加孤立的境地。
孙中山估计到“虏家子母相继死亡，人心必大动，时局可为”，可“惜财力不足赴之于目前”，便于1908年11月20日从新加坡赴暹罗筹款。不料，暹罗当局勒令离境，孙中山又只得返回新加坡。
不管清廷怎样挣扎，它的灭亡是必然的了。各地同志纷纷策划起义，各自派出专员到新加坡听候孙中山指示。孙中山吸取了以往的教训，叮嘱各地同志“养足实力以待之”。
孙中山采取两项决策准备大举：一是继续扩大革命力量，制订今后的革命方略；二是将国内一切计划委托黄兴、胡汉民施行，自己亲赴欧美，解决财政、外交两大问题。
1909年5月，孙中山由新加坡启程赴欧洲。可是，这趟欧洲之行，孙中山虽然“竭力经营筹划，以期辅同志之望”，但得到的回音却是：“现在事不能求，请退以有待。”
接着，孙中山离开伦敦赴美国。他知道，美国之行，也不可能是一帆风顺的。1909年10月29日，他在给布鲁塞尔同盟会员的信中就谈到了这一点：“弟明日动程往美。此行于联络华侨恐难有效，因陶成章造谣攻击，人心颇有疑惑，一时未易人手也。”
孙中山在纽约、波士顿华侨中活动了一段时间，看到华侨有趋向革命之势，便与当地热心革命的侨商研究，成立了同盟会纽约分会。