为改革高度集中的计划经济体制，陈云赞同搞活经济、发挥市场调节
作用，并把搞活经济和坚持计划指导比喻为“鸟和笼子”的关系。
三中全会确立了改革开放的方针。陈云在领导经济调整的同时，对改革开放事业的健康发展，也予以了极大关注。
三中全会后，陈云担任了中纪委书记，但他仍然一直在思考，如何系统地从体制上和指导思想上，改变过去经济发展中的问题。
陈云是建国后相当长一段时期经济工作的主要领导人，对社会主义经济体制的建立作出了巨大贡献。他也是党内较早认识到社会主义经济中市场作用的领导人之一。
1956年9月20日，陈云在中共八大会议发言，谈了在农业和资本主义工商业社会主义改造后，我国迅速建立起来的社会主义经济体制存在着若干不可忽视的弊端，必须采取有力的措施，既坚持计划经济，又把经济搞活。
陈云提出了社会主义经济体制“三个主体，三个补充”的著名设想。
陈云的这个设想，是根据当时中国的实际，突破苏联模式的一种新的构想，可惜，“左”的指导思想使这个正确构想在后来的实践过程中被打断了。
多年来，经济工作中一再出现急躁冒进的“左”的错误，而且为害时间长、破坏性极大。这和我们的指导思想上和体制上的失误和弊端是分不开的。陈云总结和建国以来工作的经验教训，结合马克思主义原理和各国社会主义建设的实践经验和教训，进行了深入的思考。
这些思考，集中反映在关于计划与市场关系的进一步认识上。1979年2月22日下午，李先念在听取中国人民银行负责人关于全国分行长会议情况的汇报时说：我同陈云同志谈，他同意，在计划经济前提下，搞点市场经济作为补充。计划经济和市场经济相结合，以计划经济为主；市场经济是个补充，不是小补充，是大补充。国内要竞争一下，不管东西好坏，都由商业部门收购不行。允许工厂自销，也可代销。实在不象话的要关一批。
1979年3月8日，陈云把自己思考的一些结论写成了提纲。这份提纲即是收入《陈云文选》的《计划与市场问题》。
这份提纲提出，社会主义经济有计划按比例发展，是马克思分析资本主义后提出的设想，是完全正确的。60年来，苏联和中国实行计划经济，都是按马克思这个理论来办事的。
陈云指出，在建立计划经济体制的过程中，由于没有根据已建立的社会主义经济制度的经验和本国生产力发展的实际情况，对马克思的原理加以发展，导致了缺点：只有“有计划按比例”这一条，没有在社会主义制度下还必须有市场调节这一条，所谓市场调节，就是按价值规律调节，在经济生活的某些方面可以用“无政府”、“盲目”生产的办法来加以调节。计划还常常脱节，计划机构忙于日常调度。计划只能对大路货、主要品种作出计划数字，因此生产不能丰富多彩，日用品十分单调。
这个缺点，后来被概括为“统得过多、过死。”为克服这方面的缺点，陈云提出，整个社会主义时期必须有两种经济：计划经济部分，即有计划按比例部分；市场调节部分，即不作计划，只根据市场供求的变化进行生产，带有盲目性调节的部分。第一部分是基本的主要的；第二部分是从属的次要的，但又是必需的。无产阶级掌握了政权，又掌握了国民经济的计划经济部分，就能够建设社会主义。市场调节部分只能是有益的补充，当然必须基本上是无害的。
陈云预计，在今后经济调整和体制改革中，实际上计划经济和市场调节这两种经济的比例的调整，将占重要地位。不一定计划经济部分愈增加，市场调节部分所占绝对数额就愈缩小，可能是都相应地增加。
陈云的这个预计是很准确的。改革中，对计划和市场关系的探索，占了很重要的地位。随着改革开放逐渐深入，市场作用一步步扩大，国民经济焕发了新的活力。陈云对这种进展十分高兴。他进一步把关于计划与市场关系的思想概括为计划经济为主，市场调节为辅。
1979年3月，担任国务院财经委员会主任以后，陈云这一思想也进一步落到了实处。他提出，体制改革势在必行，现在要进行研究，先改什么，后改什么，怎么改。
另一方面，在搞活经济的过程中，也出现了摆脱国家宏观管理的趋向。这种趋向，并不完全是计划与市场的关系，而主要是国家与地方、政府与企业的管理权限上的矛盾。放权过多，在刚刚引入市场作用、实行计划经济转型以搞活经济的时候，对国民经济的稳定发展是十分危险的。
为了改革开放和现代化建设稳定、健康地进行，陈云提醒大家注意这种危险。
1980年12月16日，他在中央工作会议上提出：“我们要改革，但是步子要稳。因为我们的改革，问题复杂，不能要求过急。改革要靠一定的理论研究、经济统计和经济预测，更重要的还是要从试点着手，随时总结经验，也就是要‘摸着石头过河’。开始时步子要小，缓缓而行。这绝对不是不要改革，而是要使改革有利于调整，也有利于改革本身的成功。”
1982年12月2日，陈云同出席五届人大五次会议的上海代表团部分代表谈话时，把计划和市场关系又比喻为鸟和笼子的关系。