6月24日，陈云从上海回到北京，立即与中央常委同志交换意见，看法基本一致。7月6日，陈云给当天早晨才从外地视察回到北京的毛泽东写信说：“对于农业恢复问题的办法，我想了一些意见，希望与你谈一次，估计一小时够了。我可以走路了，可以到你处来。”
下午4点，毛泽东约陈云去谈了1个多小时，陈云主要阐述了个体经营与合作小组在我国农村相当长的一个时期内，还是要并存的。建议用重新分田的办法，刺激农民的生产积极性，以解决当前农业生产中的困难。当时，毛泽东未表示意见。
几天后，毛泽东在一个小范围的会上说，他很不同意陈云的意见。但陈云是中央常委，向党的主席讲意见，组织上没有错。他还严厉地批评了邓子恢和田家英，说他们主张“分田单干”，是瓦解农村集体经济，解散人民公社，是中国式的修正主义，是走哪一条道路的问题。
问题提得如此之高，闻者十分震惊。陈云听后态度深沉、久久沉默不语。他只向身边工作人员表示，这只是根据家乡调查的结果，觉得个人搞积极性高一点，这是非常时期的非常办法，说是“分田单干”，我还没有发展到那个程度。
8月上旬，北戴河会议第一天，毛泽东发表了关于形势、矛盾和阶级斗争的讲话，会场气氛顿时紧张起来。在半个月的会议中，集中批评了“反对人民公社”，搞“包产到户”和“单干”的思想，并批评了所谓“翻案风”、“黑暗风”等。
这次会上虽然没有点名批评陈云，但了解情况的都清楚，陈云是批评的对象之一。此后，随着国内政治气氛日益严峻，陈云的处境更加困难，在很长一段时间里实际上等于“靠边站”了。