从1957年底大病了一场以后，陈云的身体状况一直很糟。1959年主持调整钢铁指标后，云实际上处于休养状态。经过近1年半的休养，到1960年底1961年初，身体稍有好转，他就重新投入工作中。
陈云是在经济形势十分严峻的情况下恢复工作的。“主要由于‘大跃进’和‘反右倾’的错误，加上当时的自然灾害和苏联政府背信弃义地撕毁合同，我国国民经济在1959年到1961年发生严重困难，国家和人民遭到重大损失。”1981年6月，中共十一届六中全会通过的《关于建国以来若干历史问题的决议》，这样描述了共和国历史上悲惨的一幕。沉重，但不讳过。对于经历过那场灾难的人们，那是怎样一段不堪回首的岁月！
陈云即使在休养中，也一直在各地考察调研，了解真实情况。重新出来工作以后，他感觉到有些人讲话不痛不痒，怕犯错误，陈云对此不以为然。陈云自己曾经因为反冒进等问题遭到严厉批评，甚至被一些人当成党内“右倾”路线的代表。1959年庐山会议重提反对右倾的危险，党内政治生活很不正常，陈云的处境一直十分困难。但是，面对人民的苦难和国民经济的严重困难，陈云将个人荣辱利害置诸身后，直面严酷的现实，与中央其他领导人一道，为挽救危局呕心沥血，想尽了千方面计。
抱病到各地调查实际情况，灾难的严重程度使陈云寝食难安。
得知粮食实际状况比预想的稍好，陈云兴奋得喝了一杯葡萄酒
“大跃进”和“反右倾”引发的灾难，很快就以令人难以置信的规模，降临到亿万中国人民的身上。国民经济最薄弱的环节－－农业，首先出了大问题。
这场大灾难从1959年开始，到1960年和1961年发展到了极其危险的地步。1960年5月，粮食问题开始尖锐化，交通沿线的国家粮食库存越挖越空，已经调度不灵。到6月上旬，北京市库存只够7天的销量，天津市库存只够10天的销量，上海市粮食部门已经没有大米库存，靠借外贸部门的出口大米过日子，工业基地辽宁有10个城市库存粮食只够销八九天。粮食调出大省江西，省内南昌、景德镇、赣州、九江四个主要城市也处于随调随销的危险境地。号称天府之国的四川，拥有大片肥沃黑土地的东北三省，都纷纷向中央告急：请给我们粮食！
收获季节的到来，并没有使粮食部门得到多少安慰，反而更增添了紧张气氛。1960年7月1日到8月25日，征购粮入库只有139亿斤，比上年同期减少了51亿斤，销售量却高达152亿斤，比上年同期增加13亿斤，再加上6月底以前库存剧减，这个时期的粮食库存比上年同期减少了100亿斤，到11月底又进一步减少了300亿斤！
粮食调无可调，缺粮情况更加严重。华中重镇武汉缺粮，最紧张时候，粮食只够销3天。武汉钢铁厂在饥饿的阴影下，大厂小厂折腾“超声波”蒸食物，连蒸几次使体积胀大哄肠胃。就这样，粮食供应也不能保障了。省长张体学以省委的名义给李先念挂电话，铁骨铮铮的汉子，此时也禁不住泪流满面：“请尽快拨一些粮食给我们。天灾人祸，人民在挨饿呀！我没做好工作，给我什么处分都没意见，只请求中央支持我们粮食！”
陈云历来重视粮食，他把粮食问题当作重要的政治问题看待。粮食告急，他坐不住了，撑着病弱的身子，到各地调查。1960年10月，陈云到黄淮海地区调查农业和水利、化肥生产状况，亲自了解到问题的严重性。
全局性的实际情况究竟是什么样？陈云实在担心。如果不能准确估计，就会对真实情况产生错觉，影响决策的准确性。但那几年粮食“卫星”乱放，高估产，高征购，使经济统计数字如雾里看花，没个准头。
陈云想尽办法，要挤干数字中的水分。1958年粮食产量公布的是7500亿斤，后改为5000亿斤，陈云经过计算和分析，认为大约只有4200亿斤，即使再多一点也有限。当然，陈云知道，到底多少，也没有人敢讲，怕被说成怀疑“大跃进”。但1960年的产量，不能虚估，必须估实，才能找出解决问题的依据。有人估计3700亿斤，陈云根本就不信。他算了算，估计顶多3100亿斤。600亿斤的差距，这可非同小可。陈云认为，要缓和粮食紧张的局面，1961年至少要比上年多收上四五百亿斤粮食才行。如果上年估为3700亿斤，新一年粮食产量就得4100亿斤，从农业受损程度来看，根本就没有可能。如果只有3100亿斤，增到3500亿斤还是大有希望的。
经过核实，有关部门报告陈云，实际产量确实只有3100斤。如果确实产量这样少，粮食困难程度的表现，以及大挖库存，就都说得过去。新一年只要有适当增产，就能够缓解形势，搞到粮食，事情大有可为。陈云得知消息的当天，极为兴奋，破例喝了一杯葡萄酒。