1957年1月10日，中共中央发出《关于成立中央经济工作五人小组的通知》，宣布成立陈云任组长，李富春、薄一波、李先念、黄克诚为组员的中央经济工作五人小组，在中央政治局领导下，统一领导全国的经济工作。在成功地制订和组织实施一五计划后，陈云把目光投向了第二个五年计划的制订。
陈云考虑，一五计划投资的重点是工业和交通，这是迅速实现工业化所必需的。但实施中也可以看出，农业搞不好，就一定会扯前进的后腿。二五计划时国家建设投资还是要增加，人民购买力也会相应增加，但粮食和布匹等消费品的供应量增加的速度慢，每人平均供应量就难于增加，这是一个尖锐的矛盾，农业已经成为建设中的弱点。
因此，陈云设想，制定第二个五年计划要从有吃有穿出发，特别是要注意农业的发展，解决好人民的吃穿问题。他认为，一五期间农业投资和事业费84亿元并不算多，发展农业主要放在了合作化上面，从财力物力上看也只能这样。但合作化只是给发展农业创造了条件，还不能解决根本问题。农业增产的许多措施，需要一定的时间才能见效，大体上要七八年到十年。如果在第二个五年计划期间不注意农业的发展，到第三个五年计划再来注意，那就晚了，今后十五年内就会处于紧张的状态。换句话说，如果现在不注意，错过了五年，就要耽误十五年。如果不能解决人民的吃饭穿衣问题，社会主义建设事业便站不稳，必然还要回头补课。
然而，形势的发展却出乎他的意料。1957年下半年，陈云正在总结一五计划经验教训，紧张思考国民经济二五建设计划的时候，一场突如其来的政治风暴向他袭来，使他遭遇到财经生涯中一段极为困难的时期。
毛泽东批评反冒进的人离右派“只有五十米远”，并直言批评主要是针对陈云。陈云不得不一再检讨
1957年10月12日至19日，8天之内，陈云连续视察东北的大连、吉林、长春、齐齐哈尔、抚顺等城市近20家厂矿和电站、港口，了解国家工业化建设的进展和新增实力，以便从实际出发，把握国家经济建设大局，制订二五计划。紧张的行程，使陈云回京后就累得病倒了。11月10日，他就不得不接受医生建议，致信周恩来向中央请假，去华东休养一个时期。
在休养期间，他不安地注意到，一股批评1956年反冒进、反对所谓右倾保守的风刮得越来越厉害，批评的矛头开始指向反冒进运动的领导人。
1958年1月11日到22日毛泽东在南宁召开会议，参加的有部分中央领导人和9省2市的党委书记。1月11日晚，毛泽东发言说，不要提反冒进这个名词，这是政治问题。一反就泄了气，6亿人一泄了气不得了。如果当时不提反冒进，只讲一个指头长了疮，就不会形成一股风，吹掉了多快好省、四十条纲要、促进委员会这三个东西。这些都是属于政治问题，而不属于业务问题。
在南宁会议上，毛泽东对积极反对“右倾保守”的上海市委第一书记柯庆施十分欣赏。1月15日，毛泽东夸奖柯庆施1957年12月25日在上海市党代会作的《乘风破浪，加速建设社会主义的新上海》的报告，说这个报告把中央许多同志比下去了，中央工作的同志不用脑筋，不下去跑跑，光在那里罗列事实。16日他又在大会上拿出柯文当众问周总理：“恩来同志，你是总理，你看，这篇文章你写得出来写不出来？”周总理答：“我写不出来。”毛泽东说：上海是中国工人阶级集中的地方，没有工人阶级建设社会主义的强烈激情，是写不出这样的好文章的。“你不是反冒进吗？我是反反冒进的！”
刘少奇解释说，主席的批评是针对管经济工作的几个人的。当时负责领导全国经济工作的是由陈云、李富春、李先念、薄一波、黄克诚组成的中央经济工作五人小组，其中黄克诚是军队的。1月17日晚上，毛泽东约李富春、李先念和薄一波谈话，亲自揭开了这个谜底，明确讲到批评主要是对陈云的。
19日晚周恩来为了顾全大局作了检讨，说反冒进是带方针性的动摇和错误，是右倾保守主义的思想，是与主席促进方针相反的促退方针，他对此负主要责任。
极力主张冒进的人受到表扬，主张反冒进的人受到严厉批评。一时党内“左”的急躁冒进思想迅速泛滥。在这种党内舆论之下，甚至有一位工业部门的领导同志公开声言：反冒进的保守主义思想代表就是陈云。
南宁会议以后，毛泽东亲自执掌了经济工作大权。
杭州会议和南宁会议，陈云因正在养病，都没有参加。他按原定计划，赴大西南的成都、重庆，边休养边视察工厂。南宁会议后，他才听到会议情况的传达。2月上旬，他虽然尚未完全康复，还是决定结束休养，逐步恢复工作。
2月13日至23日，陈云出席了在北京举行的中共中央政治局会议。这次会议的议题，还是批反冒进。
毛泽东在会上说，反冒进反得那么厉害，把群众的气泄下去了，加上右派的猖狂进攻，群众的气就不高，我们也倒霉。我们这些中央委员，你就那么舒服呀？我是不舒服的。我不赞成反冒进叫马克思主义，赞成冒进才是马克思主义。毛泽东批评反冒进的人跟右派相距不远，“大概50米远。”