朗达玛王毁佛灭僧之际，拉萨西南翠葆山间，有修行僧三人，出亡甘肃西南之安土，师事大喇嘛思明得具足戒。复有西藏梅鲁之僧众十人来学，复得具戒。后此诸人偕还藏土，恢得旧观。但秉持密法，掺杂神道，未为纯善。时有藏地额利王智光者，热情兴学，从东印度聘致大德法护及其弟子辈，广事译订，密乘复兴。其间密乘经典增译者，较昔为多，史称此谓后期佛学。
智光之嗣菩提光，延致阿底峡入藏弘法，尤为胜事。阿底峡尊者，一名吉祥燃灯智，东印度奔迦布人，博通显密，德重当时，曾为超岩寺上座。于公元一O三七年(宋仁宗景佑四年)入藏，巡化各地，凡经廿载。德行所感，上下归依。藏土佛学，为之一新。中间多事翻译，并著述《菩提道炬论》，极力弘扬显密贯通之学。尊者示寂(七十三岁，公元一O五二年)，其弟子冬顿等益阐其说，针对旧传密法专尚咒术者，别立一切圣教，皆资教诫为宗。判三士道(下士人天乘、中士声闻缘觉乘、上士菩萨大乘)。摄一切法，又奉四尊(释迦、观音、救度母、不动明王)，习六论(菩萨地、经庄严、集菩萨学、入菩萨行、本生鬘（mao）、法句集)。次第四密(作、修、瑜伽、无上瑜伽)。而以上乐密集为最。组织精严。迈于昔贤。遂称为甘丹派(甘丹之义，为圣教教诫之意)。藏土后之分立四派，于是兴矣。
宁玛派(意即古派，俗称红教)。此即旧传前期密乘之学，大要分九乘道。应身佛释迦所说者：声闻、缘觉、菩萨三乘。报身佛金刚萨埵所说者：密乘、外道、作修瑜伽三乘。法身佛普贤所说者：内道大瑜伽、无比瑜伽、无上瑜伽三乘。而复以无上瑜伽中之喜金刚为最究竟。行持随俗，不事律仪，但观修现显契证明空智，即得解脱云云。
迦尔居派(意云教敕传承，俗称白教)。创自摩尔瓦。其人曾三度游学于印度，师事阿底峡，复受密乘学于超岩寺诺罗巴之门。得金刚萨埵、娑罗诃、龙树以来之真传，精通瑜伽密中之密集，及无上瑜伽中之喜金刚、四吉祥座、大神变母等法。尤于空智双融解脱大手印等法，通达底蕴。归藏以后，授其学于弥拉莱巴。再传至达保哈解，取阿底峡《菩提道炬论》，与弥拉莱巴之大手印法，著《菩提道次第随破宗庄严论》，盖有取乎佛护中观之说以为诠释也。后因流传渐广，更分九小派，不一其说。九派中杜普派，于元初有大学者布顿者出，博贯五明，精通显密，整理注解大藏要典，创护律学密乘道甚多。立说平允，后世推重。
萨迦派(俗称花教)。创自藏王族衮曲爵保。后自藏州西百余里萨迦地方建寺聚徒教学，故得名焉。此派学说，融会显密，取清辨一系中观为密乘本义作解释。又以显教之菩萨五位(资粮、加行、见、修、究竟)与密乘四部对合而修，以彼此经相因果。以加行位中暖、顶、忍三昧耶断所取惑，世第一法三昧耶断能取惑，同时以菩萨智慧本性光明而入大乐定，则已达显密融合之境地矣。此说与宁玛派之学迳庭，故又谓之新学也。
希解派(意即能灭)。以元初南印度阿阇黎敦巴桑结为始祖。其学出于超岩寺，要以密乘四种断法除灭苦恼，极其通俗。有除灭三灯、夜摩帝成就法等。敦巴五度入藏行化，三传至玛齐莱冬尼，行脚一生，开化至盛云。
此外尚有爵南派。迄明万历间，此派有大学者多罗那他，博学能文，深通梵语，为译经之殿军。但此派至清初已改宗，今已无传。
上述诸派，除甘丹派专事教化以外，余均与政治有关，援引势力，施行威福。迦尔居派曾握揽藏中政治大权。萨迦派第二世孔迦宁保，尝由元成吉思汗予以西藏统治权。复受命开教于蒙古，至第四世孔迦嘉赞，学尤精博，应元库腾汗之召入朝，依用“兰查”字体，改定蒙文，受帝师尊号。其侄第五世炉思巴，更大得元帝信任，入朝为帝灌顶，亦受帝师之号，王公后妃，踊跃参加灌顶，秽迹流言，传之史乘。既而归藏统一久事纷争之十三州，悉举以臣事于元。西藏之喇嘛教者，即随之遍行汉土内地，内廷供养喇嘛费用，耗国库十之六七，其声势之大，岂可想象! 明代永乐时，逐密宗而放之日本，岂偶然哉！
黄衣士派。降及明代，鉴于元代纵容喇嘛之弊，册封各派喇嘛为王，以杀萨迦派专横之势。迨永乐年间，西宁西南，有宗喀巴者出，游学全藏，目击颓败，慨然有改革之志。乃秉阿底峡之宗，采布顿之说，励行律仪，采诸派之长，而合一经咒之教融为一说。宗喀巴学行优越，德重当时，教化所及，靡然从风。门人学者，皆染黄衣冠，以别于旧时各派，故世称为黄衣派。于拉萨东南，建甘丹寺，弘传其学。后又建色拉、哲蚌二寺，为著名之三大寺焉。藏土久衰之佛法，焕然昭苏矣。
宗喀巴弟子有嘉察伯，及开珠伯二大家，均能传承其学。其在甘丹住持，而传宗师之衣钵者，为大弟子法宝，遂成后世甘丹座主传承之法统。后其高弟根敦、珠巴二人，创历世转生之说，班禅(梵语意谓大宝师)、达赖(蒙语意谓大海)二人，以师弟而相约，世世互为师长，弘传教法(班禅为其师转生，达赖为其弟也)；及明宪宗加以册封，势力更盛。清初达赖五世罗赞嘉错，博学多才，蜚声学界，而复借蒙古和硕部(青海附近)固始汗及清朝武力，底定全藏，即置班禅于后藏，自居前藏，分揽统治之权。于是政教合一，悉掌于达赖。及至近世，班禅来汉，彼此纷争不已，权利争夺，自启纷争，岂佛法之本意，良可慨也!故后之言西藏佛学显密完整者，咸以宗喀巴之传承为宗。