佛经上说“通自定发”，表示神通是从定中发出来的能力。不过，这里所说的定，并不是普通的静境，而是正三昧定。
什么是正三昧定呢？依照境界和程度，正三昧定共分为九个阶段，称为“九次第定”。九次第定中的第四阶段就是四禅定。达到了四禅定，就是达到了“舍念清净”的境界，思想意识都不起了。
修行达到了四禅定，时间久了，功夫也深了，再依照应该遵循的方法继续修持，渐渐的，身体气脉都转变了，这个身体已经大大不同于以往的自己。后来心身就完全融合在一起，心息也可以自由地控制，能够很快地入定。
定后，自己的感觉和感受都没有了，如果要从定中出来，随意应用，就能将普通的常光与本体的功能合而为一。于是通明的力量就有了，这个通明的力量运用起来就是神通。所以“通自定发”，要得到神通，必先修到颇深的正三昧定才行。
《楞严经》中说：“随拔一根，脱粘内伏。伏归元真，发本明耀。耀性发明，诸余五粘，应拔圆脱，不由前尘所起知见；明不循根，寄根明发，由是六根互相为用。”这里所说的伏归元真，就是心身寂定入定而返回本体自性之中。在这个境界长久下去，体性的功能就自然自在地发出光明来了。
这些事的真实情形和境界，很难用言语文字加以描写。若用文字言语去形容，反而会使人执著于文字，成为一种障碍。
其实，最重要的事，就是先能够开悟，解决了心的问题。但是，解决了心，使自己不再随着妄念流转，仍是只解决了一半的问题，必须再能将自己的色身（物）转变，才能够使心物一同返归法尔本性。到那个时候，体和用二者，都可以自由自在了。
学习密宗的人认为，显教和禅宗都不修气脉，不理色身，所以不能够在此生之中成功，也不能得到神通。岂不知，禅宗的法门，是以直见本性为重点，如果真能够彻底见性，那么神通妙用自然都有了。正像《楞严经》上所说的：“性火真空，性空真火”，地、水、火、风等也是一样的性质。
能够证见本性的人，一切都可以应用，毫无阻碍，因为一切都是自己本来已经具有的，用不着向外去寻找。如果说自己还不能够有这个能力，那是因为功夫没有到达，程度还比不上前辈的标准，所以力量不够。
不过，神通虽然是奇妙的用途，到底是幻妄的，没有证到正觉，未得漏尽通的修行人，如果偶然有了五神通，多半会跟随神通的境界而流转，迷失了自己的方向，而堕于魔道或外道的范围。
佛法是以正知正见为重心，是用这个正知正见教导世上的人们，使一切众生都能得到智慧的解脱，才是最高的圆满目标。如果用神通作为教化的方法，反而容易使众生迷途于神秘和虚幻，错过了证得正觉的真正道路。
因此，释迦的遗教，是绝对禁止神通的，就是因为避免众生误入歧途的缘故。经典上说，大阿罗汉也有神通，也没有神通，不论有神通或没有神通，他们能得漏尽通的资格，都是一样的（见《大智度论》）。
禅宗最重视正确的见地，所以并不重视神通这桩事。在禅宗丛林中，有一种规定，凡是显弄神通迷惑众人的学人，一经发现，立刻放逐，赶出丛林。佛的正法眼藏，依赖这条戒律，才能够保持正路，而没有流入邪魔外道之群。
禅门的祖师们，因特殊原因，需显现神通时，平常必定装疯卖傻，表示癫狂以作掩饰，他们更不会接承禅门的正印。凡是要承受正印传法，荷担慧命的祖师，则绝对不谈神通，反而以平常实在的作风，做一个普通的人，做一个人天的表率。兹节录禅门古德神通事迹如下，以证明禅宗并不是不能即身成佛，也并不是没有神通，只是因为不愿意以神通为标榜而已。
隐峰禅师……冬居衡岳，夏止清凉。唐元和中，荐登五台。路出淮泗，属吴元济阻兵，违拒王命。官军与贼交锋，未决胜负。师曰：吾当去解其患。乃掷锡空中，飞身而过。两军将士仰视，事符预梦，斗心顿息。师既显神异，虑成惑众，遂入五台示灭。
普化禅师。临济初开堂，师首往赞佐。唐咸通初，将示灭，乃入市谓人曰：乞我一个直裰！人或与披袄，或为布裘，皆不受，振铎而去。临济令人送与一棺。师笑曰：临济厮儿饶舌。便受之。乃辞众曰：普化明日去东门死也。郡人相率送出城。师厉声曰：今日葬不合青鸟。乃曰：明日南门迁化。人亦随之。又曰：明日出西门方吉。人出渐稀。出已复还，人意稍怠。第四日，自擎棺出北门外，振铎入棺而逝。郡人奔走出城，揭棺视之，已不见。惟闻空中铎声渐远，莫测其由。
瑞岩彦禅师。尝有三僧，胡形清峭，目若流电，差肩并足致礼。师问曰：子从何来？曰：天竺。曰：何时发？曰：朝行适至。曰：得无劳乎？曰：为法忘劳。谛视之，足皆不踏地。师令入堂，上位安置。明旦，忽焉不见。又尝有村媪来礼，师曰：汝莫拜，急归救取数百物命。媪归，见其妇方拾田螺归，媪因亟投水中。又数家召斋，一一同时见师来赴。生平神异之迹，不可胜述云。
大道谷泉禅师，性耐垢污，拨置戒律，眼盖衲子；所至丛林辄删去，师不以介意。得法于汾阳昭禅师。……山有湫，毒龙所蛰；堕叶触波，必雷雨连日，过者不敢喘。师与慈明暮归，时，秋暑。捉明衣曰：可同浴。明掣肘径去。于是师解衣跃入，霹雳随至，腥风吹雨，林木振摇。明蹲草中，意师死矣！须臾，晴霁，忽引颈出波间曰：（内力外口）！明尝遣南公谒师，师与语，惊曰：五州管内，乃有此南扁头道人耶！及南公住 轮，师复以偈招之。南公以师坦荡忽绳墨，戏酬以偈曰：饮光论劫坐禅，布袋经年落魄。疥狗不愿生天，却笑云中白鹤。后住保真庵，盖衡湘最险絶处。夜地坐祝融峰下，有大蟒盘绕之。师解衣带缚其腰，中夜不见。明日，策杖遍山寻之，衣带缠枯松上，盖松妖也。……尝过衡山县，见屠者斫肉，立其旁，作可怜态，指其肉，又指其口。屠问曰：汝哑耶？即首肯。屠怜之，割巨脔置钵中，师喜出望外，发谢而去；一市大笑，而师自若。以杖荷大酒瓢，往来山中，人问（注：书中是“间”）瓢中何物？曰：大道浆也。……嘉佑中，男子冷清，妖言诛。师坐清曾经由庵中，决杖配郴州牢城。盛暑负土经衢，弛担作偈曰：今朝六月六，谷泉被气（上祝下土），不是上天堂，便是入地狱。言讫，微笑，泊然如委蜕。阇维，舍利不可胜数，郴人塔之，至今祠焉。
云居膺禅师，结庵于三峰，经旬不赴堂。洞山问：子近日何不赴斋？师曰：每日自有天神送食。山曰：我将谓汝是个人，犹作这个见解在！汝晚间来。师晚至，山召膺庵主，师应诺。山曰：不思善，不思恶，是甚么？师回庵，寂然宴坐，天神自此觅寻不见。如是三日乃絶。
仰山禅师。有梵僧从空而至。师曰：近离甚处？曰：西天。师曰：几时离彼？曰：今早。师曰：何太迟？曰：游山玩水。师曰：神通游戏则不无阇黎，佛法须还老僧始得！曰：特来东土礼文殊，却遇小释迦。遂出梵书贝多叶与师，作礼乘空而去。自此号小释迦。
黄檗禅师，闽人也。幼于本州岛黄檗山出家。额间隆起如珠，音辞朗润，志意冲澹。后游天台，逢一僧，与之言笑，如旧相识。熟视之，目光射人，乃偕行。属涧水暴涨，捐笠植杖而止，其僧率师同渡。师曰：兄要渡自渡。彼即蹇衣蹑波，若履平地。回顾曰：渡来！渡来！师曰：咄！这自了汉，吾早知，当斫汝胫。其僧叹曰：真大乘法器，我所不及！言讫不见。
本文选自南怀瑾《禅海蠡测语译》