《百论》在印度佛教的发展过程中起了重要的促进作用，它广破异家学说打击了外道的猖獗，而从此维护了佛教的地位，尤其对大乘佛教的发展更加起了重大作用。《百论》势在破斥一切邪见，不仅破斥了外道邪见，同时也破斥了佛教内部的小乘思想有所得见，发扬了大乘佛教中观思想的无所得观，从而使大乘佛教重见天日广泛流传，其意义有以下几点：
1、《百论》的产生使印度部派佛教分裂的局面结束，走向一个统一的局面。
《百论》产生的时间大约在印度大乘佛教初兴时期，部派佛教还没有完全瓦解和彻底摧灭，在社会各个阶层仍然有很大的势力，并没有完全在印度灭亡。而大乘佛教则刚刚复兴，在社会中还没有完全形成势力，处处受了部派佛教的排斥。而《百论》的产生使得部派佛逐渐从社会中失去地位，以至到完全从印度灭亡，从而印度佛教逐渐走向了统一的局面。
2、《百论》的中心在破外道邪见，它沉重打击了威胁佛教的外道徒党。
《百论》是提婆菩萨与外道面对面互相辩论的结果。由于当时印度部派佛教逐渐衰退，外道势力非常盛行和猖狂，处处排击和压制佛教的发展，使得印度佛教当面临毁灭的边缘。而提婆菩萨与外道的辩论大获全胜，这无疑给外道势力的猖狂以沉重打击。
3、《百论》在思想境界上超越小乘佛教，开创了大乘佛教发展的局面。
小乘佛教主张三世实有，其思想随着时间的推移而慢慢的与社会不适应，人们需要新的思想文化来补充和完善。而大乘佛教主张我法二空，在思想理论上比小乘佛教更加深刻而完善，受到了人们的欢迎和推崇。《百论》主张一切自性本空，这无论从思想上还是理论上都是一个很大的发展，使得大乘佛教有了更大发展的机会。
4、《百论》是印度佛教史上的“拔乱反正”拯救大乘佛教于水深火热之中。
由于大乘佛教初兴，还不能被人们完全接受和推崇，处处受到忆有的部派佛教和外道双重压制和排击。而《百论》的出现和提婆菩萨舍身亡己的精神，使得外道和部派佛教纷纷屈服于大乘佛教。由此大乘佛教在印度得到了很大发展，拯救了大乘佛教当时四面受敌和一蹶不振的局面。
5、《百论》的产生推动了大乘佛教的发展，对般若思想的发展起到了很大影响。
《百论》的产生推动了佛教的发展，使佛教从小乘走向大乘，为大乘佛教的发展打下了良好的坚定基础。尤其是对般若思想的发展更加起到了非常大的影响。《百论》的主要思想就是“性空”，而般若思想也主要是体现诸法本空。因此，般若思想的发展与《百论》的形成是密不可分的。