到1638年，德川幕府的继任者几乎把所有的外国人都赶跑了，只留下了极少数，并且镇压日本的基督教，另外对于一切企图离开日本和从外国归来的人都判处死刑，用这种办法有效地把日本人都牢牢地锁在本土。两年后，一个葡萄牙代表团为说服日本放弃他们的孤立主义政策进行了最后一次努力。不久，虽然葡萄牙人都成功登陆，但其中的13个人被处以斩首，幸存者被允许回到澳门，带去了一个对其他西方人的官方警告：“让他们不要再打我们的主意了，就当做我们不存在于这个世界吧。”日本通向外界的惟一窗口就是长崎，在那里荷兰和中国商人获准可以进行贸易，但是处于日本政府全天候的监视之下。
封建制度在德川幕府时期的将军那里得到了完善和加强。他们掌握着日本四分之一的耕地，以及所有的主要城市、港口和矿山。他们把剩余的部分分给了将近300个封建领主———藩主。藩主和他们的家臣武士占据着四个封建等级中的最高层，他们下面是农民，然后是工匠，处于最底层的是商人。在等级之间，存在着自下而上的忠诚和责任。一个较低阶层的成员如果没有得到官方的许可，就不能不履行对高等级者的服务义务。在藩主骑马经过的时候，卑贱阶层的民众必须下跪并以额触地。对任何无礼的下属，武士都有权将其当场格杀。
藩主本身也受到了严格的控制，以防止他们进行任何反对德川幕府统治的阴谋活动。按照要求，他们每隔一年都要到江户去和将军在一起呆一年。江户就是德川家族在一个渔村的基础上建立起来的首都。（到18世纪为止，江户的居民已达到了100万，可能是当时世界上最大的城市。）而当藩主离开江户的时候，他的妻儿还要留下充当幕府的人质。为了防止藩主们在封地和首都之间的路上进行颠覆活动，他们要按指定的路线行动，这些路线上布满了关卡，仅在日出和日落时开放。而当他们在关卡附近的旅店中停留过夜的时候，则要受到德川幕府的特工队的近距离监视。为了防止任何的藩主与一位可能野心勃勃的天皇结成同盟，皇族居住的京都城受到了严格的限制。
这样来回往返需要花费，再加上在江户维持舒适生活的大量开支，藩主和武士们被迫向他们所鄙视的商人们借债。在江户和大阪这些不断发展的商业中心里，尽管存在着德川政权的重重限制，商人们不但生意兴旺，而且还形成了他们自己的资产阶级生活方式，包括像歌舞伎剧院以及更高雅的娱乐———早期的艺妓馆。20世纪的那些工商业巨头，如三井和住友，正是从这些身份低下的高利贷者发展而来的。