就在新政府还在努力进行自我协调的时候，1944年11月1日，第一架B-29出现在了东京上空。它来的目的并不是扔炸弹，而是拍摄目标照片，并且试探一下东京空虚的防空力量。月中的时候，又有六架B-29来空转了一圈，正在吃午饭的人们站在人行道上仰望这些银色的飞机，从这么遥远的距离望去它们就像玩具一样，而这么远就能听到的巨大轰鸣声又使它们显得威力无穷，令人畏惧，而它们的华丽也不由人不羡慕。
接下来的11月29日，94架B-29飞临了东京近郊的工业区。下面的人们没有把它们当回事，即使在它们开始投掷炸弹时也没回过神来。记者加藤益雄看到：“防空的纪律非常混乱，因为人们都想看看发生了什么事。”加藤和他的朋友们把满天的防空炮火忘了个精光，连头盔也没戴就冲到了街上。最后，一个警察命令他们躲进掩体，但是还没等他们进去，就看见帝国饭店旁的一家餐馆着起了大火。
所有的人都非常清楚，这次以及随后其他的空袭都是针对城外的飞机制造厂和兵工厂，而那些偶然被击中的居民区只是不幸的意外。飞得极高的B-29即使对它的主要目标———位于武藏野的中岛飞机制造厂也没有造成多大的破坏，而那些投向东京湾的船坞和仓库的炸弹中有大部分都偏离了目标。偶尔有一个轻量的镁弹或者磷弹落在住家的屋顶上，或者穿透了天花板掉下来。这时，只要用一桶沙子，一个湿拖把或者一块浸了水的垫子，马上就能把这个燃烧弹扑灭。
实际上，大部分的东京居民对B-29的空袭的感受与其说害怕不如说是着迷。记者加藤益雄回忆道：“在那些早期的轰炸中，我们是怀着一种又兴奋又焦虑的心情度过的，甚至还有一种冒险的心情，就是一种担负着战争危险的狂喜感觉，尽管只是限制在平民所能感受的那种。”
1944年3月，一个东京的小女孩在准备进行防空演习。她穿着很厚的裤子和长袖上衣，头上戴着垫得很厚的风帽，这是为了躲避火苗和掉下来的砖瓦块，腰里还别着一条包扎伤口用的毛巾。在她的背心上还缝着一个布条，上面写着她的姓名和学校。
后来当轰炸变成了一种常态，人们了解了轰炸活动的方式，并且根据它们来调整自己的生活。白天的轰炸一般发生在午饭时间，持续两到三个小时，在11月和12月，对东京的空袭只在能被3整除的日子才会发生，如24号、27号、30号、3号等等。家庭主妇们根据这一时间表来安排她们的购物活动，而在预定空袭的日子里，人们在中午到下午三点之间全都呆在家里。人们把B-29戏称为“定期服务”，而且推测着头顶上的飞行员中午会吃些什么：“没准儿是一些美味的火腿三明治。”
然而夜间的空袭就不那么好适应了。人们尝试着早点上床，以便能在半夜11点半左右红色防空警报拉响之前多睡一会儿觉。被人们称做“贵客”的夜袭者也有他们自己的魅力，每当一架B-29从冬天的工业烟灰和云层中现身，被探照灯的光束照见时，那些站在工厂屋顶上的警戒者，以及坐在门廊里和庭院掩体土堆上的人们就会大喊着向它打招呼：“B先生来了。”一时之间，探照灯的灯光，防空炮火的开火声，战斗机急冲而起，以及远处的火光交织在一起，组成了一幅令人亢奋但却十分危险的夜景。
美国陆军航空兵企图通过精确轰炸消灭日本的飞机制造业。除了东京附近武藏野的中岛集团之外，位于名古屋的大型的三菱飞机制造厂也是一个经常被攻击的目标，此外还有小村、神户和大阪的工厂。但是轰炸根本就谈不上什么精确，主要是因为整个冬天覆盖在日本上空的云层，飞机击中的目标还不到20%。在1945年1月一个阴云密布的星期六，一个由15架B-29组成的编队企图轰炸武藏野的工厂，导致东京的空袭警报大叫起来。由于无法透过武藏野上空厚厚的云层找到目标，投弹手一股脑地将高爆炸弹全扔在了他们的备用目标———东京闹市区。他们击中了东京的第五大道———银座地区，这时，正有大群的购物者因为听到了一个错误的空袭解除警报，纷纷从掩体里钻出来，有几百人在直接中弹的地铁站死去，几百人死于剧院里、大街上和高架铁路的下面，而武藏野的工厂区却毫发未损。
B-29一直都在努力消灭武藏野的工厂，但只取得了十分微小的成效。然而在2月17日，美国海军的舰载飞机仅仅对这里发动了一次攻击，所造成的破坏就超过了此前六七次超级空中堡垒B-29的轰炸成效。那些地狱猫和海盗战斗轰炸两用飞机飞得很低，对工厂进行大肆轰炸，摧毁了武藏野生产线中的大部分。这对于生产速度已经赶不上被击落速度的日本飞机制造来说，无疑是雪上加霜。
随着时间一个月一个月地过去，B-29的效用严重地降低，原因就是冬天的云层和高空的强风，使它们在高海拔进行的精确轰炸变成了一项近乎不可能完成的任务。于是美军就试着改变战术：2月25日，B-29用燃烧弹在东京狂轰猛炸，企图将工厂周围工人们的木头房子全都烧光。大风拯救了东京。当每一捆重达500磅的简陋、松散的燃烧弹从三万英尺的高空落下时，大风就把其中的许多吹到了东京湾里，或者带到了农村地区，或者将它们吹得到处都是，以至在各地引起的单个小火灾非常容易地就被扑灭了。