1943年5月21日下午，东京广播电台播发了一个语调沉重的通告：“山本五十六海军大将在今年4月于前线进行整体战略指挥期间，在与敌人交战的一架战机中壮烈牺牲。”说到这里，播音员再也读不下去了，泣不成声。
几乎整个日本都在和他一起哭泣。山本五十六被视为这个国家最“伟大”的战士：他是突袭珍珠港的策划者和执行者；日本海军航空部队的创立者，正是这支部队击沉了英国的主 力舰“威尔士亲王号”和“反击号”。而现在，由于他“英勇”的死亡，山本五十六已经变成了一个神。
在山本五十六死讯公诸于众的第二天，国会新闻局宣布他被提升为元帅军衔，并且被追授“大勋位菊花章颈饰”，这是日本的最高荣誉。而且他还得到了国葬的殊荣，这在日本的历史上是第十二次。
5月5日，数以十万计的人们站在东京的街道两旁向山本五十六默哀致敬。有1500名官方的吊唁者聚集在了海军俱乐部，山本的骨灰已经在这里摆放了两周。早上8点50分，山本五十六的旗舰“武藏号”上的船员们将他的骨灰送到了外面的一辆炮车上。然后，随着肖邦的《葬礼进行曲》的旋律，送葬者们缓缓地向位于东京中心地区的日比谷公园走去。
这时在公园中已经搭起了三个巨大的帐篷，作为一个临时的神社。在主帐篷中，有一个用未加油漆的木料搭成的祭台，上面覆着黑白两色的帷幔。由意大利独裁者本尼托·墨索里尼赠送的一瓶红色的玫瑰，成了这里惟一的一点亮色。
皇室的代表在灵前进行了吊唁，但天皇本人没有出席，根据惯例他必须保持高高在上的遥远和神秘。主祭人是盐泽幸一海军大将，他是山本五十六的终身挚友，他极力推崇山本的精神，认为山本可以被列入供奉日本战死者的靖国神社。当山本的长子———22岁的山本义正进来献上一支被神道视为圣物的柏树嫩枝时，一支海军乐队奏起了进行曲《奋不顾身》。
下午，东京市民们来祭台进行最后的告别。到了晚上，山本五十六一半的骨灰被置于一个六英寸见方的白色盒子里，安葬在东京近郊的多摩公墓。
余下的骨灰被送到了山本五十六的家乡———距东京140公里的长冈，埋葬在了位于一座禅宗寺院中的他父亲的坟墓旁边。他的墓碑十分朴素，价值还不到70日元（相当于16美元）。上面的碑文也极为简单：“1943年死于南太平洋的战事中。”
山本五十六的死最好地体现了这个国家过去的武士传统。每个日本男孩所接受的训练，都是为了使其做好准备，迎接这种死亡。