为了对付蒋介石要化整为零、撤销军统局的秘密指令，戴笠从国共和谈签订协议以后，就日夜马不停蹄地奔走于南京、上海、北平、天津、青岛等数大城市之间，一方面处理肃奸案件，一方面绞尽脑汁地研究对策。
戴笠采取的第一招就是在内部体制上减少指挥层次，精简人员，公秘分开，转入地下，以转移社会注意的目标。于是，在1945 年底，戴笠在提出“裁弱留强”的同时，又下令撤销所有区一级组织（东北区除外），恢复在省范围内以省站为最高机关。同时，所有特务组织和特务人员一律转入地下，绝对秘密，不再以公开机关和任何名义作掩护。这是戴笠根据建立特务处以来的实际活动经验，为了在军统改组过程中，保存实力，以防不测而采取的一个关键措施。
在调整组织的同时，戴笠极力抓住沦陷区不断收复的时机，恢复和建立军统基层组织，不断扩充军统势力。特别是东北收复后的这块新天地，戴笠更是垂涎欲滴。1945 年12 月，戴笨抽调工作能力很强的军统北方区长文强为军统局东北办事处主任兼军统东北区区长；调军统局东北特别站站长陈昶新任东北办事处副主任兼东北区副区长。这样的安排，戴笠显然是有考虑的，这就是把陈昶新摆在陪衬的地位上，受文强的监视和控制，作一些傀儡的工作。
陈昶新所谓“重建东北实力集团”的计划到此进一步受挫。
11 月下旬，戴笠因部署肃奸行动，再一次来到天津，并找陈昶新到其住处了解询问情况。戴笠云山雾海、天南海北地向陈昶新说了很久，可就是只字不提对东北特别站的安排问题。陈昶新已知戴笠对东北军统的人事已另有安排，故垂头丧气地回到站里，把情况向站里的特务们通报了一下。东北特别站内负责人事的干部兼陈昶新的随行秘书毕骐是军统息烽特训班毕业的特务，因无东北军的背景，加之年轻气盛，当即于第二天下午带着连夜准备的一份《东北特别站人事组织概论》和花名册会见戴笠，激动地对戴笠说：“由于局里对特别站一直没有具体安排，致工作无法进行。陈昶新也因此心里不安定。陈在东北的关系广泛，交情深厚，活动潜力很大。为了打开东北的工作局面，陈是很难得的人选”。戴笠听完后，用长者教导后生的口吻对毕骐说：“人事上你抓得还紧，又能注意到刚才你讲到的一些，是好的。不过你太年轻，还是小孩子，不懂事。你把材料留下我看看”。稍停又说：“关于东北的工作和陈昶新，我马上就要作安排了。你可以把这话告诉他好了。”
戴笠批评毕骐“不懂事”，正是因为毕骐不懂得陈昶新所谓“东北的关系广泛，交情深厚，活动潜力很大”，正是很危险的政治因素，不懂得蒋、戴要防备东北军死灰复燃，就是要千方百计控制使用陈昶新这样的危险人物。不过，戴对毕骐还算是宽厚的，没有因此而加以严词训斥。当天晚上10 时，戴笠在临去北平前，把陈昶新找去，作了明确安排，即成立东北办事处和东北区，由文强任主任和区长，陈任副主任与副区长，原东北特别站撤销，所有军统在东北的单位与人员，统一由东北区接收调整。
戴笠到北平不久，即正式发表文强和陈昶新的任命，并抽调大批得力特务出关。不久，戴又将文强、陈昶新叫到北平什锦花园寓所，利用共进晚餐的机会，对东北工作作出全盘规划。戴笠认为东北这块地区的战略地位非常重要，可以说是巴尔干半岛第二，将来既是国共之争的焦点，也必定是美苏之争的焦点。因此，决不能让沦陷14 年的国土，又落入中共和苏俄之手。戴笠无限感慨地对文、陈说：“收复东北这块新天地，本是一件大喜事，恼火的是控制在苏联之手，要从虎口里夺肥肉，预料是一件难事。熊天翼（指熊式辉）先生天真可笑，他想以政治外交手段把东北接收过来，事实上等于做梦。杜光亭（指杜聿明）老大哥有胆识，硬打出关，势如破竹，锦州底定，证明政治外交没有武力作后盾，老毛子什么也不会买帐的”。戴笠一再叮嘱文、陈二人：“一定要精研熟读与苏俄签订的10 年友好条约，全力协助光亭大哥顺利地接收东北”。
为了增强文、陈二人对接收东北的信心，戴笠还于席间详细分析了各种有利条件，指出：“第一，美国决不会袖手旁观，让东北这块肥肉被老毛子独吞。美国第七舰队摆在青岛，与旅顺港苏俄舰队一水之隔，使苏军不敢轻举妄动。美国海军陆战队自秦皇岛登陆以后，迫使苏军自张家口、居庸关缩回库伦。可见苏联对美国是有所顾虑的。第二，我与张汉卿（指张学良）的私交甚厚，在由我看护的多年中，我派刘乙光随他生活了10 多年，连头发胡子都白了，没有半点亏待他。他手下的幕僚多数都与我合作无间，昶新兄是了解的，也是其中要员之一。现在汉卿的部属荣归故里，是合作的好机会。
要共同为汉卿出山创造条件。第三，张公权（指张嘉璈）是我的拜把兄弟，他由交通部长调为东北行辕经济委员会主任委员，一定能与我们合作，特别是经费方面，不愁不支援（以后果然支援了300 万元）。我将关系说出来，你们在东北有困难时，可去找他，我已同他打过招呼。第四，熊天翼先生是政学系中的‘参谋长’，有名的智囊，对本局一向不错。但此人好抓权，过于精明，对其只能做婆婆，不能做媳妇的脾气要摸透。他是一位无兵的上将，打天下还得靠黄埔学生，一定要注意搞好熊、杜之间的关系。”
戴笠还反复向文强传达了蒋介石关于要通过遣返战俘问题，拉拢日本，共同反共反苏的策略。吹嘘老头子在这一点上眼光远大，化敌为友，已订下了百年大计，尤其是拉住了冈村宁次是一着好棋，更重要的是抓住了1 亿日本人的心。戴笠告诉文强，由于上海是关内遣返日俘日侨的重点，蒋介石已指定由交通部长彭学沛、中央监察委员贺耀祖、上海第三方面军总司令汤恩伯在前台成立“新亚洲协会”，国民党元老戴季陶、张群、何应钦在后台支持，把日俘日侨广泛组织起来等等。并说：“汤恩伯与我是一个人一样，他与我是合作无间的”。
说到这里，戴笠话锋一转，对文强强调说：“东北问题与上海不同，两次日俄大战都发生在东北，一败一胜，决定日俄两国的命运，也影响我国的发展。今日则是苏美之战难免，已有人预言第三次世界大战是朝鲜半岛和辽东半岛之争，我看此语有理。因此，东北遣送日俘桥的工作，是重点中的重点。要将眼光看到第三次世界大战上，谁看不到这一点，也是傻瓜。上海方面遣送日侨俘的经验，是抓大头最要紧。东北关东军的山田乙三大将已经被苏俄俘虏去了，今后我们必须抓住能在东北日侨俘中起作用的大头，不限于军人，各方面的人材都要，特别是经济建设方面的大头”等等。文强是很能领会戴笠这番长篇宏论要旨的，并且按照戴笠的部署很快展开工作。
戴笠采取的第二招就是在军统工作部署方面加强反共活动的份量。八年抗战期间，戴笠的反共活动不能大张旗鼓地搞，只能偷偷摸摸地干。现在抗战已经结束，作为“皮肤之患”的日本人已被打败，而作为“心腹之患”的中共组织更加强大。反共必定是老头子心目中的头等大事。所谓国共和谈，这不过是老头子麻痹共产党、敷衍国内外舆论、争取时间，作好进攻准备的一种态势罢了。同时，戴笠深感，只有寄希望于反共，“团体”才有出路，个人才有出路。由此，戴笠不但从人力、物力、精力上迅速调整部署，加强反共活动，而且几乎是迫不及待想在反共方面能做出成绩，以便充实在化整为零合法化方面向蒋讨价还价的本钱和实力。
早在《双十协定》签订后的第3 天，蒋介石就向国民党军队发布了反共内战密令，向各战区重新印发了他在江西剿共时期编写的《剿匪手本》，并先后发动了绥远、上党、邯郸3 次战役，结果受到中共武装的自卫反击，仅在10 月至11 月9 日的一个多月时间里，就有11 万多人的被歼灭。特别是在邯郸战役中，国民党第十一战区副司令长官兼新八军军长高树勋将军率所部新八军和一个纵队共13000 余人在邯郸前线起义，反对内战，主张和平。其余的两个军在溃退中被中共武装围歼，第十一战区副司令长官兼四十军军长马法五被俘。高树勋的起义和马法五的被俘，在国民党军队中震动很大，蒋介石尤其感到痛心，气得几天没能睡觉。戴笠知道老头子痛心的不是失去了两位战区副司令长官兼军长，而是因为出师不利，挫伤了他本人和国民党军队的反共信心。戴笠是十分自负的，他经常自诩为孙悟空，神通广大，没有办不成的事。由此，他决心在反共方面也露一手，做一件国民党在战场上做不到的事，重新派特务把高树勋从共产党那边招回来，一方面给蒋介石挣足面子，一方面也是在蒋面前显示自己的反共实力。11 月间，戴笠到达天津，专门召集在津特务开会研究策反高树勋回归国民党的策略。戴笠给特务们打气说：“共产党能把高树勋弄过去，我们就有能力把高拉回来。”因天津站长陈仙洲于1943 年至1944 年间曾在高树勋部任调查室主任，与高的关系尚好。于是，戴当即将任务交给陈仙洲，指示陈说：“这事交给你去办，不借花费多大代价，把高拉回来。”陈仙洲派曾任新八军师长的张抚疆前去策反高树勋，结果一去音讯全无。戴笠、陈仙洲等估计张可能被高杀害，天津解放后，才知张早已被高树勋策反过去，为共产党工作。戴笠在九泉之下如果知道此事，恐怕气得非要骂大街不可。
马法五等高级将领被中共俘虏后，经国共方面谈判，蒋介石同意以叶挺、廖承志向中共换回马法五等一批高级将领。为此，蒋介石指令中统局局长叶秀峰将廖承志移交军统局，与叶挺将军一起关押。1945 年底，廖承志被军统方面由江西赣州用飞机送往重庆，关进歌乐山看守所，并由戴笠请示蒋介石安排接见。在蒋接见时，负责接待工作的侍从室副官居亦侨看到廖承志久经牢狱磨难，仍然气宇不凡，风度潇洒，不禁感慨地对戴笠说：“雨农兄，廖公子真有他父母的风度”。戴笠听了颇不以为然，并用高傲自负的语气对居亦侨说：“过去中统对他待遇不好，居副官，我们对待他要特别好些。”以戴的意思，他是有信心使廖承志改变态度，回到国民党方面来的。结果戴笠手法用尽，廖承志却丝毫没有动摇回到中共组织的坚定信念。1946 年3 月4 日，戴笠不得不派军统党政处副处长叶翔之送叶挺将军到林森路八路军驻重庆办事处，派军统总务处处长沈醉送廖承志到国民参政会交邵力子先生。
1946 年1 月，国共双方签署《建立军事调处执行部的协议》，成立了三人小组领导下的北平军事调处执行部。蒋指定国防部第二厅厅长郑介民中将为国民党方面的首席代表。郑介民虽然对这一个重要职务感到很满意，但是对如何完成这一任务却感到信心不足，因而找戴笠商量。戴笠则认为在军事调处过程中，正是对中共进行特工活动的大好机会，于是专程赶回重庆，具体交代当时八路军、新四军等中共武装方面的情况。戴还向军统局各部门的负责大特务指示，凡郑介民提出要人、要钱、要电台、要武器、要交通工具等，一定要优先供给。结果，郑介民在戴的全力支持下，一下子从二厅和军统局选调了100 多名军统特务赴各地任调处执行小组的工作，并借机开展对共情报工作。郑甚至向戴笠要去军统所谓中共问题专家郭子明当顾问。
为了协助郑介民布置在军事调处执行过程中的对共情报工作，戴笠于1 月22 日带着人事处长龚仙舫等大特务再次来到北平。戴笠于北平期间帮助郑介民把人员调遣完毕，并指示军统北平办事处主任马汉三对执行部中共首席代表叶剑英、参谋长罗瑞卿、副参谋长耿飚、秘书黄华等人进行秘密监视。
戴笠对东北的形势也特别关注。当时，东北保安司令杜聿明因突发肾结核病而住进北平白塔寺中和医院动手术治疗，东北军政大事由熊式辉一人统管，文强的工作也更加紧张繁忙。但戴笠仍对东北的情况放心不下，用急电将文强从锦州前线召回北平，进行谈话，对东北的活动进行检查部署。
戴笠听完文强对东北形势及东北站工作的汇报后，当即以先生的身份给文强上课说：“停战谈判作为攻心之计是需要的，不要认为可以谈出什么结果；不论马歇尔来华也好，其他的什么人来华也好，都只是缓兵之计。打，是校长的既定方针。延安方面对此当然是看得明白的，他们也是早有准备的。
问题是谁的实力压倒谁。共产党的软功夫比硬功夫强。软功夫能迷惑人，能迷惑世界舆论。恐怕我们将来吃亏吃在软功夫上。”听到这里，文强以学生的身份向老师提问：“软功夫是不是指政治手腕？硬功夫是不是指军事力量呢？”戴笠回答说：“你点穿得好。我不懂什么政治不政治。自去年在重庆订立双十协定以来，延安耍的软手段耍得高明，老头子预料毛泽东不敢到重庆，这一着没有料到。‘统一军令’、‘统一政令’，这两条已全否定了，明明只有非打不可的一条路可走了。目前的形势是打有利还是和有利？”戴笠接着又问，文强答：“打是真，谈是假。谈是为了打，打是为了在更有利的条件下来占上风。不过像马法五、高树勋在邯郸那样送礼的打法，阎锡山在上党地区那样送礼的打法，那就太笑话了。”戴笠听文强如此一说，不禁气冲斗牛，拍案大骂道：“真没有料到孙连仲这位与陈诚气味相投的人，在江西省有‘剿共’经验，在台儿庄有抗日经验的老牌将领，刚刚独当一面，就如此丢脸，几乎把老头子气得几天没落枕。”于此，戴笠随即从提包中取出一份文件给文强看，严肃地叮嘱说：“这份绝密文件，是校长于邯郸事件发生后亲自召开的一次极为机密的会议，估计了形势，检查了决策，传授了《剿匪手本》的要义，总结起来就是一句话：打才有出路！这份文件是指定胡宗南作的记录，只许你知道， 看完，限明晚将原件送还给我。”文强拿到这份密件，视若宝贝，当晚即叫人偷偷打印了一本，以便带回东北，贯彻落实。但是，戴笠直到机毁人亡，也没有能看到特务们在反共方面做出什么成绩，这是他深为伤心的。
戴笠采取的第三招就是迅速整顿清理军统内部的贪污受贿问题，整饬风气，以免被蒋介石或政敌抓住口实，自招其祸。在抗战胜利后的接收过程中，由于军统特务一方面利用在沦陷区潜伏力量，能够很快从地下钻出来的捷足先登的机会，一方面则利用勾结策反伪军汉奸，以后又负责整个肃奸行动的特权，使军统特务们占尽天时、地利、“人和”之便，一个个在接收过程中上下勾结，左右串连，大肆贪污受贿，大发接收财，有的军统特务一人“接收”的房产达20 多幢。北平马汉三及其亲信贪污的金佛数只，每只重数十公斤，至于特务们借机向汉奸敲诈勒索、抢车子、奸污汉奸的小老婆、强奸汉奸女儿，更是不计其数。当时，仅据国民党公布的上海敌侨和汉奸房产就有8500 多幢（实际上远远大于此数），被特务、军队宪警、流氓等人侵占的就达5000 多幢。其中军统特务是最大的收益者。起初，戴笠对军统特务们的劫收贪污尚采取睁只眼闭只眼的态度，企图让其自生自灭。但是随着肃奸活动的全面推开，特务们贪污受贿的风气愈演愈烈。到肃奸后期，戴笠已知此事不妙。再这样下去，不但要毁了“团体”，而且会殃及自己。于是，戴笠于1946 年初从南京匆匆赶回重庆，把毛人凤、沈醉找去大骂了一通，并连连责问沈醉：“现在各地接收财产的情形，你们知道不知道？”沈醉回答尚难以统计出来。戴笠马上激动地指着沈醉的脸大喊大叫：“你这个管家人，真越来越糊涂！我告诉你！电报上报来的数字，大有问题，你们得赶快出去清理，迟了便更要出毛病。”当天，戴笠便指示毛人凤成立一个财产清理委员会，由军统局督察室主任廖华平兼主任委员，沈醉兼副主任委员，要他们迅速到各地去清理财产。这个组织比国民党的清查团早5 个月成立，但后因戴笠出事，军统的清理活动拖到夏天才开始。
清查委员会刚成立，戴笠等不得廖华平、沈醉开展工作，就下令将军统电讯处长魏大铭囚禁，罪名是所谓走私罪。
1946 年2 月间，戴笠在天津召集特务们进行训话，指出接收大员们贪污腐化、歪风严重，必须予以重视，警告下属保持固有的“清白家风”，如有违反，定予严惩。并威胁要枪毙北平肃奸委员会的军统特务王子英，其罪状是与汉奸小老婆通奸，有辱“团体”门风等等。
当时，军统局内部上上下下听到戴笠发誓要整顿风气、清查财产的讲话后，一个个确实紫张了一阵子。但戴笠一死，大家表面上依依不舍，背地里各自庆幸，魏大铭更是仰天大笑。大特务们失去管束，劫收来的财产和个人荣华富贵可保无虞，心中不禁松了一口气，军统清查活动也不了了之。