皇帝看病、吃药非同小可，御药、御药材的采购同样重要。清宫对御药、药材的采购和管理有极为严格的制度和规定。按照清宫的规定，宫内设有御药房，是采购、保管、供应宫中药品的专门机构，也是太医院专门的药库，由专门的管理大臣负责，还有主事、司员、库掌等官员。配药的叫“苏拉医生”，其实就是差役，有四十四人，还有招募的“民间医生”十七人。时至今日，宫中御药房仍给我们遗留下不少珍贵的实物，如当年宫廷备用的牛宝、马宝、猴宝、狗宝、蜘蛛宝等罕见的名贵药材，同仁堂制作的藜峒丸、紫金锭等药物，（图四：同仁堂制作的藜峒丸、紫金锭成药）有设计精巧、携带方便的药袋、药柜，早期西洋传教士进献给康熙皇帝的西药和葡萄酒。从当年御药房配制丸散膏丹的器皿和模具来看，西医科学在太医院已经广泛应用，如大型精细的人体解剖模型，化验用的显微镜，消毒用的蒸汽发生器，以及近代的一些西洋成药等。
清王朝的宫廷用药十分庞杂。除皇帝、妃嫔等外，还有大批太监、宫女、侍卫等，总计万人以上，这些人的医疗保健用药量已经很大，再加上皇帝随时赏赐群臣和急用的药品，其需求量更是十分惊人。而且对药材的品质要求非常讲究，要求如此严格的这么多药材，又从哪里来呢？
当然，皇帝要采购多少好药材也不是一件难事。为了确保药材的数量与质量，清廷制定了一整套严格的规定。凡是出产药材的各省，每年必须按规定由药商给皇宫进送药材，并且在这些省区安排专门的官员承办。如康熙十三年（１６７４）浙江布政使陈秉直就花了大量时间和精力办理宫中药材。
各省督抚大吏，为了讨好皇上，将当地一些上乘药材，每年按例向宫中进贡，如云南的茯苓，广东的桔红，四川的冬虫夏草等等。此外，辽宁、吉林等地山中产参，全部被清廷所控制，不得随意私挖。入山采参，要经户部发给信票，用今天的话说就是许可证，否则按违法论处。可想而知，平民百姓有病哪能用上好药。
御药材的采买主要来自北京一些药商，这样就更为方便、快捷。根据清宫档案记载，北京同仁堂就是供奉宫中御药的重要商号。雍正元年（１７２３）《上谕档》记载，雍正皇帝钦定：“同仁堂供奉御药房需用药料和代制内廷所需各种中成药。”并规定每三个月进药一次不得有误，历年如此，直至清末近二百年。每次进药情况都有详细记载，如道光二十年（１８４１）同仁堂药商张大镛七月至九月承办的御药有一百一十七种，重二百一十六斤十二两八钱；十月至十二月，又进一百五十种，重二百五十二斤七两。同仁堂不仅供应御药房生药，后来它的丸散膏丹配方，也被抄录宫中。现在中国第一历史档案馆还保存有光绪十一年（１８８５）六月初四日《同仁堂丸散膏丹配方》一册。全书首列碧云散，尾载益寿比天膏。其中有内科配方朱砂安神丸等七十四种，外科配方生肌散等四种，妇科配方七制香附丸等四十六种，儿科配方烂积丸等六种，伤科配方黎峒丸等两种，喉科配方清咽利隔丸等三种，眼科配方黄连羊肝丸等九种，共计一百零二种。各方中之药味、重量、配制方法，都一一分别标明。这应该就是人们所说的清宫秘方。有意思的是，也许因为该药号的诚信，除药物之外，有时甚至连宫中笔墨、纸张等用品也让他们承办。
各处送来的药材，由御药房管理药库的官员验收后，存放生药库。药材合格经验收官员签发单据，药商才能到户部领取银两。生药库收到药材后一律交管理药库医官查验，经过挑选交给御药房，再由医生炮制备用。买办药材和发放药品名称，药房领用纸张银两及配方等，在御药房医药档案中都有详细记录。
中药材中的不少种类要经过炮制以后才能入药，没有炮制前叫生药，炮制的好坏，对药性影响很大，弄不好治病的效果会大打折扣。这少不了又有相应的制度与规定，来保证炮制的质量，因此选药地道，炮制得法，制作精细，所谓“炮制虽繁，必不敢省人工；品位虽贵，必不敢省物力”的原则在宫廷中得到无以复加的体现。中药的炮制有的是在紫禁城的御药房进行，有的是在供药商号进行。
为了保证炮制的质量，按照宫中御药房的规定，同仁堂派有专人承办内廷用药这一皇差，承办人持有内务府颁发的专用“腰牌”，以便随时进出紫禁城。由于有了这份官差，可以进出宫禁之地，又是进奉药物，出不得半点差错，所选之人必须非常可靠，这就要求择人十分谨慎，审查也十分严格。同治四年（１８６５）四月三十日，因同仁堂药商张洪病故，招新商张景云顶替时，由同仁堂担保，送御药房验明身份，才发给腰牌。