顺治十八年（１６６１）正月初九日，顺治皇帝病逝后的第三天，一个不满八岁的小孩一身孝服坐在了紫禁城金銮殿的宝座中，成为新一代少年天子，这个叫玄烨的小孩，就是康熙皇帝。
隆重的登基大典有条不紊地进行着，此时，站在前面的文武大臣，依稀会发现小皇帝的脸上竟然有几粒稀疏的麻子。也许他们没有想到，正是因为这几粒麻子，小皇帝才能够坐上今天的龙椅。
内幕是这样的：
顺治皇帝突然病逝时年龄不到二十三岁。此前对于接班人问题他并没有太多心理准备，直到染病卧床不起时才开始认真考虑继承人选。长期以来顺治皇帝一直看好次子福全，想立为太子，而顺治皇帝的母亲孝庄皇太后则更倾向于立皇三子玄烨。双方意见相持不下，只好求助于第三者的仲裁。这个第三者，是在宫中当差的西洋传教士汤若望。汤若望在清宫服务有年，官至一品。他与顺治皇帝及孝庄皇太后之间长期保持着某种亲密关系，顺治皇帝曾尊称他为“玛法”，满语翻译过来就是“爷爷”。
理智的老西洋传教士很快就帮助顺治皇帝下定了决心：皇三子玄烨最合适。理由简单而充分：玄烨已出过天花，对这种可怕的疾病有终身免疫力。顺治皇帝终于接受了建议。
天花帮助康熙当上了皇帝，但康熙对天花却心存余悸。康熙早年的生活一直笼罩在痘魔的阴影下。玄烨一出生，正值天花大流行。不得不由乳母抱出紫禁城，栖身于西华门外的一座宅邸（雍正时改为福佑寺）中“避痘”，长期得不到父母之爱。两岁那年，他患上了天花。在乳母、正白旗汉军包衣曹玺之妻孙氏悉心照料下，硬是从天花的魔掌中挣脱出来，脸上却留下了与痘魔殊死博斗的点点痕迹。这个经历，在康熙幼小心灵中留下了不灭的烙印。《圣祖廷训格言》记载康熙晚年曾说：“朕幼年时未经出痘，令保姆护视于紫禁城外，父母膝下未得一日承欢，此朕六十年来抱歉之处。”躲过天花之劫，玄烨进了紫禁城，但天花的阴影一刻也没离去。灰色的宫中“避痘”岁月，像是一场噩梦。由于天花连年爆发，深宫中也常常一夕三惊。如果宫中有人得了水痘，父皇等就会出宫“避痘”。如果城中有水痘病人，四周就得用绳子围起来，谁也不准随便进出。这些惊恐与动荡的灰暗记忆填满了玄烨幼年的梦。
康熙意识到了天花对大清王朝的威胁。在总结了前人防痘经验的基础上，他开始主动出击防治天花。在康熙的倡导推动下，清朝天花防治更加系统化。他在太医院下专门设痘诊科，广征名医。北京城内设有专门的“查痘章京”，负责八旗防痘事宜。
康熙皇帝十分重视对传统隔离防痘方法的继承，在实施中有所创新。最著名的一例，就是避暑山庄的选择与蒙古各部落首领围班制度的建立。由于天花的流行，清初很长一段时间内蒙古各部入觐制度受到了严重的挑战。由于蒙古首领多为“生身”，为避免麻烦，顺治帝曾多年不接见来京的外藩首领，后来又规定没有出痘的蒙古王公不许入京觐见皇上。康熙初年，这个问题也没有得到很好的解决。当时康熙对于一些元旦来朝外藩蒙古首领们自称已出过痘一事表示担忧。康熙十年（１６７１）十二月二十七日，康熙降谕理藩院：“凡元旦来朝外藩王等，虽云已经出痘，朕犹虑之。伊等所云出痘，信耶？疑耶？若有未经出痘，而尚有疑虑即欲回去者，著问明具奏。”理藩院传谕蒙古各部后，各部王公等回奏说：“臣等出痘虽未知否，但特来庆贺元旦，仰赖皇上洪福，想亦无妨。俟行庆贺礼毕，始敢言还。”而各部蒙古首领含混的回答，更引起了康熙的警惕。
康熙十六年（１６７７）巡幸塞北，途次热河，发现了一个理想的避暑地方，决定在此建立一个避暑避痘的行宫。之后，康熙皇帝规定，以后凡是没有出过痘的蒙、藏、回、维等上层贵族，想要觐见皇帝，可于每年七月到热河，九月随皇帝入围场秋狩，同时觐见皇上。这就是有名的围班制度的肇始。天高气爽的秋天入觐，既避开了痘疫发作期，同时也达到了亲合各少数民族的政治目的。
康熙继位以后，北方连续性的天花爆发已开始减弱，同时南方传统种痘疫苗法也传到了北方。这种民间种痘法，最早起源于明朝隆庆年间（１６世纪下半叶），又称吹鼻种痘法。一般分为两种，一种方法叫旱苗法，即取天花者的痘痂研成细末，加上樟脑冰片等吹入种痘者鼻中；另一种方法叫水苗法，就是将患者的痘痂加入人乳或水，用棉签蘸上，塞入种痘者的鼻中，两种方法都是为了让种痘者轻度感染上天花，发烧出疹，再经过精心护理，病症消失后，相当于已得过天花，从而具有了免疫力。
康熙防痘种痘的推行是从宫中开始的。康熙十七年（１６７８），皇太子出痘，其时正值平西王吴三桂等三藩叛乱的关键时候，为了能更多地亲自护理出痘的太子，康熙皇帝竟然连续十二天内没有批阅奏章。太子痊愈后，清廷还举行了一系列的庆典活动，祭天颁诏，搞得十分隆重。
在皇太子出痘期间，有个候选知县，名叫傅为格，侍奉皇太子调理治痘方面很有些成绩，因此被升为武昌通判。两年后，因为他善于种痘，又被康熙皇帝召入宫中，专门负责为皇子们种痘防疫。《康熙起居注》十九年十二月记康熙皇帝批奏给事中姚缔虞奏章中说到：“武昌府通判傅为格善为小儿种痘，曩皇太子喜事，令诊视痊愈。今宫中小阿哥等欲种痘，已令往取，”令给事中姚缔虞查调此人是否已到京，一并具奏。从此，清宫中皇子种痘防天花的制度正式确立。清宫中皇子种痘，一般都在年幼时期。二至四岁是种痘的最佳年龄。种痘时间一般选在春秋两季，天气清爽，便于护理。水苗法采用的最多。地点一般在紫禁城内，或者圆明园。皇子种痘的程序十分神秘复杂。据清宫《阿哥种痘档》记载：乾隆二十八年（１７６３）春，乾隆皇帝的第十五个儿子永琰（就是后来的嘉庆皇帝）种痘，首先钦天监按十五阿哥的八字查好种痘吉时，奏请皇帝、皇后、皇太后等。然后在圆明园五福堂设立一个封闭性的临时种痘护理所，除了四名大夫昼夜值班观察外，还设十几个太监侍候。种上痘的十五阿哥，被置于秘室中，为了避光，四周都用黑、红两色毡子围住。此外，在旁边的房间，还专门设堂，供奉天仙娘娘、痘疹娘娘、眼光娘娘、痘儿哥哥、药王、药圣、城隍、土地等，以祈求诸神的保佑。御医每天三次为十五阿哥把脉观察，及时将情况记录在案。半个月后，十五阿哥终于渡过种痘历程，一切症状消失后，走出了不见三光（日、月、星光）的暗室，皇后及十五阿哥的生母庆妃前来拈香探视后，还举行了盛大的“送圣”仪式。